Am 29. April 2020 beschloss der Bundesrat, dass die Schulen der Stufen Primar und Sekundarstufe I, welche aufgrund der Corona-Pandemie hatten geschlossen werden müssen, am 11. Mai 2020 wieder öffnen dürfen. Der Wiedereröffnung der Schulen voraus ging ein Statement von Daniel Koch vom BAG, in welchem er den Medien erläuterte, dass sich unter den Infizierten kaum Kinder befänden und dass diese nicht die Haupttreiber dieser Epidemie seien. Diese Aussage wurde zwar von einigen Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern angezweifelt, aber Kinder hätten offenbar weniger Symptome und steckten damit weniger oft andere Personen an, wie der Leiter der Abteilung für Infektiologie Christoph Berger gegenüber der NZZ bestätigte.
Die Ankündigung der Schulöffnungen machte in der Schweiz eine Art Röstigraben sichtbar, zumindest zwischen Genf und Waadt und dem Rest der Schweiz, wie die Medien berichteten. Diese beiden Kantone, die beide viele Infizierte aufzuweisen hatten, äusserten grosse gesundheitlich begründete Vorbehalte gegenüber einer Öffnung am 11. Mai, zumal nicht klar sei, welche Schutzmassnahmen die Öffnung begleiteten. Die Erarbeitung der Schutzkonzepte überliess der Bundesrat in der Tat den Kantonen respektive den Gemeinden. Er gab nur einige Eckwerte für die Konzepte vor, wie etwa den 2m-Abstand zwischen Lehrpersonen und Schülern respektive Schülerinnen und die Beachtung der Hygieneregeln. Eine Maskenpflicht sah der Bundesrat nicht vor. Ebensowenig gab es Angaben zu einer Maximalgrösse der Schulklassen, was dazu führte, dass in einigen Kantonen die ganze Klasse unterrichtet wurde, während in anderen Kantonen Halbklassenunterricht vorgesehen war, wie Le Temps berichtete. Bei vulnerablen Personen (Kinder oder Lehrpersonen) sollten die Kantone für individuelle Lösungen sorgen, so der Bundesrat. Die Regierung beschloss ebenso, dass es an den Kantonen sei, zu entscheiden, ob die Schulen Zeugnisse ausstellen oder darauf verzichten sollen. Dieser grosse Spielraum für die Kantone wurde von verschiedenen Medien und Fachpersonen kritisiert. Die NZZ etwa sprach von einem Wirrwarr und einem föderalen Flickenteppich. Dagmar Rösler vom LCH und Thomas Minder vom Schulleiter­-Verband kritisierten den Bundesrat ebenfalls und gaben zu Protokoll, dass sie sich klarere und einheitlichere Vorgaben für die Schulöffnung gewünscht hätten, insbesondere betreffend maximale Klassengrössen.
Im Bereich der Gymnasien entschied der Bundesrat Ende April 2020 ebenfalls, dass jeder Kanton selber festlegen könne, ob er schriftliche Maturaprüfungen durchführen wolle oder nicht. Die mündlichen Prüfungen waren zuvor von der EDK bereits zur Absage empfohlen worden, was für die Kantone aber nicht verbindlich war. Bereits vor dem offiziellen Entscheid des Bundesrates Anfang Mai hatten einige Kantone entschieden, ob sie die Maturaprüfungen durchführen möchten oder nicht. Michael Hengartner, Präsident des ETH-Rats, bedauerte in der Sonntagszeitung, dass bei den Maturaprüfungen kein einheitliches Vorgehen zustande gekommen war. Er persönlich halte die Matura für ein wichtiges Ereignis im Leben der Gymnasiastinnen und Gymnasiasten.
Bei den Berufsschulen entschieden Bund, Kantone und die Sozialpartner gemeinsam, dass die schriftlichen Lehrabschlussprüfungen nicht stattfinden werden, sondern die Erfahrungsnoten herangezogen werden sollen. Die praktischen Prüfungen sollten aber wenn immer möglich stattfinden, sofern die Hygieneregeln eingehalten werden können.

Schulschliessungen aufgrund des Coronavirus
Dossier: Schulen und Ausbildung während Covid-19 – Reaktionen und Folgen