Die WBK-NR forderte mit einer im April 2022 eingereichten Motion ein umfassendes Schweizer Programm für exzellente Forschung und Innovation. Der Bundesrat solle dieses Programm auf die Beine stellen, um international führende Forschende und Start-Ups in die Schweiz zu holen. Dafür solle der Bundesrat die Subjektfinanzierung für Forschende sowie die Objektfinanzierung für Start-Ups und KMUs fördern und weitere Fördergefässe in den Bereichen Forschung und Innovation schaffen. Weiter sollen bestehende Elemente von Horizon Europe mit zusätzlichen Mitteln begünstigt werden. Dabei solle das geforderte Programm auf den bereits bestehenden und geplanten Übergans- und Ersatzmassnahmen für Horizon Europe aufbauen.
Der Bundesrat beantragte die Ablehnung der Motion. Er war der Ansicht, dass er bereits alle notwendigen Massnahmen ergriffen habe, um die Förderung von Forschung und Innovation sowie die internationale Zusammenarbeit in diesem Bereich bestmöglich sicherzustellen. Er verwies diesbezüglich auf die von den Räten gutgeheissene Finanzierungsbotschaft für die Beteiligung am Horizon-Paket 2021–2027, in deren Rahmen bereits CHF 5.4 Mrd. gesprochen wurden, die nun für die projektweise Beteiligung von Schweizer Forschenden ausgegeben werden können. Er führte auch die von der WBK-NR erwähnten Übergangs-, Ersatz- und Ergänzungsmassnahmen auf, welche bereits angelaufen seien respektive geprüft würden.
In der Sommersession 2022 gelangte der Vorstoss in die grosse Kammer; bei der Beratung lag dem Rat neben dem Antrag der Kommission auf Annahme der Motion auch ein Einzelantrag von Andreas Glarner (svp, AG) auf Ablehnung vor. Der SVP-Vertreter bemängelte, dass dem Forschungs- und Innovationsbereich bereits heute grosse Summen zukämen, für welche die Steuerzahlenden aufkommen müssen. Dies müsse derzeit genügen. Der Nutzen einer zusätzlichen Forderung solle erst in der BFI-Botschaft 2025-2028 diskutiert werden. Christian Wasserfallen (fdp, BE) stellte die Motion seitens der WBK-NR vor und plädierte dafür, «diese Kaskade der Nichtassoziierung» zu beenden und unabhängig von der Assoziierung an Horizon Europe ein eigenes Programm zu lancieren. Der Nationalrat folgte den Worten von Christian Wasserfallen und nahm die Motion mit 164 zu 7 Stimmen bei 1 Enthaltung klar an, wobei der Antrag Glarner nur wenige weitere Mitglieder der SVP-Fraktion zu überzeugen vermochte.

Die grosse Kammer beugte sich in der Wintersession 2020 über das Horizon-Paket 2021–2027. Mehrere Rednerinnen und Redner betonten dabei die Wichtigkeit der Erneuerung dieses Forschungsabkommens mit der EU. Nur so könne die Schweiz bei der Forschung auf Niveau «Champions League» mitspielen, argumentierte Christian Wasserfallen (fdp, BE). Die Finanzierungsbotschaft wurde aber nicht von allen Parteien vollständig unterstützt. Während eine Minderheit um Diana Gutjahr (svp, TG) die Vorlage an den Bundesrat zurückweisen wollte, um ein alternatives, nationales Programm ausarbeiten zu lassen, wollte eine weitere Minderheit Keller (svp, NW) die vom Bundesrat budgetierte Reserve von CHF 614 Mio. auf CHF 466 Mio. reduzieren. Beide Anträge wurden abgelehnt. Ebenfalls keine Mehrheit fanden zwei Anträge von links-grüner Seite, welche die Verpflichtungen für das Euroatom-Programm auf Ende 2025 befristen wollten. Zu reden gaben des Weiteren insbesondere folgende zwei Punkte: Im Horizon-Programm 2021–2027 wird der Finanzierungsmechanismus geändert. Neu zahlt jeder Staat so viel ins Programm ein, wie wieder an die Forscherinnen und Forscher ausbezahlt wird (pay as you go Prinzip). Es ist also nicht mehr möglich, mehr Mittel zu beziehen als einzubezahlen. Diese Neuerung sei gemäss Claudia Friedl (sp, SG) in der Kommission bedauert worden, könne aber nicht rückgängig gemacht werden. Zudem habe die EU generell mehr Geld für das Programm budgetiert als in der vergangenen Periode, weshalb auch die Schweiz einen höheren Betrag aufwenden müsse. Der zweite Punkt betraf die generellen Beziehungen der Schweiz zur EU. Christian Wasserfallen und auch Forschungsminister Parmelin betonten im Rat, dass die Assoziierung an das Horizon-Paket nichts mit dem Rahmenabkommen zu tun habe. Für Angelika Kalt, Direktorin des SNF, war die Sache allerdings nicht so klar. Gemäss Kalt wäre es möglich, dass die EU die Verabschiedung des Rahmenabkommens voraussetzt, damit die Schweiz an Horizon teilnehmen könne.
In der Schlussabstimmung sprach sich der Nationalrat deutlich für die Zustimmung zum Horizon-Paket respektive zum Start der Verhandlungen des Bundesrates mit der EU aus. 138 Personen stimmten dafür, 49 Mitglieder der SVP stimmten dagegen, eine Person enthielt sich der Stimme (ebenfalls SVP).