Auch 2015 stand Bischof Vitus Huonder aufgrund seiner kirchlich-religiös geprägten Überzeugungen im Fokus der Medien. So verschaffte ihm die Rezitation aus dem Levitikus (3. Buch Mose), welche er im Rahmen des Forums "Freude am Glauben" am 31. Juli 2015 im deutschen Fulda wiedergegeben hatte, ungewollte – und in diesem Masse wahrscheinlich auch nicht erwartete – negative Aufmerksamkeit. Wie diverse Medien berichteten, darunter beispielsweise auch die NZZ (04.08.15), war der Stein des Anstosses folgendes Zitat: "Schläft einer mit einem Mann, wie man mit einer Frau schläft, dann haben sie eine Greueltat begangen. Beide werden mit dem Tod bestraft. Ihr Blut soll auf sie kommen." Der eigentliche Eklat in dieser Angelegenheit ergab sich aber aus der anschliessenden Erläuterung Huonders, dass diese Zitation genüge, um "der Frage der Homosexualität aus der Sicht des Glaubens die rechte Wende zu geben". Nebst solch verbalen Entgleisungen brachte der Bischof seine erzkonservativen Ansichten auch insbesondere durch Aussagen zur Geltung, welche seine ablehnende Haltung gegenüber alternativen Lebensformen – also nicht dem traditionell katholischen Bild der Ehe und Familie entsprechenden Lebensformen – aufzeigten. Unter anderem hob er die sexuelle Beziehung zweier Menschen aus dem privaten Raum heraus, da diese zur Glaubensbekundung gehöre und nicht etwa für die persönliche Unterhaltung da sei.
Huonders Äusserungen lösten weit über die Bevölkerung hinaus grosses Entsetzen aus. So reichte, nebst Privatpersonen aus dem Raum St. Gallen, der Dachverband der schwulen Männer in der Schweiz (Pink Cross) eine Strafanzeige wegen homophober Äusserungen ein, welche den Bischof für die öffentliche Aufforderung zu Verbrechen und Gewalttätigkeit belangen sollte. Bastian Baumann, Geschäftsführer von Pink Cross, sah in Huonders Aussage sogar einen Aufruf zur Wiedereinführung der Todesstrafe gegen Homosexuelle. Auch das kurz nach den Ereignissen ausgesprochene Bedauern des Bischofs änderte nichts an der Situation. Huonder verkündete in seiner Stellungnahme, dass seine getätigten Aussagen nicht so gemeint gewesen seien und dass er keineswegs Menschen mit homosexueller Orientierung hätte herabsetzen wollen; er sei in der Frage der Homosexualität ganz beim Katechismus der katholischen Kirche. Die Schweizer Bischofskonferenz (SBK) hielt sich indes mit Stellungnahmen zur Person Huonder zurück und begründete ihr Schweigen damit, dass sie grundsätzlich keine Äusserungen zu einzelnen Bischöfen vornehme. Sie betonte jedoch auch, dass sie in Bezug auf Homosexuelle dem Katechismus verbunden sei. Markus Büchel, Präsident der Schweizer Bischofskonferenz, hob in einem offenen Brief an die Gläubigen heraus, dass das Wohl einer Person insbesondere mit deren verantwortungsvollem Umgang mit der Sexualität einhergehe und dass diese als ein Gottesgeschenk anzunehmen sei. In diesem Sinne müsse sich die Kirche bewusst ihren Defiziten im historisch bedingten Umgang mit Homosexualität stellen.
Wesentlich kritischer fielen die Aussagen anderer Würdenträger aus dem geistlichen Umfeld aus. So warf der Sprecher der Pfarrei-Initiative, Kapuziner Willi Anderau, dem Bischof Versäumnisse in der adäquaten Interpretation der zitierten Ausschnitte vor. Die fundamentalistische Art der Bibelzitation wäre einem Laien noch nachzusehen gewesen, für einen studierten Theologen wie Bischof Huonder grenze diese Form der Anwendung aber schon an einen Skandal. Abt Urban Federer betonte, dass jede Person vor Gott die gleiche Würde habe. In diesem Sinne habe die aktuelle Debatte nichts mit dem von ihm persönlich empfundenen und wahrgenommenen Christentum zu tun. Das Problem hierbei liege in erster Linie an der Missdeutung der Vorzeichen; als Vertreter der Kirche stehe für ihn das Für-etwas-Sein im Vordergrund und nicht etwa das Dagegen-Sein, genau so, wie Gott auch für den Menschen alles gebe. Selbst Guiseppe Gracia, der Mediensprecher des Bischofs, meldete sich zu Wort und bekundete, dass sein Vorgesetzter mit solch gefährlichen Äusserungen eine Grenze überschritten habe. Generalvikar Josef Annen und Synodalratspräsident Benno Schnüriger sahen sich sogar genötigt, im Namen der Zürcher Katholiken ein Communiqué herauszugeben, in welchem sie sich bei den Homosexuellen, aber auch bei allen anderen von diesem Skandal betroffenen Personen entschuldigten. Sie distanzierten sich vom Bischof und betonten, dass es die Frage nach dem Glauben im Gespräch mit der Vernunft zu suchen gelte und hierzu gehöre in der heutigen Zeit eben auch die Wahrnehmung der Vielfalt in Bezug auf das Familienleben.
Die Welle der Empörung manifestierte sich – wie bereits zu Beginn des Jahres 2015 im Rahmen der Entlassungsbestrebungen gegen den Urner Pfarrer Wendelin Bucheli – in Rücktrittsaufforderungen aus der breiten Bevölkerung. Da die SBK aber keine Aufsichtsfunktion innehabe, könne die Abberufung von Bischof Huonder lediglich durch den Papst persönlich vorgenommen werden. Bischof Huonder müsste jedoch aufgrund des geltenden Kirchenrechts mit 75 Jahren, folglich bereits 2017, seinen Rücktritt beim Papst einreichen, weshalb man davon ausgehe, dass der Vatikan die Situation aussitzen werde. Dies könnte sich insofern bewähren, da Bischof Huonder trotz aller Geschehnisse noch immer Rückendeckung erhält, beispielsweise von Weihbischof Marian Eleganti oder der katholischen Volksbewegung "Pro Ecclesia". Zudem hatte die Staatsanwaltschaft in Bezug auf die Pink-Cross-Anzeige vermelden lassen, dass die Ermittlungen eingestellt würden; die getätigten Aussagen hätten keine den Tatbestand erfüllende Eindringlichkeit.

Als der Urner Pfarrer Wendelin Bucheli im Oktober 2014 in seiner Pfarreikirche in Bürglen einem lesbischen Paar seinen Segen aussprach, tat er das in der Auslegung seiner Pflichten als Seelsorger und in Ermessung seiner Verantwortung Gott gegenüber – jedoch nicht ahnend, dass seine Handlung bis in die obersten Kirchenkreise Wellen schlagen würde und massgeblichen Einfluss auf seine Kariere haben könnte.
Kurz nach Bekanntwerden der Segnung erhielt Bucheli eine Mitteilung aus dem Bistum Chur, in welcher er von Bischof Huonder aufgefordert wurde, seinen Posten in der Urner Gemeinde bis zum Sommer 2015 zu räumen. Der Bischof liess verkünden, dass er mit der Segnung einer homosexuellen Verbindung eine "Verunklärung" der kirchlichen Lehre von Ehe und Familie begangen habe und somit grosses Ärgernis und Aufruhr bei Gläubigen weit über die Landesgrenzen hinweg geschaffen habe. Im Sinne der katholischen Kirche hielt die Schweizerische Bischofskonferenz (SBK) fest, dass zwar homosexuelle Menschen gesegnet werden dürfen, nicht aber deren gemeinsame Verbindung. Da Bucheli sich diesem Verdikt aber widersetzt habe, sei seine weitere Tätigkeit in der Gemeinde Bürglen nicht mehr verantwortbar. In Absprache mit Bischof Charles Morerod (Bistum Lausanne-Genf-Freiburg) solle der Pfarrer nun demissionieren und in seine Weihestätte rückversetzt werden.
Peter Vorwerk (Sprecher der Pfarrei Bürglen), Markus Frösch (Gemeindepräsident) sowie weite Teile der Bevölkerung und des Kirchenrates konnten diese Kündigung aber nicht nachvollziehen. Die katholische Kirche sei als jene der Nächstenliebe zu betrachten, in welcher ein Pfarrer jeden Menschen auf seinem Lebensweg segnen könne. Zudem sei Pfarrer Bucheli in seiner Gemeinde sehr engagiert und trete allen Menschen offen gegenüber und akzeptiere sie so, wie sie seien. Um der Empörung und dem Unverständnis in der Bevölkerung Ausdruck zu verleihen, wurde eine Online-Petition lanciert ("Pfarrer Wendelin Bucheli muss in Bürglen bleiben"), welche innert kürzester Zeit über 40'000 Unterschriften verzeichnete – weit über die regionale Grenze hinweg. Bucheli selbst wollte seine Demissionierung – auch im Wissen um den Rückhalt in der Bevölkerung – nicht einfach hinnehmen und weigerte sich, sein Amt abzutreten mit der Begründung, dass er hier in Bürglen mit seiner Arbeit noch nicht fertig sei.
Das Bistum Chur, welches offensichtlich nicht mit soviel Widerstand gerechnet hatte, beauftrage im März 2015 seinen Generalvikar Martin Grichting in der Sache, gemeinsam mit Pfarrer Bucheli eine Lösung zu finden, welche im Einklang mit der Kirche stehe und sowohl der Pfarrei Bürglen als auch dem Pfarrer Bucheli dienlich sei.
Nach langen Gesprächen kamen schliesslich beide Parteien zu einer Übereinkunft. Bischof Huonder zog seine Bitte um Buchelis Demission zurück, nachdem ihm dieser zugesichert hatte, zukünftig weder öffentliche noch heimliche Segnungen gleichgeschlechtlicher Paare vorzunehmen und somit der Erklärung der Schweizer Bischofskonferenz vom 3. Oktober 2002 nachzukommen.

Bereits zu Jahresbeginn wurde Bischof Huonders Stellungnahme zur Pastoralumfrage publik. Darin äusserte sich der Churer Bischof ablehnend gegenüber dem Empfangen der Sakramente durch Homosexuelle und geschiedene Wiederverheiratete. Solche Personen könnten zwar bei der Kommunion vor den Priester treten, müssten dies aber als Zeichen ihrer "irregulären Situation" mit verschränkten Armen tun, und könnten anstelle der Hostie lediglich den Segen empfangen. Zwei Wochen später hatten bereits über 2700 Schweizer Katholiken in einem Appell ihre Unzufriedenheit mit Huonders erneut provozierender Stellungnahme ausgedrückt. Die Forderungen der Bistumsleitung seien beschämend und völlig inakzeptabel. Dass die kirchliche Basis geschiedenen Wiederverheirateten und Homosexuellen offener gegenüber steht, letzteren zumindest in der Tendenz, brachten denn auch die Ende Januar kommunizierten Ergebnisse der Pastoralumfrage zu Tage. Im März forderten kirchliche Basisorganisationen, darunter die Vertreter der Pfarrei-Initiative sowie die Jungwacht Blauring, unter Hauptinitiative des Schweizerischen Katholischen Frauenbundes (SKF) in einer Demonstration in St. Gallen die Abberufung von Bischof Huonder und dessen Generalvikar Martin Grichting. Unter dem Motto "Es reicht!" übergaben um die 2000 reformwillige Katholiken am 9. März Markus Büchel, dem Präsidenten der Schweizer Bischofskonferenz (SBK), ein entsprechendes Schreiben mit der Forderung nach einem dem Bischof übergeordneten Administrator, der für eine barmherzige und weltzugewandte Kirche einstehe und Diskriminierungen jeglicher Art weder verursache noch dulde. Als Auslöser für diese drastische Forderung nannten die Demonstranten nicht nur Huonders Stellungnahme zur Pastoralumfrage, sondern auch seine Aussagen zu Genderfragen am internationalen Tag der Menschenrechte 2013 oder etwa seine Befürwortung zur Volksinitiative "Abtreibungsfinanzierung ist Privatsache", entgegen dem vorangegangenem SBK-Beschluss auf Stimmfreigabe. Das Bistum vertrat die Ansicht, das eigentliche Problem der Initianten sei nicht die Person Vitus Huonder, sondern die Unvereinbarkeit gewisser Wertvorstellungen mit Teilen der kirchlichen Lehre. Huonder stand jedoch nicht ohne Unterstützung da: Der Bund junger Katholiken wollte den Bischof in einer am gleichen Tag stattfindenden Kundgebung unterstützen, was der Organisation jedoch von Bischof Huonder des kirchlichen Friedens Willen untersagt wurde. Durchgeführt wurde dann jedoch im Rahmen der Gebetsinitiative "Nein zum Krieg unter uns" ein Gottesdienst für Huonder mit 300 Gläubigen. Ein erstes klärendes Gespräch zwischen den reformwilligen Katholiken und der Churer Bistumsleitung fand im November statt, förderte jedoch noch keine sichtbare Annäherung der Parteien zutage.

Zur Vorbereitung einer im Herbst 2014 stattfindenden, durch den Papst berufenen ausserordentlichen Bischofssynode zum Thema "die pastoralen Herausforderungen der Familie im Kontext der Evangelisierung", legte die Schweizer Bischofskonferenz (SBK) Ende 2013 den Anhängern der katholischen Kirche in der Schweiz auf päpstliches Anraten eine Umfrage zu Partnerschafts-, Ehe- und Familienpastoral vor. Über 23'600 Personen nahmen an der Umfrage teil, wobei das Schweizerische Pastoralsoziologische Institut (SPI), welches die Umfrage auswertete, Anzeichen sah, dass die Stellungnehmenden überdurchschnittlich kirchentreu waren. Ferner stammten nur 9% der Antworten aus der frankophonen Schweiz. 80% der Teilnehmenden erachteten eine kirchliche Hochzeit für wichtig bis sehr wichtig; etwas über drei Viertel befürworteten jedoch ein probeweises Zusammenleben vor der Ehe. Der kirchlichen Lehre über die Familie stimmten etwas mehr als die Hälfte der Umfrageteilnehmer mehrheitlich bis ganz zu. Starke Differenzen zur katholischen Lehre zeigten sich darin, dass mehr als drei Viertel der teilnehmenden Personen angaben, künstliche Methoden der Schwangerschaftsverhütung natürlichen Verhütungsmethoden vorzuziehen. Ebenfalls vertraten 90% die von der kirchlichen Linie abweichende Haltung, dass geschiedene Wiederverheiratete von der Kirche anerkannt und gesegnet werden sollten. Im Unterschied zur Frage der Wiederverheirateten fand sich bei der Frage betreffend Empfangen der Sakramente durch gleichgeschlechtliche Paare kein Konsens; vielmehr zeigte sich hier eine Polarisierung: Während 40% der Stellungnehmenden die kirchliche Anerkennung und Segnung für diese Personengruppe klar befürworteten, standen ihr ein Viertel der Befragten ebenso klar entgegen.
Die Ergebnisse der ausserordentlichen Bischofssynode in Rom waren hingegen weniger progressiv: Zwar wurde über die Zulassung wiederverheirateter Geschiedener zur Kommunion diskutiert und das Anliegen mit absoluter Mehrheit befürwortet, das erforderliche qualifizierte Mehr konnte jedoch nicht erzielt werden. Ebenso erging es der Forderung, "ungerechte Diskriminierungen" von Menschen mit homosexueller Veranlagung seien zu verbieten. Auch das Verbot der künstlichen Empfängnisverhütung wurde nicht angetastet.

Den Tag der internationalen Menschenrechte vom 10. Dezember wurde auch von Kirchenvertretern zur Verbreitung ihrer Positionen genutzt. Während Bischof Huonder bereits im Vorjahr in einem Hirtenbrief geltend gemacht hatte, geschiedene Wiederverheiratete seien von den Sakramenten auszuschliessen, denunzierte er im aktuellen Jahr als „Wort zum Tag der Menschenrechte“ den Genderismus und gleichgeschlechtliche Paarbeziehungen. Unter anderem kritisierte Huonder die laufenden Bemühungen zur Ermöglichung von Adoption durch gleichgeschlechtliche Paare; eine solche „zerstöre die Grundlage einer gesunden psychischen Entwicklung“ der adoptierten Kinder. Dass gerade am Tag der Menschenrechte ein Geistlicher solch diskriminierende Äusserungen verlauten liess, verurteilte die Interessengruppe für eine vernünftige Sexualkunde aufs Schärfste. Die SBK, der Evangelische Kirchenbund und die Christkatholische Kirche lancierten ihrerseits zum Tag der Menschenrechte eine Petition, die den Bundesrat zur verstärkten Unterstützung bedrohter Christen und zur Erhöhung der finanziellen Mittel für die Förderung des interreligiösen Friedens aufforderte.

In Zusammenhang mit den Diskussionen um die Legalisierung gleichgeschlechtlicher Partnerschaften kritisierte der Basler Bischof Kurt Koch in einem Interview die Haltung der CVP; es gehe nicht an, das C im Namen zu tragen und gleichzeitig die Meinung zu vertreten, der Glaube sei eine Privatsache und habe mit Politik nichts zu tun. Auch die Wirtschaftspolitik der CVP fand der katholische Würdenträger als zu neoliberal, um mit den christlichen Grundwerten vereinbar zu sein. Die Parteileitung der CVP distanzierte sich umgehend von der bischöflichen Rüge. Der Bischof setze das Christentum mit den Überzeugungen der römisch-katholischen Kirche gleich. Diese Verkürzung sei falsch. In der CVP politisierten nämlich Christen katholischer und protestantischer Herkunft. Die Kirche könne und solle ihre Rolle in der Gesellschaft übernehmen und ihre Ansichten in die Diskussion einbringen. Das dürfe aber nicht mit einer Weisungsgebundenheit christlicher Politiker gleichgesetzt werden. Die CVP fühle sich an keine Direktiven weder aus Rom noch aus dem Bistum Basel gebunden.