Am 25. Oktober stimmten die Delegierten der Liberalen in Bern der Fusion mit den Freisinnigen mit 49 zu 8 Stimmen bei einer Enthaltung zu. Der Fusionsvertrag soll im Februar 2009 besiegelt werden und rückwirkend auf den 1. Januar 2009 in Kraft treten. Die Delegierten aus Basel-Stadt lehnten (mit Ausnahme von Christine Wirz, die als Vizepräsidentin der LP Schweiz an der Vorbereitung der Fusion beteiligt war) die Fusion ab. Der Basler Regierungsrat Christoph Eymann (lp) bezeichnete diese als von oben aufoktroyiert. Das Ziel sei bloss der Machterhalt, es gebe keine inhaltliche Zielsetzung. Die Basler Liberalen kündigten an, im Januar 2009 über den Verbleib in der neuen nationalen Partei zu befinden.

An einer Delegiertenversammlung Mitte März wurde der Genfer Soziologieprofessor Pierre Weiss zum neuen Präsidenten der Liberalen Partei gewählt. Er übernahm das Amt von Claude Ruey. Aufgrund der geplanten Fusion der Liberalen Partei mit den Freisinnigen war bereits bekannt, dass Weiss der letzte Präsident der Liberalen in ihrer bisherigen Form sein würde. In das Vizepräsidium wurden neben der Bisherigen Christine Wirz (BS) neu Chantal Balet (VS) und Serge Beck (VD) gewählt. Der abtretende Claude Ruey richtete einen flammenden Appell zugunsten der Fusion von Liberalen und Freisinnigen an die Partei. Die Delegierten lehnten die SVP-Einbürgerungsinitiative und die Initiative „für Volkssouveränität statt Behördenpropaganda“ ab.