Früh distanzierte sich die GP von der Ecopop-Initiative. Diese sei keine Umwelt-, sondern eine Abschottungsinitiative. Um gegen das Begehren anzutreten, lancierten die Grünen einen Tag nach dem Ja zur Masseneinwanderungsinitiative ein Bündnis für eine offene Schweiz, mit dem man gegen Ecopop ankämpfen wollte. Zahlreiche Vertreterinnen und Vertreter der Grünen distanzierten sich von Ecopop. Damit wollte man auch für die Basis ein Zeichen setzen, die sich – so die Befürchtung – durchaus Gedanken über die Umweltbelastung aufgrund von Zuwanderung macht. Dies war ein Argument, das auch als ein möglicher Grund für das Ja bei der Masseneinwanderungsinitiative betrachtet worden war. Anfang Dezember – kurz nach dem Nein zur Ecopop-Initiative – forderten die jungen Grünen des Kantons Aargau den Ausschluss des Ecopop-Geschäftsführers Andreas Thommen aus der GP.