Die EDU hatte in der 48. Legislatur (2007–2011) mit zahlreichen Änderungen zu kämpfen. Den 2003 eroberten Sitz aus Zürich hatte man 2007 verloren und sich in der Folge der SVP-Fraktion angeschlossen. Christian Waber (BE) war allerdings 2008 aus Protest gegen den „Gang in die Opposition“ der SVP wieder aus der Fraktion ausgetreten. Der 2009 für ihn nachrückende Andreas Brönnimann (BE) wurde heftig von der BDP umworben, trat dann aber in die SVP-Fraktion ein. Das Ziel einer Steigerung des Wähleranteils und der Eroberung von insgesamt drei Sitzen bei den nationalen Wahlen verfehlte die EDU deutlich. Sie konnte ihren gesamtschweizerischen Wähleranteil zwar halten (1.3%) – die Union war neben Zürich und Bern auch in den Kantonen Freiburg, Solothurn, Basel-Stadt, Schaffhausen, St. Gallen, Graubünden, Aargau, Thurgau und Waadt angetreten – verlor aber mit der Abwahl des auch als Ständerat kandidierenden Berners Andreas Brönnimann ihren einzigen Sitz im Parlament. Die EDU war damit nach 20-jähriger Zugehörigkeit nicht mehr in der grossen Kammer vertreten. Zwischen 1991 und 2007 hatte sie immer einen Vertreter aus dem Kanton Bern und von 2003 bis 2007 zusätzlich einen Nationalrat aus dem Kanton Zürich gestellt. Neben Brönnimann kandidierten auch Daniel Wittwer (TG) und Maximilien Bernhard (VD) erfolglos für den Ständerat.

Markus Wäfler (ZH) wurde im Oktober aus dem Nationalrat abgewählt und Christian Waber (BE) blieb damit der einzige EDU-Vertreter im Parlament. Der Stimmenanteil der EDU lag wie 2003 bei 1,3%. Waber schloss sich zunächst der SVP-Fraktion an, trat aber wieder aus dieser aus, als die SVP ihren Oppositionskurs beschloss. Er erklärte, er könne aufgrund des Oppositionskurses in der SVP-Fraktion seine eigene Meinung nicht mehr vertreten.

Im Nationalrat ist die EDU weiterhin mit ihrem Präsidenten Christian Waber (BE) vertreten.