Da das Parlament im Vorjahr bei der Revision des Tierschutzgesetzes die Einführung von Tierschutzanwälten abgelehnt hatte, lancierte der Schweizer Tierschutz im Januar eine entsprechende Volksinitiative.

Analog zu den Gewerkschaften drohten auch die Umweltschutzverbände und der VCS mit einem Referendum, falls die Auswirkungen der bilateralen Verträge mit der EU nicht mit begleitenden Massnahmen (in diesem Fall zum Landverkehrsabkommen) gemildert würden. Nachdem das Parlament diesen Forderungen durch zusätzliche Finanzspritzen für den Bahngütertransport wenigstens teilweise entsprochen hatte, verzichteten sie auf ein Referendum.

Der 1910 gegründete und rund 100'000 Mitglieder zählende Schweizerische Naturschutzbund (SNB) taufte sich im Berichtsjahr in «Pro Natura» um. Hinter der im Dezember 1996 beschlossenen Namensänderung standen primär marketingstrategische Überlegungen, insbesondere der Wunsch, mit einem einprägsamen und in allen Sprachgebieten identischen Namen aufzutreten.

Im rund 120'000 Mitglieder zählenden Schweizerischen Tierschutz (STS) eskalierten die seit einiger Zeit anhaltenden internen Konflikte. Eine rund 5'000 Mitglieder umfassende Unterorganisation («Pro Tier») trat aus, fünfzehn Sektionen des STS gründeten eine «Konferenz der kritischen Sektionen». Ihre Kritik richtete sich gegen die Verbandsführung, welcher sie undurchsichtiges Finanzgebaren und undemokratischen Führungsstil vorwarfen. An der Delegiertenversammlung vom 18. Oktober blieben die kritischen Sektionen jedoch deutlich in der Minderheit. Nachdem ihre Kandidaten bei der Vorstandswahl mit 125:49 Stimmen unterlegen waren und zudem die Delegierten zwei Sektionen auf Antrag der Verbandsleitung aus dem STS ausgeschlossen hatten, verliessen die oppositionellen Delegierten den Saal. Der Grund für den Ausschluss der beiden Sektionen (Thurgau und Weinfelden) lag in ihrer Weigerung, ihren gemeinsamen Präsidenten wegen verbandsschädigendem Querulantentum abzuwählen.

Bei den Umweltschutzorganisationen löste der EWR-Vertrag sehr unterschiedliche Stellungnahmen aus. Es waren sich zwar alle einig, dass der EWR von der Schweiz eine Abschwächung gewisser Umweltschutzbestimmungen verlangt, und dass sowohl dieser Vertrag als auch die generelle Zielrichtung der EG-Politik ein weiteres Wirtschafts- und Verkehrswachstum begünstigen und entsprechend negative Konsequenzen für die Umwelt haben werden. Auf der anderen Seite wurde aber auch von vielen geltend gemacht, dass die Umweltzerstörung schlussendlich auf internationaler Ebene bekämpft werden muss, und deshalb ein aktives Mitmachen der Schweiz und der anderen umweltpolitisch fortschrittlichen Staaten der EFTA bei der europäischen Integration für die ökologische Situation des Kontinents positiv wäre.
Der Bund für Naturschutz empfahl ein Nein zum EWR, der WWF, der VCS und die Naturfreunde enthielten sich der Stimme und die an Mitgliedern kleinste Organisation, die Schweizerische Gesellschaft für Umweltschutz, entschied sich für ein Ja.

Die Enthüllungen der parlamentarischen Untersuchungskommissionen in den Bereichen Staatsschutz und Geheimdienste zeitigten aber auch in anderen Organisationen Auswirkungen. Der langjährige Präsident der Schweizerischen Gesellschaft für Umweltschutz (SGU), Bernhard Wehrli, trat von diesem Amt zurück, nachdem seine Beratertätigkeit für den geheimen Ausland-Nachrichtendienst P27 des EMD bekannt geworden war. Obwohl der SGU-Vorstand ihm das volle Vertrauen aussprach, entschloss er sich zu diesem Schritt, um die SGU vor einem allfälligen Vertrauensverlust zu bewahren.

Die der Politik der EG skeptisch bis ablehnend gegenüberstehenden schweizerischen Umweltschutzorganisationen bemühten sich um eine bessere Zusammenarbeit in europapolitischen Fragen sowohl untereinander als auch mit verwandten ausländischen Gruppierungen. Der ökologisch ausgerichtete Verkehrsclub der Schweiz (VCS) gründete gemeinsam mit den Schwesterverbänden der BRD und Österreichs sowie mit Organisationen aus sechs weiteren Ländern einen europäischen Dachverband mit dem Namen «Europäischer Verband für Verkehr und Umwelt». Die fünf wichtigsten Organisationen des schweizerischen Umweltschutzes gründeten ein gemeinsames «Sekretariat für Europakoordination». Dieses soll einerseits die eigenen Entscheidungsprozesse zur Europapolitik vorbereiten und koordinieren, andererseits aber auch den Kontakt zu den Behörden der Schweiz und der EG pflegen.