In der Sondersession im Mai 2022 behandelte der Nationalrat die neuste Mehrwertsteuerrevision, ein «Sammelsurium von Massnahmen» (Schneeberger), die grösstenteils auf eine Vereinfachung der Mehrwertsteuer abzielten. Daniela Schneeberger (fdp, BL) und Céline Amaudruz (svp, GE) stellten dem Rat die Vorlage im Namen der WAK-NR vor. Die Hauptpunkte der Revision waren in der Eintretensdebatte kaum umstritten, die Fraktionen zeigten sich aber dennoch wenig begeistert von der Revision: «Zu dieser Mehrwertsteuergesetzrevision haben Sie sich nicht mit grosser Begeisterung geäussert», merkte denn auch Finanzminister Maurer an. Er wies jedoch allfällige Kritik an der Vorlage gleich zu Beginn ans Parlament zurück: Der Bundesrat habe neben minimalen, unumstrittenen Vereinfachungen lediglich vom Parlament überwiesene Vorstösse umgesetzt.
Der Nationalrat schuf nur wenige vom bundesrätlichen Entwurf abweichende Regelungen: Unter anderem verlangte die Regierung aufgrund der Motionen Stöckli (sp, BE; Mo. 18.4194) und von Siebenthal (svp, BE; Mo. 18.4363), im Ausland bewirkte Leistungen der Reisebüros von der Mehrwertsteuer auszunehmen. Damit solle «die administrative Hürde für ausländische Reisebüros» gesenkt und der Schweizer Tourismus gefördert werden, erklärte Schneeberger. Die Kommissionsmehrheit beantragte jedoch erfolgreich die Ablehnung der neuen Regelung, um eine Benachteiligung der Schweizer Reisebüros zu verhindern. Eine Minderheit Aeschi (svp, ZG) hatte hier überdies die Leistungen von Wiederverkäufern im Tourismusbereich von der Mehrwertsteuer ausnehmen wollen, fand damit aber keine Mehrheit.
Auch bei den Bereichen, die von der Mehrwertsteuer ausgenommen werden sollen, setzte sich die Kommissionsmehrheit gegen den Bundesrat durch. Sie wollte neben den bereits betroffenen Gesundheitseinrichtungen und neu auszunehmenden Leistungen der koordinierten Versorgung (Motion Humbel: mitte, AG; Mo. 19.3892) auch Leistungen von Tageskliniken und Ambulatorien von der Mehrwertsteuer befreien. Zudem sollte auch das Anbieten von Anlagegruppen von Anlagestiftungen gemäss BVG zukünftig nicht mehr der Mehrwertsteuer unterliegen. Stillschweigend wurden beide Änderungen angenommen, erstere gegen einen Minderheitsantrag Birrer-Heimo (sp, LU).
Des Weiteren schlug die Kommissionsmehrheit vor, dass Steuerpflichtige mit steuerbaren Leistungen unter CHF 250'000 und ohne Wohn- und Geschäftssitz in der Schweiz ihre Leistungen zukünftig direkt mit der ESTV abrechnen können und nicht wie bisher eine Vertreterin oder einen Vertreter bestimmen müssen. Eine Minderheit Marti (sp, BL) sowie Bundesrat Maurer wollten den diesbezüglichen Status quo verteidigen: Diese Vertretenden dienten der Kommunikation mit den Steuerpflichtigen und seien nötig, weil amtliche Dokumente nur im Inland zugestellt werden dürfen. Allerdings folgte der Nationalrat seiner Kommissionsmehrheit.
Ansonsten wurden zwar zahlreiche Minderheitsanträge diskutiert, von denen blieb jedoch der Grossteil erfolglos. So schuf der Nationalrat zum Beispiel wie vom Bundesrat vorgeschlagen die Plattformbesteuerung der Versandhandelsplattformen, wie sie in der Motion Vonlanthen (damals noch cvp, FR; 18.3540) gefordert worden war. Da deren Zahl geringer sei als diejenige der Verkäuferinnen und Verkäufer, könnten die Lieferungen besser zugeordnet und identifiziert werden, erklärte Daniela Schneeberger für die Kommission. Diese Änderung stiess denn auch nicht auf Widerstand. Vier Minderheitsanträge Aeschi verlangten jedoch eine Präzisierung der Regelungen, um eine Ungleichbehandlung der verschiedenen Plattformen sowie der schweizerischen gegenüber den ausländischen Plattformen zu verhindern. Finanzminister Maurer empfahl diese Anträge zur Ablehnung, zumal die vom Bundesrat vorgeschlagene Regelung «sehr komplex» sei und bei Änderungen «vieles aus dem Lot» geraten könne. Die Minderheitsanträge wurden in der Folge verworfen. Ergänzend definierte der Nationalrat auf Antrag seiner Kommission den Begriff «elektronische Plattform».
Ein weiterer umstrittener Aspekt betraf die Besteuerung der Emissionsrechte. Gemäss Kommissionssprecherin Schneeberger hatte das Bundesgericht in einem Urteil entschieden, dass der Emissionshandel zu besteuern sei, um Missbrauch zu verhindern. Daher habe der Bundesrat eine «generelle Bezugsteuerpflicht [unter anderem] bei der Übertragung von Emissionsrechten» geschaffen. Diesem Vorschlag wollte die Kommissionsmehrheit folgen, während eine Minderheit Aeschi den Handel mit CO2-Emissionsrechten von der Mehrwertsteuer ausnehmen wollte: Die CO2-Zertifikate seien Lenkungsabgaben. Da mit diesen kein Mehrwert geschaffen werde, müssten sie auch nicht der Mehrwertsteuer unterstellt werden, argumentierte Thomas Burgherr (svp, AG), der zudem einen weiteren Minderheitsantrag zu dieser Frage stellte. Finanzminister Maurer wehrte sich gegen diese Einschätzung und erachtete den Kauf von Emissionszertifikaten als «klar definierte Leistung». Auch diese Minderheitsanträge fanden im Nationalrat keine Mehrheit.
Diskussionen gab es auch um die zukünftige Möglichkeit für ein Gemeinwesen, «von ihm ausgerichtete Mittel gegenüber dem Empfänger oder der Empfängerin ausdrücklich als Subvention oder anderen öffentlich-rechtlichen Beitrag» zu definieren – sofern die entsprechenden Rahmenbedingungen erfüllt sind. Dies hatte eine Motion der WAK-SR (Mo. 16.3431) gefordert. So stelle sich «immer die Frage, was eine Subvention» sei, betonte der Finanzminister. Dadurch, dass die Gemeinwesen dies zukünftig festlegen könnten, schaffe man in dieser Frage Klarheit. Dies bestritt jedoch eine Minderheit Aeschi, die bezweifelte, dass die ESTV später entsprechende Klassifizierungen akzeptieren werde. Wiederum folgte der Nationalrat der Kommissionsmehrheit.
Diskutiert wurde auch über die Frage, welche Güter zum reduzierten Satz besteuert werden sollen. Der Bundesrat hatte diesbezüglich eine Änderung bei den Artikeln der Monatshygiene beantragt, wie sie in der angenommenen Motion Maire (sp, NE; Mo. 18.4205) verlangt worden war. Eine Minderheit I Schneeberger wollte auf die Schaffung dieser zusätzlichen Ausnahme verzichten, während eine Minderheit II Gigon (gp, VD) sie um Windeln und Einlagen gegen Inkontinenz ergänzen wollte. Beide Anträge blieben erfolglos, der Nationalrat blieb beim bundesrätlichen Vorschlag. Erfolglos blieb überdies auch eine Minderheit Friedli (svp, SG) zur Unterstellung der Beherbergungsleistungen unter den reduzierten Satz anstelle des Sondersatzes.
Insgesamt war in der Beratung lediglich ein Minderheitsantrag erfolgreich, nämlich derjenige von Markus Ritter (mitte, SG) zur Beschränkung des Vorsteuerabzugs auf die vom Vorsteuerabzug berechtigten Tätigkeiten. Heute gebe es beim Erwerb von qualifizierten Beteiligungen einen Vorsteueranspruch «im Rahmen der zum Vorsteuerabzug berechtigten unternehmerischen Tätigkeiten». Auf zusätzlichen anderen Tätigkeiten sei jedoch kein solcher Abzug möglich. Durch einen Änderungsvorschlag der Kommissionsmehrheit entstünde jedoch neu auch auf Letzteren ein Vorsteueranspruch, was nicht gerechtfertigt sei. Mit 105 zu 77 Stimmen (bei 1 Enthaltung) folgte der Nationalrat Ritter in dieser sehr technischen Frage. Die SVP- und die FDP.Liberale-Fraktion hatten die Version der Kommissionsmehrheit bevorzugt.
Stillschweigend hiess die grosse Kammer unter anderem in Übereinstimmung mit einer weiteren Motion Page (Mo. 17.3657) die Ausnahme der für eine Teilnahme an kulturelle Anlässe verlangten Entgelte von der Mehrwertsteuer gut. Unbestritten war auch die Schaffung einer Mithaftung für Mitglieder der geschäftsführenden Organe bei Serien-Konkursen. Auch die jährliche Abrechnungsmöglichkeit für die Mehrwertsteuer stiess im Nationalrat nicht auf Widerstand.
In der Gesamtabstimmung hiess der Nationalrat diese thematisch breite Mehrwertsteuerrevision mit 129 zu 53 Stimmen (bei 1 Enthaltung) gut. Sowohl die ablehnenden Stimmen als auch die Enthaltung stammten von Mitgliedern der SVP-Fraktion. Zudem nahm der Nationalrat auch die Petitionen von Campax mit dem Titel «Bloody unfair - runter mit der Tampon-Steuer!» (Pet. 19.2017) und von der Jugendsession 2017 zur «Überarbeitung der Mehrwertsteuer zu Gunsten der AHV» (Pet. 18.2006) zur Kenntnis.

In der Frühjahrssession startete der Nationalrat das Differenzbereinigungsverfahren zum Bundesgesetz über elektronische Verfahren im Steuerbereich. Von drei offenen Differenzen bereinigte er zwei: Stillschweigend bestätigte die grosse Kammer die Befähigung für den Bundesrat, die elektronische Durchführung von Verfahren bei den indirekten Steuern vorschreiben zu können. In der ersten Beratungsrunde hatte sich der Nationalrat dagegen gewehrt und ein freiwilliges, durch Anreize gefördertes vermehrt elektronisches Steuerverfahren bevorzugt. Nun pflichtete er jedoch dem Ständerat ohne Gegenantrag bei. Auch bei der Pflicht der Kantone, einheitliche Formulare und Datenformate für die Steuererklärung zu verlangen, stimmte der Nationalrat dem Vorschlag seines Schwesterrats zu. Der Bundesrat wollte eine solche Pflicht vollständig streichen, der Nationalrat wollte anfänglich sowohl Formulare als auch Datenformate vereinheitlichen, um den administrativen Aufwand zu verringern. Der Ständerat hatte sich jedoch für einen Vorschlag der Kantone entschieden, gemäss dem Datenformate, nicht aber Formulare zu vereinheitlichen seien. Diesem Vorschlag pflichtete nun auch der Nationalrat bei.
Offen blieb hingegen die Differenz bezüglich der Pflicht für die Kantone, elektronische Verfahren anzubieten. Der Nationalrat hatte in der ersten Behandlungsrunde eine solche Pflicht vorgeschlagen und nun daran festgehalten, obwohl sich die Kantonskammer dagegen ausgesprochen hatte. Mit 135 zu 51 Stimmen folgte der Nationalrat der Kommissionsmehrheit und lehnte somit einen Minderheitsantrag Aeschi (svp, ZG), der mit Verweis auf die unterschiedlichen Geschwindigkeiten und technologischen Möglichkeiten der einzelnen Kantone auf diese Pflicht verzichten wollte, ab. Einzig die geschlossen stimmende SVP-Fraktion war dem Antrag von Aeschi gefolgt.

In der Herbstsession 2020 behandelte der Nationalrat das Bundesgesetz über elektronische Verfahren im Steuerbereich. Die SGK-NR hatte in ihrer Vorberatung zwei weitreichende Änderungen der Vorlage vorgenommen: Hatte der Bundesrat die elektronische Durchführung von Steuerverfahren unter anderem bei der direkten Bundessteuer noch als Möglichkeit formuliert, wollte die Kommission die Kantone zur Einführung einer solchen Möglichkeit verpflichten. Dies stellte denn auch den Grund für den Nichteintretensantrag Amaudruz (svp, GE) dar: Es sei nicht richtig, Digitalisierung zu erzwingen; die Steuerzahlenden sowie die Kantone müssten die Wahlfreiheit haben, betonte die Minderheitensprecherin. Bundesrat Maurer warb für die bundesrätliche Kann-Formulierung: Der Bundesrat nehme regelmässig an der Finanzdirektorenkonferenz statt und tausche sich mit der Konferenz der kantonalen Steuerdirektoren aus, er werde also die Kantone nicht gegen ihren Willen zu der entsprechenden Umsetzung verpflichten. Sowohl in der Eintretensabstimmung (148 zu 45 Stimmen) als auch in der Detailabstimmung (139 zu 54 Stimmen) stellte sich der Rat gegen die SVP-Fraktion und hinter die Formulierung der Kommission.
Während der bundesrätliche Vorschlag der Kommission in diesem ersten Punkt nicht weit genug ging, ging er ihr in einem weiteren Punkt hingegen zu weit, nämlich in der Frage, ob der Bundesrat die elektronische Durchführung von Verfahren, die in seiner Zuständigkeit liegen – also bei der Mehrwertsteuer, der Stempelabgabe, beim AIA, der Amtshilfe und der Verrechnungssteuer –, vorschreiben können solle. Diese Kompetenz wollte die Kommission aus der Vorlage streichen, was bei einer Minderheit Rytz (gp, BE) auf Widerstand stiess. Man solle hier nicht die Möglichkeit schaffen, dass sich einzelne Unternehmen der elektronischen Durchführung entziehen könnten, argumentierte Rytz. Der Finanzminister verteidigte die Möglichkeit des Bundesrates, die Unternehmen zur Umstellung verpflichten zu können, da sonst in zwei, drei Jahren eine solche Formulierung neu ins Gesetz eingefügt werden müsste, wenn eine solche Verpflichtung dann doch erwünscht sein sollte. Wiederum folgte der Rat dem Vorschlag der Kommissionsmehrheit und lehnte den Minderheitsantrag Rytz mit 111 zu 81 Stimmen (bei 1 Enthaltung) ab. Den Minderheitsantrag unterstützten SP, Grüne und Grünliberale.
Überdies lagen zwei weitere Minderheitsanträge vor: Eine weitere Minderheit Amaudruz forderte den Verzicht auf einheitliche Formulare, welche die Kommission wieder hinzugefügt hatte, nachdem sie der Bundesrat nach der Vernehmlassung gestrichen hatte. Mit 139 zu 53 Stimmen fand auch dieser Vorschlag ausserhalb der Reihen der SVP-Fraktion keine Zustimmung. Des Weiteren forderte eine Minderheit Aeschi (svp, ZG) den Verzicht auf die systematische Nutzung der AHV-Nummern durch die ESTV, welche neu erlaubt werden sollte. Die Gefahr des Datendiebstahls sei zu hoch, wenn die AHV-Nummer überall verwendet werde, betonte er. Finanzminister Maurer konterte hingegen, dass es gerade bei Rentenauszahlungen am sichersten sei, wenn die ESTV dieselbe Identifikationsnummer verwende wie die AHV-Ausgleichskassen. «Denken Sie an die hundert Hans Müller», forderte er. Wiederum folgte der Rat mit 139 zu 53 Stimmen der Kommissionsmehrheit. Abschliessend stimmte der Nationalrat der geänderten Vorlage mit 148 zu 45 Stimmen zu, abgelehnt wurde sie von einer Mehrheit der SVP-Fraktion.

In der Sommersession 2016 ging die Beratung der Teilrevision des Mehrwertsteuergesetzes in die zweite Parlamentsrunde. In der ersten Lesung hatten National- und Ständerat die Stossrichtung der Teilrevision gutgeheissen, waren sich aber nicht in allen Punkten einig geworden. Dies änderte sich auch in der zweiten Lesung nicht. Grund dafür war die knappe Annahme (93 zu 90 Stimmen bei 5 Enthaltungen) zweier gleichlautender Einzelanträge Aeschi (svp, ZG) und Bigler (fdp, ZH) im Nationalrat, die eine Praxisänderung beim Vorsteuerabzug forderten und diesen auch bei Leistungen gewähren wollten, die von der Mehrwertsteuer ausgenommen sind. Dadurch könnten beispielsweise Bauherren die Vorsteuer geltend machen und müssten diese erst beim Verkauf oder der Vermietung des Wohnhauses wieder zurückzahlen. Finanzminister Maurer fand wenig Gefallen an diesem Vorschlag, da der Staat dadurch "eine Art Bank" spielen müsse. Die einmaligen Mindereinnahmen schätzte Maurer auf rund CHF 1 Mrd. Für den Antrag hatten im Nationalrat SVP, FDP und BDP gestimmt. Ohne Chance blieb dieser Anpassungsvorschlag dafür im Ständerat. Auf Anraten ihrer Wirtschaftskommission (WAK-SR) stellte sich die kleine Kammer oppositionslos auf die Seite des Bundesrates. Dafür schloss sich die kleine Kammer bei der Frage über die Besteuerung von Subventionen und Leistungen zwischen Gemeinwesen und im Bereich der steuerfreien Grundstückkäufe dem Nationalrat an. Erstere sei, so Kommissionssprecher Schmid (fdp, GR), noch nicht entscheidungsreif und bei Letzterem könne die bisherige Praxis bestätigt werden, auch wenn man sie nicht festschreibe.