In der Frühjahrssession 2023 begann der Ständerat die Beratung der Mehrwertsteuerrevision. Die WAK-SR beantragte dabei zahlreiche Differenzen gegenüber der nationalrätlichen Version. Zu Beginn der Debatte stellte Kommissionssprecher Ettlin (mitte, OW) klar, dass sich die WAK-SR gegen die diskutierte Ausweitung der Plattformbesteuerung auf elektronische Dienstleistungen ausgesprochen habe. Stattdessen habe man eine Motion eingereicht, um die Auswirkungen einer solchen ausführlich klären zu können.

Die meisten Aspekte der Vorlage hiess der Ständerat als Zweitrat stillschweigend gut, etwa die Unterstellung der Produkte der Monatshygiene (z.B. Tampons und Binden) unter den reduzierten Mehrwertsteuersatz von 2.5 Prozent statt wie bisher 7.7 Prozent (gemäss der Motion Maire: sp, NE; Mo. 18.4205), die Schaffung der neuen Plattformbesteuerung (gemäss der Motion Vonlanthen: damals cvp, FR; Mo. 18.3540) oder die Gleichstellung von Sport- und Kulturvereinen bei der Mehrwertsteuer (gemäss der Motion Page: svp, FR; Mo. 17.3657).

Abweichungen gegenüber dem Nationalrat schuf die kleine Kammer jeweils auf Antrag ihrer Kommission – der sie in allen Anträgen folgte –, beispielsweise bei der Behandlung von gewinnorientierten Anbietenden im Gesundheitsbereich. In mehreren Punkten war der Nationalrat zuvor von der bisherigen Regelung, wonach lediglich nicht gewinnorientierte Unternehmen von der Mehrwertsteuer ausgenommen werden können, abgewichen. So hatte er etwa auch den Belegärzten in Ambulatorien oder Tageskliniken erlaubt, ihre Leistungen ohne Mehrwertsteuer abzurechnen, obwohl diese Gewinne erzielen können. Die Kommissionsmehrheit befürwortete es diesbezüglich hingegen, bei dem Prinzip zu bleiben, wonach alles, «was Gewinn abwirft, [...] auch der Mehrwertsteuerpflicht unterliegen» soll, wie es Kommissionssprecher Ettlin formulierte. Hingegen wich die Kommissionsmehrheit selbst von dieser Regelung ab, als sie beantragte, dass nicht mehr nur wie bisher die gemeinnützigen Organisationen der Krankenpflege (konkret die öffentliche Spitex) Betreuungs- und Begleitungsleistungen mehrwertsteuerbefreit anbieten können sollten, sondern auch die gewinnorientierten. Sie begründete diesen Entscheid damit, dass es keinen Sinn mache, dieselben Leistungen je nach Anbietenden unterschiedlich zu besteuern. Eine Minderheit Sommaruga (sp, GE) lehnte den Bruch mit dem bisherigen Konzept ab und beantragte die Streichung dieser Neuerung. Finanzministerin Keller-Sutter ergänzte, dass damit nur eine neue Ungleichbehandlung geschaffen werde, zum Beispiel gegenüber allen anderen Unternehmen, die Reinigungsleistungen anbieten, aber keine Spitex-Organisation darstellten. Mit 20 zu 18 Stimmen folgte der Ständerat jedoch seiner Kommissionsmehrheit.
Hingegen sträubten sich die Kommissionsmehrheit sowie die kleine Kammer gegen weitere, vom Nationalrat vorgesehene Ausweitungen der Ausnahmen von der Mehrwertsteuer im Gesundheitsbereich. So lehnte der Ständerat etwa eine allgemeine Ausnahme des Zurverfügungstellens von Personal zur Krankenbehandlung oder Sozialhilfe von der Mehrwertsteuer ab – bisher war eine solche Ausnahme nur religiösen oder weltanschaulichen, nicht-gewinnorientierten Einrichtungen möglich gewesen. Auch eine Ausdehnung der Ausnahmen auf alle Leistungen der koordinierten Vorsorge – auch auf die vom Bundesrat ausgenommenen administrativen Leistungen – hiess die Mehrheit der WAK-SR nicht gut.

Differenzen schuf der Ständerat auf Antrag seiner Kommission auch in anderen Themenbereichen. Bei der Umsetzung der Motionen Stöckli (sp, BE; Mo. 18.4194) und von Siebenthal (svp, BE; Mo. 18.4363) für eine Ausnahme von ausländischen Touranbietern von der Schweizer Mehrwertsteuer etwa hatte der Bundesrat vorgeschlagen, dass Dienstleistungen von Reisebüros am Ort der wirtschaftlichen Tätigkeit der Reisebüros besteuert werden sollen. Dies sollte sicherstellen, dass ausländische Reisebüros auch weiterhin Reisen in die Schweiz anbieten, der Nationalrat hatte die neue Regelung jedoch gestrichen, da sie die Schweizer Reiseanbietenden benachteiligen würde. Die WAK-SR schlug stattdessen erfolgreich vor, die Ungleichbehandlung zu beheben, indem auch die Schweizer Anbietenden von der Mehrwertsteuer befreit werden.
Einen Änderungsantrag stellte die Kommission auch zur Umsetzung der Motion Riklin (damals cvp, ZH; Mo. 19.3783). So werden heute «sämtliche Hilfsmittel der Landwirtschaft zum tieferen Satz besteuert», wie der Kommissionssprecher ausführte – somit also auch Pestizide, die auch in Privatgärten eingesetzt werden. Neu sollen gemäss Kommission und Ständerat jedoch nur noch umweltfreundliche Pflanzenschutzmittel dem tieferen Satz unterstehen, womit die Motion erfüllt würde.
Schliesslich ist es möglich, dass bei der ESTV registrierte und nach der effektiven Methode abrechnende steuerpflichtige Importeurinnen und Importeure ihre Mehrwertsteuer nicht am Zoll entrichten und diese später als Vorsteuer zurückfordern müssen, sondern direkt in der Mehrwertsteuerabrechnung verrechnen können. Dieses sogenannte Verlagerungsverfahren sollte gemäss Bundesrat neu auch für die Plattformen gelten. Der Nationalrat wollte es zudem auf alle Importeurinnen und Importeure ausdehnen, was gemäss WAK-SR jedoch eine Verschiebung von CHF 2.9 Mrd. an Einnahmen auf einen späteren Zeitpunkt, Mehraufwand für die Verwaltung und die Unternehmen sowie eine Benachteiligung der Binnenwirtschaft bedeuten würde. Folglich beantragte die Kommission erfolgreich die Streichung der entsprechenden Ausdehnung durch den Nationalrat.

In der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat den Entwurf – mit insgesamt 14 Differenzen zum Nationalrat – einstimmig (mit 35 zu 0 Stimmen) an und schrieb verschiedene ihm zugrunde liegende Vorstösse ab. Jedoch entschied er sich auf Antrag seiner Kommission, bei der Motion 16.3431 der WAK-SR auf eine Abschreibung zu verzichten, da man die Grundsatzfrage des Vorstosses, nämlich ob subventionierte Aufgaben der Mehrwertsteuer unterliegen sollen, noch nicht geklärt habe.

Im Mai 2022 setzte sich die WAK-NR mit der Motion Ettlin (mitte, OW) für eine Änderung der Rückzahlung der Verrechnungssteuer für begünstigte Unternehmen bei zwei «verbundenen, vom gleichen Aktionärskreis beherrschten Gesellschaften» auseinander. Die Kommissionsmehrheit erachtete die Umsetzung der Motion als «regelrechten Blindflug» und fürchtete insbesondere das sogenannte Dividend Stripping, bei dem eine Aktie kurz vor der Dividendenzahlung verkauft und kurz darauf wieder zurückgekauft wird, um auf diese Weise Steuern zu hinterziehen. Folglich beantragte die Mehrheit der WAK die Motion zur Ablehnung und reichte stattdessen ein gleichlautendes Kommissionspostulat ein, das eine «Auslegeordnung zur schweizerischen Besteuerungspraxis» in diesem Bereich sowie zu ihren Problemen und zu möglichen Lösungen aufzeigen soll. Eine Minderheit Walti (fdp, ZH) wollte die Motion weiterverfolgen, bei ihrer Umsetzung aber ausdrücklich Massnahmen gegen Dividend Stripping einbauen. In der Herbstsession 2022 lehnte der Nationalrat die Motion mit 105 zu 77 Stimmen ab, sprach sich aber stillschweigend für Annahme des Kommissionspostulats, das gleichzeitig behandelt wurde, aus. Einzig die Mitglieder der SVP- und der FDP.Liberalen-Fraktion stimmten der Motion zu. Diese ist somit erledigt.

Im Mai 2022 diskutierte die WAK-NR die Motion Ettlin (mitte, OW; Mo. 19.4635) für eine Änderung der Rückzahlung der Verrechnungssteuer für begünstigte Unternehmen bei zwei «verbundenen, vom gleichen Aktionärskreis beherrschten Gesellschaften». Der Motionär störte sich daran, dass in der Schweiz diejenige von zwei verbundenen Gesellschaften die Rückerstattung der Verrechnungssteuer erhält, welche durch die Leistung begünstigt wurde, im Ausland aber häufig auch die andere Gesellschaft die Rückerstattung geltend machen kann. Da dies den Schweizer Investitionsstandort unattraktiv mache, wollte er die entsprechende Regelung ändern. Die Kommissionsmehrheit erachtete mehr Informationen zu dieser Frage als nötig und reichte daher ein Kommissionspostulat ein, mit dem sie einen Vergleich der schweizerischen Besteuerungspraxis mit denjenigen im Ausland verlangte. Da sie überdies das sogenannte Dividend Stripping, bei dem eine Aktie zur Steuerhinterziehung kurz vor der Dividendenzahlung verkauft und kurz darauf wieder zurückgekauft wird, fürchtete, sollte der Bericht auch das entsprechende Missbrauchsrisiko und mögliche Lösungen beinhalten. In der Herbstsession 2022 lehnte der Nationalrat die Motion Ettlin mit 105 zu 77 Stimmen ab, sprach sich aber stillschweigend für Annahme des Kommissionspostulats aus.

In der Wintersession 2021 behandelte der Ständerat die Motion Ettlin (mitte, OW) für eine Änderung der Rückzahlung der Verrechnungssteuer für begünstigte Unternehmen bei zwei «verbundenen, vom gleichen Aktionärskreis beherrschten Gesellschaften». Die WAK-SR hatte den Vorstoss im November 2021 knapp mit 4 zu 4 Stimmen bei einer Enthaltung und Stichentscheid von Präsident Pirmin Bischof (mitte, SO) zur Annahme empfohlen. Die Vorlage müsse aber so umgesetzt werden, dass kein «Dividend Stripping» – eine Praxis zur Umgehung der Verrechnungssteuer – möglich sei, forderte die Kommissionsmehrheit. Eine Minderheit Rechsteiner (sp, SG) anerkannte hingegen die Problematik nicht und erachtete die Motion lediglich als weiteren Vorteil für die Unternehmen, als Gefahr einer Steuerumgehung sowie als Möglichkeit für beträchtliche Steuerausfälle. In der Ständeratsdebatte in der Wintersession erachtete auch Finanzminister Maurer die aktuelle Lösung als besser «für die Schweiz und ihre Steuereinnahmen» und sprach sich im Namen des Bundesrates gegen die Änderung aus. Mit 23 zu 17 Stimmen (bei 5 Enthaltungen) nahm der Ständerat die Motion dennoch an.

In der Sommersession 2021 bereinigte der Ständerat die verbliebenen Differenzen im Bundesgesetz über elektronische Verfahren im Steuerbereich. Zuvor hatte die SGK-SR empfohlen, dem Nationalrat in sämtlichen verbliebenen Punkten beizupflichten. Erich Ettlin (mitte, OW) erläuterte, es gehe noch um die Frage, ob die Kantone zu elektronischen Verfahren verpflichtet werden sollen. Der Ständerat und der Bundesrat hätten hier eine Kann-Formulierung bevorzugt, nun sollten jedoch auch die verbliebenen zwei Kantone ohne elektronische Verfahren zu deren Einführung verpflichtet werden, wie es der Nationalrat wünsche. Dabei sei jedoch gemäss ESTV keine zentrale Software für die Steuerverfahren geplant; die Kantone müssten somit nicht auf eine andere Software umsteigen. Daniel Fässler (mitte, AI) wehrte sich für seinen Kanton, einer der beiden «Nachzügler», der gemäss Angaben der Appenzeller Steuerverwaltung die Umstellung nicht innert ein bis zwei Jahren vornehmen könne. Damit widersprach er Finanzminister Maurer, der zuvor davon gesprochen hatte, dass auch die letzten beiden Kantone innert zwei Jahren ihre Verfahren umstellen würden. Entsprechend sei es möglich, dass der Kanton eine Verlängerung der Umsetzungsfrist von zwei Jahren benötigen werde. Der Finanzminister beschwichtigte in der Folge die Appenzeller Bedenken, da den Kantonen keine Vorgaben zur Umsetzung der Pflicht, ein elektronisches Verfahren anzubieten, gemacht würden. «Es spielt tatsächlich keine entscheidende Rolle, ob es im einen oder anderen Kanton noch etwas länger dauert», betonte er. Die Pflicht an die Kantone sei zwar nicht elegant und föderal, aber man werde «das dann [...] föderal und elegant umsetzen», versicherte Maurer. Neben diesem letzten inhaltlichen Aspekt akzeptierte der Ständerat auch eine Ersetzung des Begriffs «steuerpflichtige Person» durch «antragstellende Person» und die Einführung des Begriffs «Ersatzpflichtige». Einstimmig (mit 44 zu 0 Stimmen) hiess der Ständerat das Bundesgesetz über elektronische Verfahren im Steuerbereich in der Schlussabstimmung gut, der Nationalrat nahm es mit 143 zu 53 Stimmen gegen den Willen der SVP-Fraktion ebenfalls deutlich an.