In einer grossen Aussprache zu den dringlichen Interpellationen betreffend den Postauto-Skandal äusserten sich in der Frühjahrssession 2018 zahlreiche Parlamentsmitglieder. Bundesrätin Leuthard wies darauf hin, dass die Strukturen im öffentlichen Verkehr dem Willen des Parlaments entsprächen, und es sahen sich denn auch viele Nationalratsmitglieder in der Verantwortung. Kritisiert wurde die Eidgenössische Finanzkontrolle, deren Mitglieder von Nationalrat Giezendanner (svp, AG) als «Schlafmützen» bezeichnet wurden. Bürgerliche Parteien tönten an, dass die (Teil-)Privatisierung der Postauto AG ein Thema werden könnte. Stimmen aus der SP und von den Grünen zielten hingegen auf die Gewinnbestrebungen der Post und auf die Boni der Geschäftsführung. Es wurden verschiedene Motionen und parlamentarische Initiativen zum Postauto-Skandal angekündigt, etwa die von Regula Rytz (gp, BE) eingereichten Motionen 18.3364 und 18.3370 sowie ihre parlamentarische Initiative 18.418 oder die Motion 18.3051 von der BDP-Fraktion.

Im November 2016 richtete der Bundesrat seine Botschaft zum Regionalen Personenverkehr 2018-2021 und den zugehörigen Verpflichtungskredit an das Parlament. Zum Einen sollte mit einer Änderung des Personenbeförderungsgesetzes (PBG) der Zahlungsrahmen als Instrument der Abgeltung von Leistungen des regionalen Personenverkehrs durch den Verpflichtungskredit ersetzt werden. Zum Anderen sollte mit einem Bundesbeschluss ein Verpflichtungskredit von CHF 3'959,6 Mio. für die Abgeltung von Leistungen des regionalen Personenverkehrs in den Jahren 2018 bis 2021 bewilligt werden.
Als Erstrat nahm der Ständerat die Beratung des Geschäfts am 8. März 2017 auf. Die Kommissionsmehrheit der KVF-SR empfahl dem Rat, auf das Geschäft einzutreten, die Änderung des PBG anzunehmen und den Verpflichtungskredit um CHF 144 Mio. zu erhöhen. Bundesrätin Leuthard rief mit ungewohnt starken Worten zur finanzpolitischen Vernunft auf und kritisierte, dass diverse Unterstützerinnen und Unterstützer der Kommissionsmehrheit im Rat ihre Interessenbindungen nicht offengelegt hatten. Eine Minderheit Wicki (fdp, NW) wollte dem Verpflichtungskredit gemäss Bundesrat zustimmen. Die kleine Kammer trat ohne Gegenantrag auf die Vorlage ein und stimmte der Änderung des PBG einstimmig zu. Mit 26 zu 17 Stimmen (keine Enthaltungen) folgte der Rat der Kommissionsmehrheit, erhöhte den Verpflichtungskredit und strich einen Artikel, der eine gestaffelte Freigabe der Mittel des Kredits vorsah.
Der Nationalrat nahm die Debatte am 3. Mai 2017 auf. Die Mehrheit der KVF-NR empfahl, auf die Vorlage einzutreten, der Änderung des Personenbeförderungsgesetzes zuzustimmen und beim Verpflichtungskredit dem Beschluss des Ständerates zu folgen. Eine Minderheit Giezendanner (svp, AG) verlangte Nichteintreten und eine Minderheit Bühler wollte bezüglich der Höhe des Verpflichtungskredits dem Bundesrat folgen. Die Finanzkommission äusserte sich ebenfalls zu diesem Geschäft: Eine Kommissionsmehrheit empfahl, bezüglich des Verpflichtungskredits dem Bundesrat zu folgen, eine Minderheit Hadorn (sp, SO) wollte hingegen dem Ständerat folgen. Mit 133 zu 44 Stimmen bei 7 Enthaltungen trat der Nationalrat auf die Vorlage ein. Die Gesetzesänderung wurde mit 141 zu 40 Stimmen bei 9 Enthaltungen angenommen, wobei sämtliche Gegenstimmen und Enthaltungen aus der SVP-Fraktion stammten, die in dieser Sache ungewöhnlich gespalten auftrat. Der vom Ständerat aufgenommenen Erhöhung des Verpflichtungskredits stimmte der Nationalrat mit 98 zu 92 Stimmen bei einer Enthaltung zu, ebenso bestätigte die grosse Kammer die Streichung des Artikels zur gestaffelten Auszahlung der Gelder mit 116 zu 76 Stimmen (keine Enthaltungen). In der Gesamtabstimmung stimmte der Nationalrat mit 136 zu 51 Stimmen bei 5 Enthaltungen der ständerätlichen Fassung zu. Am 16. Juni 2017 nahm der Nationalrat die Vorlage in der Schlussabstimmung mit 149 zu 45 Stimmen bei 2 Enthaltungen an, wobei erneut alle Gegenstimmen und Enthaltungen aus den Reihen der SVP stammten. Der Ständerat stimmte in der Schlussabstimmung am selben Tag mit 43 zu 1 Stimme (keine Enthaltungen) zu.

Pour préparer son contre-projet, le Conseil fédéral s’est basé sur un document qui analysait l’évolution de la charge de trafic sur l’ensemble du réseau routier d’ici à 2020. Pour lui, les flux autour des agglomérations, ainsi que sur quelques tronçons d’autoroute, poseront problème à l’avenir. Une ébauche du contre projet a été rendue public en août, la version définitive est attendue pour le printemps 2002. Elle prévoit d’aménager les tronçons autoroutiers les plus encombrés et de désengorger les axes autour des grandes agglomérations. Le Gothard ne figure pas parmi les routes surchargées. D’après l’étude, c’est essentiellement le trafic Nord-Sud des vacanciers qui cause une cinquantaine de jours de congestion par an. Par conséquent, le percement d’un deuxième tunnel ne se justifiait pas pour le Conseil fédéral. Son contre-projet ambitionnait avant tout de cordonner le développement de la route et du rail en respectant la politique suisse des transports modal du premier vers le second. Toujours pour faire face à l’initiative, le Conseil fédéral proposait qu’un second article constitutionnel soit inséré dans le projet de la nouvelle péréquation financière avec les cantons, donnant à la Confédération une responsabilité en matière de trafic d’agglomération. Sans attendre la portée de cette proposition, le Conseil fédéral a pris deux mesures à court terme. Le crédit alloué aux entreprises de transport régional et local passera de CHF 130 à 170 millions dès 2002, afin de leur permettre de faire face aux investissements les plus importants. Les projets des transports publics en agglomération seront, d’autre part, pris en compte dans la deuxième étape de Rail 2000, ainsi que dans la convention sur les prestations 2003-2006 conclue avec les CFF. Il est à noter que sur la question du percement du Gothard, l’étude de l’Office fédéral des routes (OFROU), commandée par la sous-commission des transports du Conseil national pour l’application de l’initiative Giezendanner (99.421), aboutissait à un résultat totalement opposé de la simulation prise en compte par le Conseil fédéral. Les mesures prônées par la sous-commission l’étaient par conséquent aussi. Afin de pouvoir lancer une consultation et rédiger un message pour le Conseil national, la sous-commission a décidé de ne pas intégrer l’initiative parlementaire dans le débat à venir sur l’initiative Avanti. Elle préférait distinguer les deux textes afin que le peuple puisse en priorité se prononcer sur le principe de la construction d’un deuxième tunnel routier au Gothard (initiative Giezendanner). Bien qu’il n’ait pas à intervenir à ce stade de la procédure, Moritz Leuenberger a approuvé le choix de la sous-commission.
Seul le PS a manifesté son soutien à l’encontre du Conseil fédéral face à l’initiative Avanti. L’UDC souhaitait clairement le deuxième tunnel routier sous le Gothard et appuyait l’initiative. Le PRD était également favorable au Gothard bis, mais refusait l’idée d’un vote séparé proposé par la sous-commission du Conseil national. Quant au PDC, il demandait au Conseil fédéral d’examiner la compatibilité entre le second tube routier et l’article sur la protection des Alpes.