Die Reaktionen auf die Botschaft zum vierten Programm des Agglomerationsverkehrs fielen in der FK-NR und in der KVF-NR positiv aus. Beide Kommissionen beantragten im Frühling 2023 einstimmig, auf die Vorlage einzutreten. Die FK-NR war der Ansicht, das vom Bundesrat präsentierte Programm entspreche dem vom Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrs-Fonds (NAF) vorgesehenen Rahmen und erziele die gewünschte Wirkung in den Agglomerationen. Die federführende KVF-NR befürwortete sämtliche vorgeschlagenen Agglomerationsprogramme und beantragte zusätzlich mit 12 zu 10 Stimmen bei 2 Enthaltungen, den Strassentunnel Moscia-Acapulco (TI) als «integralen Bestandteil des Agglomerationsprogramms ‹Locarnese› anzuerkennen» und den Kredit von CHF 1.6 Mrd. entsprechend um CHF 38 Mio. zu erhöhen. Zwei Minderheiten beantragten zum einen eine Änderung bei den Abzügen vom Bundesbeitragssatz an die Projekte und zum anderen eine Koppelung des Inkrafttretens dieser Vorlage mit jener des Ausbauschritts 2023 der Nationalstrassen, damit «verschiedene Projekte und Verkehrsträger [nicht] gegeneinander ausgespielt werden».

In der Sommersession 2023 befasste sich der Nationalrat mit dem bundesrätlichen Entwurf. Für Diskussionen gesorgt hatte in der grossen Kammer dabei erstens der von der KVF-NR zusätzlich beantragte Strassentunnel Moscia-Acapulco im Tessin und die dazugehörige Krediterhöhung von rund CHF 38 Mio. Während die mitberichtende FK-NR auf diesen Tunnel verzichten wollte, stimmte der Rat für die zusätzliche Finanzierungsbeteiligung. Zwar sei dieses Projekt «sozusagen hineingeschmuggelt» und nicht nach dem üblichen Verfahren in das Programm aufgenommen worden, wie Kommissionssprecher Kurt Fluri (fdp, SO) im Rat erklärte. Da es wohl aber keine präjudizielle Wirkung für zukünftige Projektaufnahmen entfalte, solle sich doch die ständerätliche Kommission dieser Sache nochmals annehmen.
Zweitens diskutierte die grosse Kammer über die Höhe der Beitragszahlungen des Bundes an die Projekte. Grundsätzlich war vorgesehen, dass sich der Bund mit Zahlungen in der Höhe von 30 bis 45 Prozent der Gesamtkosten an den Projekten beteiligt. Die bundesrätliche Regelung sah jedoch auch Kürzungen der Beiträge in der vierten Generation um fünf Prozent vor, wenn in vorherigen Programmen (jenen aus der ersten und zweiten Generation) Massnahmen in der entsprechenden Agglomeration ungenügend umgesetzt worden waren. Eine Minderheit Pasquier-Eichenberger (gp, GE) wollte auf solche Bestrafungen (in den Regionen Burgdorf, Chablais, Chur, Grand Genève, Réseau Urbain Neuchâtelois und Agglo Y) verzichten und den Kredit entsprechend um CHF 35 Mio. erhöhen, damit die Projekte schnell realisiert werden könnten. Die Kommissionsmehrheit wollte mit dieser Massnahme hingegen sicherstellen, dass die Mittel zukünftig effektiv eingesetzt werden. Die Kürzungen fänden dort statt, wo die «Verzögerungen auf ein Selbstverschulden der Trägerschaft zurückzuführen» seien, erklärte Kurt Fluri. Der Rat folgte in diesem Anliegen ebenfalls der Mehrheit und behielt die Kürzungen bei.
Drittens beriet der Nationalrat einen Minderheitsantrag Wasserfallen (fdp, BE) zur Koppelung der Vorlage mit jener zum Ausbauschritt 2023 der Nationalstrassen. Wasserfallen wollte im Namen der FDP-Fraktion eine solche Verbindung vornehmen, da die beiden Vorlagen als Gesamtsystem betrachtet werden müssten. Die Gegenseite warf der Fraktion hingegen vor, das Agglomerationsprogramm in «Geiselhaft» zu nehmen, um dem umstrittenen Ausbau der Nationalstrassen unter die Arme zu greifen, wie etwa Barbara Schaffner (glp, ZH) kritisierte. Die Verknüpfung der beiden Vorlagen wurde schliesslich mit 109 zu 87 Stimmen abgelehnt, wobei die geschlossen stimmende SVP-Fraktion zusammen mit Teilen der FDP- und der Mitte-Fraktionen erfolglos für eine Verknüpfung votierten.
Zum Schluss stellte sich die grosse Kammer klar hinter die Vorlage: Einstimmig mit 196 Stimmen und ohne Enthaltungen erteilte der Nationalrat den rund 1200 Massnahmen in 32 Agglomerationen im Umfang von CHF 1.6 Mrd. grünes Licht. Die finanziellen Mittel zur Beteiligung des Bundes an diesen Projekten stammten aus dem entsprechenden Topf der zweckgebundenen Mineralölsteuer (NAF). Verkehrsminister Albert Rösti zeigte sich im Rat zufrieden und bezeichnete die Agglomerationsprogramme als «zukunftsgerichtete Verkehrspolitik, denn sie berücksichtigen alle Verkehrsträger, vom Auto über Bus, Tram, Velo letztlich bis hin zum Zu-Fuss-Gehen». Das Geschäft ging damit mit einer Anpassung am bundesrätlichen Entwurf (dem Strassentunnel Moscia-Acapulco) an den Ständerat.

Im Jahr 2019 reichten die Nationalrätinnen und Nationalräte Candinas (cvp, GR; 19.4443), Graf-Litscher, (sp, TG; 19.4444), Schaffner (glp, ZH; 19.4445) sowie Töngi (gp, LU; 19.4446) je eine gleichlautende Motion zur Steigerung des Anteils des öffentlichen Verkehrs am Gesamtverkehr ein. Sie forderten den Bundesrat auf, einen Massnahmenplan zur Steigerung des ÖV-Anteils zu erstellen, da das CO2-Reduktionsziel des Bundesrates von netto null bis 2050 nur so erreicht werden könne. Der Bundesrat beantragte die Annahme der Motionen. Nachdem diese in der Sommersession 2020 von Walter Wobmann (svp, SO) bekämpft worden waren, kamen sie ein Jahr später – in der Sommersession 2021 – in den Nationalrat. Dort argumentierte Wobmann, dass der öffentliche Verkehr nicht gegen andere Verkehrsträger ausgespielt werden solle. Ausserdem werde der öffentliche Verkehr bereits stark subventioniert. Schliesslich wies Wobmann darauf hin, dass auch der Privatverkehr immer umweltfreundlicher werde. In der Abstimmung votierten neben der geschlossen stimmenden SVP-Fraktion auch die meisten Mitglieder der FDP.Liberalen-Fraktion gegen die Motionen. Die Mehrheit der grossen Kammer stellte sich aber hinter das Anliegen der Motionäre und nahm die Vorstösse an.

Der Nationalrat behandelte in der Wintersession 2020 die parlamentarische Initiative Bäumle (glp, ZH) zur Einführung eines Mobility-Pricings. Bäumle führte aus, dass ein Mobility-Pricing zur Glättung von Verkehrsspitzen beitragen könne. Dafür würde eine neue Benutzungsgebühr für die Verkehrsinfrastrukturen geschaffen. Im Gegenzug würden aber andere Steuern und Abgaben (beispielsweise die Nationalstrassenabgabe) abgeschafft, weshalb insgesamt keine finanzielle Mehrbelastung für die Bevölkerung entstehe. Bäumle insistierte, dass das Thema nun angegangen werden müsse, in den letzten Jahren sei «wenig bis nichts passiert». KVF-NR-Minderheitssprecherin Schaffner (glp, ZH) befürchtete des Weiteren, dass lediglich Pilotprojekte durchgeführt werden, weil eine Verfassungsänderung, auf die dieser Systemwechsel bei der Finanzierung der Mobilität wohl hinauslaufe, nicht angepackt werden wolle.
Die Kommissionssprecher Fluri (fdp, SO) und Romano (cvp, TI) erläuterten, weshalb sich die Mehrheit der Kommission gegen Folge geben entschieden habe. Anhand einer theoretischen Wirkungsanalyse im Kanton Zug habe aufgezeichnet werden können, dass die Umsetzung eines Mobility Pricings sehr komplex sei und aufgrund der unterschiedlichen Zuständigkeiten alle drei Staatsebenen einzubeziehen seien. Die Kommission sei zum Schluss gekommen, dass ein Gesetz zur Ermöglichung von Pilotversuchen einer Verfassungsänderung vorzuziehen sei. Damit folge sie der Linie des Bundesrates.
Aufgrund der Erläuterungen der Kommissionsmehrheit zog Nationalrat Bäumle seine parlamentarische Initiative zurück; er wolle damit eine parallele Gesetzgebung vermeiden.