Der Nationalrat befasste sich in der Frühjahrssession 2022 als Erstrat mit den drei Entwürfen, die seine SPK zur Regelung des Arbeitsverhältnisses der oder des EDÖB ausgearbeitet hatte. Diskussionsbedarf gab es bei zwei Punkten: Erstens hatte die Mehrheit der SPK-NR ursprünglich eine Änderung im neuen Datenschutzgesetz vorgesehen, die eine Entschädigung für den oder die EDÖB nach Auflösung des Arbeitsverhältnisses ausdrücklich ausschliesst. Eine Minderheit Widmer (sp, ZH) wollte hingegen dem oder der EDÖB eine Abgangsentschädigung zugestehen, wie sie auch der Bundesanwalt bzw. die Bundesanwältin und die erstinstanzlichen Bundesrichterinnen und -richter erhalten. Auch der Bundesrat hatte sich in seiner Stellungnahme für die Abgangsentschädigung ausgesprochen, weil das Fehlen einer solchen die Unabhängigkeit des oder der EDÖB insofern beeinträchtigen könne, als mit einer Nichtwiederwahl finanzielle Konsequenzen verbunden sind. Die Kommissionsmehrheit schwenkte daraufhin auf die Linie des Bundesrates um und beantragte dem Rat, dem nunmehr einzigen Vorschlag Widmer zuzustimmen, was die grosse Kammer dann auch stillschweigend tat. Zweitens wollte die Kommissionsmehrheit den oder die EDÖB mit einer Änderung im Informationssicherheitsgesetz von der Personensicherheitsprüfung ausnehmen, wie das auch für andere Magistratspersonen üblich sei. Wie Kommissionssprecher Kurt Fluri (fdp, SO) erklärte, sehe die Kommissionsmehrheit die öffentliche Wahl – neu wird der oder die EDÖB vom Parlament gewählt – «gewissermassen als Substitut für die Personensicherheitsprüfung». Eine Minderheit Addor (svp, VS) sprach sich indessen gegen eine solche Ausnahme aus. Angesichts der extrem sensiblen Daten, auf die der oder die EDÖB Zugriff habe, erscheine eine solche Überprüfung als notwendig. Der Nationalrat folgte entgegen der geschlossen stimmenden SVP-Fraktion seiner Kommissionsmehrheit und nahm den oder die EDÖB von der Personensicherheitsprüfung aus. In der Gesamtabstimmung nahm die Volkskammer die beiden Gesetzesentwürfe zur Änderung des neuen Datenschutzgesetzes und zur Änderung des Informationssicherheitsgesetzes mit einer Gegenstimme (Andrea Geissbühler; svp, BE) an. Der «Verordnung über das Arbeitsverhältnis der Leiterin oder des Leiters des EDÖB» stimmte der Nationalrat einhellig zu.

Drei Tage nachdem die Schweizer Stimmbevölkerung am 7. März 2021 das E-ID-Gesetz an der Urne verworfen hatte, reichten Verfechterinnen und Verfechter einer staatlichen Lösung aus allen politischen Lagern sechs gleichlautende Motionen für eine «vertrauenswürdige staatliche E-ID» ein. Gerhard Andrey (gp, FR; Mo. 21.3124), Franz Grüter (svp, LU; Mo. 21.3125), Min Li Marti (sp, ZH; Mo. 21.3126), Jörg Mäder (glp, ZH; Mo. 21.3127), Simon Stadler (mitte, UR; Mo. 21.3128) sowie die FDP-Liberale-Fraktion (Mo. 21.3129) argumentierten übereinstimmend, die Volksabstimmung habe deutlich gezeigt, dass sich die Bevölkerung eine E-ID wünsche, aber deren Herausgabe und Betrieb nicht privaten Unternehmen überlassen werden dürfe. Nur wenn der Staat dafür zuständig sei, könne die E-ID Vertrauen und Akzeptanz der Nutzerinnen und Nutzer geniessen. Die Vorstösse enthielten demzufolge den Auftrag an den Bundesrat, eine staatliche E-ID zu schaffen, die insbesondere die Grundsätze der «privacy by design», der Datensparsamkeit und der dezentralen Datenspeicherung einhalten soll.
Der Bundesrat beantragte die Annahme der Motionen. Bundesrätin Karin Keller-Sutter interpretierte das Abstimmungsresultat gleich wie die Motionärinnen und Motionäre und erklärte, der Bundesrat wolle so rasch wie möglich einen neuen Vorschlag für eine E-ID präsentieren. Ende Mai habe er deshalb das EJPD bereits mit der Ausarbeitung eines Grobkonzepts beauftragt. Die daraus resultierende Auslegeordnung verschiedener staatlicher Lösungsansätze befinde sich momentan in öffentlicher Konsultation. Basierend darauf wolle der Bundesrat voraussichtlich Mitte 2022 ein neues E-ID-Gesetz in die Vernehmlassung schicken, führte die EJPD-Chefin im Nationalratsplenum aus.
Für etwas Dissonanz in all dem Einklang sorgte Jean-Luc Addor (svp, VS), der die Vorstösse bekämpfte. Er sah den Ursprung des Misstrauens vonseiten der Stimmbevölkerung nicht in der privatwirtschaftlichen Natur des abgelehnten Vorschlags, weshalb es die falsche Schlussfolgerung sei, nun alles dem Staat überlassen zu wollen. Auch die Zentralisierung und der Datenschutz seien wichtige Fragen für die Konzeption der E-ID. Erfahrungen hätten zudem gezeigt, dass der Bund auch kein «unerschütterliches Vertrauen» bei der erfolgreichen Durchführung von IT-Projekten geniesse. Ausserhalb seiner eigenen Fraktion verfing die Kritik Addors allerdings nicht. Die grosse Kammer nahm die sechs Motionen in der Herbstsession 2021 mit 145 zu 39 Stimmen bei 7 Enthaltungen an. Ausser der SVP stimmten alle Fraktionen geschlossen dafür.

Anlässlich der Freischaltung der SwissCovid-App um Mitternacht des 25. Juni 2020 brachten die Medien der Bevölkerung die genaue Funktionsweise sowie die Vor- und Nachteile der SwissCovid-App näher. Am ersten Tag wurde die App gemäss Presseberichten bereits eine halbe Million Mal aktiviert. Eine gute Woche später war diese Zahl auf rund eine Million gestiegen. Damit sei das Interesse an der App aber deutlich geringer als erwartet beziehungsweise sei die anfängliche Euphorie allzu schnell verflogen, so das allgemeine Urteil. Verschiedene Experten stellten übereinstimmend fest, dass das Vertrauen in die App und die Bereitschaft zur Installation wohl doch geringer seien als gedacht. Es sei nun an den Behörden, besser zu kommunizieren, um diesen Widerstand in der Bevölkerung doch noch zu überwinden.
Drei Wochen nach dem Start fiel die Bilanz der SwissCovid-App eher nüchtern aus und die NZZ fragte rhetorisch: «Geht der SwissCovid-App die Luft aus?» Sie verwies auf die bereits wieder rückläufige Anzahl aktiver Apps, die ihrerseits jedoch nach wie vor steigenden und inzwischen rund 1.8 Mio. zählenden Downloads gegenüberstanden. Das BAG führte diese Diskrepanz auf Probleme bei der Messung der aktiven Apps zurück und versprach künftig genauere Zahlen. Ausserdem kündigte das Bundesamt eine weitere, gross angelegte Werbekampagne für die App an.
Der Nutzen der App wurde in der öffentlichen Debatte folglich aber nicht nur durch die geringen Nutzerzahlen, sondern auch durch die mangelhafte Arbeit der involvierten Behördenstellen relativiert. Wie die NZZ berichtete, erhielten positiv getestete Personen den Covidcode zum Teil erst mit erheblicher zeitlicher Verzögerung, sodass die Kontaktpersonen viel zu spät gewarnt würden. Ausserdem funktioniere die Zusammenarbeit zwischen der Hotline des Bundes, an die sich App-Nutzer im Falle einer Benachrichtigung über eine mögliche Ansteckung wenden sollten, und den Contact-Tracing-Stellen der Kantone beziehungsweise den kantonsärztlichen Diensten alles andere als reibungslos. Dadurch erhielten die von der App gewarnten Personen keine offizielle Quarantäneanordnung und damit keinen Erwerbsersatzanspruch, wie es der Bundesrat im Erläuterungsbericht zur Proximity-Tracing-System-Verordnung vorgesehen hatte. Gerade deshalb blieben viele der potenziell Infizierten nicht zu Hause und gefährdeten so Andere, kritisierte der Geschäftsführer der BAG-Hotline-Betreiberin Andy Fischer.
Unterdessen lancierte ein Bürgerkomitee in der Westschweiz ein Referendum gegen die vom Parlament beschlossene dringliche Änderung des Epidemiengesetzes, die als gesetzliche Grundlage für die SwissCovid-App dient. Das Komitee bemängelte, dass keine richtige demokratische Debatte über die Risiken der Tracing-Technologie geführt worden sei, und befürchtete deren Missbrauch zur staatlichen Kontrolle sowie sozialen Druck zu deren Nutzung. Die Konzerne Apple und Google, die die entscheidende Bluetooth-Schnittstelle zur Verfügung stellten, seien nicht gerade für ihren Datenschutz berühmt und die Bluetooth-Technologie sei zu ungenau, sodass viele unnötige Quarantänen verfügt würden, was der Wirtschaft schade, zitierte die Presse aus der Argumentation. Aus dem Kreis der eidgenössischen Parlamentarierinnen und Parlamentarier gehörte dem Komitee der Walliser SVP-Nationalrat Jean-Luc Addor an. Bis am 8. Oktober hat das Komitee Zeit, die notwendigen 50'000 Unterschriften zu sammeln. Das dringliche Gesetz würde bei einem zustande gekommenen Referendum jedoch erst nach der Ablehnung in der Volksabstimmung oder ein Jahr nach Inkrafttreten, falls die Abstimmung nicht vorher stattfindet, ausser Kraft gesetzt.