A la suite du Conseil des Etats, le Conseil national a décidé de rejeter l'initiative populaire fédérale 17.060 «Entreprises responsables – pour protéger l’être humain et l’environnement» par 105 voix contre 83 et 9 abstentions. Le Parlement rejette ainsi l'initiative populaire. Par contre, les deux chambres n'ont toujours pas trouvé une stratégie commune concernant la possibilité de soumettre un contre-projet indirect.
D'un côté, le Conseil des Etats a proposé, en décembre 2019, un contre-projet indirect qui n'obligerait que les «sociétés d'intérêt public» à soumettre un rapport dans les domaines des «minerais de conflit» et du «travail des enfants». Cette version allégée n'engagerait pas la responsabilité de la maison mère et a le soutien du Conseil fédéral. En effet, la conseillère fédérale Karin Keller-Sutter (DFJP) a estimé que la Suisse ne peut pas se permettre de faire cavalier seul dans un monde globalisé. Elle a donc considéré que la solution du Conseil des Etats était équivalente à la législation européenne (UE) et correspondrait aux standards de l'OCDE. Cette option a été principalement défendue par le groupe du centre et le PLR.
D'un autre côté, le Conseil national avait soumis, il y a bientôt deux années, un premier contre-projet indirect qui réduisait les exigences en matière de responsabilité et ne concernait que les entreprises avec un chiffre d'affaire supérieur à 80 millions de francs et plus de 500 employés et employées. Le camp rose-vert a soutenu cette option en indiquant qu'elle répondait aux exigences des initiants et permettait une solution rapide. En effet, le contre-projet indirect du Conseil national entraînerait un retrait de l'initiative populaire, ce qui n'est pas le cas du contre-projet indirect du Conseil des Etats.
Finalement, l'UDC a soutenu une troisième option qui proposait de renoncer aux deux contre-projets indirects. Le parti agrarien estime que l'initiative et les contre-projets n'auront pas les impacts attendus sur les droits de l'homme et l'environnement, et qu'il est donc préférable d'agir par l'intermédiaire de la politique étrangère.
Au final, les deux chambres ont campé sur leur position. La chambre haute a d'abord maintenu son contre-projet indirect et refusé les exigences de responsabilités induites par le projet du Conseil national. Puis, la chambre du peuple a maintenu son contre-projet indirect. Il a refusé le projet de l'UDC par 100 voix contre 70 et 26 abstentions. L'UDC n'a pas réussi à rallier suffisamment de voix PLR qui ont opté pour un refus ou une abstention dans de nombreux cas. Puis, il a adopté son contre-projet indirect par 97 voix contre 92 et 7 abstentions. Le camp rose-vert a été rejoint par 11 voix du groupe du centre, ainsi que par les voix du centre droit (Vert'libéraux). Le débat sur le contre-projet indirect à l’initiative populaire «Entreprises responsables – pour protéger l’être humain et l’environnement» retourne donc à la chambre haute.

Étant donné que la seconde partie du projet de modernisation du droit de la société anonyme s’est profilée comme un contre-projet indirect à l’initiative populaire «Entreprises responsables – pour protéger l’être humain et l’environnement», elle a été débattue dans le cadre de la discussion sur l’objet 17.060. Les sénateurs ont refusé le contre-projet indirect, partie 2 de la révision du droit de la société anonyme, par 22 voix contre 20. La droite a imposé sa volonté, alors qu'elle craignait que le contre-projet contraigne l'économie avec des normes superflues. Karin Keller-Sutter, pour le Conseil fédéral, a proposé la même argumentation pour justifier la proposition de refus du contre-projet. Le dossier retourne au Conseil national.