Anlässlich der Herbstsession 2020 befasste sich der Ständerat erstmals mit einer Änderung des BetmG, welche Studien zur Cannabisabgabe ermöglichen soll. Johanna Gapany (fdp, FR) erläuterte ihren Ratskolleginnen und -kollegen die Überlegungen der SGK-SR. Sie betonte die Wichtigkeit der im Rahmen der Studien gesammelten Daten, da diese als Grundlage für politische Entscheide und für die Ausarbeitung einer Suchtstrategie dienten. In die gleiche Richtung argumentierte Maya Graf (gp, BL), die der Ansicht war, dass «auf wissenschaftlicher Basis Erfahrungen […] im Umgang mit einem Problem», welches allgemein anerkannt sei, man allerdings nicht unter Kontrolle habe, gesammelt werden könnten. Eine Minderheit rund um Peter Hegglin (cvp, ZG) teilte diese Meinung indes nicht. So vertrat Hegglin den Standpunkt, dass Drogen für die Gesundheit schädlich seien – unabhängig davon, ob sie vom Staat abgegeben würden oder vom Schwarzmarkt stammten. Die Gesetzesänderung beabsichtige nicht, «die Leute von Cannabis wegzubringen». Zielführender sei es daher, das Geld in Präventionsprojekte zu investieren. Er beantragte daher Nichteintreten. Gesundheitsminister Berset wiederum gab zu bedenken, dass die derzeit betriebene Repressionspolitik nicht sehr erfolgreich sei, mit der Gesetzesänderung den Behörden jedoch eine Möglichkeit gegeben werde, das Problem rund um den Cannabiskonsum besser zu erfassen und bewältigen zu können. Der Nichteintretensantrag wurde mit 31 zu 8 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) abgelehnt. In der Detailberatung folgte die kleine Kammer ihrer vorberatenden Kommission und beschloss, die nationalrätliche Forderung, dass lediglich Schweizer Bio-Cannabis verwendet werden dürfe, mit einem «wenn möglich»-Zusatz abzuschwächen. Damit schickte sie das Bundesratsgeschäft mit einer Differenz an den Nationalrat zurück.

Der Ständerat befasste sich in der Sommersession 2020 als Erstrat mit der Botschaft zur Förderung von Bildung, Forschung und Innovation in den Jahren 2021-2024. Er folgte in fast allen Punkten der Mehrheit seiner WBK-SR, die das Geschäft in mehreren Sitzungen vorbesprochen und dabei zahlreiche Anhörungen mit den Akteuren und Akteurinnen des BFI-Bereichs durchgeführt hatte.
In der Eintretensdebatte betonten alle Rednerinnen und Redner die Wichtigkeit des BFI-Bereichs für die Schweiz. Eintreten war denn auch eine klare Sache. Jakob Stark (svp, TG), Brigitte Häberli-Koller (cvp, TG) und Peter Hegglin (cvp, ZG) kritisierten aber das Ansinnen, die Beträge für die verschiedenen BFI-Bereiche noch weiter aufzustocken, wie dies die WBK-SR mittels zahlreicher Anträge im Umfang von insgesamt CHF 240 Mio. vorgeschlagen hatte. Sie äusserten diese Skepsis vor dem Hintergrund der bereits getätigten Ausgaben zur Bekämpfung des pandemiebedingten wirtschaftlichen Lockdowns. Der überwiegende Teil des Rates sprach sich aber für die von der Kommission vorgeschlagenen Erhöhungen der Beiträge aus. Vielen Rednerinnen und Rednern war es wichtig, gerade in dieser Zeit in Bildung, Forschung und Innovation zu investieren. Hannes Germann (svp, SH) resümierte, dass «die Investitionen von heute die Arbeitsplätze von morgen» seien. Zu erwähnen ist, dass unter anderem auch den CHF 4 Mio. für den Erhalt des Gosteli Archivs zugestimmt wurde. Die kleine Kammer beschloss zudem, die vom Bundesrat vorgeschlagene Kreditsperre aufzuheben. Dieser hatte beantragt, bis zur Klärung der Teilnahmebedingungen zu Horizon Europe und der Nachfolgelösung für die Erasmus-Programme einen Teil der BFI-Mittel zu sperren.

In der Wintersession 2019 behandelte der Ständerat als Erstrat den Voranschlag 2020. Hannes Germann (svp, SH) stellte die Vorlage im Namen der Kommission vor. Er bezeichnete die Budgetsituation als positiv, zumal trotz STAF und allgemein starkem Ausgabenwachstum dank der Dynamik bei der direkten Bundessteuer und den Verrechnungssteuern ein Überschuss erwartet werde. Er verwies auf die Nachmeldung des Bundesrates vom 27. September 2019, in der dieser eine Nachzahlung von Genossenschaftsbeiträgen an die Nationale Genossenschaft für die Lagerung radioaktiver Abfälle in der Höhe von CHF 158 Mio. beantragt hatte. Nach einem Überblick stellte er die Mehrheitsanträge der FK-SR kurz vor, die gegenüber der Bundesratsvorlage Mehrausgaben von CHF 122.3 Mio. mit sich bringen würden. In der Folge diskutierte der Ständerat ausschliesslich über diese Kommissionsanträge.
Die Erhöhung der Unterstützung von Organisationen im Bereich der ausserschulischen Kinder- und Jugendförderung um CHF 4 Mio. auf CHF 14 Mio. lehnte Bundesrat Maurer als Bagatellsubvention ab; die Gewährung solcher sei aber nicht Aufgabe des Bundes, erklärte er. Peter Hegglin (cvp, ZG) betonte hingegen, dass sich der Bund seit Inkrafttreten des Kinder- und Jugendförderungsgesetzes im Jahr 2013 jährlich mit CHF 10 Mio. an diesen Organisationen beteilige. Da sich die Zahl der Anspruchsgruppen seither stetig vergrössert habe, die Beträge des Bundes jedoch gleich geblieben seien, seien die Beiträge an die einzelnen Organisationen um fast 40 Prozent gesunken. Mit 27 zu 13 Stimmen folgte die kleine Kammer der Kommission in diesem Punkt.
Diskussionen gab es ansonsten nur noch bezüglich der Bildungsausgaben. Hier beabsichtigte die Kommissionsmehrheit eine Erhöhung des Finanzierungsbeitrags an die ETH (+CHF 30 Mio.), der Beiträge für die berufliche Bildung (+CHF 15 Mio.), der Grundbeiträge an die Universitäten (+CHF 20 Mio.) und die Fachhochschulen (+CHF 15 Mio.), der Ausbildungsbeiträge (+CHF 764'100), der Finanzhilfen für WeBiG (+CHF 200'300), der Beiträge für die Institutionen der Forschungsförderung (+CHF 15 Mio.) sowie der Forschungseinrichtungen von nationaler Bedeutung (+CHF 3.1 Mio.). Damit nehme man wie bereits im Voranschlag 2019 Bezug auf die BFI-Botschaft 2017-2020, wobei die darin beschlossenen Ausgaben später um 3 Prozent reduziert worden waren, um die Kostenbremse einhalten zu können, erklärte Erich Ettlin (cvp, OW) für die Kommission. Da es die Finanzlage des Jahres 2020 erlaube, wolle man hier zu den ursprünglichen Beträgen zurückkehren, nicht aber in den Finanzplanjahren, dort müsse man dies in den jeweiligen Voranschlägen neu diskutieren. Eine Minderheit Hefti (fdp, GL) beantragte, dem Bundesrat zu folgen und auf die Erhöhungen zu verzichten. Der Bund schenke dem Bildungsbereich – richtigerweise – bereits genügend Aufmerksamkeit, die entsprechenden Ausgaben würden von CHF 7.7 Mrd. (2018) auf voraussichtlich CHF 8.6 Mrd. (2023) ansteigen, argumentierte Hefti. Weitere, «giesskannenartige» Erhöhungen sollten nicht zum Gewohnheitsrecht werden. Auch Finanzminister Maurer lehnte die Erhöhung ab. Man habe damals die nicht eingetretene Teuerung überall herausgerechnet, wie es das Parlament später im Rahmen der Motion Dittli (fdp, UR; Mo. 16.3705) bestätigt habe, einzig den Bildungsbereich nehme das Parlament immer wieder von dieser Änderung aus. Dennoch sprach sich der Ständerat deutlich für die verschiedenen Erhöhungen aus.
Den übrigen Anträgen der Kommission folgte der Rat ohne grössere Diskussionen: Für die finanzielle Unterstützung von Selbsthilfeprojekten bezüglich der Opfer von fürsorgerischen Zwangsmassnahmen beantragte die Kommission eine Budgeterhöhung von CHF 150'000 auf CHF 2 Mio. sowie eine Fortsetzung in den Finanzplanjahren. Da im Parlament noch verschiedene Vorstösse für eine Fristverlängerung zur Gesuchseinreichung für die Opfer von fürsorgerischen Zwangsmassnahmen hängig seien und der Bundesrat Empfehlungen einer unabhängigen Expertenkommission «Administrative Versorgung» prüfe, solle dieser Betrag als Spielraum für solche Projekte geschaffen werden, erklärte Christian Levrat (sp, FR) für die Kommission. Mit 27 zu 13 Stimmen sprach sich der Ständerat für diese Erhöhung aus. Im Sportbereich erhöhte er einstimmig die Kredite für Sportverbände und andere Organisationen (+CHF 10 Mio.), für nationale Sportanlagen (+CHF 5 Mio.) und für Wertberichtigungen im Transferbereich (+CHF 5 Mio.) in Voranschlag und Finanzplan, um den «Zeitraum bis zum frühestens für 2022 vorgesehenen Inkrafttreten des nächsten Nationalen Sportanlagenkonzepts zu überbrücken», wie Hannes Germann zuvor für die Kommission erklärt hatte. Den Kredit für Schweiz Tourismus erhöhte der Rat zur Umsetzung des vom Parlament gefassten Beschlusses zur Wirtschaftsförderung um CHF 2.375 Mio. Einstimmig nahm der Ständerat in der Folge den Bundesbeschluss Ia über den Voranschlag für das Jahr 2020 an.
Einen Änderungsantrag stellte die Kommission noch für den Bundesbeschluss Ib über die Planungsgrössen im Voranschlag für das Jahr 2020: Hier beabsichtigte sie, die Aufstockung bei den Institutionen der Forschungsförderung dem Schweizerischen Nationalfonds zukommen zu lassen, während die Minderheit Hefti diese Vorschrift genauso ablehnte wie die Erhöhung selbst. Einstimmig nahm der Ständerat die Änderung an. Der Bundesbeschluss II über den Finanzplan für die Jahre 2021-2023 bedarf keiner Gesamtabstimmung, hingegen stimmte der Ständerat dem Bundesbeschluss III über die Entnahmen aus dem Bahninfrastrukturfonds für das Jahr 2020 sowie dem Bundesbeschluss IV über die Entnahmen aus dem Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds für das Jahr 2020 einstimmig zu.