L'établissement du « Swiss Innovation Park » a animé la sphère politique. Alors qu’il avait d’abord été envisagé du côté de Zürich, et de l’ancien aérodrome militaire de Dübendorf, l’option multi sites a finalement été retenue. La Conférence des chefs des départements de l’économie publique (CDEP) a appuyé cette alternative à travers une lettre transmise à la Confédération. Du côté des cantons romands, une alliance s’est dessinée autour de l’école polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL). Ce réseau dédié à l’innovation s’est dessiné à travers des accords avec les cantons de Genève, Fribourg, Valais, Neuchâtel et Vaud.

Le mandat de prestations de 2014 à 2017 d'Agroscope, institut de recherche dans le domaine agronomique et alimentaire, a été validé par le Conseil fédéral. Ainsi, plusieurs sites de recherches, comme ceux de Changins (VD), Posieux (VD), Avenches (VD), Liebefeld (BE), Wädenswill (ZH), Reckenholz (ZH) ou encore Tänikon (TG) travaillent désormais sous la même enseigne. Le directeur de cet institut, Michael Gysi, a précisé que ce regroupement avait pour objectif d’améliorer l’efficacité de la recherche dans le secteur agroalimentaire. Le mandat fédéral définit les différents axes thématiques sur lesquelles Agroscope entend se focaliser : production écologique, protection des ressources naturelles, anticipation des changements climatiques, sécurisation alimentaire, renforcement de la compétitivité des produits et assurance d’un revenu pour les agriculteurs.

Le Conseiller fédéral Johann Schneider-Ammann a annoncé la création de huit nouveaux Pôles de recherches nationaux (PNR) dans les universités de Fribourg, Berne, Genève, Bâle, Neuchâtel, ainsi que dans les deux Ecoles polytechniques fédérales de Zürich et Lausanne.

La Commission pour la technologie et l’innovation (CTI) dispose désormais d’une enveloppe supplémentaire de 118 millions de francs. Elle a pour objectif de soutenir la recherche énergétique des années 2013 à 2016. Un des piliers du projet consiste en la mise en place de pôles de compétences interuniversitaires en recherche énergétique. Le but est de fédérer les recherches des Ecoles polytechniques fédérales (EPF), universités et Hautes écoles (HES) de Suisse dans le domaine de l’énergie.

Les cantons de Vaud et de Genève ont conjointement mis en place et pris en charge le projet Neuropolis dans le domaine de la neuro-science, avec évidemment la mise en avant de l’EPFL de Lausanne.

Die Universitäten Bern und Neuenburg führen ihre Forschungsgruppen in experimenteller und theoretischer Teilchenphysik zusammen. An der Universität Bern entsteht ein neues gemeinsames „Center for Research and Education in Fundamental Physics“. Finanziert wird das Projekt vor allem durch Mittelumlagerungen innerhalb der Universität Bern. Zusätzlich leistet die Schweizerische Universitätskonferenz in den Jahren 2009-2012 einen Beitrag von 6 Mio Fr..

Die sechs französischsprachigen Kantone Genf, Waadt, Wallis, Freiburg, Neuenburg und Jura sowie die Universität Basel und die französischen Regionen Rhône-Alpes, Franche-Comté und Elsass gründeten eine Stiftung für Forschung und Technologie, die Forschende über die Grenzen zusammenführen will.

Um die Zusammenarbeit der Wirtschaft mit den Hochschulen weiter zu stärken, schloss der Bund mit vier Konsortien von Hochschulen und Unternehmen Leistungsvereinbarungen ab, die er bis Ende 2007 mit insgesamt 10 Mio Fr. unterstützen will. Die aus einer Ausschreibung hervorgegangenen Konsortien für den Wissens- und Technologietransfer sollen Innovationsprozesse fördern. Das erste Konsortium ist in der Region Zürich sowie in Bern und Freiburg tätig, das zweite deckt die Nordwest- und die Zentralschweiz ab, das dritte die Westschweiz und das Tessin; das vierte Konsortium befasst sich in der ganzen Schweiz mit Umwelt- und Energiefragen.

La participation de la Suisse au 4e programme-cadre de recherche de l'UE a constitué l'un des sept objets des négociations bilatérales entre la Suisse et l'Union. Si les pourparlers relatifs à la participation de la Suisse à la recherche européenne ont connu davantage de développements positifs que cela n'a été le cas pour certains autres domaines, ils n'ont cependant pas connu d'aboutissement pendant l'année sous revue, contrairement à ce qu'espéraient les autorités helvétiques. En effet, un certain nombre de divergences est apparu entre les deux parties. Notamment, la question du statut d'observateur au sein des comités de gestion a constitué une pierre d'achoppement importante. La Suisse – qui, eu égard aux 554 millions de francs qu'elle était prête à verser aux fonds européens, revendiquait ce statut lui permettant d'exprimer son opinion, sans droit de vote néanmoins, lors de la définition et de la direction des programmes de recherche – n'a en effet pas obtenu satisfaction sur cette question. Les négociateurs européens se sont certes déclarés favorables à une présence suisse dans les comités de gestion, mais ont ajouté que, dans la mesure où un tel engagement dépassait leur mandat de négociations, celui-ci ne pouvait être pris que par les Etats-membres. Ces derniers ont d'ailleurs laissé entendre que la Suisse n'avait que peu de chances d'obtenir ce statut d'observateur, dont ne bénéficient que les pays signataires du traité sur l'Espace économique européen.

La question de la pleine participation de la Suisse au 4e programme-cadre de recherche et de développement de l'Union européenne a divisé la communauté scientifique helvétique ainsi que certains milieux économiques. Les recteurs et présidents des hautes écoles suisses ont ardemment soutenu cette participation, tout comme celle aux nouveaux programmes de formation supérieure. En revanche, une partie du monde scientifique a redouté, à l'instar du FNRS, que l'engagement de la Confédération dans le 4e programme européen de recherche ne se fasse au détriment des programmes nationaux. Estimant, par ailleurs, que la recherche communautaire manque de rigueur et que ses gains pour la productivité industrielle suisse seraient minimes, cinq Prix Nobel suisses ont envoyé une lettre au Conseil fédéral lui demandant de renoncer à prendre part à ce 4e programme-cadre. Du côté des milieux économiques, la participation ou non de la Suisse à la recherche européenne a principalement opposé l'industrie des machines à l'industrie chimique. Si la première l'a jugée indispensable au maintien du site de recherche suisse, la seconde a en revanche estimé que les programmes de l'UE sont trop orientés sur la recherche appliquée, domaine largement couvert par la recherche privée helvétique. Le Vorort s'est quant à lui prononcé, sous certaines conditions, en faveur de la participation de la Suisse à ce 4e programme-cadre.

Le Conseil des ministres des affaires étrangères de l'Union européenne ayant à son tour adopté un mandat de négociations en matière de recherche à la fin du mois d'octobre, celles-ci ont pu officiellement débuter en décembre. En raison du lien politique établi par l'UE entre les différents domaines à négocier, la conclusion d'un accord sur la recherche dépendra toutefois de l'évolution des négociations dans les autres secteurs.

En raison du lien établi par le Conseil des ministres de l'UE entre les différents dossiers qui feront l'objet de négociations bilatérales entre la Suisse et l'UE, seul un accord global sur tous les sujets devrait permettre la conclusion d'un accord sur la question de la recherche. Les négociations bilatérales devraient débuter en 1994. Malgré cela, les diplomates suisses ont multiplié les contacts avec les représentants de l'UE dans le domaine de la recherche; lors de ces nombreux entretiens, les négociateurs suisses ont insisté sur la possibilité d'être pleinement associés à la préparation et à la gestion du 4e programme-cadre de l'UE pour la période 1995-98; à ce sujet, un haut représentant des autorités fédérales a pu participer en qualité d'expert au comité chargé de préparer ce dernier.