In der Wintersession 2019 gelangte das Geschäft zur Genehmigung des Wirtschaftspartnerschaftsabkommen zwischen den EFTA-Staaten und Indonesien in den Ständerat. Nachdem sich im Nationalrat noch eine sehr ausführliche inhaltliche Debatte entsponnen hatte, hielt sich der Ständerat relativ kurz. Christian Levrat (sp, FR) empfahl im Namen der APK-SR die Genehmigung des Abkommens. Er hob die vielversprechenden Wachstumsprognosen des SECO im Hinblick auf das Handelsvolumen der beiden Länder hervor und verwies auf die Umsetzung gewisser Nachhaltigkeits-Richtlinien. Dazu gehöre unter anderem die Gewährleistung der Rückverfolgbarkeit des Palmöls und die Absicht, die Zollpräferenzen nur für nachhaltiges Palmöl anzuwenden. Für Levrat war klar, dass die Schweiz bei der Entwicklung internationaler Standards und Zertifikaten mitwirken müsse, damit der Palmölhandel den Anforderungen von Unternehmen und Umweltorganisationen entspräche. Thomas Minder (parteilos, SH) kritisierte indes die gelebte Doppelmoral des Parlaments, welches einerseits den Klimaschutz proklamiere, andererseits aber den Freihandel fördere. Damian Müller (fdp, AG) hingegen versuchte dem Abkommen auch auf der Ebene der Nachhaltigkeit etwas Positives abzugewinnen. Er unterstütze den Vertrag auch deswegen, weil damit «verpflichtende Bedingungen» eingegangen würden, die mittel- und langfristig die Situation in Indonesien verbessern sollten. Der anwesende Bundesrat Guy Parmelin verdeutlichte zum Abschluss noch einmal, dass auch den Interessen der Schweizer Landwirtschaft Rechnung getragen werde. Der Ständerat folgte der Empfehlung seiner Kommission und nahm das Geschäft mit 34 zu 6 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) deutlich an. Auch in der Schlussabstimmung am darauffolgenden Tag sprachen sich beide Räte für das Geschäft aus.

Obwohl man den Standesinitiativen aus Bern (Kt. Iv. 18.317), Genf (Kt.Iv. 18.303), Freiburg (Kt. Iv. FR 18.320), Thurgau (Kt.Iv. 17.317) und dem Jura (Kt. Iv. 18.325) Rechnung getragen hatte, regte sich im Januar 2020 erneuter Widerstand gegen das Freihandelsabkommen. Ein Komitee «Stop Palmöl aus Indonesien» fasste den Beschluss, das erste Referendum überhaupt gegen ein Freihandelsabkommen zu ergreifen. Nachhaltiges Palmöl gebe es gemäss Komitee nicht, daher würde man mit dem Abkommen der Umwelt und aufgrund der Zollerleichterungen auch den Schweizer Bauern schaden. An die Spitze des Komitees stellte sich die Biobauerngewerkschaft Uniterre gemeinsam mit Umweltorganisationen wie der Klimastreikbewegung.

Insbesondere bei den Abstimmungsvorlagen, die am 3. März des Berichtjahrs an die Urne gelangten, tat sich die FDP schwer mit der Parolenfassung. Umstritten waren dabei nicht nur der Familienartikel, sondern auch die Beschlussfassung zum revidierten Raumplanungsgesetz (RPG). Die Nein-Parole zur Festschreibung eines Artikels zur Familienpolitik in der Verfassung war von der Präsidentenkonferenz gefällt worden, was nicht nur parteiintern Protest auslöste, sondern auch zu abweichenden Empfehlungen der FDP-Frauen und nicht weniger als sechs Kantonalsektionen führte: Ein Ja empfahlen die FDP-Sektionen der Romandie (GE, JU, NE, VD) sowie des Kantons Bern, während sich die FDP-Kantonalsektion Basel-Stadt für Stimmfreigabe entschloss. Das an der Delegiertenversammlung in Zürich Anfang Februar nur relativ knapp mit 185 zu 85 Stimmen (bei 5 Enthaltungen) zustande gekommene Nein zum RPG, die abweichende Ja-Empfehlung der FDP-Frauen und die vier abweichenden Kantonalsektionen (AG, BE, LU, NE) waren Indikatoren für die parteiinterne Umstrittenheit in der Raumplanungspolitik. Hauptargument gegen das revidierte Gesetz war die Angst vor der extremeren Landschaftsinitiative, die bei einem Nein zum RPG an die Urne gekommen wäre. Bereits im Oktober des Vorjahres hatte sich der Freisinn mit 236 zu 8 Stimmen bei drei Enthaltungen gegen die Abzockerinitiative ausgesprochen. Hier wich die Sektion des Kantons Tessin ab, die ein Ja empfahl. In zwei der erwähnten drei umstrittenen Vorlagen traf die FDP mit ihrer Parole nicht die Mehrheitsmeinung (RPG, Abzocker). Dies passierte ihr bei den restlichen acht Vorlagen nur noch bei ihrer Ja-Empfehlung zur Erhöhung der Gebühr für die Autobahnvignette, die nach einer hitzigen Debatte Mitte Oktober in Genf mit 110 zu 58 Stimmen beschlossen wurde – gegen das vorgebrachte Argument, es handle sich um eine Zweckentfremdung fiskalischer Einnahmen aus dem Strassenverkehr. Die junge FDP beschloss hierzu auf Opposition zur Mutterpartei zu machen und ein Nein zu empfehlen. Bei den restlichen sieben Vorlagen traf die FDP mit ihrer parteiintern unbestrittenen Empfehlung jeweils den Mehrheitswillen der Stimmbevölkerung. Das Nein zur Initiative für eine Volkswahl des Bundesrates kam mit 198 zu 5 Stimmen zustande und das Ja zur Asylgesetzrevision wurde mit 207 zu einer Stimme an der Delegiertenversammlung im Mai in Baden gefasst. Ebenso deutlich waren die Abfuhren der GSoA-Initiative zur Abschaffung der Wehrpflicht (213 zu 5 Stimmen bei 2 Enthaltungen) und der 1:12-Initiative (201 zu 1 Stimme). Die Revision des Arbeitsgesetzes wurde einstimmig zur Annahme empfohlen. Während diese drei Vorlagen an der Delegiertenversammlung Ende August in Thun diskutiert wurden, beschloss die Präsidentenkonferenz bereits vorher das Ja zum Epidemiengesetz. Neben dem Beschluss zur Autobahnvignette wurde an der Delegiertenversammlung in Genf Mitte Oktober mit 146 zu 8 Stimmen auch ein deutliches Nein gegen die SVP-Familieninitiative beschlossen – Parteipräsident Müller bezeichnete das Begehren als Unsinn, der kein Privileg der Linken sei.