In den folgenden Tagen machte sich das Parlament an die Bereinigung der acht verbliebenen Differenzen zum Voranschlag 2022. Bereits in der ersten Runde bereinigte der Ständerat drei offene Fragen, obwohl die FK-SR in fast allen Punkten Festhalten empfohlen hatte. So folgte die kleine Kammer bezüglich der Krediterhöhung für die sieben verschiedenen Familienorganisationen in der Höhe von CHF 1 Mio. (auch in den Finanzplanjahren) einer Minderheit Gapany (fdp, FR) statt der Kommissionsmehrheit, welche auf die Erhöhung verzichten wollte. Mehrheitssprecher Hegglin (mitte, ZG) hatte zuvor vergeblich argumentiert, dass «Mittel in dieser Grössenordnung» – Finanzminister Maurer sprach gar von «Bagatellbeträgen» – vermehrt durch nachgelagerte öffentliche Institutionen statt durch den Bund gesprochen werden sollten. Seit 2016 sei der Kredit der Familienorganisationen gleichgeblieben, obwohl ihre Aufgaben zugenommen hätten, betonte die Minderheitensprecherin. Ein Verzicht auf die Aufstockung würde folglich eine Einschränkung der Leistung nach sich ziehen. Mit 20 zu 19 Stimmen bereinigte der Ständerat diese Differenz knapp. Keine Diskussionen gab es bezüglich der Schaffung von neuen Sollwerten beim VBS zur Senkung der Bruttomietkosten und beim SECO zur Erhöhung der Anzahl Freihandelsabkommen – beide Änderungen akzeptierte der Ständerat stillschweigend.

Der Nationalrat bereinigte im Gegenzug die Differenzen bezüglich des Bundesamtes für Energie, wobei er auf die zusätzliche Aufstockung zugunsten des Programms EnergieSchweiz verzichtete. Dabei folgte sie der FK-NR, die beantragt hatte, dem Ständerat entgegenzukommen und dessen mildere Aufstockung von CHF 5.6 Mio. gegenüber der bundesrätlichen Position zu übernehmen. Dieser Kredit stehe nicht direkt mit dem CO2-Gesetz in Verbindung, weshalb eine Aufstockung durchaus gerechtfertigt sei, argumentierte Kommissionssprecher Brélaz (gp, VD). Eine Minderheit Schwander (svp, SZ) wollte zumindest in den Finanzplanjahren gänzlich auf eine Aufstockung verzichten, unterlag jedoch mit 134 zu 56 Stimmen. Die zusätzliche Erhöhung der Darlehen und Beteiligungen für die Entwicklungsländer, insbesondere des SIFEM, strich der Nationalrat überdies aus dem Budget, wie es der Ständerat zuvor vorgesehen hatte.

In der zweiten Runde des Differenzbereinigungsverfahrens blieben damit nur noch die Fragen der Krediterhöhung zugunsten des Kinderschutzes, der Kürzung der Personalausgaben sowie der Verbuchung der Covid-19-Arzneimittel und -Impfleistungen, die von der Höhe der zusätzlichen Ausgaben und somit von den anderen beiden Entscheiden abhängig war. Der Ständerat pflichtete der grossen Kammer in der Folge bezüglich des Kinderschutzes bei, wohlwissentlich, dass «diese Mittel nicht verwendet werden können, solange nicht rechtliche Grundlagen dafür bestehen», wie Kommissionssprecher Hegglin betonte. Dabei verzichtete er aber auf eine Zuschreibung dieser Gelder in den Planungsgrössen an die «Ombudsstelle Kinderrechte Schweiz». Stillschweigend und mit Zustimmung des Finanzministers sprach sich der Ständerat für diese Lösung aus.

In der Folge verzichtete der Nationalrat auf die Umbuchung des Arzneimittelkredits, was Kommissionssprecher Brélaz mit dem Verfahren der Budgetbereinigung begründete: Liegt am Ende der Budgetdebatte eine Differenz zwischen den Räten vor, wird jeweils der tiefere Betrag im Budget verwendet. In diesem Fall würde das aber bedeuten, dass die entsprechenden Kosten weder ordentlich noch ausserordentlich verbucht werden könnten – der Nationalrat hatte bei der ordentlichen Verbuchung den Wert 0 vorgesehen, der Ständerat bei der ausserordentlichen Verbuchung. Mit der stillschweigenden Entscheidung des Nationalrates, hier einzulenken, rechnete der Bund jedoch nur noch mit einem Überschuss von CHF 1.8 Mio. – es bliebe also nicht mehr viel Geld für ordentliche Nachträge, wie die beiden Kommissionssprechenden Brélaz und Wyss (sp, BS) erläuterten. Jedoch könne die Administration im ersten Nachtrag 2022 die Kreditreste für das Jahr 2022 abschätzen – anschliessend seien Nachträge in dieser Höhe gemäss FHG weiterhin möglich. Man habe diesen Mehraufwand für die Verwaltung insbesondere in Anbetracht des Antrags auf Querschnittskürzungen bei den Personalausgaben verhindern wollen. Diesen letzten Punkt zu den Personalausgaben konnte der Nationalrat trotz eines Minderheitsantrags Schilliger (fdp, LU) auf Einlenken nicht bereinigen – die Frage musste folglich in der Einigungskonferenz geklärt werden.

In der Einigungskonferenz war der Ständerat aufgrund der Regeln der Budgetdebatte in einer ungemein stärkeren Position – bei Ablehnung des Antrags der Einigungskonferenz würde sein (tieferer) Betrag ins Budget aufgenommen. Die FK-NR habe eine Verständigungslösung präsentiert, die jedoch kaum diskutiert worden sei, kritisierte Ursula Schneider Schüttel (sp, FR) die Debatte in der Einigungskonferenz während der anschliessenden Ratsdebatte. Der Ständerat habe sich in der Einigungskonferenz folglich durchgesetzt. Mit 119 zu 69 Stimmen respektive 37 zu 0 Stimmen sprachen sich National- und Ständerat für deren Antrag zum Voranschlag 2022 aus. Trotz eines Minderheitsantrags Schneider Schüttel auf Ablehnung des Antrags der Einigungskonferenz für die Finanzplanjahre setzte sich der Vorschlag der Einigungskonferenz im Nationalrat (mit 103 zu 87 Stimmen) und im Ständerat (mit 27 zu 11 Stimmen bei 2 Enthaltungen) ebenfalls durch. Somit wurden die Personalausgaben gegenüber der bundesrätlichen Version für das Jahr 2022 sowie für die Finanzplanjahre um CHF 21 Mio. (von CHF 6.1 Mrd.) gekürzt, um den Bundesrat aufzufordern, «nach Synergien über die ganze Verwaltung zu suchen», wie FK-SR-Sprecher Hegglin die Kürzung begründete.

Im September 2021 hiess der Nationalrat als Erstrat mit 95 zu 86 Stimmen bei 3 Enthaltungen eine Motion der FDP-Fraktion zur Klärung der Verantwortlichkeiten in der Führung bundesnaher Betriebe gut. Die Fraktion verlangte, dass der Bundesrat erstens das Vorgehen bei der Wahl des Verwaltungsrats festlegt, zweitens verschiedenste Zuständigkeiten bei Aufgaben wie jene für die Definition der Unternehmensziele und der Eignerstrategie beschliesst und drittens rechtliche Grundlagen zum Umgang mit Interessenskonflikten definiert. Die Fraktion berief sich bei der Forderung auf Empfehlungen der OECD aus dem Jahr 2015 betreffend die sogenannte Good-Governance staatsnaher Betriebe, welche der Bundesrat mit der Gesetzesanpassung weitestgehend umsetzen soll. Wie Peter Schilliger (fdp, LU) im Rat ausführte, nehme der Bund bei der Führung bundesnaher Betriebe mehrfache Rollen als Eigner, Auftraggeber, Regulator und gegenüber der Bevölkerung als Treuhänder wahr, weshalb Interessenskonflikte aufträten, die ein transparentes Management verlangten. Als Beispiel fügte die FDP-Fraktion die Wahl von Ex-SP-Präsident und Ex-Ständerat Christian Levrat (sp, FR) zum Verwaltungsratspräsident der Post AG durch SP-Bundesrätin Simonetta Sommaruga im Frühjahr 2021 an, wo ein Interessenskonflikt im Raum gestanden habe.
Finanzminister Ueli Maurer vertrat im Rat die Meinung des Bundesrates, wonach kein zusätzliches, spezielles Gesetz nötig sei, da die Vielfalt bei den bundesnahen Betrieben gross sei. Folglich sei es zielführender, die Oberaufsichtsfunktion des Parlaments in den zuständigen Subkommissionen der GPK spezifisch zu verbessern. Maurer verwies zudem auf den von Expertinnen und Experten erstellten Corporate Governance Bericht von 2019 sowie auf den Bericht zum Postulat Abate (fdp, TI), welcher dem Bund in der Oberaufsicht gute Noten erteilt hatte und in dem keine grösseren Massnahmen als erforderlich erachtet worden waren. Betreffend den Vorwurf des Interessenskonflikts im Fall Levrat erklärte Maurer, dass der höchste Posten bei der Post AG viel politisches Fingerspitzengefühl verlange, weshalb der SP-Magistrat als gut geeignet erachtet worden sei. Während die geschlossen stimmenden Fraktionen der SP und der Grünen zusammen mit einer Mehrheit der Mitte-Fraktion dem Bundesrat folgten, setzten sich die Fraktionen der FDP, der GLP und der SVP knapp durch und sorgten für Annahme der Motion.

Weil die Motion Flückiger-Bäni (svp, AG) nicht innerhalb von zwei Jahren seit ihrer Einreichung Mitte März 2018 behandelt worden war, wurde sie Mitte Juni 2020 abgeschrieben. Die Aargauerin hätte den Bund bei Staatsunternehmen stärker in die Pflicht nehmen wollen. Staatsnahe Betriebe müssten klare strategische Leitplanken haben und nur Produkte auf Märkten anbieten, mit denen sie private Unternehmen weder herausfordern noch konkurrenzieren.
In seiner Antwort hatte der Bundesrat auf den Bericht zum Postulat der FDP-Fraktion bzw. zum Postulat Schilliger (fdp, LU) verwiesen, in welchem er dargelegt hatte, wie der Bund mittels Steuerung der bundesnahen Betriebe Wettbewerbsverzerrungen vermeide. Er habe klare strategische Leitplanken, die das Anliegen der Motion bereits erfüllten.