Am 26. Mai 2021 brach der Bundesrat die Verhandlungen über das institutionelle Rahmenabkommen mit der EU offiziell ab. Nach dem Treffen von Bundespräsident Parmelin mit Kommissionspräsidentin von der Leyen Ende April 2021, hatte sich in dem Dossier lang wenig bewegt, bis schliesslich Radio SRF mit der Publikation eines vom Bundesrat als geheim eingestuften Dokuments, welches die Risiken und Nebenwirkungen eines gescheiterten Rahmenabkommens aufschlüsselte, für neuen Gesprächsstoff sorgte. Potenziell schwerwiegende Konsequenzen drohten in einer ganzen Palette von Themenbereichen, die von Strom und Handel über Gesundheit bis zur Filmförderung reichten. Insbesondere auf die Gefahr, dass bestehende Abkommen nicht erneuert werden, oder dass die EU die Äquivalenz der Schweizer Gesetzgebung nicht anerkennen würde, wurde hingewiesen. So könne beispielsweise eine fehlende Gleichwertigkeit beim Datenschutz zahlreiche Schweizer KMUs und deren Geschäftspraktiken bedrohen, hielt der Bericht fest. Nichtsdestotrotz fand sich im Medienecho zu jenem Zeitpunkt zumindest ein Funken Hoffnung auf einen positiven Ausgang der Verhandlungen. Der Sonntags-Blick zitierte in der Ausgabe vom 23. Mai aus einer E-Mail der EU-Chefunterhändlerin Riso, in der diese die Diskussion über die Unionsbürgerrichtlinie als «am wenigsten finalisierte» Frage bezeichnete, gleichzeitig aber eine gewisse Kompromissbereitschaft der EU ausdrückte, den Vertrag erneut durchzugehen und nach Lösungen zu suchen. Gleichentags veröffentlichte die Sonntagszeitung jedoch die Meldung, dass der Bundesrat den Abbruch der Verhandlungen über das Rahmenabkommen am 26. Mai vorsehe. Gemäss Sonntagszeitung plante der Bundesrat stattdessen einen Auffangplan, um den Konflikt mit der EU und die negativen wirtschaftlichen Folgen innen- und aussenpolitisch abzuschwächen. Unter anderem sei die Freigabe des zweiten Kohäsionsbeitrags vorgesehen, um Kooperationen wie das Forschungsprogramm Horizon weiterführen zu können. Eine weitere Möglichkeit der Bekräftigung des bilateralen Wegs – «Stabilex» genannt – beinhalte die einseitige Anpassung des Schweizer Rechts in politisch unumstrittenen Bereichen an EU-Bestimmungen, berichteten sowohl die Sonntagszeitung wie auch die NZZ.

Am 26. Mai bestätigte der der Bundesrat also diese Gerüchte und erklärte die Verhandlungen in einer Medienmitteilung für beendet. Dieser war zu entnehmen, dass der Bundesrat in zentralen Bereichen des Abkommens – Lohnschutz, Unionsbürgerrichtlinie, staatliche Beihilfen – weiterhin substanzielle Differenzen identifiziert hatte, weshalb er sich entschieden habe, das InstA nicht zu unterzeichnen und dies der EU auch so mitzuteilen. Im offiziellen Schreiben an die Europäische Kommission bot der Bundesrat die Einrichtung eines regelmässigen politischen Dialogs sowie die Prüfung von Problemen hinsichtlich der bestehenden Abkommen und die Suche nach pragmatischen Lösungen an. Er formulierte darin auch die Erwartungshaltung, dass die geltenden Abkommen «von beiden Parteien weiterhin vollumfänglich angewandt und im Falle relevanter Weiterentwicklungen des EU-Rechts aktualisiert» würden. Dabei hob er vor allem die Zusammenarbeit im Gesundheits- und Strombereich hervor. In seiner Medienmitteilung gestand der Bundesrat, dass das Nichtzustandekommen gewisse Nachteile mit sich bringe, wie zum Beispiel die Tatsache, dass keine neuen Marktzugangsabkommen abgeschlossen werden können. Er betonte jedoch, dass die Schweiz die bilaterale Zusammenarbeit mit der EU weiterführen wolle, weil man nicht nur in wirtschaftlicher Hinsicht verbunden sei, sondern auch eine europäische Wertegemeinschaft bilde und gemeinsam globale Herausforderungen angehe. Der Bundesrat versprach, den politischen Dialog mit der EU zu suchen und sich für eine rasche Deblockierung der Kohäsionsmilliarde einzusetzen. Er liess auch verlauten, dass er das EJPD damit beauftragt habe, gemeinsam mit anderen Departementen die Möglichkeit von eigenständigen Anpassungen im Schweizer Recht (Stabilex) zu prüfen, um dadurch die bilateralen Beziehungen zu stabilisieren.
Die EU-Kommission bezog gleichentags Stellung zur «einseitige[n] Entscheidung» und drückte ihr Bedauern über den Ausgang der Verhandlungen aus. Das InstA hätte eine Verbesserung des bilateralen Ansatzes ermöglicht und dessen Weiterentwicklung sichergestellt, liess die Kommission verlauten. Aus Kreisen der Kommission wurden zudem Stimmen laut, die behaupteten, die EU hätte zurzeit dringendere Probleme als die Schweiz, beispielsweise die Lage in Belarus. Der luxemburgische Aussenminister Jean Asselborn wünschte sich im Gespräch mit Le Temps eine solide Verhandlungsbasis, weil man die Situation so nicht auf sich beruhen lassen könne. Weitere prominente EU-Parlamentarier reagierten prompt auf diesen Paukenschlag. Andreas Schwab, der Vorsitzende der EU-Parlamentsdelegation für die Beziehungen zur Schweiz, sah durch den Entscheid mehr als sieben Jahre Verhandlungen «sinnlos vergeudet», wobei die offenen Fragen auch nach dem Verhandlungsabbruch weiter bestünden. Die vom Bundesrat geplante Freigabe der Kohäsionsmilliarde würde die angespannte Situation seiner Meinung nach nicht verbessern. Er warnte auch, dass sich die EU-Kommission in Zukunft noch genauer darauf achten werde, ob die Schweiz die geltenden bilateralen Verträge korrekt umsetze. Die NZZ berichtete, dass die EU auf den Schweizer Vorschlag der selektiven Rechtsangleichung verärgert reagiert habe. Neue sektorielle Marktzugangsabkommen in den Bereichen Strom oder Medizinaltechnik seien ohne übergeordneten Rahmen nicht denkbar, schliesslich habe die EU-Kommission klar gemacht, dass ein privilegierter Zugang zum Binnenmarkt gleiche Regeln und Pflichten voraussetze, so die NZZ.

«Gratulation an den Bundesrat» titelte der Blick am Tag nach der Entscheidung und sowohl SVP-Parteipräsident Chiesa (svp, TI) wie auch SGB-Präsident Maillard (sp, VD) zeigten sich erleichtert über den Abbruch, wenn auch aus unterschiedlichen Gründen. Maillard äusserte seine Zufriedenheit über den Abbruch an der Delegiertenversammlung des SGB, wo er klar machte, dass die Gewerkschaften nie eine Schwächung des Lohnschutzes hingenommen hätten. Der SGB forderte für das weitere Vorgehen die Beibehaltung der bilateralen Abkommen, mehr sozialen Schutz, Mindestlöhne und verbindliche Tarifverträge, nur dann würde man Reformen unterstützen, sagte Maillard. Chiesa sah im Abbruch indes einen «Sieg für die Selbstbestimmung, die direkte Demokratie und die Schweizer Bevölkerung». Die Reaktionen der Schweizer Parteien fielen sowohl bezüglich Inhalt als auch Intensität unterschiedlich aus. Als «das grösste Armutszeugnis, das ich von unserer Landesregierung je gesehen habe» kritisierte Jürg Grossen (glp, BE) den Bundesrat harsch für dessen Entscheid. Er sparte auch nicht mit Kritik an anderen Parteien wie der SP, die sich von den Gewerkschaften habe treiben lassen, der Mitte, deren Präsident eine schädliche Haltung vertreten habe, und der FDP, welche laut Grossen mit ihren zwei Bundesräten die Hauptverantwortung für das Scheitern trage. Die SP und die FDP bedauerten das Scheitern des InstA zwar beide, machten aber mit Ignazio Cassis respektive den Gewerkschaften unterschiedliche Akteure dafür verantwortlich. SP-Co-Präsident Wermuth (sp, AG), der sich lange optimistisch gegeben hatte und einen Kompromiss bei der Unionsbürgerrichtlinie in Betracht gezogen hatte, kritisierte den Bundesrat im Tages-Anzeiger dafür, dass er parallel zum Abbruch keinen Plan B vorlegen konnte und forderte eine Auslegeordnung, bei der auch der EWR- und EU-Beitrittsverhandlungen zur Wahl stehen. Petra Gössi (fdp, SZ) griff an gleicher Stelle hingegen die Gewerkschaften an, die «jeden Kompromiss beim Lohnschutz verhindert» hätten und forderte neben einer gemeinsamen Lösungssuche mit der EU auch ein «Fitnessprogramm», beispielsweise einen Einheitssatz bei der Mehrwertsteuer. Gössi erklärte, dass sich die FDP für den bilateralen Weg nach aktuellem Stand einsetze und weder eine Vertiefung noch einen Rückbau der Beziehungen unterstütze. Konkret fordere sie eine limitierte Dynamisierung der Bilateralen in technischen Sachbereichen, die unbestritten sind; aktive Partnerschaften mit Drittstaaten durch neue Freihandelsabkommen und einen flexibleren Arbeitsmarkt mit höheren Kontingenten für Fachkräfte aus Drittstaaten. Zufrieden zeigten sich gegenüber dem Tages-Anzeiger Mitte-Präsident Gerhard Pfister (mitte, ZG), der gemäss Blick an den Von-Wattenwyl-Gesprächen Anfang Mai bereits offen den Verhandlungsabbruch gefordert haben soll und sich über die neu herrschenden Klarheit freute, – ebenso wie Thomas Aeschi (svp, ZG), der einzig das Abkommen über die Medizinaltechnik als Problem anerkannte. Ebenjene Medtech-Branche wurde von den Medien zum «ersten Opfer» des Verhandlungsabbruchs ernannt, denn am gleichen Tag, an dem das Rahmenabkommen beerdigt wurde, trat eine neue EU-Regulierung zu Medizinprodukten in Kraft. Zwar hatte die Schweiz ihr Recht an diese neue Regulierung angepasst, doch da die EU die Erneuerung des Abkommens zur gegenseitigen Anerkennung von Produktbescheinigungen verzögerte, galten Schweizer Anbieter in der EU fortan als Drittstaatenanbieter. Daher mussten Schweizer Exportfirmen plötzlich Bevollmächtigte mit Niederlassung im EU-Raum bestimmen und deren Produkte benötigten eine spezifische Etikettierung. Insgesamt rechnete der Branchenverband Swiss Medtech mit einmaligen Zusatzkosten von CHF 110 Mio. und einem jährlichen Zusatzaufwand in Höhe von CHF 75 Mio., was einer Exportsteuer von 1.4 bis 2 Prozent gleichkäme. Laut Swiss Medtech mache diese neue Regelung die Schweiz als Hauptsitz für aussereuropäische Firmen unattraktiv.

Wie der Tages-Anzeiger berichtete, hatten europafreundliche Akteure aus Politik, Wirtschaft und Zivilgesellschaft schon im Vorfeld des Verhandlungsabbruchs unter der Leitung der Operation Libero über eine Volksinitiative zur institutionellen Einigung mit der EU beraten. Die Operation Libero verkündete, dass die Idee einer Volksinitiative nach dem Scheitern des Rahmenabkommens «überhaupt nicht vom Tisch» sei. Zwar sei es schwieriger geworden, die Unterzeichnung des Rahmenabkommens zu fordern, doch es gebe weiter Ideen, wie man die institutionellen Fragen mit der EU klären könnte. Der emeritierte Rechtsprofessor Thomas Cottier befürwortete die Lancierung einer Volksinitiative, denn es müsse endlich eine richtige europapolitische Debatte in Gang gesetzt werden. Den Plan B des Bundesrats, sich durch Stabilex einseitig an EU-Recht anzupassen, bezeichnete er als «kolossales Eigentor» und den Ausgang der Verhandlungen als «Regierungsversagen», weil die Schweiz sich damit noch stärker als bisher selbstständig an das EU-Recht anpassen werde ohne über ein Mitspracherecht zu verfügen und ohne dass dadurch der Marktzugang gesichert werde. Cédric Wermuth und SP-Nationalrat Eric Nussbaumer (sp, BL) gingen in ihren Vorschlägen noch weiter und stellten einen EU- oder EWR-Beitritt in Aussicht. Um diese Annäherung zu starten, schlug die SP ein ganzes Bündel an Massnahmen, Reformen und Gesprächsangeboten vor. Die Kohäsionsmilliarde solle nicht nur freigegeben, sondern auch substanziell erhöht werden. Darüber hinaus solle die Schweiz in den Bereichen Migration, Green New Deal, Wirtschaftsprogramm nach Covid aber auch in Steuerfragen, wie der Unternehmensbesteuerung, Kooperationsverträge mit der EU abschliessen. Mittelfristig könne man so die Beziehung zur EU wieder normalisieren, erklärte Parteipräsident Wermuth. Die Forderung des EU-Beitritts mit Opting-Out (Ausnahmebestimmungen) seines Parteikollegen Fabian Molina beurteilte Wermuth nüchtern als «kein kurzfristig realistisches Szenario», aber er hielt die Beitrittsdiskussion für nötig. Molinas Extremposition stiess bei den Grünen und den Grünliberalen zu diesem Zeitpunkt jedoch auf wenig Unterstützung. Sowohl Balthasar Glättli (gp, ZH) wie auch Jürg Grossen bevorzugten gemässigtere Alternativen wie ein neues Rahmenabkommen oder den EWR. Die Mitte und die FDP distanzierten sich hingegen in der Öffentlichkeit von Annäherungsmassnahmen, die über die Freigabe der Kohäsionsmilliarde hinausgingen. Im Parlament wurden Anfang Juni verschiedene Vorstösse eingereicht, die vom Bundesrat eine umfassende Auslegeordnung der bilateralen Beziehungen forderten oder konkrete Handlungsalternativen vorschlugen, darunter auch eine Motion von Molina zum EU-Beitritt.

Nachdem der Bundesrat im Januar 2021 den Entwurf der SPK-NR zur Änderung des Asylgesetzes (AsylG), gutgeheissen hatte, widmete sich der Nationalrat in der Sondersession 2021 als Erstrat dem Entwurf. Konkret schlug die SPK-NR vor, dem SEM das Recht zu erteilen, im Rahmen des Asyl- oder Wegweisungsverfahrens die mobilen Datenträger von Asylbewerbenden zu verwenden, deren Identität nicht anders festgestellt werden kann. Die Feststellung der Identität, der Staatsangehörigkeit und des Fluchtweges sei ein wichtiger Faktor für die Geschwindigkeit der Asylverfahren, insbesondere bei Personen, die keine Papiere mit sich tragen – was auf 70 bis 80 Prozent der Asylbewerbenden zutreffe. Die Möglichkeit zur Nutzung von Mobiltelefonen im Rahmen der Mitwirkungspflicht würde diesen Vorgang und somit das gesamte Verfahren beschleunigen, was wünschenswert sei, erklärte Marco Romano (mitte, TI) im Namen der Kommissionsmehrheit. Der zweite Kommissionssprecher, Damien Cottier (fdp, NE), erläuterte weiter, dass es das Ziel dieses Entwurfes sei, eine Brücke zu schlagen zwischen dem nötigen Zugang zu verlässlichen Informationen über die Identität der Antragstellenden und deren Privatsphäre. Letztere werde unter anderem dadurch sichergestellt, dass die Herausgabe der Datenträger nur als Ultima Ratio vorgesehen sei. Weiter solle die betroffene Person über die genauen Massnahmen und die Vorgehensweise informiert werden und in Begleitung eines Rechtsbeistandes bei der Auswertung persönlich anwesend sein. Ausserdem dürfe die Aushändigung nicht erzwungen werden und der Bundesrat solle nach drei Jahren eine Evaluation dieser Massnahmen vornehmen und einen entsprechenden Bericht veröffentlichen. Gregor Rutz (svp, ZH), auf dessen parlamentarische Initiative dieser Gesetzesentwurf zurückging, betonte im Namen der SVP-Fraktion, dass die Daten dabei helfen könnten, den Kampf gegen Schlepper-Netzwerke voranzubringen, und vielleicht sogar dabei, Kriegsverbrechen aufzudecken. Auch der Bundesrat sprach sich für die beantragte Gesetzesrevision aus, wobei er insbesondere die Regeln zur Wahrung der Verhältnismässigkeit und des Datenschutzes befürworte, wie Bundesrätin Karin Keller-Sutter ausführte.
Eine Minderheit um Balthasar Glättli (gp, ZH) wollte nicht auf die Vorlage eintreten, weil es das offensichtliche Ziel dieser Vorlage sei, dass Asylsuchende leichter abgewiesen und zurückgeführt werden können. Daten aus Deutschland zeigten, dass das Auswerten von mobilen Datenträgern fehleranfällig sei und oft nicht den gewünschten Effekt bringe. So habe nur in seltenen Fällen ein Widerspruch zu den Aussagen der betroffenen Personen aufgedeckt werden können. Für einen solch kleinen «materiellen Bonus» sei das Verfahren schlicht zu teuer und zu aufwendig, wie Glättli erklärte. Ada Marra (sp, VD) ergänzte, es sei höchst problematisch, dass mit dieser Gesetzesänderung den Asylsuchenden faktisch mehr Privatsphäre abgesprochen werde als Schwerverbrecherinnen und Schwerverbrechern; um die Daten der mobilen Datenträger in einem Strafverfahren durchsuchen zu dürfen, sei nämlich ein richterlicher Entscheid nötig, was hier nicht vorgesehen sei. Ähnlich schien es auch das UNHCR zu sehen, welcher sich in einer Stellungnahme kritisch zur vorgeschlagenen Gesetzesänderung geäussert hatte. Das Hochkommissariat hatte moniert, der starke Eingriff in die Privatsphäre der Schutzsuchenden, welche völkerrechtlich sowie durch die Bundesverfassung geschützt sei, werde zu wenig gut geregelt. Des Weiteren sei es – mit Blick auf die auch von Balthasar Glättli angesprochenen Evaluationen aus Deutschland – zu bezweifeln, dass die Massnahme wirklich das gewünschte Ziel erreiche. Gegen den Widerstand von Links-Grün trat der Nationalrat schliesslich mit 122 zu 65 Stimmen auf die Vorlage ein.
In der Detailberatung forderte Gregor Rutz, dass die mobilen Geräte bei Asylverfahren und Wegweisungsverfahren für fünf Tage zwangsweise entzogen werden dürfen, sollte eine betroffene Person diese nicht freiwillig abgeben. Rutz argumentierte, dieser Zwang könne auch präventiv wirken und die Gesuchstellenden dazu bewegen, von selbst aktiv mitzuwirken. Da dies lediglich die Klärung der Identität betreffe, gehe dieser Vorschlag zu weit, fand jedoch Kurt Fluri (fdp, SO), insbesondere da bereits die Verweigerung per se in den Asylentscheid mit einfliessen werde. Céline Widmer (sp, ZH) fügte an, dass auch der EDÖB klar vermerkt habe, dass die Durchsuchung der Daten nie unter Zwang geschehen dürfe. Und auch der Bundesrat habe in seiner Stellungnahme deutlich gemacht, dass ein Zwang die Verhältnismässigkeit verletzen würde, die nötig ist, um ein Grundrecht einzuschränken, führte Damien Cottier weiter aus. In der Folge lehnte der Nationalrat diese Forderung mit 117 zu 70 Stimmen bei einer Enthaltung ab, wobei sich neben der geschlossenen SVP-Fraktion auch die Hälfte der Mitte-Fraktion sowie einzelne Stimmen aus der FDP.Liberalen-Fraktion dafür aussprachen. Auf der anderen Seite versuchte Ada Marra ebenso erfolglos, die Regelung, dass Mobiltelefone beim Asylverfahren oder bei Rückweisungen genutzt werden dürfen, ganz zu streichen. Unterstützung erhielt sie aus der eigenen sowie der Grünen Fraktion. Ihre beiden Einzelanträge wurden somit mit 121 zu 65 Stimmen bei einer Enthaltung abgelehnt.
In einem zweiten Block wurde in insgesamt fünf Anträgen geklärt, welche Daten erhoben, wie lange sie gespeichert und wie sie verarbeitet werden dürfen. Auch hier lehnte der Nationalrat alle Minderheiten und Einzelanträge ab und stimmte somit dem Entwurf der SPK-NR unverändert zu. Gregor Rutz forderte etwa zum einen, dass die Notwendigkeit und die Verhältnismässigkeit des Verfahrens nicht in jedem Einzelfall neu geprüft werden müssen, und zum anderen, dass die betroffene Person nicht über das Verfahren aufgeklärt werden muss. Das Verfahren solle laut Rutz nicht zuletzt im Sinne der Betroffenen «fair, korrekt, aber auch effizient» sein, weshalb diese zeitintensiven Bedingungen zu streichen seien. Ausserhalb der Fraktionen der SVP und der Mitte erhielten die Anträge von Rutz allerdings keine Zustimmung. Es sei wichtig, dass die Menschen verstünden, worum es gehe und was mit ihren Daten passiere, verteidigte Kommissionssprecher Cottier die Auflagen. Céline Widmer (sp, ZH) übernahm zudem zwei Minderheitsanträge von Angelo Barrile (sp, ZH) für eine Verstärkung des Datenschutzes, die allerdings ebenfalls ausschliesslich von Mitgliedern der SP-, der Grünen- und der Grünliberalen-Fraktion unterstützt wurden und somit mit 111 zu 79 Stimmen abgelehnt wurden.
In der Gesamtabstimmung nahm der Nationalrat den Entwurf der SPK-NR mit 123 zu 65 Stimmen gegen den Willen der SP- und der Grünen-Fraktion sowie einem Mitglied der Grünliberalen an. Damit ging das Geschäft weiter an den Ständerat.