Die KVF-SR stellte sich grundsätzlich hinter die bundesrätlichen Anträge in der Botschaft zum Stand und zu Änderungen der Ausbauprogramme für die Bahninfrastruktur sowie zur Perspektive Bahn 2050. Um eine «über alle Regionen ausgewogene Weiterentwicklung des öffentlichen Verkehrs» sicherzustellen, beantragte die Kommission ihrem Rat aber, in den Ausbauschritten 2025 und 2035 verschiedene Projekte anzupassen oder neu aufzunehmen.
Die Strategie Bahn 2050 nahm die Kommission zur Kenntnis. Kommissionssprecher Wicki (fdp, NW) erläuterte, dass die Kommission den Fokus der Strategie auf kurze und mittlere Strecken grundsätzlich begrüsse, die Strecken zwischen Städten und Agglomerationen sowie der langstreckenfokussierte Güterverkehr dabei aber nicht in den Hintergrund rücken dürften. Die Kantone hätten in der Anhörung der Kommission zudem verlauten lassen, dass sie den Ausbau internationaler Verbindungen zu den grossen Städten und Tourismuszentren begrüssen würden.
Die mitberichtende FK-SR stellte keine von der bundesrätlichen Botschaft abweichenden Anträge, merkte aber an, «dass die Finanzierung der Bahninfrastruktur angesichts des Bedarfs aller Regionen eine Herausforderung bleibt».

In der Wintersession 2023 stand die Beratung des Geschäfts auf der Traktandenliste des Ständerats. In der Eintretensdebatte wurden Fragen bezüglich der langfristigen Planung der Bahnentwicklung sowie der Auswahl der Projekte laut. Stefan Engler (mitte, GR) beispielsweise bemängelte die seines Erachtens geringe parlamentarische und demokratische Legitimation der Projektauswahl, die Stossrichtung der räumlichen Entwicklung der Bahn und die Ausgestaltung der Angebotskonzepte. Er stellte zudem die Frage, warum der Marktanteil der Bahn trotz grosser Investitionen in die Infrastruktur stagniere. Auch müsse in der Planung auf das nationale Zusammenspiel der verschiedenen Planungsregionen geachtet werden, wie Benedikt Würth (mitte, SG) ergänzte. Bundesrat Rösti erläuterte in Anbetracht dieser Fragen, dass die vorliegende Strategie Bahn 2050 eine erste Stossrichtung vorgebe. Eine Konkretisierung des angestrebten Bahnausbaus und des Angebotskonzepts sowie die Möglichkeit, diese im Parlament zu beraten, stellte er für die Botschaft 2026 in Aussicht.
Eintreten wurde in der Folge ohne Gegenantrag beschlossen.
In der Detailberatung gab der erste Teil der Vorlage bezüglich Anpassungen an den Ausbauschritten 2025 und 2035 Anlass zur Debatte. Die KVF-SR beantragte ihrem Rat beim Ausbauschritt 2025, am bisherigen Beschlusstext festzuhalten und die Entflechtung in Pratteln weiterzuführen, da deren Notwendigkeit unbestritten sei. Dafür beantragte sie eine Krediterhöhung um CHF 25 Mio. Laut Kommissionssprecher Wicki sei die Verwaltung der Meinung, dass im Projekt bereits genügend Mittel zur Verfügung stehen, um die Entflechtung weiterzuführen. Die Kommission habe sich jedoch einstimmig für die Krediterhöhung ausgesprochen, «damit das Projekt ernst genommen wird». Die kleine Kammer stellte sich stillschweigend hinter den Antrag der Kommission.
Beim Ausbauschritt 2035 empfahl die KVF-SR, der vom Bundesrat beantragten Aufnahme des Vollausbaus des Lötschberg-Basistunnels, der Projektierung des multifunktionalen Grimseltunnels und dem Bau des Tunnels Morges-Perroy zuzustimmen, was der Ständerat diskussionslos genehmigte.
Zusätzlich beantragte die Kommissionsmehrheit die Aufnahme von weiteren (Teil-)Projekten. Im Projekt zur Kapazitätserweiterung auf der Strecke Luzern-Zug-Zürich schlug die Kommission vor, vier Gleise des Bahnhofs Ebikon zu verlängern. Dies werde mit dem Bau des Durchgangsbahnhofs Luzern früher oder später ohnehin notwendig und mit der frühen Aufnahme des Ausbaus könnten längere Bautätigkeiten vermieden werden. Der Kreditrahmen sollte entsprechend um CHF 100 Mio. erhöht werden. Weiter sollte im Raum Basel die S-Bahn-Haltestelle Morgartenring realisiert werden. Bei der Strecke Zürich-Chur empfahl die KVF-SR, den bisher einspurigen Streckenabschnitt Tiefenwinkel auf zwei Spuren auszubauen. Der Ständerat sprach sich diskussionslos für diese drei Projektierungen aus.
Zudem beantragte die KVF-SR ihrem Rat zwei Änderungen im Raum Westschweiz. Erstens sollten Vorstudien bzw. Projektierungen für die Projekte Arc-Express und Bypass Bussigny erstellt werden, was die kleine Kammer stillschweigend guthiess. Zweitens sollten CHF 100 Mio. bereitgestellt werden, um «Verschlechterungen in der Westschweiz im Kontext des Fahrplanwechsels aufzufangen». Kommissionssprecher Wicki sprach von einer grossen Notwendigkeit und erklärte, dass sich die Kommission mit 6 zu 5 Stimmen bei einer Enthaltung für diesen Antrag ausgesprochen habe. Bundesrat Rösti stellte sich gegen die Bereitstellung dieser Mittel, da keine konkreten Projekte vorliegen würden. Rösti führte zudem aus, dass – sollten konkrete Massnahmen nötig sein – entsprechende Gelder auf dem ordentlichen Weg beantragt werden könnten. Der Ständerat stellte sich jedoch hinter die Meinung seiner Kommission und sprach sich mit 40 zu 2 Stimmen bei einer Enthaltung für die Sprechung der Mittel aus.
Auch ein Minderheitsantrag lag zum Ausbauschritt 2035 vor. Minderheitssprecher Mathias Zopfi forderte, dass im Rahmen des Ausbaus des Zimmerberg-Basistunnels II eine Abzweigung für den angedachten Meilibachtunnel gebaut wird. Der Ausbau des Meilibachtunnels sei einerseits von zentraler Bedeutung für die Kantone Zürich, St. Gallen, Graubünden, Glarus und Schwyz sowie auch für die internationalen Zugverbindungen. Andererseits könnte die Sperrung des Zimmerberg-Basistunnels, welche ohne die Vorinvestition in die Abzweigung nötig wäre, massive Engpässe im Bahnverkehr verursachen. Kommissionssprecher Wicki ergänzte dazu, dass sich der Bau des Zimmerberg-Basistunnels leicht verzögern und Mehrkosten von CHF 100 Mio. anfallen würden, wenn die Abzweigung in den Ausbauschritt aufgenommen würde. Die Kommissionsmehrheit sei aber der Ansicht, dass die Vorinvestition mit finanziellen Risiken behaftet sei. Da bisher keine konkrete Projektierung für den Meilibachtunnel vorliege, bestehe die Gefahr, dass die investierten Mittel bei einer Projektänderung verloren gingen. Dies sei bereits beim Lötschberg-Basistunnel der Fall gewesen, als eine Abzweigung an der falschen Stelle und im falschen Winkel realisiert wurde. Die kleine Kammer sprach sich – nachdem Bundesrat Rösti versichert hatte, dass der Ausbau der Abzweigung keine «epische» zeitliche Verzögerung mit sich bringen würde – mit 40 zu 3 Stimmen bei 2 Enthaltungen für den Minderheitsantrag aus und nahm die Vorinvestition in den Ausbauschritt 2035 auf.
In der Gesamtabstimmung stellte sich die kleine Kammer einstimmig hinter diesen ersten Teil der Vorlage.
Die drei weiteren Teile der bundesrätlichen Vorlage waren unumstritten. Der Ständerat genehmigte stillschweigend die Anpassung der ZEB sowie die Verpflichtungskredite für die Ausbauschritte 2025 und 2035, welche entsprechend den vorher genehmigten Projekten erhöht wurden. In den Gesamtabstimmungen herrschte Einstimmigkeit über die Annahme der drei Beschlüsse. Somit ging die Vorlage mit den Ergänzungen in beiden Ausbauschritten zur Beratung an den Nationalrat.

Der Ständerat genehmigte zudem die Abschreibung eines Postulats und einer Motion der KVF-SR. Den Antrag auf Abschreibung für ein drittes Postulat zog Bundesrat Rösti zurück, nach dem Johanna Gapany (fdp, FR) einen entsprechenden Antrag gestellt hatte. Gapany hatte argumentiert, dass in der vorliegenden Fassung der Strategie Bahn 2050 zwar ein Fokus auf einigen lokalen Projekten bestehe, ein umfassender Masterplan bezüglich der schweizweiten Vision des Eisenbahnnetzes aber noch nicht vorliege.

Die KVF-SR verlangte mit einem im Mai 2021 eingereichten Postulat eine umfassende Auslegeordnung zur zukünftigen Ausrichtung der Schienengüterverkehr-Politik. Dabei wollte die Kommission eine ganze Palette an offenen Punkten beantwortet wissen; sie stellte beispielsweise Fragen rund um die Struktur, die Leistungen, die Eigenwirtschaftlichkeit und die Ausrichtung von SBB Cargo. Das Postulat stellte aber auch Fragen zum Import und Export von Gütern auf der Schiene und zum Beitrag des Schienengüterverkehrs zur Landesversorgung, zur Verkehrsverlagerung und zur nachhaltigen Ausrichtung der Lieferketten. Schliesslich sollte im geforderten Postulatsbericht auch auf einen allfälligen gesetzgeberischen Handlungsbedarf für die Weiterentwicklung des Schienengüterverkehrs eingegangen werden.
Der Bundesrat beantragte die Annahme des Postulates und der Ständerat beugte sich in der Herbstsession 2021 darüber. Stefan Engler (mitte, GR) und Paul Rechsteiner (sp, SG) wiesen darauf hin, dass der Vorstoss im grösseren Kontext der allgemeinen Verkehrspolitik (Stichwort Cargo sous terrain) und der wirtschaftlichen Probleme bei SBB Cargo stehe. Anschliessend wurde der Vorstoss stillschweigend angenommen.

Die bessere Ausnutzung der Eisenbahnanlagen für den Gütertransport stand im Zentrum eines im März 2021 eingereichten Postulates von Charles Juillard (mitte, JU). Dieser verlangte einen Bericht über die Entwicklung des Schienengüterverkehrs und über Massnahmen zur stärkeren Verlagerung des Gütertransports. Juillard begründete seinen Vorstoss mit der Tatsache, dass in den letzten Jahren die Zahl der Bedienpunkte – die Stellen, an denen die Waren vom Lastwagen auf den Zug umgeladen werden – durch SBB Cargo stark reduziert worden sei. Daher seien manche kleineren Firmen in eher abgelegenen Regionen dazu übergegangen, ganz auf den Transport mit Lastwagen zu setzen. Dies wiederum führe dazu, dass die Rentabilität des Schienenverkehrs sinke und die Schliessung weiterer Bedienpunkte geprüft werde. Dieses Vorgehen und dessen Folgen stünden indes in Widerspruch zur Bekämpfung von Schadstoff-, Luft- und Lärmemissionen, die von den Lastwagen ausgingen. Der Bundesrat beantragte die Annahme des Postulates. Er wollte dieses gegebenenfalls zusammen mit der bereits überwiesenen Motion Dittli (fdp, UR; Mo. 20.3222) umsetzen.
Die kleine Kammer behandelte das Geschäft in der Sommersession 2021. Im Plenum fasste Juillard noch einmal die wichtigsten Punkte seines Postulates zusammen, danach steckte Kommissionspräsident Engler (mitte, GR) den grösseren verkehrspolitischen Rahmen dieses Vorstosses ab: Die KVF-SR sei der Ansicht, dass die Verkehrsverlagerung im internationalen Güterverkehr bislang gut vorangekommen sei, beim Binnengüterverkehr sowie im Import- und Exportverkehr gebe es jedoch noch Luft nach oben. In diesem Bereich habe der offene Markt dazu geführt, dass die Güter nur noch dort auf die Schiene verlagert würden, wo es sich auch wirtschaftlich lohne. Er danke daher Ratskollege Juillard für das Postulat, welches im Übrigen durch ein neu eingereichtes Kommissionspostulat zur Zukunft des Güterverkehrs ergänzt werde. Nach diesen Voten liess es sich ASTAG-Präsident Burkart (fdp, AG) nicht nehmen, noch eine Lanze für den Gütertransport auf der Strasse respektive für die Kombination der verschiedenen Verkehrsträger zu brechen: «Alle Verkehrsträger haben ihre Vorteile, alle haben ihre Nachteile, aber zusammen bringen sie ein erfolgreiches Logistik- und Güterverkehrssystem in unserem Lande zustande, und das sollte man bitte schön auch einmal attestieren». Dem pflichtete auch Verkehrsministerin Sommaruga bei. Es brauche generell eine Auslegeordnung zum Binnengüterverkehr, sowohl betreffend den Bahngüterverkehr als auch betreffend die Kombination der Verkehrsmittel, daher werde der Bundesrat gerne den gewünschten Bericht erarbeiten. Anschliessend nahm der Ständerat das Postulat stillschweigend an.

In der Sommersession 2021 beugte sich der Ständerat als Erstrat über das Bundesgesetz über den unterirdischen Gütertransport. Er stimmte dabei im Grossen und Ganzen der Vorlage des Bundesrates zu, wich aber in einigen wenigen Punkten von der bundesrätlichen Version ab.
Die Eintretensdebatte war geprägt von lobenden Worten seitens der Bürgerlichen für das geplante Projekt «Cargo sous terrain» (CST), wobei der Ständerat ja nur über die dafür nötigen gesetzlichen Rahmenbedingungen zu befinden hatte. Das Projekt wurde als «innovativ» (Wicki (fdp, NW), Engler (mitte, GR), Knecht (svp, AG)), «exzellent» (Français (fdp, VD)) und «historisch» (Bischof (mitte, SO)) bezeichnet – die übrigen Fraktionen blieben in der Eintretensdebatte ohne Wortmeldungen. Verkehrsministerin Sommaruga würdigte das Projekt ebenfalls und unterstrich, dass es beim vorliegenden Gesetzesvorhaben nicht darum gehe, dieses Infrastrukturprojekt selber zu erschaffen. Es sei vielmehr ein Ermächtigungsgesetz, damit von privater Seite her gebaut werden könne. Zudem müsse diese neue Infrastruktur mit der bestehenden Strassen- und Schieneninfrastruktur optimal abgestimmt werden. Das Gesetz regle folglich die Rahmenbedingungen für die Errichtung und den Betrieb der unterirdischen Gütertransportanlage sowie für den Betrieb von Transportfahrzeugen. Gemäss dem Gesetzesentwurf sollen unterirdische Gütertransportanlagen in den Sachplan Verkehr des Bundes Eingang finden, und zwar als eigenständiger Teil. Damit werde unter anderem die Koordination unter den beteiligten Kantonen gewährleistet. Sommaruga betonte auch, dass das vorliegende Gesetz nicht extra für CST gemacht worden sei. Das Gesetz gelte vielmehr für jeden Projektträger, der einen unterirdischen Gütertransport bereitstellen wolle. Auch müssten die angebotenen Transportdienstleistungen diskriminierungsfrei zugänglich sein. Bei Streitigkeiten rund um diese Diskriminierungsfreiheit solle die Railcom – die Regulierungsbehörde für den Eisenbahnverkehr in der Schweiz – zuständig sein. Schliesslich solle über eine Spezialgesetzgebung sichergestellt werden, «dass über die gesamte Lebensdauer der Anlage hinweg eine Schweizer Mehrheit an deren Eigentum besteht».
Im Rahmen der Detailberatung wich die kleine Kammer in vier Punkten von der Vorlage des Bundesrates ab. Diese Punkte betrafen die Themen Diskriminierungsverbot, öffentliche Auflage des Baugesuchs, die Stellungnahme der Kantone zum Baugesuch und den Rückbau der Infrastruktur.
In der Gesamtabstimmung wurde die Vorlage einstimmig mit 39 Stimmen und einer Enthaltung angenommen.