La Suisse a reconnu le nouvel Etat africain de l'Erythrée suite au référendum relatif à son indépendance vis-à-vis de l'Ethiopie.

Après les Etats-Unis et la CE, la Suisse, estimant que les conditions (un territoire, un peuple et un gouvernement) pour une telle reconnaissance étaient réunies, a reconnu officiellement l'indépendance de la Bosnie-Herzegovine.

La Suisse a formellement reconnu la Géorgie comme Etat indépendant; cela n'avait pas été fait en même temps que pour les autres républiques de l'ex-URSS en raison de la situation politique incertaine qui y régnait.

La reconnaissance des trois Etats baltes, des douze républiques de l'ex-URSS, puis, par la suite, des trois républiques de l'ex-Yougoslavie a posé certains problèmes de financement et de personnel lors de l'établissement de relations diplomatiques avec ces nouveaux Etats. En effet, le DFAE, qui estimait nécessaire la création d'environ 70 postes de diplomates et d'employés d'ambassade, a vu ses ambitions réduites par le DFF pour des motifs budgétaires. Face à l'impossibilité d'ouvrir des instances de représentation dans chacun de ces Etats, le Conseil fédéral a décidé de créer trois nouvelles ambassades en Lettonie, en Ukraine et en Albanie, et de transformer le consulat général de Zagreb en ambassade, laquelle sera responsable de la Croatie et de la Slovénie. L'ambassade suisse de Lettonie sera également responsable de la Lituanie; celle de la Finlande se chargeant de l'Estonie. A Kiev, la nouvelle ambassade s'occupera d'une ou deux républiques voisines; quant à l'ambassade de Moscou, qui sera renforcé en personnel, il continuera de s'occuper des autres républiques de l'exURSS.

Au début de l'année, la Suisse, à l'instar de la Communauté européenne, a officiellement reconnu l'indépendance de la Slovénie et de la Croatie dans les frontières qui étaient les leurs au moment de la proclamation de leur indépendance. Une délégation du DFAE a été envoyée dans les deux républiques de l'ex-Yougoslavie afin d'établir les premiers contacts, diplomatiques officiels avec les autorités de ces deux nouveaux Etats.

A la fin de l'année, le Conseil fédéral a reconnu les douze anciennes républiques de l'Union soviétique; il a estimé que les conditions d'une reconnaissance officielle étaient réunies. Seule la Géorgie ne l'a pas été, en raison de sa situation politique. La Suisse a été le premier pays à faire ce geste vis-à-vis des ex-républiques de l'URSS.

Malgré les pressions des représentants slovènes et croates, la Suisse, comme le reste de la communauté internationale, n'avait pas encore officiellement reconnu à la fin de l'année l'indépendance de la Slovénie et de la Croatie. Le Conseil fédéral a déclaré que la Suisse ne les reconnaîtrait que dans le cadre d'une démarche commune d'un groupe significatif d'Etats; il a considéré qu'une démarche isolée ne serait pas utile et qu'une reconnaissance prématurée d'une des parties en présence risquerait d'exacerber le conflit.

A la fin du mois de juin, la Suisse a condamné une première fois toute utilisation de la violence en Yougoslavie. A cette occasion, le DFAE a déclaré qu'il soutiendrait toutes les initiatives, dans le cadre de la CSCE, visant à atténuer la crise. Face à l'évolution des événements durant l'été, le Conseil fédéral a ensuite fermement condamné l'action de l'armée fédérale en collaboration avec des troupes serbes sur le territoire croate et s'est associé aux sanctions prises par la CE à l'égard de la Yougoslavie. Les autorités helvétiques sont revenues sur leur intention de négocier un accord de libre-échange avec la Yougoslavie et ont résilié la participation de la Suisse au fonds de l'AELE en faveur de ce pays. Les propos très sévères du chef du DFAE à l'encontre des serbes ont fait réagir très vivement l'ambassade de Yougoslavie à Berne qui a déclaré que la crédibilité de la neutralité helvétique était mise en cause. La Suisse a par ailleurs offert à plusieurs reprises ses bons offices dans la recherche de la paix.

En août, le conseil fédéral a fermement condamné le coup d'Etat survenu en Union soviétique contre le président Gorbatchev. Le chef du DFAE a précisé à cette occasion qu'il serait souhaitable de recourir au mécanisme prévu par la CSCE. Peu de temps après la tentative de coup d'Etat manquée, le Conseil fédéral s'est décidé, en même temps que la plupart des Etats de la communauté internationale, à reconnaître officiellement l'indépendance des trois républiques baltes, la Lituanie, la Lettonie et l'Estonie.

Suite à l'intervention des troupes soviétiques dans les républiques baltes, le DFAE a exprimé ses vives inquiétudes sur la tournure prise par les événements auprès des représentants soviétiques en Suisse et a annoncé que l'utilisation de la violence par les troupes soviétiques auraient des conséquences négatives sur les relations diplomatiques entre la Suisse et l'URSS. Il a ensuite demandé de plus amples informations aux autorités soviétiques, comme le prévoit le premier stade du mécanisme d'intervention des accords de la CSCE. Dans leur réponse, celles-ci ont indiqué leur intention de respecter les droits de l'homme et les libertés fondamentales. Plusieurs parlementaires ont condamné ouvertement l'intervention des troupes dans les pays baltes en signalant qu'elle était contraire à la charte de la CSCE que l'URSS venait pourtant de signer; ils se sont aussi demandés si l'aide suisse à l'URSS ne devrait pas être remise en question. Bien que le Conseil fédéral ait affirmé en janvier qu'une reconnaissance de la Lituanie était prématurée, la question a tout de même été discutée au sein du DFAE.