Da der Nationalrat die Übernahme der Rechtsgrundlagen über die Einrichtung, den Betrieb und die Nutzung des SIS in der Herbstsession 2020 abgelehnt hatte und dies einem Nichteintreten gleichkam, musste er nach den Änderungen des Ständerats in der Wintersession 2020 eine erneute Eintretensdebatte führen. Thomas Rechsteiner (cvp, AI) hielt als Sprecher der SIK-NR fest, dass die Bedenken des Nationalrats hinsichtlich des Bundesbeschluss zum SIS vom Ständerat und von der Kommission aufgenommen worden seien. Einerseits werde der Datenschutz nun durch die verstärkte Koordination zwischen EDÖB, Kantonen und Europäischem Datenschutzbeauftragten gewahrt. Andererseits habe man die Formulierung des Beschlusses geändert, sodass die Rückführungsrichtlinie keine Anwendung auf den Vollzug der Landesverweisung habe. Die Kommission beantragte dem Nationalrat daher, auf die Vorlage einzutreten und damit einen Beitrag zur Sicherheit der Schweiz zu leisten. Für die FDP sei die Sicherheit eine prioritäre Staatsaufgabe, so Doris Fiala (fdp, ZH). Das SIS sei dabei ein unverzichtbares Instrument für Sach- und Personenfahndungen, die Schweiz tätige täglich über 300'000 Abfragen. Auch die GLP setzte sich für die Erweiterung des Schengen-Beistzstands ein, unter anderem weil die neue Gesetzgebung auch Opfer von Menschenhandel und Zwangsheirat schütze. Selbst die SVP, die in der Herbstsession noch eine unheillige Allianz mit den Grünen eingegangen war und das Geschäft abgelehnt hatte, war mit den Anpassungen des Ständerats zufrieden und beantragte die Annahme des neuen Entwurfs. Und auch die SP, deren geschlossene Stimmenthaltung in der Herbstsession die Ablehnung begünstigt hatte, empfahl die Annahme, da ihre Forderungen nach einem verbesserten Datenschutz erfüllt worden seien. Damit verblieben auf der Gegenseite nur die Grünen, die durch die Minderheit Fivaz (gp, NE) einen Antrag auf Nichteintreten stellten. Fivaz argumentierte, dass sich seit der Herbstsession bezüglich des Datenschutzes und des Ausländerrechts nichts Grundlegendes geändert habe. Die verdeckte Verschärfung des Ausländer- und Integrationsrechts sei nicht nötig, um die Vorlage umzusetzen, und verstosse gegen den Grundsatz der Verhältnismässigkeit. Unterstützung erhielt er von seiner Parteikollegin Marionna Schlatter (gp, ZH), welche die repressive Politik Europas an den Aussengrenzen kritisierte. Schlatter forderte den Nationalrat auf, sich gegen Verschärfungen zu wehren, die in einer Vorlage enthalten seien, zu deren Annahme «man quasi gezwungen sei». Die anwesende Bundesrätin Keller-Sutter warnte davor, den Nichteintretensantrag anzunehmen, da dies den Austritt aus dem Schengen-Verbund zur Folge hätte. Der Nationalrat beschloss mit 149 zu 30 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) auf die Vorlage einzutreten und nahm diese mit 148 zu 32 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) an. Der Widerstand der Grünen reichte nach dem Meinungsumschwung der SP und der SVP nicht aus, um das Geschäft zu versenken.
In der Schlussabstimmung wurde die Vorlage zur Änderung des BGIAA vom Nationalrat mit 157 zu 37 Stimmen (bei 1 Enthaltung) und vom Ständerat mit 41 Stimmen (bei 1 Enthaltung) angenommen. Auch die Vorlage zum SIS fand im Nationalrat mit 157 zu 36 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) und im Ständerat mit 41 Stimmen (bei 1 Enthaltung) deutlich Zuspruch.

Nach der Annahme im Nationalrat wurde die Motion Fiala (fdp, ZH) für eine Eintragungspflicht von Vereinen mit internationalen Geldflüssen ins Handelsregister in der Herbstsession 2019 im Ständerat behandelt. Die RK-SR hatte den Vorstoss vorberaten und empfahl dem Zweitrat die Ablehnung. In ihrer Begründung verwies sie auf die Botschaft des Bundesrates zur Änderung des Geldwäschereigesetzes (BRG 19.044), welche dem Parlament bereits früher im Jahr unterbreitet worden war. Durch verschiedene Massnahmen solle die Gefahr des Missbrauchs von Schweizer Vereinen für die Geldwäscherei und den Terrorismus reduziert werden, ohne legitime Vereinsaktivitäten zu erschweren, so Kommissionssprecher Fabio Abate (fdp, TI). Unter den vom Bundesrat vorgeschlagenen Änderungen befinde sich auch eine Eintragungspflicht für Vereine, welche Vermögenswerte im Ausland generieren oder verteilen und somit einem erhöhten Risiko zur Terrorismusfinanzierung ausgesetzt seien. Sowohl die Kommission als auch der Bundesrat waren sich einig, dass damit das Anliegen der Motion erfüllt werde und sich deren Annahme erübrige. Die Kantonskammer folgte diesen Empfehlungen und lehnte die Motion stillschweigend ab.

Der Geschäftsbericht des Bundesrats 2018 wurde von den Räten in der Sommersession 2019 beraten. Im Geschäftsbericht legt die Regierung Rechenschaft über die Schwerpunkte ihrer Tätigkeiten in einem Berichtsjahr ab. In den Ratsdebatten berichten die Vertreterinnen und Vertreter der Aufsichtskommissionen über die Beratungen, die sie mit den Bundesrätinnen und Bundesräten zum Geschäftsbericht geführt haben. National- und Ständerat nehmen dann in Form eines Bundesbeschlusses Kenntnis von diesem Bericht.
Für die GPK berichteten Anne Seydoux-Christe (cvp, JU) im Ständerat und Doris Fiala (fdp, ZH) im Nationalrat. Die GPK hätten mit der Regierung zwei Querschnittthemen behandelt, deren Auswertungen noch ausstünden: den Umgang der Departemente mit Kritik durch Bürgerinnen und Bürger bei Aufsichtsbeschwerden sowie die Ferien- und Zeitguthaben der Topkader in der Bundesverwaltung. Die Fragen der GPK seien vom Bundesrat zufriedenstellend beantwortet worden und man beantrage deshalb die Genehmigung des Geschäftsberichts.
In der Folge berichteten Subkommissionssprecherinnen und -sprecher gestützt auf den Geschäftsbericht über die einzelnen Departemente. Sowohl im Ständerat als auch im Nationalrat stand dabei die Cyberabwehr im VBS im Zentrum. Er könne mit Genugtuung feststellen, dass sich der Bund der Dringlichkeit dieses Themas bewusst sei, führte Damian Müller (fdp, LU) im Ständerat aus. Insbesondere durch die Cyberattacke auf die RUAG sei das VBS sensibilisiert worden und habe den Aktionsplan Cyberdefence ausgearbeitet, berichtete hierzu Ida Glanzmann (cvp, LU) in der grossen Kammer. Beim EDA stand die Frage «Wie weiter mit dem Brexit?» im Zentrum. Damien Müller führte aus, dass ein geordneter Übergang mit insgesamt fünf unterzeichneten Abkommen möglich sein sollte. Ida Glanzmann berichtete bei der Präsentation des EDA über die Diskussionen um den aufgeschobenen Beitritt der Schweiz zum Kernwaffenverbotsvertrag. Entgegen einer angenommenen Motion Sommaruga (sp, GE; Mo. 17.4241) wolle man im Moment nur einen Beobachterstatus anstreben, um die Neutralität der Schweiz nicht zu gefährden. Beim WBF wurde in beiden Räten über den ETH-Bereich berichtet. Gegenstand waren die medial begleiteten Vorwürfe gegen verschiedene Personen an der ETH Zürich, Mobbing, Korruption sowie Amts- und Machtmissbrauch betrieben zu haben. Die GPK sei nach intensiven Gesprächen mit den Verantwortlichen der ETH zur Überzeugung gelangt, dass es einen Kulturwandel brauche, führte Yvonne Feri (sp, AG) im Nationalrat aus. Die Oberaufsicht über die ETH unterliege Bundesrat Parmelin und der sei sich der Situation bewusst, versicherte Joachim Eder (fdp, ZG) im Ständerat. Ein weiteres WBF-Thema in beiden Räten waren die Kriegsmaterialausfuhren. Man habe ja manchmal das Gefühl, die Schweiz liefere Waffen an Schurkenstaaten, so Joachim Eder in der kleinen Kammer. Dies sei aber mitnichten der Fall. Vielmehr stehe die Schweiz hinsichtlich Transparenz von Waffenexporten international an erster Stelle. Man habe aber Fragen im Zusammenhang mit Medienberichten über Schweizer Handgranaten und Sturmgewehre, die angeblich im Jemen-Krieg aufgetaucht seien, klären können – so Yvonne Feri im Nationalrat. Beim EFD wurden die Rolle der Finma und die Cyberrisiken für den Finanzplatz Schweiz diskutiert. Die Finma nehme ihre Aufsicht gut wahr und das «interdepartementale Kompetenzgerangel» beim Thema Cyberrisiken habe sich erledigt: Die Federführung und die Koordination liegen beim EFD, das VBS ist zuständig für die Cyberdefence und das EJPD für die Cyberkriminalität. Von speziellem Interesse war die Postauto-Affäre, auf die der Bundesrat im Geschäftsbericht auf Geheiss der GPK in einem eigenen Kapitel eingehen musste. Diesem Auftrag sei die Exekutive nachgekommen, berichtete Claude Hêche (sp, JU) im Ständerat. Die Aufarbeitung der Affäre sei jedoch noch nicht abgeschlossen. Darüber hinaus erwähnte Hêche bei der Berichterstattung zum EDI die Gesundheitskosten, deren Wachstum als problematisch betrachtet werde. Gesundheitsminister Alain Berset habe aber alle Fragen der GPK beantworten können. Peter Föhn (svp, SZ) und Valérie Piller Carrard (sp, FR) berichteten schliesslich über die Bundeskanzlei und das EJPD. Bei der Bundeskanzlei standen Fragen zur Entwicklung bei Vote Electronique im Vordergrund. Die GPK würden die Problematik eng begleiten, so die Subkommissionssprecherin bzw. der Subkommissionssprecher. Hauptthema beim EJPD war die Terrorismusbekämpfung. Es gebe nach wie vor ein Sicherheitsrisiko für die Schweiz und die Kantone; mit verschiedenen Projekten und vor allem dem anstehenden neuen Bundesgesetz über polizeiliche Massnahmen zur Bekämpfung von Terrorismus würde hier aber viel unternommen.
In beiden Räten fasste Ueli Maurer in seiner Funkion als Bundespräsident ein paar der erreichten Ziele im Rahmen der drei Leitlinien (Wohlstandsicherung; nationaler Zusammenhalt und internationale Zusammenarbeit; Sicherheit und verlässliche internationale Partnerschaften) zusammen. Er bedankte sich am Schluss für die sehr offene und konstruktive Zusammenarbeit mit den GPK. Der Bundesrat profitiere sehr von den Fragen und Hinweisen einer Kommission, «die sehr oft unterhalb des Radars arbeitet, das aber sehr intensiv und gut macht».

Mittels Motion brachte Nationalrätin Doris Fiala (fdp, ZH) die Forderung vor, dass Vereine mit internationalen Geldflüssen neu zwingend ins Handelsregister einzutragen seien. Gemäss geltendem Recht sind Vereine, die keine wirtschaftlichen Ziele verfolgen, nicht zur Eintragung im Handelsregister verpflichtet – darunter fallen insbesondere auch Vereine religiösen Zwecks. Mehr Transparenz im Sinne der GAFI-Empfehlung Nummer 8 («Organismes à but non lucratif»), die unter anderem die Eintragungs-, Buchführungs- und Rechnungslegungspflicht auch für Vereine, zumindest für jene mit internationalen Geldflüssen – gegebenenfalls ab einer bestimmten Höhe –, beinhaltete, sei ein wichtiger Baustein im Kampf gegen Geldwäscherei und letztlich auch gegen Terrorismusfinanzierung, so die Motionärin in der Begründung des Vorstosses. Bundesrätin Simonetta Sommaruga wies derweil auf das gute Zeugnis hin, das die GAFI der Schweiz in ihrem vierten Länderbericht ausgestellt habe, und betonte, es befinde sich eine Vorlage zur Umsetzung der letzten GAFI-Empfehlungen in der Vernehmlassung. Diese sehe unter anderem eine Eintragungspflicht ins Handelsregister für Vereine mit erhöhtem Risiko der Terrorismusfinanzierung vor. Die Forderung der Motionärin, die Eintragungspflicht an den internationalen Geldflüssen festzumachen, tangiere indessen auch viele Freiwilligenorganisationen wie Sportvereine, Missionsvereine oder Kinderhilfswerke, was die Motion impraktikabel mache. Dennoch stimmte der Nationalrat der Motion in der Herbstsession 2018 mit 112 zu 63 Stimmen bei 9 Enthaltungen zu.

Nach seiner vorberatenden Rechtskommission kam in der Sommersession 2018 auch der Ständerat zum Schluss, die Motion Fiala (fdp, ZH) sei nicht der richtige Weg, um Geldwäscherei und Terrorismusfinanzierung durch religiöse Stiftungen und Vereine entgegenzuwirken. Mit 34 zu 1 Stimme bei 4 Enthaltungen lehnte er den Vorstoss ab.

Nachdem der Ständerat als Zweitrat die Motion Fiala (fdp, ZH) betreffend die Verschärfung der Aufsicht über kirchliche und religiöse Stiftungen an seine Kommission zurückgewiesen hatte, befasste sich die RK-SR im April 2018 zum zweiten Mal mit dem Vorstoss. Nach Anhörung der betroffenen Religionsgemeinschaften kam sie zum Schluss, die geforderten Massnahmen versprächen nicht genügend Erfolg bei der Prävention von Geldwäscherei und Terrorismusfinanzierung. Dies seien weniger Aufgaben der Stiftungsaufsicht als vielmehr der Strafverfolgung. Ausserdem könnten für diese Problematik nicht nur Zahlungsströme von Stiftungen, sondern auch von religiösen Vereinen relevant sein, weshalb die Kommission der Ansicht war, es müsse eine von der Rechtsform unabhängige Lösung gesucht werden. Eine diskriminierende Unterscheidung zwischen Landeskirchen und anderen Religionsgemeinschaften, wie es der Rückweisungsantrag zu prüfen vorgeschlagen hatte, lehnte die Kommission ausdrücklich ab. Aus diesen Gründen beantragte sie ihrem Rat nun die Ablehnung der Motion.

Auch die Mehrheit der RK-SR schloss sich der Meinung des Nationalrates an und erachtete die Präzisierung der Anforderungen an die Aufsicht über kirchliche und religiöse Stiftungen als notwendig. Auch bei kirchlichen und religiösen Stiftungen bestehe ein Missbrauchspotenzial bezüglich Geldwäscherei und Terrorismusfinanzierung, weshalb es unvorsichtig sei, deren Aufsicht allein der jeweils betreffenden Religionsgemeinschaft zu überlassen. Gegen die entsprechende Motion Fiala (fdp, ZH) argumentierte eine Kommissionsminderheit, die Aufsicht durch innerkirchliche Gremien sei basierend auf dem speziellen Verhältnis von Staat und Kirche historisch gewachsen und grundsätzlich wirkungsvoll. Aufgrund weniger Missbrauchsfälle die Aufsicht über sämtliche kirchliche Stiftungen zu verschärfen, sei unverhältnismässig. Der Ständerat schlug in der Herbstsession 2017 einen Mittelweg ein, indem er die Motion ohne Gegenstimme an die Kommission zurückwies. Diese soll nun prüfen, die Motion dahingehend abzuändern, dass Stiftungen, die einer anerkannten Landeskirche zugehörig sind, von den neuen Regelungen ausgenommen werden.

Der Ständerat lehnte die Motion Fiala (fdp, ZH) zum Stalking, welche von der grossen Kammer im Herbst 2015 angenommen worden war, in der Frühjahrssession 2016 stillschweigend ab. Im Vorentwurf über Massnahmen zum verbesserten Schutz für Opfer von Gewalt und Stalking, den der Bundesrat im vergangenen Herbst in die Vernehmlassung gegeben hatte, sah die kleine Kammer das Anliegen des Vorstosses erfüllt.

Die durch eine Motion Fiala (fdp, ZH) zum Thema Stalking (Mo. 08.3495) angestossene Evaluation von Art. 28b ZGB konnte im Jahr 2015 abgeschlossen werden. Am 7. Oktober 2015 stellte der Bundesrat die Evaluationsergebnisse vor. Der Schutz von gewaltbetroffenen Personen sei demzufolge teilweise unbefriedigend. Hohe Anforderungen im Zivilprozess sowie die uneinheitliche Praxis der vielen Gerichte in der Schweiz stellten die Hauptprobleme dar. Zudem werde die Norm in den Kantonen sehr unterschiedlich umgesetzt und die Koordination zwischen polizeilichen und zivilrechtlichen Massnahmen sei verbesserungswürdig.

Zum effektiveren Schutz von Gewalt- und Stalking-Opfern schickte der Bundesrat am selben Tag einen Vorentwurf in die Vernehmlassung. Verschiedene Änderungen im Zivil- und im Strafrecht sollen die Situation gewaltbetroffener Personen verbessern. Ein Kontakt- oder Rayonverbot soll künftig mittels elektronischer Fussfessel oder Armband durchgesetzt werden, um zu verhindern, dass sich der Täter dem Opfer trotz Verbot weiterhin nähern kann. Durch die Abschaffung von Schlichtungsverfahren und Gerichtskosten sollen Hürden im Zivilprozessrecht abgebaut werden. Ausserdem soll das Opfer ein Strafverfahren in Zukunft nicht mehr verhindern können, wenn die Täterin oder der Täter bereits wegen Gewalt verurteilt worden ist.

Nach 2008 reichte Doris Fiala (fdp, ZH) 2013 erneut eine Motion zum Stalking ein und wollte damit verhindern, dass das Thema auf die lange Bank geschoben wird. Die frühere Motion war mit der Begründung abgelehnt worden, das geltende Strafrecht und der damals neu geschaffene Artikel 28b ZGB (Schutz der Persönlichkeit gegen Gewalt, Drohungen oder Nachstellungen) böten ausreichenden Schutz für Stalking-Opfer. Gleichzeitig hatte der Bundesrat versprochen, fünf Jahre nach Inkrafttreten dieses Artikels am 1. Januar 2007 dessen praktische Umsetzung und Wirksamkeit zu evaluieren. Mit der neueren Motion forderte Fiala vom Bundesrat, den in Aussicht gestellten Evaluationsbericht vorzulegen. Allfällige Massnahmen zum verbesserten Schutz von Stalking-Opfern sollen zudem nicht nur geprüft, sondern umgehend in die Wege geleitet werden. Der Bundesrat liess in seiner Stellungnahme verlauten, die Evaluation sei im Gange und der Schlussbericht werde voraussichtlich bis Ende 2014 vorliegen. Er beantragte die Ablehnung der Motion; es sei verfrüht, den Handlungsbedarf vor Vorliegen der Evaluationsergebnisse zu bejahen.
In der Herbstsession 2015 nahm der Nationalrat die Motion schliesslich mit überwältigender Mehrheit an. Der Evaluationsbericht lag zu diesem Zeitpunkt immer noch nicht vor. Bundesrätin Simonetta Sommaruga versicherte jedoch, der Bundesrat arbeite mit Nachdruck daran und das Anliegen der Motion werde bald erfüllt sein, weshalb eine Annahme der Motion jetzt auch nichts mehr ändere.

Die 2009 bereits vom Nationalrat angenommene Motion Fiala (fdp, ZH), die eine Verschärfung des Strafrahmens für Kinderpornographie forderte, stiess auch im Ständerat auf Unterstützung. Die kleine Kammer anerkannte das Argument der Motionärin, dass das Internet die Verbreitung, den Konsum und die Herstellung von Kinderpornographie befördere. Allerdings wandelte der Ständerat die Motion in einen Prüfungsantrag um. Der Nationalrat akzeptierte diese Änderung und auch der Bundesrat, welcher der Motion zuerst skeptisch begegnet war, erklärte sich bereit, die Motion als Prüfungsantrag zu unterstützen.

Die im Sommer 2009 vom Nationalrat angenommene Motion Fiala (fdp, ZH), welche einen besonderen Straftatbestand Stalking forderte, wurde vom Ständerat in der Herbstsession abgelehnt. Die kleine Kammer folgte damit dem Argument des Bundesrats, dass Nachstellung bereits strafrechtlich geregelt sei.

Der Nationalrat unterstützte eine Motion Fiala (fdp, ZH) für die Schaffung eines besonderen Straftatbestandes Stalking. Der Bundesrat argumentierte vergeblich, dass dieser Vorstoss überflüssig sei, weil der Tatbestand der Nachstellung bereits im Strafrecht enthalten sei.

Gegen den Widerstand der Linken überwies der Nationalrat eine Motion Joder (svp, BE) für eine Verschärfung des Strafrahmens für vorsätzlich begangene Körperverletzung (Mo. 08.3131). Der Bundesrat hatte vergeblich darauf hingewiesen, dass der Strafrahmen für schwere Körperverletzung mit Strafen von minimal 180 Tagessätzen Geldstrafe bis zu maximal zehn Jahren Freiheitsentzug eigentlich gross genug sei, von den Gerichten aber nicht immer ausgeschöpft werde. Gerade bei Gewalt- und Sexualdelikten würden gemäss Bundesrat nur selten die strengst möglichen Strafen ausgesprochen. Eine Motion Fiala (fdp, ZH) für eine Verschärfung des Strafrahmens für Kinderpornografie (Mo. 08.3609) wurde von der Regierung mit dem selben Argument bekämpft und vom Nationalrat angenommen. Der Nationalrat überwies in der Folge ein Postulat Jositsch (sp, ZH) (Po. 09.3366), das vom Bundesrat einen Bericht darüber verlangt, ob die Gerichte den vom Gesetzgeber vorgesehenen Strafrahmen effektiv ausnutzen. Gewalttaten mit schweren Körperverletzungen oder gar Todesfolgen sind in den letzten Jahren oft von Jugendlichen begangen worden. Eine Motion Schlüer (svp, ZH) (Mo. 09.3314), der bei derartigen Fällen die Altersgrenze für die Beurteilung nach dem Jugendstrafrecht vom vollendeten 19. auf das 16. Altersjahr senken wollte, scheiterte jedoch mit 69 zu 114 Stimmen im Nationalrat. Nicht besser ging es einer analogen Motion Reimann (svp, AG) (Mo. 09.3733) im Ständerat. Der Bundesrat hatte auch diese beiden Vorstösse zur Ablehnung beantragt. Seine Ansicht begründete er u.a. auch in seiner Antwort auf eine Interpellation Rickli (svp, ZH) (Ip. 09.3784). Eine Debatte über die ungenügende Ausschöpfung des Strafrahmens durch die Gerichte fand auch in den Medien statt.