Weil sich in der Wintersession 2021 beide Räte wenig kompromissbereit zeigten, mündete die Differenzbereinigung bei der Harmonisierung der Strafrahmen in eine Einigungskonferenz. Einzig die Differenzen zu den Bancomatensprengungen und zur Verjährung im Verwaltungsstrafrecht konnten vorher ausgeräumt werden. Bei Ersterem beugte sich der Ständerat dem Willen seiner Schwesterkammer und stimmte der Aufnahme einer speziell auf Bancomatensprengungen zugeschnittenen Qualifikation in Art. 139 StGB zu. Bei Letzterem einigte man sich darauf, die aufgeworfenen Fragen nicht an dieser Stelle, sondern im Rahmen der vom Bundesrat angekündigten Revision des Verwaltungsstrafrechts zu klären. Bis zum Schluss umstritten blieben dagegen die Parallelität von Geld- und Freiheitsstrafen sowie die Strafdrohung für Gewalt und Drohung gegen Behörden und Beamte.
Der Ständerat stellte sich auf den Standpunkt, es sei in der juristischen Praxis unbestritten, dass eine Mindestgeldstrafe von beispielsweise 30 Tagessätzen auch immer eine Mindestfreiheitsstrafe von 30 Tagen bedeute, weshalb er diese Parallelität mehrheitlich ausdrücklich im Gesetz festhalten wollte. Die Mehrheit im Nationalrat sah in dieser Änderung jedoch einen Eingriff in den richterlichen Ermessensspielraum und lehnte sie deshalb ab. Die Argumentation des Nationalrates bekräftigte die ständerätliche Mehrheit indessen in ihrer Meinung, dass es wichtig sei, die Parallelität im StGB niederzuschreiben. Ständerat Andrea Caroni (fdp, AR) befürchtete, wenn man darauf verzichte, könnte dieser Entscheid künftig dahingehend ausgelegt werden, dass das Parlament die Parallelität an sich verneint habe, was ja aber nicht der Fall sei – zumindest nach Ansicht des Ständerates und des Bundesrates. Die Einigungskonferenz beantragte schliesslich mit 13 zu 11 Stimmen, dem Beschluss des Ständerates zu folgen und die Parallelität von Mindestgeld- und -freiheitsstrafen explizit im StGB zu verankern.
Bei Gewalt und Drohungen gegen Behörden und Beamte sprach sich der Ständerat mehrheitlich für eine Strafverschärfung gegenüber dem geltenden Recht aus, indem er die Freiheitsstrafe zur Regel machen und Geldstrafen nur noch in Bagatellfällen zulassen wollte. Eine Verschärfung bei diesem Tatbestand sei nicht zuletzt von verschiedenen Kantonen gefordert worden, argumentierte Daniel Jositsch (sp, ZH) als Sprecher der RK-SR. Die Nationalratsmehrheit wollte hingegen am geltenden Recht festhalten und die Freiheitsstrafe alternativ zur Geldstrafe vorsehen, weil sie auch hier nicht in den richterlichen Ermessensspielraum eingreifen wollte. Ein Einzelantrag Bregy (mitte, VS), der einen Konzeptionsfehler in der ständerätlichen Variante korrigierte – in der ursprünglichen Formulierung des Ständerates hätte in leichten Fällen immer eine Geldstrafe ausgesprochen werden müssen, während in der korrigierten Version in leichten Fällen eine Geldstrafe ausgesprochen werden kann –, scheiterte in der grossen Kammer am Stichentscheid von Ratspräsidentin Irène Kälin (gp, AG). Wenig überraschend war es dann auch diese korrigierte Lösung, die sich in der Einigungskonferenz durchsetzen konnte.
Der Antrag der Einigungskonferenz wurde im Ständerat mit 35 zu 1 Stimme bei 4 Enthaltungen gutgeheissen, im Nationalrat mit 122 zu 65 Stimmen. Dagegen stellten sich die Fraktionen der SP und der Grünen. In den Schlussabstimmungen stimmte der Ständerat dem Entwurf zur Harmonisierung der Strafrahmen sowie jenem zur Anpassung des Nebenstrafrechts an das geänderte Sanktionenrecht einstimmig (bei 4 bzw. 5 Enthaltungen aus der SVP-Fraktion) zu. Der Nationalrat nahm die Strafrahmenharmonisierung mit 96 zu 67 Stimmen bei 30 Enthaltungen an, wobei sich die Ratslinke gegen die ihrer Ansicht nach zu weitgehenden Verschärfungen aussprach und sich die SVP-Fraktion mehrheitlich der Stimme enthielt, weil sie die Vorlage als «verwässert» (Andrea Geissbühler/svp, ZH), d.h. zu wenig scharf, ansah. Der zweite Entwurf zur Anpassung des Nebenstrafrechts passierte die Schlussabstimmung in der grossen Kammer mit 123 zu 67 Stimmen bei 3 Enthaltungen.

Als Zweitrat befasste sich im Frühling 2016 der Nationalrat mit der Totalrevision des Ordnungsbussengesetzes. Nachdem der Nichteintretensantrag der drei SVP-Abgeordneten Yves Nidegger (svp, GE), Lukas Reimann (svp, SG) und Pirmin Schwander (svp, SZ) chancenlos geblieben war, hatte sich die grosse Kammer in der Detailberatung mit einem weiteren Minderheitsantrag aus der SVP-Fraktion zu beschäftigen. Die Kommissionsminderheit um Andrea Martina Geissbühler (svp, BE) wollte, dass Zuwiderhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz nicht mehr im Ordnungsbussenverfahren geahndet werden können. Ausserhalb der SVP-Fraktion fand das Anliegen allerdings keine Zustimmung und wurde klar abgelehnt. Abgesehen von einer sprachlichen Änderung schuf der Nationalrat keine Differenzen und nahm die Vorlage mit 167 zu 8 Stimmen bei 4 Enthaltungen an. Der Ständerat stimmte dieser Anpassung stillschweigend zu und hiess den Entwurf in der Schlussabstimmung einstimmig gut. Auch der Nationalrat sprach sich in der Schlussabstimmung mit sehr grosser Mehrheit (182 zu 5 Stimmen bei 6 Enthaltungen) für die Gesetzesrevision aus.

In der Differenzbereinigung des BÜPF lag der Ball zu Beginn der Frühjahrssession 2016 beim Nationalrat. Unter den verbleibenden Streitpunkten waren die Frage, ob ein bestimmtes Vorgehen bei der Feststellung von Sicherheitslücken in Überwachungssystemen im Gesetz geregelt werden soll, und jene, ob GovWare durch eine zentrale Bundesstelle beschafft und zertifiziert werden soll, am wenigsten kontrovers. Beide Regelungen waren ursprünglich vom Nationalrat in die Vorlage aufgenommen worden. Nachdem sie im Ständerat allerdings nicht auf Gegenliebe gestossen waren, liess der Nationalrat die Bestimmungen fallen und schloss sich in diesen Punkten auf Antrag seiner Kommission diskussionslos dem Beschluss des Ständerates an. Dagegen sorgten die Aufbewahrungsfrist für Randdaten des Post- und Fernmeldeverkehrs sowie die Frage, ob solche Daten zwingend in der Schweiz gelagert werden müssen, für weit mehr Zündstoff. Während die Mehrheit der RK-NR in der Fristfrage einlenken und die Aufbewahrungsfrist für Randdaten bei sechs Monaten belassen wollte, setzte sich eine Kommissionsminderheit um Andrea Geissbühler (svp, BE) für das Festhalten am letzten nationalrätlichen Beschluss ein. Die hier vorgesehene zwölfmonatige Frist, wie sie auch im ursprünglichen Entwurf des Bundesrates vorgesehen war, sei für die erfolgreiche Arbeit der Strafverfolgungsbehörden wichtig, so das Hauptargument für die Fristverlängerung. Die Gegner führten dagegen vor allem den Persönlichkeitsschutz ins Feld. Seit der Verabschiedung der bundesrätlichen Botschaft sei in dieser Frage etwas Entscheidendes passiert, führte Bundesrätin Sommaruga im Nationalrat aus, nämlich die Ungültigkeitserklärung der europäischen Richtlinie über die Vorratsdatenspeicherung durch den EuGH, worauf viele europäische Staaten die Vorratsdatenspeicherung ganz ausgesetzt oder die entsprechenden Fristen verkürzt hätten. Obwohl das Urteil für die Schweiz nicht bindend ist, sei der Bundesrat zum Schluss gekommen, die Vorteile einer Fristerhöhung könnten die dadurch ausgelöste politische Unruhe nicht aufwiegen, weshalb der Bundesrat nun beantrage, die Frist vorerst bei sechs Monaten zu belassen. Eine Ratsmehrheit von rund zehn Stimmen stimmte schliesslich bei allen Anträgen betreffend die Aufbewahrungsfrist von Randdaten des Post- und Fernmeldeverkehrs gemäss der Kommissionsmehrheit und dem Bundesrat, womit die Frist auf sechs Monate festgesetzt wurde. Zum Schluss der Beratung wurde in der grossen Kammer darüber gestritten, ob Anbietern von Fernmeldediensten im Gesetz explizit vorgeschrieben werden soll, die Randdaten des Fernmeldeverkehrs in der Schweiz aufzubewahren. Auch diese Bestimmung war vom Nationalrat in den Entwurf eingefügt und anschliessend vom Ständerat wieder gestrichen worden. Die Kommissionsmehrheit beantragte dem Rat Festhalten, während eine Minderheit dafür plädierte, dem Beschluss des Ständerates zu folgen und den Aufbewahrungsort der Daten nicht im Gesetz festzuschreiben. Der Minderheitssprecher Karl Vogler (csp, OW) bezeichnete diese Vorschrift als unnötig, da jedes Unternehmen, das in der Schweiz seine Dienste anbiete, das schweizerische Recht und damit auch das schweizerische Datenschutzrecht beachten müsse und eine solche Regelung daher nichts an der Verantwortlichkeit der Anbieter ändere. Aus Gründen der Wettbewerbsfähigkeit gehe es auch darum, keine „obligatorisch-protektionistische Swissness-Vorschrift“ für die Schweizer Telekombranche zu schaffen. Pointierte Schützenhilfe bot u.a. der Sprecher der Grünliberalen Fraktion, Thomas Weibel (glp, ZH), indem er der Mehrheit „die realitätsfremde Erwartung, dass Bits und Bytes die Schweiz nicht verlassen können“ attestierte. Weitere Bedenken bestanden überdies darin, dass die zuständigen Behörden den tatsächlichen Speicherort der Daten gar nicht kontrollieren könnten sowie in der Verhältnismässigkeit; es gebe noch weitere, je nach Ansicht sogar noch sensiblere Daten – zum Beispiel Sozialversicherungs- oder Krankenversicherungsdaten –, die auch nicht in der Schweiz gespeichert sein müssten. Während sich die Ratsmitte mit Ausnahme von drei Abweichlern aus den CVP- und FDP-Fraktionen von diesen Argumenten überzeugt zeigte, stimmten sowohl der linke als auch der rechte Pol dem Mehrheitsantrag zu. Mit 114 zu 72 Stimmen bei drei Enthaltungen hielt die grosse Kammer somit an der Pflicht, Fernmeldedaten in der Schweiz aufzubewahren, fest.

Mit dieser verbleibenden Differenz und einigen unumstrittenen redaktionellen Anpassungen ging die Vorlage zurück an den Ständerat. Dort sprach sich nur eine Minderheit von 17 Stimmen für die vom Nationalrat beschlossene Verpflichtung aus. Die deutliche Ratsmehrheit von 25 Stimmen folgte dem Antrag ihrer Kommissionsmehrheit und lehnte die – in den Worten von Kommissionssprecher Stefan Engler (cvp, GR) „Scheinsicherheit“ schaffende – Bestimmung ab.

Vor dem nächsten Zug des Nationalrates kehrten sich die Mehrheitsverhältnisse in der vorberatenden RK-NR um. Es war nun die Mehrheit, welche sich gegen die zwingende Datenspeicherung in der Schweiz aussprach, und die Minderheit, die nach wie vor das Festhalten an der Bestimmung beantragte. Minderheitssprecher Franz Grüter (svp, LU) liess verlauten, sein Referendumskomitee stehe bereits in den Startlöchern und erhalte sicherlich Schub, wenn die Vorratsdatenspeicherung im Ausland erlaubt werde. Bundesrätin Sommaruga zeigte sich erstaunt über die Bedeutung, die dieser Frage plötzlich beigemessen werde; man habe „das Gefühl, es würde hier fast um Leben und Tod gehen.“ Auf beiden Seiten wurden dieselben Argumente wie in der letzten Diskussion wieder aufgewärmt und dieselbe Allianz aus Grünen, SP und SVP setzte sich mit 84 zu 73 Stimmen durch, wobei sich 35 Ratsmitglieder der Stimme enthielten, 31 davon allein aus der SP-Fraktion. Damit ging die Vorlage an die Einigungskonferenz.

Mit denkbar knapper Mehrheit, mit 13 zu 12 Stimmen, entschied die Einigungskonferenz, der Variante des Ständerates zu folgen und die umstrittene Bestimmung zu streichen. Der Ständerat, dem auch kein anderslautender Antrag vorlag, stimmte dem Antrag der Einigungskonferenz stillschweigend zu. Im Nationalrat hingegen lag ein Antrag Grüter auf Ablehnung des Antrages der Einigungskonferenz vor und die Debatte entwickelte sich zu einer Grundsatzdiskussion über die Gesetzesvorlage als Ganzes. Mit 151 zu 28 Stimmen bei 13 Enthaltungen sprach sich schliesslich auch die grosse Kammer deutlich für den Antrag der Einigungskonferenz aus und rettete das Projekt vor dem Scheitern. Von den vormals vehementen Verfechtern der nun fallen gelassenen Verpflichtung, Randdaten des Fernmeldeverkehrs zwingend und ausschliesslich in der Schweiz zu speichern, stimmte nun die grosse Mehrheit in den Reihen der SP- und SVP-Fraktionen dem Gesetz zu. Allein die Grüne Fraktion stellte sich bis zuletzt geschlossen dagegen. In der Schlussabstimmung am 18. März 2016 wurde das BÜPF im Nationalrat mit 160 zu 23 Stimmen bei 12 Enthaltungen und im Ständerat mit 41 zu 4 Stimmen angenommen.