Comme Fabien Fivaz (vert-e-s, NE) l'a résumé: «il est rare qu'un projet très régional déchaîne à ce point les passions». En effet, que ce soit sous la coupole ou au sein de la population et des autorités, le projet de déminage de l'ancien dépôt de munitions de Mitholz a provoqué un grand nombre de réactions. La dangerosité estimée par les expert.e.s représente un facteur très inquiétant, non seulement pour les infrastructures, mais aussi pour les habitants. Alors que certain.e.s parlementaires se sont montré.e.s réticent.e.s face au projet, l'importance d'agir n'a pas été remise en question. Toutefois, les actions envisagées ont été sujettes à des oppositions, notamment en raison des conséquences pour les liaisons routières ou ferroviaires entre les cantons de Berne et du Valais découlant du déminage du site de Mitholz. De plus, la longue durée sur laquelle s'étendent les opérations – 22 ans au total – a aussi été évoquée. Pour Jean-Luc Addor (udc, VS), les conclusions tirées par le Conseil fédéral sont peut-être exagérées, comme les expert.e.s de Demunex – membre d'une unité de l'armée suisse mandatée par l'Etat pour évaluer les risques – l'ont évoqué dans un premier rapport, et d'autres solutions devraient être envisagées avant de prendre une décision. «Alors que plus rien ne s'est passé depuis 76 ans, alors que le site fait l'objet d'un contrôle constant – sismique et thermique –, alors qu'un plan d'évacuation de la population a été mis en place en cas de risque accru, où est l'urgence à décider, à tout prix, aujourd'hui, sans disposer de tous les éléments nécessaires? Où est l'urgence puisque, en définitive, cela fait juste 76 ans que c'est urgent ?», a ainsi demandé le conseiller national Addor à l'assemblée en contextualisant la position de la minorité qui aurait souhaité attendre la conclusion finale du centre de déminage Demunex.
Pour la majorité du Conseil national et le Conseil fédéral, le déminage du site est le seul moyen d'éliminer toutes les menaces. Ainsi, lors des discussions, Fabien Fivaz a déclaré: «les temps ont changé. Le principe de précaution fait partie en bonne place de l'arsenal de décisions des politiques et du processus d'évaluation des scientifiques.» Il a ensuite aussi affirmé que l'armée avait des responsabilités envers le pays en termes de pollution.
Lors du vote final, le Conseil national a accepté l'objet du Conseil fédéral par 180 voix contre 5 (8 abstentions). La minorité s'est composée d'une partie de l'UDC. Le vote reflète ainsi les positions de la CdF-CE, CdF-CN et de la CPS-CN qui, après discussions, avaient toutes soutenues le déminage du site de Mitholz selon les termes de l'objet du Conseil fédéral.