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Lange Zeit galt das Trinkwasser in der Schweiz als sicher und sauber. Man rühmte sich sogar, das beste Trinkwasser der Welt zu haben. Mit den Debatten um die beiden Volksinitiativen «Für sauberes Trinkwasser und gesunde Nahrung» und «Für eine Schweiz ohne synthetische Pestizide» sowie der medialen Berichterstattung über Abbauprodukte von Pflanzenschutzmitteln im Grundwasser bekam dieses Image jedoch Risse.
Als die EU im Frühling 2019 beschloss, den in Pflanzenschutzmitteln oft verwendeten Wirkstoff Chlorothalonil zu verbieten, nachdem er als möglicherweise krebserregend eingestuft worden war, zogen kurze Zeit später auch die Schweizer Behörden nach und kündigten ein Anwendungsverbot dieses Stoffes auf den 1. Januar 2020 an. Mit dieser neuen Einschätzung änderte sich auch automatisch der Grenzwert für diesen Stoff auf 0.1 Mikrogramm pro Liter. Nach dieser Verschärfung des Grenzwertes wurden in mehreren Gemeinden im Mittelland die Grenzwerte überschreitende Mengen von Chlorothalonil im Trinkwasser gefunden. Entsprechend wurden einzelne Trinkwasserfassungen vom Netz genommen.
Die Debatte richtig entfacht hatte schliesslich ein Bericht der Nationalen Grundwasserbeobachtung NAQUA, welchen das BAFU Mitte August 2019 publizierte. In diesem Bericht wurde die Entwicklung des Grundwasserzustands zwischen den Jahren 2007 und 2016 anhand von Messungen an 600 Stellen in der Schweiz aufgezeigt. Der Bericht zeigte, dass vor allem Nitrat und Rückstände von Pflanzenschutzmitteln die Grundwasserqualität beeinträchtigten. Als Hauptquelle für die grossflächige Belastung des Grundwassers mit diesen Stoffen bezeichnete das BAFU die intensive Landwirtschaft. Das BAFU forderte in der Folge, dass das Grundwasser konsequenter geschützt werden müsse, damit der Druck auf das Trinkwasser nicht weiter zunehme und die Verunreinigungen abnähmen. Konkret müssten die Stoffeinträge aus der Agrarwirtschaft sowie der Siedlungsentwässerung (Mikroverunreinigungen) und der Altlasten (v.a. Kohlenwasserstoffe) zwingend sinken, zumal sich die Effekte der Massnahmen erst nach einer gewissen Zeit zeigten.
Für die Medien war dieser Bericht Anlass für eine breite und kontroverse Berichterstattung. Zum einen war die Berichterstattung von einer gewissen Sorge um die Qualität und Sicherheit des Grund- und Trinkwassers geprägt und es wurde detailliert über einzelne Messungen in den Kantonen und in einzelnen Gemeinden berichtet. Zum anderen wurde auch über die Urheber der Stoffeinträge diskutiert, wobei insbesondere die Rolle der Landwirtschaft im Vergleich zu anderen Faktoren diskutiert wurde. Die politischen Auswirkungen der BAFU-Studie wurden ebenso erörtert. So wurde beispielsweise gemutmasst, ob das BAFU den Bericht absichtlich zu einem Zeitpunkt veröffentlicht habe, an welchem Nationalrat und Ständerat über mögliche Gegenvorschläge zu den beiden Trinkwasser/Pestizid-Initiativen diskutierten und ob das Bundesamt somit dem Anliegen der Initianten mehr Schub verleihen möchte. Die Weltwoche vertrat sogar den Standpunkt, dass bei genauerer Betrachtung der Zahlen eine Verbesserung der Messwerte festgestellt werden könne; der überwiegende Teil der Grundwasservorkommen sei in einem sehr guten Zustand. Zudem seien diejenigen Probleme, die vorhanden seien, nicht primär auf die Landwirtschaft zurückzuführen, sondern vielmehr auf das Bevölkerungswachstum und die dichte Besiedlung der Schweiz. Bauernverbandspräsident und Nationalrat Markus Ritter (cvp, SG) wehrte sich seinerseits in einen Interview mit der NZZ gegen den «politisch gefärbten Alarmismus» des BAFU und gegen die Vorwürfe an die Bauern. Letztere hielten sich bereits heute an die Gesetze und würden nur die erlaubte Menge an Pflanzenschutzmitteln ausbringen. Der Bauernverband brachte sogar eine Pressemitteilung zum BAFU-Bericht heraus und schob darin den schwarzen Peter den Kantonen und den Betreibenden der Wasserfassungen zu, welche die Grundwasserfassungen nicht bundesrechtskonform ausgeschieden hätten.
Landwirtschaftsminister Parmelin wiederum stellte kurz darauf das weitere Vorgehen bei der Agrarpolitik nach 2022 (AP22+) vor, welche ein ganzes Massnahmenpaket zum Trinkwasserschutz (z.B. Verbot von Pflanzenschutzmitteln mit erhöhten Umweltrisiken) vorsah. Zudem soll gemäss Bundesrat im Rahmen der AP22+ der Nitrat- und Phosphoreintrag beim Düngen und Güllen bis 2025 um 10 Prozent sinken, bis 2030 um 20 Prozent. Für Beat Jans (sp, BS) reichten die bundesrätlichen Vorschläge zur Verbesserung der Grund- und Trinkwasserqualität nicht. Er reichte in der Folge die parlamentarische Initiative 19.430 ein, welche verlangt, mittels Änderung des Gewässerschutzgesetzes den Einsatz von Pestiziden zu verbieten, falls diese die Wasserqualität stark beeinträchtigen.

Gefährdetes Trinkwasser in der Schweiz
Dossier: Reduzierung und Verbot des Pestizideinsatzes

Im Jahr 2015 kam es zu Diskussionen über die Verwendung von gleich drei Pflanzenschutzmitteln. Neben sogenannten Neonikotinoiden, also Pflanzenspritzmitteln, welche auf Nikotin ähnlichen Wirkstoffen beruhen, und dem Insektengift Dimethoat wurde vor allem die Verwendung des Unkrautbekämpfungsmittels Glyphosat kritisch diskutiert.
Eine neue Publikation der Internationalen Agentur für Krebsforschung (IARC) der WHO kam zum Schluss, dass Glyphosat als „wahrscheinlich krebserregend für Menschen“ einzustufen sei. Das Mittel ist mit jährlich rund 300 Tonnen das in der Schweiz am häufigsten verwendete Herbizid. Indirekt wird die Verwendung von Glyphosat vom Bund subventioniert. Wenn zur schonenden Bodenbearbeitung aufs Pflügen verzichtet wird, dürfen Bauern und Bäuerinnen eine gewisse Menge Glyphosat zur Unkrautbekämpfung einsetzen und erhalten vom Bund dafür jährlich bis zu CHF 250 pro Hektar. Unter anderen kritisierten Vertreterinnen und Vertreter von Pro Natura und den Grünen dieses Vorgehen und forderten den Bund dazu auf, vorsorglich alle Glyphosat enthaltenden Pestizide zu verbieten. Auch die Detailhandelsunternehmen Migros und Coop reagierten auf den Bericht und nahmen nach Bekanntwerden der IARC-Ergebnisse alle glyphosathaltigen Produkte aus ihren Sortimenten.
Das in der Schweiz für die Einschätzung dieser Wirkstoffe zuständige BLV reagierte auf die Neueinstufung des IARC mit einem Positionspapier, in welchem es festhielt, dass es Glyphosat weiterhin für unbedenklich halte, da die Neueinstufung der IARC nicht auf neuen Daten beruhe, sondern lediglich eine Neuinterpretation der bisher schon bekannten Informationen sei. Allerdings sei der vollständige Bericht der IARC noch nicht veröffentlicht worden. Sobald die Monographie verfügbar sei, würden die ausführlichere Argumentation geprüft und wenn nötig geeignete Massnahmen eingeleitet werden. Auch der Präsident des Schweizer Bauernverbands, Markus Ritter (cvp, SG), äusserte sich gegenüber den Medien zum Thema. Bisher sei bezüglich der Schädlichkeit noch nichts erwiesen, trotzdem sei es wichtig, die Thematik ernst zu nehmen, so Ritter. Dass er auch argumentierte, dass in der Schweiz ohnehin wenig Pestizide verwendet würden, wurde von der Presse kritisch hinterfragt. Viele Zeitungsartikel verwiesen auf eine Studie vom Bundesamt für Landwirtschaft, welche 2013 zum Ergebnis gekommen war, dass die gekaufte Menge von Pestiziden pro Hektare landwirtschaftlicher Nutzfläche in der Schweiz höher liege als in Nachbarländern wie Deutschland, Frankreich oder Österreich.

Studie und Diskussion um Pflanzenschutzmittel
Dossier: Glyphosat-Politik der Schweiz
Dossier: Reduzierung und Verbot des Pestizideinsatzes