Eine Woche nachdem der Ständerat in der Herbstsession 2021 neun Differenzen zum nationalrätlichen Entwurf bei der parlamentarischen Initiative Girod (gp, ZH) zur Förderung der Stromproduktion aus erneuerbaren Energien beschlossen hatte, befasste sich der Nationalrat erneut mit dem umfangreichen Dossier. Schliesslich nahm er sieben Änderungen des Ständerats an und strich die zwei übrigen Anpassungen wieder aus dem Entwurf.

In den folgenden zwei Punkten hielt der Nationalrat die Differenzen zum Ständerat aufrecht:
Erstens wollte eine Kommissionsmehrheit die vom Ständerat eingeführte Bestimmung für die Einhaltung des Gewässerschutzes streichen. Eine Minderheit Munz (sp, SH) sprach sich anfänglich dafür aus, an der Version des Ständerats festzuhalten, zog ihr Anliegen dann aber zugunsten eines Einzelantrages Munz zurück. Dieser orientierte sich zwar auch grundsätzlich an der Version des Ständerats und wollte den Gewässerschutzinteressen mehr Gewicht verleihen, jedoch nur für kleinere Anlagen mit einer Leistung bis zu 1 MW. Munz erklärte im Rat, die Formulierung des Ständerats sei nicht präzise genug gewesen; es sei nie die Absicht von Antragsteller Roberto Zanetti (sp, SO) gewesen, die Regelung auf Grosswasserkraftwerke anzuwenden. Dennoch folgte die grosse Kammer mit 119 zu 69 Stimmen bei 3 Enthaltungen der Kommissionsmehrheit und strich den Artikel wieder aus dem Gesetz.
Ebenfalls streichen wollte die Mehrheit der Kommission zweitens die besonderen Förderungsmassnahmen für die Wintermonate, die der Ständerat in die Vorlage aufgenommen hatte. Eine Minderheit Egger (gp, TG) schlug stattdessen eine Anpassung der ständerätlichen Version vor: Bei Wind-, Geothermie- und Fotovolatikanlagen soll die kritische Produktionsuntergrenze von 40 auf 35 Prozent gesenkt, bei den Wasserkraftanlagen hingegen von 25 auf 35 Prozent erhöht werden. Erfüllten die Anlagen die Bedingungen, d.h. produzierten sie 35 Prozent ihrer jährlichen Stromproduktion in den Wintermonaten, sollen sie künftig von maximal 20 Prozent zusätzlichen finanziellen Investitionsbeiträgen profitieren können. Minderheitssprecher Kurt Egger argumentierte, dass damit ein wichtiger Beitrag gegen die Winterstromknappheit geschaffen werden könne. Die unterschiedlichen Prozentsätze, wie der Ständerat sie verlangt hatte, seien jedoch nicht gerechtfertigt, weshalb alle Technologien einen Winterstromanteil von 35 Prozent aufweisen sollen. Auch bei dieser Abstimmung erteilte die Ratsmehrheit dem Minderheitsanliegen – und damit dem Ansinnen des Ständerats – mit 109 zu 82 Stimmen eine Abfuhr und schuf damit eine zweite Differenz zur Schwesterkammer.

In den übrigen offenen Punkten folgte die grosse Kammer hingegen dem Ständerat und bereinigte damit die entsprechenden Differenzen:
So beantragte eine Mehrheit der UREK-NR, dass – wie vom Ständerat vorgesehen – Investitionsbeiträge im Rahmen von Auktionen nur an neue Fotovoltaikanlagen ab einer Leistung von 150 kW vergeben werden können, wenn diese die ganze Energie einspeisen. Eine Minderheit Jauslin (fdp, AG) wollte hingegen – wie ursprünglich auch die Kommissionsmehrheit – auch separate Auktionen für Anlagen durchführen, die einen Eigenverbrauch aufweisen und somit nicht die gesamte Energie einspeisen. Zudem schlug er vor, die entsprechenden Investitionsbeiträge nicht zu deckeln. Mit der Regelung könnte dem Bundesrat die nötige Freiheit gegeben werden, Versuche mit Auktionen durchzuführen und Erfahrungen zu sammeln, erklärte Jauslin im Rat. Die grosse Kammer schloss sich in dieser dritten Frage jedoch mit 110 zu 79 Stimmen dem Ständerat an.
Als vierter Punkt befasste sich der Nationalrat mit der vom Ständerat ins Feld geführten Verlängerung des maximalen Wasserzinses von CHF 110 bis Ende 2030. Die Mehrheit der Kommission beantragte der grossen Kammer, die Verlängerung zu streichen und das bestehende Wasserzinsmaximum gemäss bestehendem Gesetz bis Ende 2024 zu befristen. Der Bundesrat solle in einer separaten Vorlage eine Neufestlegung vorschlagen, wie dies gesetzlich vorgesehen sei. Eine Minderheit Bulliard-Marbach (mitte, FR) präferierte hingegen die ständerätliche Version. Die Freiburgerin argumentierte, dass mit der Verlängerung Planungssicherheit geschaffen werden könne und ein zeitlicher Gleichstand mit den Fördermassnahmen wünschenswert sei. Zudem stelle der Wasserzins für die Bergkantone eine wichtige Einnahmequelle dar: «Damit sorgen wir für eine kohärente Energiepolitik auf der Grundlage der heutigen Kenntnisse und vermeiden Streitereien zwischen Stadt und Land.» Der Nationalrat entschied mit 154 zu 34 Stimmen bei 1 Enthaltung, der Minderheit und somit auch dem Ständerat zu folgen und das Wasserzinsmaximum bis Ende 2030 zu verlängern.
Als fünfter und letzter Punkt beantragte eine Minderheit Egger (svp, SG), die Bestimmungen zur Durchführung von Pilotprojekten zur Entwicklung von innovativen Technologien, Geschäftsmodellen oder Produkten im Energiesektor aus dem Entwurf zu streichen. Der St. Galler Minderheitsvertreter verwies im Rat auf die Grundidee dieser parlamentarischen Initiative, eine Übergangslösung bei der Förderung von erneuerbaren Energien zu schaffen. Die zusätzlichen Punkte, die in die Vorlage aufgenommen worden seien, gingen aber über dieses Ziel hinaus und sollten stattdessen im Mantelerlass diskutiert werden. Der Nationalrat folgte hingegen seiner Kommissionsmehrheit und gab den Pilotprojekten mit 125 zu 64 Stimmen bei 2 Enthaltungen grünes Licht.
In den übrigen vier Streitpunkten – bei der Leistungsförderuntergrenze bei der Wasserkraft von 1 MW, bei der Regelung von nicht verwendeten Mitteln bei der Grosswasserkraft, bei der Sechs-Monate-Frist sowie bei der Befristung der Verrechnung von Preisvorteilen – folgte der Nationalrat dem Ständerat stillschweigend und räumte damit diese Differenzen aus.

Les débats sur l'initiative parlementaire pour une réduction des risques liés aux pesticides se sont étalés sur deux journées au Conseil national, signe que les passes d'armes entre parlementaires ont été pour le moins sportives. Pourtant, un certain consensus semblait régner quant à la nécessité de ficeler un projet crédible afin de pouvoir se rendre plus sereinement aux urnes face à l'initiative pour une eau potable propre et l'initiative pour une interdiction des pesticides de synthèse, comme l'a fait remarquer le libéral-radical genevois Christian Lüscher. Pour le rapporteur francophone de la CER-CN, Fabio Regazzi (pdc, TI), cette initiative parlementaire couvre un spectre plus large – touchant tant la loi sur l'agriculture (LAgr) que la loi sur les produits chimiques (LChim) et la loi sur la protection des eaux (LEaux) – et est plus ciblée que les deux initiatives populaires. Elle permet également d'éviter les nombreux désavantages qui découleraient d'une acceptation de ces deux textes.
La question centrale des débats était de déterminer l'ampleur et le niveau d'ambition de ce projet. Ainsi, les parlementaires des différents bords politiques se sont écharpés sur le rôle que devront jouer les pesticides dans l'agriculture suisse dans le futur, sur les efforts qu'a fourni et que devra encore fournir le monde agricole, sur la pollution des nappes phréatiques, sur l'auto-approvisionnement alimentaire, etc. Guy Parmelin, ministre en charge des questions agricoles, s'est montré favorable à ce projet législatif, soulignant qu'il allait dans le même sens que ce qu'a entrepris le Conseil fédéral notamment au travers de son Plan d'action produits phytosanitaires.

Le débat a été séparé en deux blocs. Les aspects relevant de la LAgr ainsi que de la LChim ont d'abord été discutés. Ainsi, une majorité de député.e.s ont refusé (par 104 voix contre 85) d'inscrire des objectifs chiffrés de réduction des pertes d'éléments fertilisants. Elle a toutefois décidé d'inclure la proposition de la CER-CN de prendre en compte un remplacement des engrais chimiques importés par l'utilisation d'engrais de ferme organiques. Toutes les propositions de minorité ont été rejetées.
Dans le deuxième bloc, les modifications touchant la LEaux ont été débattues. Les parlementaires se sont écharpés sur les valeurs limites de la présence de certains éléments dans les eaux. Parmi les éléments pris en compte dans la législation, les parlementaires ont notamment décidé par 103 voix contre 88 et 2 abstentions, de prendre en considération, en ce qui concerne les métabolites (issus de la dégradation de certains produits), tant les éléments dits «pertinents» (qui représentent un danger pour la santé) que les métabolites dits «non-pertinents» provenant de la dégradation des pesticides et biocides. Cette décision va à l'encontre de la proposition de la majorité de la commission qui aurait souhaité que seuls les éléments «pertinents» soient pris en considération, mais rejoint la position du Conseil fédéral en la matière. Cette proposition de la minorité Baumann (vert, BE) d'inclure l'ensemble des métabolites pourrait permettre d'éviter un nouveau cas «chlorothalonil» selon Guy Parmelin (les métabolites issus du chlorothalonil n'étaient, jusqu'à récemment, pas considérés comme «pertinents» par les autorités). Finalement, les parlementaires ont également accepté par 105 voix contre 89 et une abstention une proposition Jauslin (plr, AG) sur les aires d'alimentation des captages d'eau, reprenant une proposition de minorité Badran (ps, ZH) retirée ainsi qu'une préoccupation exprimée dans la motion Zanetti (ps, SO) 20.3625 acceptée par le Conseil des Etats. Pour ces deux propositions de minorité, la gauche a fait bloc et a pu compter sur les voix de l'ensemble du groupe vert-libéral ainsi que d'une majorité des membres du groupe libéral-radical.
Au vote sur l'ensemble, l'initiative parlementaire modifiée a passé la rampe par 122 voix contre 57 et 16 abstentions. Aucun.e membre de l'UDC ne l'a acceptée, alors que le groupe du Centre s'est montré polarisé (9 abstentions, 18 votes en faveurs et 4 votes contre). La gauche ainsi que les verts-libéraux ont accepté le projet à l'unanimité. Le groupe libéral-radical s'est également exprimé en faveur du texte, comptant toutefois 7 abstentionnistes dans ses rangs. Ce soutien a été remarqué dans les médias, la NZZ allant jusqu'à titrer «Und die FDP stimmt Grün». Le projet retourne ainsi au Conseil des Etats pour résoudre les divergences restantes.