Alors que des Églises étaient intervenues dans la campagne sur l'initiative pour des multinationales responsables, plusieurs recours ont été déposés auprès du Tribunal fédéral. Ces recours fustigeaient une ingérence et une violation de la liberté de vote. Ils demandaient une annulation du résultat du vote. Un des recours a notamment été déposé par les Jeunes PLR.
Au final, le Tribunal fédéral a rejeté tous les recours. Il les a déclarés «sans objet» car leur traitement ne «présente pas d'intérêt actuel».

Alors qu'ils avaient obtenu gain de cause devant la Commission des droits de l'homme en 1996, les recourants contre la décision prise en 1992 par le Conseil fédéral de prolonger de dix ans l'exploitation de la centrale de Mühleberg (BE) et d'autoriser parallèlement l'augmentation de sa puissance de 10% ont finalement été déboutés par la Cour européenne des droits de l'homme. Par douze voix contre huit, les juges de Strasbourg ont en effet estimé que la législation suisse relative aux infrastructures nucléaires respecte la Convention européenne des droits de l'homme (CEDH), même si la procédure d'autorisation en la matière ne permet pas aux parties de s'adresser à un tribunal indépendant. Signalons cependant qu'une telle prérogative figurera dans le projet de révision totale de la loi sur l'énergie atomique qui sera mis en consultation en 1998 (Il est à noter que deux autres affaires similaires sont encore pendantes à Strasbourg, l'une concernant la prolongation de l'exploitation de Beznau II (AG), l'autre visant l'autorisation accordée en 1996 pour le dépôt intermédiaire central pour déchets radioactifs à Würenlingen (AG)).

En réponse au recours déposé en 1994 par les auteurs de l'initiative populaire cantonale visant à protéger l'Aar (BE), le Tribunal fédéral est arrivé à la conclusion que les FMB avaient bel et bien violé le principe de neutralité politique lors de la campagne précédant la votation sur ce sujet. Au vu du net résultat auquel cette dernière avait donné lieu (57,4% des voix contre l'initiative), la Haute cour a toutefois considéré que les agissements peu corrects des FMB n'avaient pu avoir de conséquences directes sur l'issue du scrutin.

Un recours déposé par le WWF et la Ligue vaudoise pour la protection de la nature contre la concession accordée à la société Hydro-Rhône pour la construction du palier de Massongex a partiellement été accepté par le Tribunal administratif du canton de Vaud. Les deux associations écologistes n'ont en effet pas admis que les détails du projet relatifs à la protection de la nature n'aient pas été réglés avant l'octroi de toute autorisation. Selon le directeur du projet, la décision de la justice vaudoise devrait retarder d'environ deux ans la réalisation du projet Hydro-Rhône. Des études plus fouillées sur la possibilité de migration des poissons, sur le maintien du niveau et de la qualité de la nappe phréatique ainsi que sur l'aménagement d'une zone humide de compensation devront notamment être menées par la société promotrice.

Le Tribunal fédéral a partiellement approuvé la plainte de six organisations écologistes contre le projet de construction d'une installation de pompage au Val Curciusa (GR). Tout en considérant qu'il n'y avait pas de motifs de protection de l'environnement suffisants pour interdire ce projet, il a décidé de suspendre l'autorisation du gouvernement cantonal, accordée en 1990. Il a exigé que les promoteurs établissent un nouveau rapport sur les répercussions écologiques du projet et formulent une nouvelle demande de concession qui prenne en compte les nouvelles dispositions de la loi sur la protection des eaux, en particulier l'exigence de débits minimaux. Bien que la rentabilité du projet soit remise en cause par la décision du Tribunal fédéral, les forces motrices du Misox ont réitéré leur volonté de réaliser cette installation de pompage.

270 entreprises, patronnées par l'Union maraîchère suisse (UMS), avaient intenté un procès contre la Confédération afin que celle-ci les dédommage pour leurs pertes de gains consécutives aux effets de la catastrophe de Tchernobyl; la production de légumes, largement contaminée, n'avait pu être vendue. La Cour suprême du canton de Berne avait, en 1989, donné raison, dans un premier temps, à l'UMS. L'administration fédérale des finances avait cependant fait recours auprès du Tribunal fédéral afin que celui-ci crée un précédent dans un domaine nouveau; les plaignants avaient fondé leurs exigences sur la loi fédérale sur la responsabilité civile en matière nucléaire encore inusitée. La Cour fédérale a rejeté, en 1990, à l'unanimité, le recours de l'administration, chargeant la Confédération d'indemniser entièrement les lésés et a renvoyé le dossier à la justice bernoise afin qu'elle chiffre le montant dû aux maraîchers. En fin d'année, celle-ci se prononçait pour une somme de 8,7 millions de CHF.

La décision du gouvernement cantonal grison autorisant l'installation de pompage du Val Curciusa (GR), sous certaines conditions (dont des débits minimaux plus élevés), a été attaquée, au Tribunal fédéral, par six organisations nationales de protection de l'environnement. Arguant de lacunes dans l'étude d'impact ainsi que d'omissions juridiques, elles s'opposent à un projet évalué à CHF 400 millions, comprenant la construction d'un réservoir de 60 millions de m3.