In der Frühjahressession 2021 behandelte der Ständerat die parlamentarische Initiative Jans (sp, BS) betreffend den Schutz der Gewässer vor Pestiziden. Kommissionssprecher Noser (fdp, ZH) erläuterte, dass die Mehrheit der UREK-SR der Ansicht sei, dass die Forderung der vorliegenden Initiative – ein Verbot bestimmter Pestizide in Fällen, in denen entsprechende Grenzwerte überschritten wurden – durch die Beschlüsse der parlamentarischen Initiative 19.475 der WAK-SR bereits erfüllt sei. So sei etwa geregelt worden, welche Grenzwerte für das Flächenwasser und das Grundwasser gelten sollen. Ratskollege Zanetti (sp, SO) sah dies jedoch anders; für ihn war die Initiative Jans noch nicht erfüllt. Mit der parlamentarischen Initiative der WAK-SR sei nämlich beispielsweise der Schutz der Zuströmbereiche von Trinkwasserfassungen nach wie vor unzureichend geregelt. Die Worte Zanettis vermochten jedoch nur eine Minderheit des Ständerates zu überzeugen; mit 27 zu 15 Stimmen lehnte die kleine Kammer es ab, der parlamentarischen Initiative Jans Folge zu geben. Diese ist damit endgültig vom Tisch.

Die UREK-SR befasste sich im Februar 2021 wieder einmal mit dem Dauerbrenner Pestizideinsatz/Trinkwasserschutz. Sie beantragte, der parlamentarischen Initiative Jans (sp, BS) «Konsequenter Schutz des Grund-, Trink-, Fluss- und Seewassers vor nachweislich schädlichen Pestiziden» keine Folge zu geben. Die Kommission anerkenne den Handlungsbedarf, wolle das Anliegen aber über den Weg der parlamentarischen Initiative «Das Risiko beim Einsatz von Pestiziden reduzieren» der WAK-SR weiterverfolgen. Diese Option sei vorzuziehen, da dieses Geschäft schon weiter fortgeschritten sei.

L'agriculture contractuelle de proximité (ACP) convainc une petite majorité de député.e.s. Le Conseil national a accepté, par 97 voix contre 92 et 3 abstentions, une motion mandatant le Conseil fédéral de mettre en place des instruments, notamment financiers, pour favoriser cette forme de vente qui lie directement le consommateur au producteur.
Le Conseil fédéral s'était opposé à cette demande, considérant que les possibilités actuellement offertes dans le cadre de la politique agricole permettent à ce genre de projets de profiter de soutien, Guy Parmelin de donner l'exemple de l'article 11 de la LAgr qui vise à aider des projets particulièrement innovants. Tant pour le motionnaire, Carlo Sommaruga (ps, GE), que Beat Jans (ps, BS) – qui a repris l'objet – soutenir cette forme d'agriculture, c'est aller en direction d'une agriculture réellement durable et qui cumule les avantages: la souveraineté alimentaire est au centre, les prix rétribuent correctement les producteurs et productrices et, finalement, l'agriculture locale est pleinement soutenue.
Le clivage gauche-droite s'est montré marqué sur ce sujet, avec un match au centre, le groupe du même nom soutenant majoritairement le texte, tandis que les verts-libéraux l'ont, à l'exception d'un élu, rejeté.

Une majorité du Conseil national s'est opposée à l'initiative «Pour une suisse libre de pesticides de synthèse» et n'a pas souhaité proposer de contre-projet. Les parlementaires se sont simultanément emparés de cette initiative ainsi que de l'initiative «Pour une eau potable propre et une alimentation saine», rallongeant considérablement les discussions.
L'initiative «Pour une suisse libre de pesticides de synthèse» souhaite interdire, dans un délai de dix ans, toute utilisation de ces substances non naturelles ainsi que l'importation de toute denrée alimentaire ayant nécessité leur utilisation. Le rapporteur francophone de la CER-CN, Olivier Feller (plr, VD), a présenté ces deux initiatives comme ayant «un caractère extrémiste (..) de nature à menacer l'équilibre des marchés et à bouleverser gravement le monde agricole.» La commission a, par 18 voix contre 5 et 2 abstentions, proposé aux parlementaires ainsi qu'au corps électoral de rejeter l'initiative «Pour une suisse libre de pesticide de synthèse». Pour justifier sa position, la commission a évoqué une indéniable baisse de la productivité ayant pour corollaire une augmentation des importations.
Les député.e.s de la chambre basse se sont vu proposer diverses alternatives à ces deux initiatives, toutes rejetées par une majorité de la CER-CN. Celle-ci considère, en effet, que les autorités sont suffisamment actives sur le sujet, Olivier Feller citant tant le Plan d'action Produits phytosanitaires que la prochaine politique agricole PA 22+.
La première proposition alternative soumise aux député.e.s (minorité I) émanait de la gauche et souhaitait renvoyer les deux initiatives en commission afin qu'elle prépare un contre-projet indirect ayant trois objectifs: réduire, d'ici à 2030, les risques liés aux pesticides de moitié et encourager leurs alternatives; améliorer la protection des eaux, des organismes non-cibles et des sols contre les atteintes nuisibles – ces deux objectifs faisant directement référence au Plan d'action Produits phytosanitaire; baisser de manière conséquente l'apport en substances étrangères (nitrates, pesticides, etc.) dans les nappes phréatiques. Pour une courte majorité de la CER-CN (13 voix contre 12), renvoyer les deux textes d'initiative en commission impliquerait de repousser la date de la votation populaire, ce qui n'est pas envisageable au vu de la PA 22+ en préparation. La majorité ne peut pas s'imaginer que les discussions autour de la prochaine politique agricole se fasse sans savoir si le corps électoral plébiscite ou non ces deux initiatives. Pour le député issu des Verts, Daniel Brélaz (VD), la position de la majorité de la commission peut s'expliquer par leur espoir d'un rejet net des deux textes afin de pouvoir justifier, par la suite, une annulation d'une partie des mesures liées aux pesticides proposées par le Conseil fédéral dans la PA 22+. Parlant au nom de la minorité, Beat Jans (ps, BS) a motivé cette proposition de renvoi en commission par la volonté d'inscrire de manière contraignante dans la loi les objectifs que le Conseil fédéral a présenté dans le Plan d'action Produits phytosanitaire.
La deuxième alternative soumise aux député.e.s (minorité II), également présentée par le socialiste bâlois, proposait de reprendre l'initiative «Pour une eau potable propre» et de la retravailler afin de changer la Constitution de telle sorte à ce qu'il ne soit plus question d'une production libre de pesticides, mais de, selon les mots du socialiste: «(ein) Pflanzenbau, welcher grundsätzlich auf synthetische Pflanzenschutzmittel verzichtet». Ainsi, cette proposition de minorité veut faire en sorte qu'il soit clair que la production biologique puisse continuer à utiliser des produits phytosanitaires non-synthétiques. De plus, la minorité souhaitait qu'en lieu et place d'une obligation de produire son propre fourrage, les exploitations aient la possibilité d'en acheter au niveau de la région sans être pénalisées.
La troisième proposition (minorité III) a été défendue en plénum par la verte libérale Kathrin Bertschy (BE). Celle-ci met le doigt sur les excédents de nitrates, d'ammoniac et d'azote provenant de l'élevage dont elle veut réduire la quantité de 30 pour cent d'ici à 2030. Si cet objectif n'est pas atteint, alors la minorité Betschy propose de réduire les importations de fourrage, principal responsable de ces excédents provoquant un déséquilibre de l'apport en intrants.
Les opposant.e.s aux deux initiatives ainsi qu'aux diverses minorités ont dénoncé des propositions trop extrêmes ne prenant pas en compte les efforts constants entrepris par le monde agricole sur les questions environnementales. A l'image de l'agriculteur et député Andreas Aebi (udc, BE) qui, tout en reconnaissant le potentiel d'amélioration de l'agriculture, considère que ces efforts doivent bien plus passer par la formation et la transmission d'une passion. De plus, il a rappelé tout ce qui a déjà été fait par le monde agricole en la matière, notant une réduction de moitié ces dix dernières années de la quantité d'antibiotiques achetés, une diminution de l'utilisation des herbicides et du glyphosate ainsi qu'une augmentation de l'utilisation de produits phytosanitaires biologiques. Le député agrarien a donc appelé, au nom de l'UDC, à voter contre tous les textes.
Le groupe libéral-radical s'est également montré opposés aux initiatives, faisant confiance à l'action du gouvernement en la matière. Une partie du groupe, à l'image de Kurt Fluri (plr, SO), s'est toutefois montrée ouverte à soutenir la minorité I, afin que la commission puisse élaborer un contre-projet indirect. Cette position rejoint donc l'appel lancé par les jeunes libéraux-radicaux suisses qui se sont déclarés en faveur d'un contre-projet. Cela fait également écho à l'enquête d'opinion lancée à l'interne et qui a montré que 90 pour cent des membres du PLR seraient en faveur d'une réduction des pesticides. 64 pour cent des membres du parti vont même plus loin, souhaitant une interdiction.
Le groupe du PDC s'est montré plus tranchant, appelant à tout refuser, ne suivant donc pas l'avis de sa jeunesse de parti qui a appelé son parti mère à soutenir un contre-projet. Cette position a fait débat dans les médias, le PDC étant donc sur cette question moins ouvert que le PLR, cela alors que l'écologie est un thème porteur en cette année électorale. Au nom de son groupe, Markus Ritter (pdc, SG), également président de l'USP, a dénoncé des initiatives qui risquent de rendre les aliments sensiblement plus chers et mettant en danger d'autres secteurs comme l'hôtellerie ou la restauration. Le groupe du PBD a lui aussi recommandé aux député.e.s de rejeter les différents textes soumis au Conseil national, estimant que l'action gouvernementale va dans la bonne direction.
Par les voix de Tiana Angelina Moser (pvl, ZH) et d'Isabelle Chevalley (pvl, VD), le groupe vert-libéral s'est positionné pour l'élaboration d'un contre-projet aux initiatives jugées mal ficelées. Les verts-libéraux ont déploré le manque cruel de volonté politique en la matière ces dernières années. Ils n'ont pas manqué de rappeler que le monde agricole n'a atteint aucun des objectifs environnementaux fixés par la Confédération. Ils jugent, de plus, particulièrement problématique de subventionner à coup de milliards un secteur détruisant l'environnement. Le groupe des Verts a, lui, dit toute la sympathie qu'il avait pour les objectifs visés par les deux textes d'initiatives, mais a souligné préférer agir par le biais d'un contre-projet qui aurait l'avantage de mettre plus rapidement et plus efficacement des mesures en place. Cette position est rejointe par le groupe socialiste pour qui les deux initiatives vont trop loin à certains égards.
De plus, de nombreuses associations et organisations se sont montrées en faveur de l'élaboration d'un contre-projet, à l'image de la Fédération suisse de pêche, de l'Association des petits paysans, de diverses jeunesses de parti du centre et de droite (PLR, PBD, PEV, PDC, Vert'libéraux), de la Migros et de la Société Suisse de l'Industrie du Gaz et des Eaux.
Après un débat étalé sur deux jours et qui durera neuf heures, le Conseil national aura finalement décidé de rejeter l'ensemble des minorités, malgré le soutien de quelques élu.e.s du centre et du PLR: la minorité I Jans par 111 voix contre 78 et 4 abstentions; la minorité II Jans par 116 contre 73 et 4 abstentions; la minorité III Bertschy par 120 voix contre 71 et 2 abstentions. La proposition Molina (ps, ZH) d'accepter l'initiative n'a convaincu, elle, que 54 parlementaires, alors que 131 député.e.s s'y sont opposé.e.s (7 abstentions).

Le Conseil des Etats traite de l'Initiative pour des aliments équitables. Après le rejet par la chambre basse du texte déposé par les Verts, les sénateurs et sénatrices débattent à leur tour sur cette initiative populaire qui veut promouvoir les produits alimentaires issus d'une agriculture socialement et écologiquement durable. Isidor Baumann (pdc, UR), rapporteur de la commission en charge (CER-CE), explique qu'ils ont auditionné les initiants ainsi que le SECO afin de pouvoir se faire un avis. Ainsi, la députée Maya Graf (verts, BL) et le sénateur Robert Cramer (verts, GE) ont plaidé pour l'initiative, rappelant qu'il est nécessaire d'aller plus loin que le seul contre-projet sur la sécurité alimentaire accepté par la population en septembre 2017. Bien que celui-ci contienne des articles relatifs à une utilisation plus durable des ressources ainsi qu'à des échanges commerciaux contribuant au développement durable, les deux défenseurs de l'initiative estiment qu'elle s'intéresse, de plus, aux produits alimentaires et non seulement à l'agriculture. Ils ont également soutenu le fait que cette initiative peut être appliquée en respectant les règles édictées dans le cadre des accords commerciaux. Ce point est contesté par une prise de position commune du SECO, de l'OSAV et de l'OFAG, qui déclarent en outre que cette initiative ne profitera que peu aux pays en voie de développement, les petits producteurs ne pouvant se permettre de payer pour un label certifiant leur production.
La commission de l'économie et des redevances demande donc à la chambre haute de rejeter d'une part l'initiative des Verts, et d'autre part, le contre-projet proposé par le sénateur Roberto Zanetti (ps, SO) – qui se trouve être le même contre-projet que celui formulé par le député Jans (ps, BS) au Conseil national. La commission justifie sa décision pour les raisons suivantes: l'initiative va trop loin, n'est pas applicable, a des tendances protectionnistes, amène des coûts supplémentaires, pourrait mettre les consommateurs sous tutelle, pèse sur l'industrie de transformation et n'est plus utile au vu de l'inscription récente du principe de sécurité alimentaire dans la Constitution. La commission estime que le contre-projet, bien que plus facile à mettre en œuvre, ne résout pas les problèmes évoqués et c'est pourquoi elle demande également à le rejeter.
Lors des discussions au sein de la chambre haute, le sénateur Germann (udc, SH) dit redouter une hausse des prix ainsi qu'une hausse du tourisme d'achat en cas d'acceptation de l'initiative. Un problème également soulevé par le député lucernois Damian Müller (plr, LU) qui considère que c'est une mauvaise réponse appliquée à une vraie question, à savoir l'offre en denrées alimentaires saines. Fervent défenseur de l'initiative, Robert Cramer rappelle qu'elle a été lancée, entre autres, en réaction aux scandales touchant la production de tomates dans le sud de l'Espagne qui se fait dans des conditions sociales et écologiques catastrophiques. Il fait également remarquer qu'une motion (10.3626) demandant au Conseil fédéral d'être autant attentif aux conditions de travail et à la protection de l'environnement qu'au libre-échange lorsqu'il conclut des accords internationaux en lien avec l'agriculture a été acceptée par les deux chambres. Prenant les négociations en cours avec l'Indonésie en exemple, le sénateur genevois estime que cette motion est restée lettre morte auprès du Conseil fédéral. Il pointe également le fait que lors de l'adoption de cette motion en 2011, personne n'a évoqué une quelconque incompatibilité avec les accords commerciaux internationaux. Cependant, Robert Cramer est conscient que l'initiative constitutionnelle n'est certainement pas le meilleur chemin et aurait préféré qu'un contre-projet indirect soit élaboré; une solution que le Conseil national avait à un moment considérée.
Le président de la Confédération, Alain Berset, rappelle la position du Conseil fédéral déjà défendue à la chambre basse quant à l'initiative. Selon lui, les bases légales existent déjà et un nouvel article constitutionnel n'est donc pas nécessaire. Le manque de majorités politiques explique le fait que certains débats dans ce domaine n'avancent pas. Le Conseil fédéral recommande donc de rejeter l'initiative.
Lors de la discussion par article, la commission de rédaction propose une modification du texte italophone; une modification qui permet de clarifier les propos mais qui n'enlève rien à la substance du texte. Cette proposition est adoptée sans discussion. Les sénateurs et sénatrices décident de ne pas entrer en matière en ce qui concerne le contre-projet Zanetti (par 31 voix contre 13 et aucune abstention) et rejettent l'initiative pour des aliments équitables par 32 voix contre 3 et 9 abstentions.

La chambre du peuple débat à son tour sur l'abrogation de ladite «loi chocolatière». Le Conseil des Etats avait apporté un certain nombre de modifications à la proposition du Conseil fédéral; proposition qui consistait à supprimer toute contribution à l'exportation de produits agricoles transformés d'ici à 2020, comme demandé par les ministres lors de la 10ème conférence de l'OMC à Nairobi en 2015. La commission de l'économie et des redevances du Conseil national (CER-CN) propose, elle aussi, de modifier quelques aspects du projet de l'exécutif ainsi que des propositions formulées et acceptées par la chambre des cantons. Premièrement, comme rapporté par le député UDC Pierre-André Page (udc, FR), une majorité de la commission propose qu'il soit précisé que le supplément pour les céréales peut être versé en fonction du volume ou de la surface – y voyant la garantie d'une certaine souplesse dans l'application – mais s'oppose à la proposition du Conseil des Etats qui voulait que seules les céréales destinées à l'alimentation humaine soient concernés, estimant que cela pourrait s'avérer compliqué pour les paysans durant certaines années planifiables de surproduction céréalière. Ainsi, la majorité propose de rejeter la proposition de la minorité Jans (ps, BS) qui demande à conserver la version formulée par le Conseil des Etats. La majorité de la CER-CN invite, par contre, les parlementaires à approuver la proposition de ce dernier en ce qui concerne l'augmentation du montant alloué aux mesures d'accompagnement par rapport au projet du Conseil fédéral. La commission estime que celui-ci doit rester à hauteur de 94,6 millions de francs et non être baissé à 67,9 millions de francs. La minorité Bertschy (pvl, BE) veut, quant à elle, le maintien du plafond de dépenses fixé en première instance par le Conseil fédéral. La députée socialiste Schneider Schüttel (ps, FR) justifie cette position par le fait que la Suisse ne souffre plus autant du franc fort qu'à l'époque où les contributions ont été augmentées. De plus, elle estime qu'une augmentation pourrait aller à l'encontre de la décision de l'OMC et argumente finalement d'un point de vue des restrictions budgétaires entreprises par la Confédération. La deuxième proposition de la minorité Bertschy propose de limiter dans le temps cette forme de subventionnement et cela de manière dégressive jusqu'en 2027. Finalement, la commission demande à être consultée avant la promulgation de l'ordonnance sur les douanes, touchant à la procédure d'autorisation du trafic de perfectionnement. Celle-ci demande à ce que cette dernière soit simplifiée et transparente.
La commission des finances (CDF-CN) a elle aussi pris position quant au deuxième volet de cet objet, à savoir le volet touchant à l'arrêté fédéral concernant les moyens financiers dédiés à l'agriculture pour la période 2018-2021. Celle-ci demande également aux députés d'accepter l'augmentation des moyens proposée par la chambre haute par rapport au projet du Conseil fédéral; le montant total alloué à cet effet pour la période 2018-2021 doit s'élever, d'après la majorité de la commission, à 2,031 milliards de francs et non à 1,951 milliards de francs comme proposé par l'exécutif. Par la voix de son rapporteur Thomas Egger (pdc, VS), la commission justifie sa position, d'une part, par le fait que les chambres fédérales ont approuvé lors de la session d'hiver 2016 une augmentation des contributions pour la "loi chocolatière" à hauteur de 94.6 millions de francs par année et estime donc que le Conseil fédéral n'applique pas de manière conséquente cette décision des chambres dans la révision de cette loi. D'autre part, elle considère qu'un soutien à la production de matières premières dédiées aux produits transformés destinés à l'exportation est nécessaire afin que cette branche reste compétitive sur le plan international.
En plus de ses propositions d'approuver le projet du Conseil fédéral limitant le budget alloué aux producteurs de céréales et de lait à 67,9 millions de francs par année ainsi que la limitation dans le temps de cette contribution, Kathrin Bertschy souhaiterait plus généralement que la chambre du peuple n'entre pas en matière sur ce sujet. Parlant au nom de la fraction verte-libérale, la députée bernoise considère, en effet, que le premier objet soumis à votation – à savoir l'arrêté fédéral relatif à la suppression de toute aide à l'exportation, conformément aux règles édictée par l'OMC – concerne, en vérité, la modification de la loi sur l'agriculture. La fraction des vert'libéraux soutient, par contre, les modifications imposées par l'OMC, estimant que tout soutien financier à l'exportation de produits agricoles est dommageable pour les pays en voie de développement, les paysans de ces pays ne pouvant pas rivaliser contre des produits subventionnés. De plus, elle considère que cela va à l'encontre de la compétitivité et amène à une utilisation inefficiente des facteurs de production. Finalement, les vert'libéraux critiquent sur un plan plus général ce projet de loi, considérant que ce n'est pas une abolition de la "loi chocolatière", mais la création d'une nouvelle loi sur le lait et le pain ("Milch-Brot-Gesetz") – la proposition de loi irait à l'encontre de l'esprit des mesures souhaitées par l'OMC.
L'UDC ainsi que le PDC soutiennent quant à eux la proposition financière du Conseil des Etats ainsi que les propositions des majorités des commissions. Les Verts sont d'accord d'entrer en matière, mais critiquent vertement la solution trouvée par le Conseil fédéral, considérant qu'un système de financement passant par les paiements directs et non par un subventionnement couplé à la production, aurait été plus légitime et aurait répondu à la volonté du Conseil fédéral d'en arrêter avec ce mode de financement décidé lors de l'introduction du système des paiements directs dans les années 90. C'est pour cela qu'ils soutiennent la proposition budgétaire du Conseil fédéral. La fraction verte défend, de plus, les propositions de la minorité Bertschy d'une limitation temporelle et d'un paiement dégressif ainsi que de la minorité Jans limitant les paiements aux céréales destinées aux humains. Le PLR salue la décision du Conseil fédéral de simplifier le trafic de perfectionnement actif; une simplification qui permettra une meilleure compétitivité des entreprises du secteur agro-alimentaire. La majorité de la fraction libérale-radicale considère également que le montant proposé initialement par l'exécutif est justifié et ne devrait pas être augmenté, comme le proposent les majorités des deux commissions. Finalement, le parti socialiste est du même avis que les Verts en ce qui concerne le mode de financement et aurait souhaité qu'une solution en termes de paiements directs soit trouvée, respectant ainsi le mandat de la Constitution. Ils critiquent, comme les Vert'libéraux, cette proposition qui ne change, en définitive, rien, passant d'un système où les producteurs sont aidés et paient les paysans de manière correcte, à un système où les paysans sont soutenus, permettant ainsi de fixer un prix des matières premières plus bas pour les producteurs de produits transformés. Mais, conscient de l'urgence de trouver une solution, une majorité du PS est d'accord d'approuver le projet du Conseil fédéral, sous la condition que la proposition de la minorité Bertschy relative à une limitation temporelle soit acceptée.
Le Conseil fédéral, par la voix de son ministre de l'économie, Johann Schneider-Ammann, reste sur ses positions en invoquant les mêmes arguments que ceux invoqués devant les sénateurs du Conseil des Etats. Il précise, de plus, qu'un rapport d'évaluation est prévu, quatre ans après la mise en application de ces nouvelles mesures.
Les parlementaires votent massivement pour l'entrée en matière du premier arrêté fédéral relatif à l'approbation et à la mise en œuvre de la décision ministérielle de l'OMC. Lors du vote par article, la proposition de la minorité quant à une limitation temporelle sur dix ans, couplée d'un financement dégressif se voit refusée par 117 voix contre 68. C'est également la proposition de la majorité qui est acceptée par 129 voix contre 58 en ce qui concerne la prise en compte de la surface ainsi que de la suppression de la précision demandée par le Conseil des Etats de restreindre cela aux céréales destinées aux humains. Cet arrêté fédéral est finalement accepté par 165 voix contre 15 et 9 abstentions.
Les députés décident également massivement d'entrer en matière en ce qui concerne le deuxième arrêté fédéral relatif aux moyens financiers destinés à l'agriculture pour les années 2018-2021. Lors du vote par article, la proposition des majorités des deux commissions de suivre le Conseil des Etats en ce qui concerne l'augmentation des moyens mis à disposition est acceptée par 111 voix contre 78 pour la proposition des minorités des deux commissions qui voulaient conserver le montant proposé par le Conseil fédéral. Sur le vote d'ensemble, l'arrêté fédéral est accepté par 138 parlementaires contre 52, sans abstention.
Le projet retourne donc aux mains du Conseil des Etats, afin de régler les différends restants entre les deux chambres concernant les termes à utiliser dans l'article 55 de la loi sur l'agriculture (céréales destinées au humains ou céréales de manière générale ainsi que l'ajout de la considération de la surface et non pas uniquement des volumes).

Le national traite de l'initiative pour des aliments équitables sur laquelle la population sera amenée à voter en septembre 2018. Tout comme le Conseil fédéral, une majorité de la commission de l'économie et des redevances du Conseil national (CER-CN) appelle à ne pas soutenir cette initiative provenant des rangs des Verts. Bien que sensible aux causes défendues par le texte d'initiative, le rapporteur francophone de la commission, le député vaudois Olivier Feller (plr, VD), justifie cette décision par la complexité de la mise en place d'un système de contrôle qui permettrait de certifier de la durabilité ainsi que de l'équité des aliments produits à l’étranger. De plus, la mise en œuvre de cette initiative exigerait certainement d'accorder de nouvelles subventions fédérales afin d'aider la production locale et saisonnière ainsi que pour répondre aux exigences du travail équitable. Olivier Feller précise également que les partenaires commerciaux de la Suisse pourraient déposer plainte auprès de l'OMC, pouvant ainsi entraîner diverses mesures de rétorsion. A cela s'ajoute le fait que les citoyens et citoyennes ont accepté d'inscrire dans la Constitution le principe de sécurité alimentaire; un principe qui veut promouvoir des échanges commerciaux transfrontaliers axés sur le développement durable. Une minorité de la commission est de l'avis qu'il est nécessaire d'accepter l'initiative, comme défendue par le député Louis Schelbert (verts, LU), qui précise que le comité d'initiative se serait également contenté d'un contre-projet indirect – une considération balayée en commission par 13 voix contre 11 et 1 abstention. La CER-CN recommande finalement de rejeter le contre-projet direct Jans (ps, BS); un contre-projet formulé de telle sorte que les produits issus d'un commerce durable et équitable soient privilégiés et non, comme suggéré par l'initiative, exigés. Sur ce point, les initiants et les adversaires ne sont pas d'accord, les premiers considérant que l'initiative vise à avantager une certaine gamme de produits. Le députés Jans précise que le contre-projet a l'avantage de ne pas renchérir le prix des aliments importés – comme redouté dans le cas d'une acceptation de l'initiative – mais au contraire de baisser les prix des produits durables, en abaissant les barrières douanières pour ces aliments pour autant qu'ils ne soient pas produits en même temps en Suisse. Le parlementaire bâlois estime, de plus, que cela ne va pas à l'encontre des accords commerciaux, comme argumenté par la majorité de la commission.
Lors des prises de position des différents groupes, Céline Amaudruz (udc, GE), pour l'UDC, déclare que son groupe ne soutiendra ni l'initiative ni le contre-projet, l'inscription du principe de sécurité alimentaire étant, d'une part, suffisant à leurs yeux et les acteurs économiques remplissant, d'autre part, déjà la tâche consistant à proposer aux consommateurs des aliments durables et équitables; une position également partagée par le PBD, le PLR et le PDC. Le représentant de ce dernier, le député Leo Müller (pdc, LU), ajoute qu'il serait dommageable pour la paysannerie suisse de ne plus pouvoir se distinguer, en matière de qualité des produits, des aliments importés si ceux-ci doivent respecter les mêmes normes. De plus, le PDC redoute une augmentation du tourisme d'achat ainsi que la question sous-jacente qui se pose: les importations de privés doivent-elles également respecter cette législation? Le groupe démocrate-chrétien insiste finalement sur le fait qu'il leur est important de laisser le consommateur et la consommatrice libre de décider d'eux-mêmes ce qu'ils veulent acheter. Les verts-libéraux soutiennent, quant à eux, le contre-projet Jans, ceux-ci préférant un système incitatif à un système protectionniste. Le PS donne la liberté de vote, le groupe étant divisé sur cette question, comme admis par la députée Prisca Birrer-Heimo (ps, LU). Celle-ci, représentante des voix critiques au sein de son groupe, redoute que les standards suisses de production des aliments ne baissent à cause de la pression provenant du respect des normes suisses pour l'import – des normes élevées en comparaison internationale, même si, selon la députée lucernoise, l'agriculture suisse utilise énormément de pesticides et d'intrants chimiques comparé à d'autres pays. Finalement, elle redoute une hausse des prix généralisée en cas d'acceptation de l'initiative, une situation qui serait difficilement tenable pour les populations les plus vulnérables. C'est pour cela qu'elle appelle à soutenir le contre-projet Jans, qui évite un certain nombre de problèmes. Matthias Aebischer représente, quant à lui, l'aile du PS soutenant l'initiative en plus du contre-projet. Etant membre du comité de soutien à l'initiative et auteur d'une motion voulant interdire l'importation de produits alimentaires issus d'animaux maltraités – motion finalement rejetée par le Conseil des Etats – il estime que l'initiative vise une amélioration de la situation actuelle et ne cherche pas une interdiction totale de l'importation de produits ne respectant le droit environnemental, international ou encore les droits de l'Homme. Pour le député bernois, le mot «grundsätzlich» (traduit dans la version française du texte d'initiative par: «de manière générale») – qui apparaît dans l'alinéa 2 du texte et qui peut être compris en allemand comme contraignant ou non – donne une marge de liberté dans l'interprétation de l'initiative et dans son application concrète: la Confédération doit, en règle générale, garantir que les produits importés respectent les standards suisses.
Le groupe des verts-libéraux critique, lui, les mesures protectionnistes qui sous-tendent l'initiative mais défend les préoccupations majeures du texte. Thomas Weibel (pvl, ZH) est, en outre, convaincu que celles-ci pourraient être abordées sans contrevenir aux règles de l'OMC, lui qui propose d'orienter les incitations sur des taxes sur le CO2 plutôt que sur des mesures protectionnistes. Il propose donc de soutenir le contre-projet Jans mais de rejeter l'initiative.
Lors de la présentation plus exhaustive de l'initiative, les verts insistent encore une fois sur la compatibilité du texte avec les accords de l'OMC, ainsi que sur le besoin de cohérence entre la législation nationale – qui reflète la volonté des citoyens et citoyennes (l'interdiction des usines d'élevage ou des poules en cage pour ne citer que deux exemples) – et la législation concernant les produits importés. Car, de l'avis de la verte Adèle Thorens Goumaz (verts, VD), la population ne peut, par principe, tolérer à l'étranger ce qu'elle ne tolère pas à l'interne. Sa collègue de parti, Maya Graf (verts, BL) précise que 80 pourcents des importations proviennent de pays industrialisés et non de pays dits du sud; des pays industrialisés où, comme souligné par la députée genevoise Lisa Mazzone (verts, GE), les conditions de travail sont parfois très précaires comme l'exemple des ouvriers et ouvrières agricoles travaillant en Espagne l'a prouvé. De plus, Adèle Thorens Goumaz fait remarquer que l'inscription du principe de sécurité alimentaire ne mènera pas à des échanges commerciaux plus durables, le Conseil fédéral ayant déclaré que le texte récemment accepté ne nécessitera aucun changement légal.
Lors du deuxième jour de débat, certains représentants de l'USP sont montés à la tribune pour exposer le point de vue de l'organisation agricole. Le président de cette dernière – Markus Ritter (pdc, SG) – salue l'initiative, mais aurait préféré un contre-projet indirect de la commission en charge et annonce qu'il s'abstiendra. Jacques Bourgeois (plr, FR), directeur de cette même organisation, estime que l'initiative va dans le bon sens, même si une partie des points abordés sont, depuis l'adoption du contre-projet à l'initiative sur la sécurité alimentaire, d'ores et déjà inscrit dans la constitution. Markus Hausammann (udc, TG) (qui préside le Club agricole de l'Assemblée fédérale, regroupant une centaine de parlementaires) considère qu'une acceptation du texte amènerait un excès de bureaucratie. A l'interpellation de la députée Graf quant à la motion déposée par son collègue de parti Albert Rösti (udc, BE) – une motion demandant à ce que les normes des produits alimentaires importés provenant d'animaux respectent les normes suisses, sous peine d'être labellisés «Produit par des méthodes interdites en Suisse», mais finalement rejetée par le Conseil national – Markus Hausammann répond que, tant l'initiative que la motion, sont de bons apports à la discussion quant aux normes de production.
Ce deuxième jour de débat a également été marqué par le discours de Jonas Fricker (verts, AG) qui le poussera à démissionner de son poste de parlementaire. En effet, celui-ci fait remarquer que les images d'élevages de masse lui rappellent, malgré lui, des séquences du film «La Liste de Schindler»; à la différence près que les cochons, eux, n'ont aucune chance d'en ressortir vivant contrairement aux personnes envoyées dans les camps de concentration.
Finalement, le Conseil fédéral, par la voix d'Alain Berset, recommande à l'assemblée de rejeter tant l'initiative que le contre-projet Jans. Il estime, en effet, que la Confédération remplit déjà les objectifs fixés par l'initiative, tant dans sa dimension de la protection des animaux – l'article 18 de la loi sur l'agriculture édicte de possibles interdictions d'importations dans certains cas – que dans sa dimension environnementale – le Plan d'action Economie verte ainsi que l'Agenda 2030 de l'ONU en sont deux exemples. Alain Berset critique simplement le manque de volonté politique pour aller dans le sens demandé par les deux objets, les bases légales existant déjà pour agir. Finalement, le Conseil fédéral considère que les contrôles à l'étranger qu'impliquerait l'acceptation de l'initiative seraient trop compliqués à mettre en place, en plus du problème de la conformité avec les différents accords commerciaux que la Suisse a signé.
Lors du vote, le Conseil national décide, par 119 voix contre 60 et 2 abstentions, de ne pas entrer en matière concernant le contre-projet Jans. Quant à l'initiative, une majorité des députés – 125 voix contre 37 et 23 abstentions – suit l'avis du Conseil fédéral et propose à la population de la rejeter.

Da der Ständerat der Initiative für Ernährungssicherheit einen Gegenentwurf gegenübergestellt hatte und die Behandlungsfrist im Januar 2017 abgelaufen wäre, wurde von beiden Räten eine Fristverlängerung um ein Jahr gutgeheissen.
Im Frühjahr 2017 behandelte der Nationalrat im Differenzbereinigungsverfahren den vom Ständerat vorgeschlagenen Gegenentwurf zur Volksinitiative des Bauernverbandes. Die Mehrheit der WAK-NR (20 zu 1 Stimmen, 3 Enthaltungen) zeigte sich mit dem Vorschlag des Ständerats einverstanden und plädierte dafür, diesen dem originalen Initiativtext vorzuziehen. Zwar wurde von allen Seiten bestätigt, dass auch der neue Verfassungstext keine Gesetzesänderung und keinen neuen Subventionstatbestand mit sich bringen würde, aber man begrüsste, dass bei einer Annahme des Gegenentwurfs der Begriff der „Ernährungssicherheit” in der Verfassung festgehalten und umschrieben würde und dass der Begriff, im Vergleich zum ursprünglichen Initiativtext, in einem globaleren Kontext verstanden würde. Zudem habe der Entwurf des Ständerats einige formale Mängel des ursprünglichen Initiativtextes aus dem Weg geräumt.
Auch wurde von Kommissionssprecher Beat Jans (sp, BS) darauf hingewiesen, dass in der Formulierung des Gegenentwurfs zwei Begehren der Fair-Food-Initiative aufgegriffen wurden. So steht in einem Abschnitt, dass grenzüberschreitende Handelsbeziehungen, die zur nachhaltigen Land- und Ernährungswirtschaft beitragen, gefördert werden sollen. Ein anderer hält einen ressourcenschonenden Umgang mit Lebensmitteln fest, was als Einbezug der Food-Waste-Thematik verstanden wurde.
In der nationalrätlichen Debatte gab es zwei Minderheitsanträge von Seiten der SVP und einen aus der FDP-Fraktion. Thomas Aeschi (svp, ZG) forderte im neuen Artikel zur Ernährungssicherheit die „wortgetreue Umsetzung von Artikel 121a der Bundesverfassung” festzuhalten; Marcel Dettling (svp, SZ) schlug in einem Einzelantrag vor, den Text mehr auf die inländische Produktion auszurichten. Der dritte Anpassungsvorschlag, eingereicht von Christian Wasserfallen (fdp, BE), beinhaltete die Forderung den „ressourcenschonenden Umgang mit Lebensmitteln” aus der Vorlage zu streichen. Alle Anliegen blieben im Nationalrat chancenlos.
Die grosse Kammer entschied mit 173 zu 7 Stimmen (11 Enthaltungen), dem direkten Gegenentwurf zur Volksinitiative „Für Ernährungssicherheit” zuzustimmen. Die Vorlage wurde von allen Fraktionen unterstützt, die 7 Gegenstimmen stammten aus den Fraktionen der FDP und der SVP.