Les deux chambres étaient appelées à se prononcer sur la proposition de la conférence de conciliation de ne pas intégrer le contenu de la motion Zanetti (ps, SO) 20.3625 (entre-temps acceptée par les deux chambres) dans l'initiative parlementaire sur la réduction des intrants fertilisants et des risques liés aux pesticides. La conférence de conciliation a invoqué trois raisons pour justifier sa position: premièrement, le thème des aires de captage d'eau mérite une procédure de consultation complète (avec l'avis des cantons), deuxièmement, les conséquences de la cartographie de ces aires sont extrêmement importantes et finalement, l'agriculture n'est pas la seule concernée par cette réglementation. La proposition de biffer cet article de l'initiative parlementaire a été soutenue par 38 voix contre 3 au Conseil des Etats et à l'unanimité (173 voix) moins 3 abstentions au Conseil national.

Un jour après, au vote final, l'initiative parlementaire a été acceptée dans son ensemble par 37 voix contre 5 (4 UDC et 1 PLR) et 2 absentions (1 UDC et 1 Centre) à la chambre haute et par 138 voix contre 48 et 9 abstentions au Conseil national. Dans cette chambre, les voix s'y opposant sont venues exclusivement du groupe de l'UDC, tandis que les quelques abstentions se partagent entre Verts (3) et UDC (6).

In der Frühjahressession 2021 behandelte der Ständerat die parlamentarische Initiative Jans (sp, BS) betreffend den Schutz der Gewässer vor Pestiziden. Kommissionssprecher Noser (fdp, ZH) erläuterte, dass die Mehrheit der UREK-SR der Ansicht sei, dass die Forderung der vorliegenden Initiative – ein Verbot bestimmter Pestizide in Fällen, in denen entsprechende Grenzwerte überschritten wurden – durch die Beschlüsse der parlamentarischen Initiative 19.475 der WAK-SR bereits erfüllt sei. So sei etwa geregelt worden, welche Grenzwerte für das Flächenwasser und das Grundwasser gelten sollen. Ratskollege Zanetti (sp, SO) sah dies jedoch anders; für ihn war die Initiative Jans noch nicht erfüllt. Mit der parlamentarischen Initiative der WAK-SR sei nämlich beispielsweise der Schutz der Zuströmbereiche von Trinkwasserfassungen nach wie vor unzureichend geregelt. Die Worte Zanettis vermochten jedoch nur eine Minderheit des Ständerates zu überzeugen; mit 27 zu 15 Stimmen lehnte die kleine Kammer es ab, der parlamentarischen Initiative Jans Folge zu geben. Diese ist damit endgültig vom Tisch.

Le Conseil des Etats s'est décidé pour une solution intermédiaire sur l'une des deux divergences au sujet de l'initiative parlementaire visant une réduction des éléments fertilisants et des pesticides. Sur une proposition de Peter Hegglin (centre, ZG), les sénateurs et sénatrices ont émis le souhait, par 23 voix contre 21, de rendre la déclaration de communication de livraison des engrais et des aliments concentrés obligatoire. La proposition du Conseil national englobait, quant à elle, l'ensemble des aliments pour animaux en plus des engrais. La version du sénateur zougois ne toucherait pas uniquement les exploitations agricoles, mais tous les domaines (par ex. les terrains de golf). Pour la commission, Christian Levrat (ps, FR) a fait remarquer qu'une telle mesure était excessive, les émissions de phosphore et d'azote étant à 90 pour cent imputables à l'agriculture. De plus, cette proposition, qui relève selon la majorité de la commission de la fausse bonne idée, risquera de complexifier les procédures administratives, car la déclaration des aliments concentrés sera à la charge des fournisseurs, tandis que les paysan.ne.s devront continuer de déclarer les aliments non-concentrés. Le Conseil national s'était positionné pour déléguer l'entier de ces tâches aux fournisseurs.
Quant à la deuxième divergence, la chambre haute a décidé de rester sur ses positions en refusant, par 26 voix contre 16, d'intégrer la motion Zanetti (ps, SO) au projet de loi. Le dossier retourne donc une dernière fois à la chambre basse avant la mise en place d'une conférence de conciliation en cas de divergences persistantes.

En ouverture des discussions sur l'initiative parlementaire visant une réduction des risques liés aux produits phytosanitaires, Christian Levrat (ps, FR), représentant de la CER-CE, a rappelé la nécessité de trouver un consensus entre les chambres afin de terminer le traitement de l'objet avant la fin de la session de printemps. Ce texte pourrait, de facto, servir de contre-projet aux initiatives populaires sur les pesticides sur lesquelles le corps électoral aura à se prononcer en juin 2021 (initiative pour une Suisse libre de pesticides de synthèse et initiative pour une eau potable propre), alors qu'initialement, la CER-CE ne souhaitait pas la considérer comme telle.
Les sénatrices et sénateurs devaient se prononcer sur trois divergences. La première divergence – qui concerne le remplacement progressif des engrais chimiques importés par des engrais organiques de ferme – a été éliminée sans autre discussion par la chambre haute, qui a donc décidé de s'aligner sur le Conseil national. La deuxième divergence – touchant à la réduction des excédents d'éléments fertilisants et à l'automatisation des données concernant les bilans de fumure – a été marquée par deux propositions de minorité: une proposition Rieder (pdc, VS) de modification de l'article et une proposition Salzmann (udc, BE) de le biffer. La proposition Rieder s'est imposée à une voix près (23 voix contre 22), contre l'avis de la majorité de la CER-CE qui aurait voulu que sa chambre s'aligne sur la décision du Conseil national. Ainsi, et malgré les réticences du président de la Confédération, Guy Parmelin, seule la livraison des engrais chimiques pourrait devoir être communiquée par les distributeurs, sortant de cette obligation les livraisons d'aliments pour animaux. Guy Parmelin a fait remarquer que l'apport d'éléments fertilisants par le biais des aliments pour animaux était plus important que l'apport des engrais chimiques dans la balance globale. Exclure cet aspect risque donc de rendre incomplet les bilans de fumures régionaux et nationaux que les autorités ont prévu de dresser. Beat Rieder estimait que la solution proposée par le Conseil national était administrativement trop lourde. Face à la proposition Rieder, la proposition Salzmann de biffer cet article n'a récolté que 4 voix (contre 38 et 2 abstentions).
La troisième divergence a également donné du grain à moudre aux parlementaires. Elle concerne l'ajout dans le projet par le Conseil national – sur une proposition d'une minorité de la CER-CN – d'un article de loi touchant aux aires de captage d'eau. A l'origine, cette proposition émanait de la Mo. 20.3625 déposée par le socialiste Roberto Zanetti (ps, SO) et acceptée à l'unanimité par le Conseil des Etats. Mais une majorité de celui-ci (26 voix contre 14 et une abstention) a pris la décision de refuser de reprendre cet article de loi dans la présente initiative parlementaire, afin de permettre à la motion Zanetti de parcourir le chemin classique, à savoir une procédure de consultation qui permettra aux principaux concernés – les cantons devront la mettre en œuvre – de s'exprimer.
Le texte retourne au Conseil national pour le règlement des deux divergences restantes.

Les débats sur l'initiative parlementaire pour une réduction des risques liés aux pesticides se sont étalés sur deux journées au Conseil national, signe que les passes d'armes entre parlementaires ont été pour le moins sportives. Pourtant, un certain consensus semblait régner quant à la nécessité de ficeler un projet crédible afin de pouvoir se rendre plus sereinement aux urnes face à l'initiative pour une eau potable propre et l'initiative pour une interdiction des pesticides de synthèse, comme l'a fait remarquer le libéral-radical genevois Christian Lüscher. Pour le rapporteur francophone de la CER-CN, Fabio Regazzi (pdc, TI), cette initiative parlementaire couvre un spectre plus large – touchant tant la loi sur l'agriculture (LAgr) que la loi sur les produits chimiques (LChim) et la loi sur la protection des eaux (LEaux) – et est plus ciblée que les deux initiatives populaires. Elle permet également d'éviter les nombreux désavantages qui découleraient d'une acceptation de ces deux textes.
La question centrale des débats était de déterminer l'ampleur et le niveau d'ambition de ce projet. Ainsi, les parlementaires des différents bords politiques se sont écharpés sur le rôle que devront jouer les pesticides dans l'agriculture suisse dans le futur, sur les efforts qu'a fourni et que devra encore fournir le monde agricole, sur la pollution des nappes phréatiques, sur l'auto-approvisionnement alimentaire, etc. Guy Parmelin, ministre en charge des questions agricoles, s'est montré favorable à ce projet législatif, soulignant qu'il allait dans le même sens que ce qu'a entrepris le Conseil fédéral notamment au travers de son Plan d'action produits phytosanitaires.

Le débat a été séparé en deux blocs. Les aspects relevant de la LAgr ainsi que de la LChim ont d'abord été discutés. Ainsi, une majorité de député.e.s ont refusé (par 104 voix contre 85) d'inscrire des objectifs chiffrés de réduction des pertes d'éléments fertilisants. Elle a toutefois décidé d'inclure la proposition de la CER-CN de prendre en compte un remplacement des engrais chimiques importés par l'utilisation d'engrais de ferme organiques. Toutes les propositions de minorité ont été rejetées.
Dans le deuxième bloc, les modifications touchant la LEaux ont été débattues. Les parlementaires se sont écharpés sur les valeurs limites de la présence de certains éléments dans les eaux. Parmi les éléments pris en compte dans la législation, les parlementaires ont notamment décidé par 103 voix contre 88 et 2 abstentions, de prendre en considération, en ce qui concerne les métabolites (issus de la dégradation de certains produits), tant les éléments dits «pertinents» (qui représentent un danger pour la santé) que les métabolites dits «non-pertinents» provenant de la dégradation des pesticides et biocides. Cette décision va à l'encontre de la proposition de la majorité de la commission qui aurait souhaité que seuls les éléments «pertinents» soient pris en considération, mais rejoint la position du Conseil fédéral en la matière. Cette proposition de la minorité Baumann (vert, BE) d'inclure l'ensemble des métabolites pourrait permettre d'éviter un nouveau cas «chlorothalonil» selon Guy Parmelin (les métabolites issus du chlorothalonil n'étaient, jusqu'à récemment, pas considérés comme «pertinents» par les autorités). Finalement, les parlementaires ont également accepté par 105 voix contre 89 et une abstention une proposition Jauslin (plr, AG) sur les aires d'alimentation des captages d'eau, reprenant une proposition de minorité Badran (ps, ZH) retirée ainsi qu'une préoccupation exprimée dans la motion Zanetti (ps, SO) 20.3625 acceptée par le Conseil des Etats. Pour ces deux propositions de minorité, la gauche a fait bloc et a pu compter sur les voix de l'ensemble du groupe vert-libéral ainsi que d'une majorité des membres du groupe libéral-radical.
Au vote sur l'ensemble, l'initiative parlementaire modifiée a passé la rampe par 122 voix contre 57 et 16 abstentions. Aucun.e membre de l'UDC ne l'a acceptée, alors que le groupe du Centre s'est montré polarisé (9 abstentions, 18 votes en faveurs et 4 votes contre). La gauche ainsi que les verts-libéraux ont accepté le projet à l'unanimité. Le groupe libéral-radical s'est également exprimé en faveur du texte, comptant toutefois 7 abstentionnistes dans ses rangs. Ce soutien a été remarqué dans les médias, la NZZ allant jusqu'à titrer «Und die FDP stimmt Grün». Le projet retourne ainsi au Conseil des Etats pour résoudre les divergences restantes.

S'opposant à une décision du Conseil fédéral d'utilisation obligatoire de pendillards (tuyaux flexibles avec un contact direct au sol) pour épandre le lisier, le sénateur Peter Hegglin (pdc, ZG) a déposé une motion pour revenir en arrière. Revenir en arrière, cela signifie instaurer à nouveau des aides fédérales pour promouvoir les techniques qui émettent peu d'ammoniac lors de l'épandage du lisier, mais supprimer l'interdiction (prévue à partir de 2022) d'utilisation des techniques moins favorables d'un point de vue environnemental. Roberto Zanetti (ps, SO) a proposé à ses collègues de renvoyer le texte en commission afin d'étudier plus en profondeur le sujet, mais sa proposition a été rejetée par 26 voix contre 11 et 2 abstentions.
Lors des discussions sur le fond, Peter Hegglin a justifié sa demande en faisant remarquer qu'une interdiction pouvait être contre-productive à divers égards. En effet, il y a d'autres facteurs à prendre en considération, comme le prix élevé des machines à pendillards qui poussera les agriculteurs et agricultrices à acheter en commun les machines, rendant plus difficile l'épandage du lisier au bon moment (c'est-à-dire, au moment où l'azote contenu dans le lisier sera le plus effectif et où cela générera le moins d'émissions d'ammoniac). Le conseiller fédéral Guy Parmelin s'est opposé à cette proposition, précisant que la Confédération avait soutenu à hauteur de CHF 160 millions la transition vers des techniques d'épandage plus respectueuses de l'environnement et que la participation à ces programmes de soutien a atteint un plateau depuis quelques années. La consultation sur la modification de l'OPair a, de plus, montré que cette interdiction d'utilisation de techniques d'épandage fortement émettrice d'ammoniac était la voie à suivre, tant supportable économiquement qu'effective d'un point de vue environnemental. Le ministre de l'agriculture a rappelé que cette interdiction était accompagnée de nombreuses exceptions pour les terrains escarpés ou les petites exploitations par exemple.
Les sénatrices et sénateurs ont finalement suivi, par 27 voix contre 9 et 2 abstentions, l'auteur de la motion. Cette dernière est donc transmise à la chambre du peuple.