Les discussions autour de la réduction des pesticides et des intrants fertilisants se sont poursuivies au sein de la chambre basse. Ses membres devaient se prononcer sur deux divergences qui perdurent avec la chambre haute. Par 97 voix contre 97 et une abstention, les député.e.s ont accepté, avec la voix prépondérante du président de la chambre Andreas Aebi (udc, BE), de s'aligner sur le Conseil des Etats et la proposition du sénateur Hegglin (centre, ZG). Celle-ci constitue, selon la majorité de la CER-CN qui la soutenait, une solution de compromis: en plus des engrais, seule la livraison d'aliments concentrés sera, à l'avenir à déclarer obligatoirement, écartant du projet les fourrages grossiers (foin, etc.). Ces derniers continueront à être saisis de manière manuelle par les paysan.ne.s, mais échapperont aux calculs à l'échelle régionale et nationale des excédents d'éléments fertilisants; une situation déplorée par le conseiller fédéral Guy Parmelin. Une majorité nette s'est dégagée contre la proposition de minorité Dettling (udc, SZ) visant une suppression de cet article (140 voix contre 55). Quant à la deuxième divergence, une courte majorité d'élu.e.s a décidé de la maintenir, refusant par 98 voix contre 96 et une abstention de suivre le Conseil des Etats. Cette divergence, relative aux aires de captage d'eau, sera donc traitée en conférence de conciliation.

Die WAK-NR forderte in einer im Oktober 2020 eingereichten Motion, dass die Stickstoffeinträge, welche via Abwasserreinigungsanlagen in Luft und Gewässer gelangen, rasch reduziert werden. Dazu sollen die ARA aufgerüstet und die Stickstoffeliminierungsleistung von aktuell 47 Prozent deutlich gesteigert werden.
Der Bundesrat beantragte die Annahme der Motion. Der Nationalrat befasste sich in der Wintersession 2020 mit diesem Vorstoss, zusammen mit der Motion «Massnahmen zur Elimination von Mikroverunreinigungen für alle Abwasserreinigungsanlagen», welche ebenfalls von der WAK-NR eingereicht worden war. Kommissionssprecher Dettling (svp, SZ) betonte, dass das Thema Wasserqualität umfassend angegangen werden solle, deshalb habe die Kommission nicht nur die Landwirtschaft (Pa.Iv. 19.475) im Auge, sondern wolle nun auch die Qualität des Wassers, welches aus den ARA in die Gewässer fliesse, weiter verbessern. Umweltministerin Sommaruga pflichtete bei, dass die vorliegende Motion helfen werde, die Gewässerqualität noch stärker zu verbessern. Bei Annahme der Motion sei es wichtig und notwendig, die künftigen Arbeiten zum Ausbau der ARA unter den Kantonen zu koordinieren. Der Bundesrat werde eine Mitfinanzierung dieser Planungsarbeiten prüfen. Die Finanzierung der Massnahmen zur Stickstoffelimination in den ARA würde aber verursachergerecht über die Abwassergebühren ablaufen, schloss Sommaruga. Die Mitglieder des Nationalrates nahmen die Motion stillschweigend an.

Zur Verbesserung der Gewässerqualität hatte das Parlament 2014 die Revision des Gewässerschutzgesetzes beschlossen. Dadurch wurden rund 100 ARA verpflichtet, eine zusätzliche Reinigungsstufe einzubauen, um die Belastung der Gewässer mit Mikroverunreinigungen zu reduzieren. Darauf basierend reichte die WAK-NR im Oktober 2020 eine Motion ein, welche diese Massnahme zur Reduktion des Eintrages von Mikroverunreinigungen auf alle rund 740 Schweizer ARA ausweiten will. Dies sei notwendig, wenn man die Problematik ganzheitlich angehen wolle, denn für 60 Prozent der Mikroverunreinigungen in den Gewässern (etwa Medikamentenrückstände oder Industriechemikalien) seien die ARA, die Industrie und das Gewerbe verantwortlich, so die Kommission in ihrer Begründung.
Der Bundesrat beantragte die Ablehnung der Motion. Er erläuterte, dass die Revision des Gewässerschutzrechts bewusst nur auf diejenigen ARA abgezielt habe, welche entweder in Gewässer einleiten, die für die Trinkwassergewinnung wichtig seien, welche zu einem hohen Abwasseranteil im anliegenden Gewässer führten oder welche grosse Mengen von Mikroverunreinigungen ins entsprechende Gewässer ableiteten. Dies weil ein Ausbau sämtlicher ARAs sehr teuer wäre. Zudem würde ein sehr schlechtes Kosten-Nutzen-Verhältnis resultieren, wenn auch diejenigen ARA ausgebaut würden, deren Abwässer aktuell zu keinen Grenzwertüberschreitungen gemäss GSchG führten. Folglich wollte der Bundesrat im Zweitrat einen Abänderungsvorschlag einbringen, sollte die Motion im Erstrat angenommen werden. Er beantragte dementsprechend, dass nur diejenigen ARA ausgebaut würden, «deren Ausleitungen Grenzwertüberschreitungen zur Folge haben».
In der Wintersession 2020 beugte sich der Nationalrat über den Vorstoss und besprach diesen zusammen mit der Motion für eine «Reduktion der Stickstoffeinträge aus den Abwasserreinigungsanlagen». Kommissionssprecher Dettling (svp, SZ) erläuterte, dass die WAK-NR die Problematik der Gewässerqualität ganzheitlich angehen wolle, weshalb nicht nur bei der Landwirtschaft, sondern auch im Bereich der ARA gehandelt werden müsse. Umweltministerin Sommaruga unterstrich, dass sie das Anliegen der Motion als wichtig einstufe. Dem Bundesrat gehe der geforderte «Vollausbau» jedoch zu weit. Er käme unter anderem die Bevölkerung, die den Ausbau über die Abwasserabgabe mitfinanziere, teuer zu stehen und brächte nur einen geringen Mehrwert. Zudem plädierte Sommaruga dafür, den Gewässerschutz vor allem über Massnahmen im Bereich der Landwirtschaft zu stärken. Die Motion wurde schliesslich vom Nationalrat mit 148 zu 24 Stimmen bei 16 Enthaltungen klar angenommen. Die ablehnenden Stimmen stammten vor allem von SVP-Vertreterinnen und -vertretern sowie von drei Mitgliedern der FDP.Liberalen-Fraktion.

L'agriculture occupe une place particulière lorsqu'on se penche sur la question climatique. En plus d'être la quatrième émettrice de gaz à effet de serre (à hauteur de 14 pour cent, derrière les transports, l'industrie et les ménages), elle est touchée de plein fouet par les modifications climatiques. Qu'il s'agisse de la grêle, des épisodes de gel au printemps ou des sécheresses successives, telle que celle subie en 2018, le monde agricole doit faire face aux aléas climatiques, qui ne feront que se renforcer avec le temps. En réaction à l'été caniculaire subi une année auparavant, l'USP a organisé une conférence de presse pour clarifier sa position. Lors de cette conférence de presse, elle a annoncé vouloir lutter contre le réchauffement climatique. Alors que par le passé, le président de l'USP, Markus Ritter (centre, SG), demandait aux autorités que les agricultrices et agriculteurs touchent à l'avenir des compensations financières en cas d'aggravation du réchauffement climatique, cette année, la conférence de presse s'est principalement concentrée sur les efforts à entreprendre par le monde agricole. Ainsi, l'impact des ruminants semble être la principale épine dans le pied de la paysannerie, et pour en réduire sa portée, différentes idées émergent, telles que des compléments alimentaires destinés aux bovins permettant de réduire la production de méthane, le prolongement de la vie des vaches laitières ou la sélection de vaches peu émettrices de gaz à effet de serre. D'autres possibilités s'offrent aux agricultrices et agriculteurs, comme la valorisation du lisier et du fumier pour en faire du biogaz, de l'électricité ou de la chaleur par un processus de fermentation. A côté de cela, le monde agricole se doit de mettre en place une série de dispositifs afin de s'adapter aux nouvelles conditions, qu'il s'agisse des systèmes d'irrigation, de la culture de variétés moins gourmandes en eau ainsi que d'autres sortes végétales moins conventionnelles mais plus adaptées aux nouvelles conditions, telles que le sorgho, le soja ou le millet ou du recours à l'agroforesterie, une technique encore peu pratiquée en Suisse. La souscription à une assurance contre les pertes de récolte et un soutien financier de la Confédération à cet égard ont également été présentés dans le catalogue des mesures à appliquer. Finalement, il a été précisé que bien que l'agriculture soit émettrice de gaz à effet de serre, un bilan global des domaines devrait être effectué, car certaines des plantes cultivées – notamment fourragères – permettent une absorption du CO2 et un stockage de ce dernier dans l'humus.
Bien que le président du l'USP plaide pour une Loi sur le CO2 ambitieuse, il n'a pas manqué de rappeler que tout le monde doit fournir un effort et pas seulement le monde agricole. Cette position tranche avec celle que l'organisation agricole défendait en 2016 dans le cadre de la consultation sur la politique climatique, comme le fait remarquer le St. Galler Tagblatt. Pour l'USP, les objectifs de la Confédération étaient alors vus comme « très ambitieux ». Pour le journal saint-gallois, la position de Markus Ritter est délicate, une partie du monde paysan étant proche de l'UDC, un parti qui combat toute politique climatique progressiste. Dans les médias, on a pu, par exemple, entendre l'agriculteur et conseiller national Marcel Dettling (SZ) affirmer, lors de la sécheresse de 2018, « Ich lebe lieber in wärmeren Zeiten », ou encore le président du parti national, Albert Rösti (BE) qui, au même moment, estimait tout à fait normal qu'il fasse chaud en été. Toutefois, d'autres voix émergent au sein du parti agrarien, à l'image des agriculteurs Markus Hausammann (TG) et Erich von Siebenthal (BE), qui ont tous deux indiqué, dans les médias, leur soutien à la Loi sur le CO2. Ne voulant pas s'exprimer directement sur la position de l'UDC, Markus Ritter a tout de même affirmé que celui qui ne s'est pas rendu compte du réchauffement climatique de 2018 n'est pas paysan.