Les discussions autour de la réduction des pesticides et des intrants fertilisants se sont poursuivies au sein de la chambre basse. Ses membres devaient se prononcer sur deux divergences qui perdurent avec la chambre haute. Par 97 voix contre 97 et une abstention, les député.e.s ont accepté, avec la voix prépondérante du président de la chambre Andreas Aebi (udc, BE), de s'aligner sur le Conseil des Etats et la proposition du sénateur Hegglin (centre, ZG). Celle-ci constitue, selon la majorité de la CER-CN qui la soutenait, une solution de compromis: en plus des engrais, seule la livraison d'aliments concentrés sera, à l'avenir à déclarer obligatoirement, écartant du projet les fourrages grossiers (foin, etc.). Ces derniers continueront à être saisis de manière manuelle par les paysan.ne.s, mais échapperont aux calculs à l'échelle régionale et nationale des excédents d'éléments fertilisants; une situation déplorée par le conseiller fédéral Guy Parmelin. Une majorité nette s'est dégagée contre la proposition de minorité Dettling (udc, SZ) visant une suppression de cet article (140 voix contre 55). Quant à la deuxième divergence, une courte majorité d'élu.e.s a décidé de la maintenir, refusant par 98 voix contre 96 et une abstention de suivre le Conseil des Etats. Cette divergence, relative aux aires de captage d'eau, sera donc traitée en conférence de conciliation.

Le Conseil des Etats a débattu parallèlement de l'initiative pour une eau potable propre et de l'initiative pour une Suisse libre de pesticides de synthèse. Il propose de rejeter tant l'une que l'autre initiative, suivant ainsi l'avis de la CER-CE, du Conseil fédéral ainsi que du Conseil national, comme préalablement rappelé par le rapporteur de commission, Christian Levrat (ps, FR). Ce dernier est brièvement revenu sur les raisons pour lesquelles une majorité de la commission de l'économie et des redevances estime qu'il faut rejeter l'initiative pour une Suisse libre de pesticides de synthèse. Une interdiction totale d'ici à dix ans aurait des conséquences défavorables pour l'agriculture, l'industrie agroalimentaire et la sécurité alimentaire de la Suisse. Une interdiction d'importation des denrées alimentaires produites à l'aide de ces substances ne serait, de plus, pas compatible avec les accords commerciaux signés avec l'UE, et dans le cadre de l'OMC et du GATT. Cet avis a été partagé par une large majorité de la CER-CE (8 voix contre 2 et 1 abstention).
A cette position de refus de la commission, deux sénatrices écologistes, Céline Vara (verts, NE) et Adèle Thorens (verts, VD) ont chacune délivré un plaidoyer pour une agriculture en accord avec la nature. Adèle Thorens a proposé de soutenir un texte qui entre en rupture avec l'actuel système de gestion des pesticides; un système en échec, selon ses propos. Pour elle, tant l'homologation des produits – dont on se rend compte après coup qu'ils sont hautement problématiques – que le non-respect des normes établies ou encore la difficulté de retirer du marché certaines substances problématiques et celle d'assainir les eaux polluées par ces produits sont autant de preuves d'un système qui ne fonctionne pas. Elle a donc plaidé pour un changement de paradigme, parlant d'une transition de l'agrochimie à l'agroécologie. La sénatrice vaudoise y voit une nécessité pour répondre à l'urgence de l'effondrement de la biodiversité qui est à comparer au réchauffement climatique. En écho à son intervention, Céline Vara a dépeint le tableau clinique de la biodiversité en Suisse, rappelant notamment la baisse de 60 pour cent des effectifs d'oiseaux insectivores dans les milieux agricoles depuis 1990. Pour elle, l'initiative élaborée par la CER-CE n'est qu'un pas de fourmi, alors que l'initiative pour une Suisse libre de pesticides de synthèse propose une solution cohérente et nécessaire afin de protéger le vivant pour les générations futures.
En réponse à ces interventions, Olivier Français (plr, VD) et Peter Hegglin (pdc, ZG) ont souhaité apporter une analyse plus nuancée, reconnaissant la nécessité d'agir, tout en rappelant que tout n'était pas aussi simple. L'élu zougois a notamment pris l'exemple de la désinfection des outils utilisé pour la production du lait. Celle-ci s'effectue avec des produits synthétiques afin de garantir une hygiène irréprochable. En cas d'interdiction de l'utilisation de ce genre de produits dans le futur, il sera alors compliqué, selon cet ancien producteur bio, d'assurer une bonne qualité du lait. Le ministre en charge de l'agriculture, Guy Parmelin, a finalement insisté sur les efforts entrepris par les agricultrices et agriculteurs afin de réduire l'utilisation des produits phytosanitaires. Il a également rappelé les mesures entreprises par la Confédération afin de renforcer la recherche de solutions alternatives, citant la restructuration d'Agroscope, le financement du Fibl ainsi que les synergies créées avec l'EPFZ.
28 sénatrices et sénateurs se sont rallié.e.s à la position de la majorité de la commission, du Conseil national et du Conseil fédéral, tandis que 9 élu.e.s ont soutenu le texte d'initiative (4 abstentions).

Lors du vote final, les deux chambres ont renouvelé leur opposition au texte – par 31 contre 9 et 4 abstentions à la chambre haute et par 111 voix contre 78 et 7 abstentions à la chambre du peuple. Il est intéressant de noter que l'initiative a récolté une vingtaine de voix de plus en sa faveur au Conseil national entre le premier vote d'ensemble et le vote final, le premier vote ayant eu lieu avant le renouvellement du Parlement en 2019.

S'opposant à une décision du Conseil fédéral d'utilisation obligatoire de pendillards (tuyaux flexibles avec un contact direct au sol) pour épandre le lisier, le sénateur Peter Hegglin (pdc, ZG) a déposé une motion pour revenir en arrière. Revenir en arrière, cela signifie instaurer à nouveau des aides fédérales pour promouvoir les techniques qui émettent peu d'ammoniac lors de l'épandage du lisier, mais supprimer l'interdiction (prévue à partir de 2022) d'utilisation des techniques moins favorables d'un point de vue environnemental. Roberto Zanetti (ps, SO) a proposé à ses collègues de renvoyer le texte en commission afin d'étudier plus en profondeur le sujet, mais sa proposition a été rejetée par 26 voix contre 11 et 2 abstentions.
Lors des discussions sur le fond, Peter Hegglin a justifié sa demande en faisant remarquer qu'une interdiction pouvait être contre-productive à divers égards. En effet, il y a d'autres facteurs à prendre en considération, comme le prix élevé des machines à pendillards qui poussera les agriculteurs et agricultrices à acheter en commun les machines, rendant plus difficile l'épandage du lisier au bon moment (c'est-à-dire, au moment où l'azote contenu dans le lisier sera le plus effectif et où cela générera le moins d'émissions d'ammoniac). Le conseiller fédéral Guy Parmelin s'est opposé à cette proposition, précisant que la Confédération avait soutenu à hauteur de CHF 160 millions la transition vers des techniques d'épandage plus respectueuses de l'environnement et que la participation à ces programmes de soutien a atteint un plateau depuis quelques années. La consultation sur la modification de l'OPair a, de plus, montré que cette interdiction d'utilisation de techniques d'épandage fortement émettrice d'ammoniac était la voie à suivre, tant supportable économiquement qu'effective d'un point de vue environnemental. Le ministre de l'agriculture a rappelé que cette interdiction était accompagnée de nombreuses exceptions pour les terrains escarpés ou les petites exploitations par exemple.
Les sénatrices et sénateurs ont finalement suivi, par 27 voix contre 9 et 2 abstentions, l'auteur de la motion. Cette dernière est donc transmise à la chambre du peuple.

Im März 2020 behandelte der Ständerat die Standesinitiative des Kantons Jura «Glyphosat und Vorsorgeprinzip» zusammen mit einer Standesinitiative des Kantons Genf (Kt.Iv. 18.319), die den Titel «Schluss mit dem Einsatz von Glyphosat in der Schweiz» trägt. Nachdem Peter Hegglin (cvp, ZG) als Kommissionssprecher noch einmal die Argumente der WAK-SR gegen Folgegeben erläutert hatte, ergriff Adèle Thorens Goumaz (gp, VD) das Wort. Aufgrund der mässigen Unterstützung in der Kommission habe sie auf einen Minderheitsantrag verzichtet, trotzdem wolle sie kurz auf einige Punkte eingehen. Bei den beiden Standesinitiativen handle es sich nicht um isolierte Anliegen. Unter anderem habe der Grosse Rat des Kantons Waadt im Juni 2019 beschlossen, ein Ausstiegsprogramm für Glyphosat zu erstellen, mit dem beabsichtigt werde, ab 2022 vollständig auf sämtliche glyphosathaltigen Produkte zu verzichten. Das Unkrautvernichtungsmittel werden zudem von einem WHO-Organ, der International Agency for Research on Cancer, als humankarzinogen eingestuft und auch in der EU gebe es Länder, die eine schrittweise Emanzipation von Glyphosat über einen bestimmten Zeitraum hinweg forderten. Sie bedauere den Kommissionsentscheid, verwies allerdings auf die parlamentarische Initiative der WAK-SR (Pa.Iv. 19.475) und das von ihr selber im Nationalrat eingereichte Postulat (Po. 17.405), dessen im Herbst geplanter Bericht eine gute Grundlage für weitere Diskussionen zur Glyphosatverwendung darstelle. Stillschweigend folgte der Ständerat seiner Kommission und gab den beiden Standesinitiativen keine Folge.

Le Conseil des Etats a classé l'initiative parlementaire genevoise visant une sortie programmée du glyphosate en Suisse. Elle a simultanément été traitée avec l'initiative parlementaire jurassienne à la teneur similaire. Après une présentation par Peter Hegglin (pdc, ZG) des arguments ayant amené une majorité de la commission à rejeter ces deux propositions, Adèle Thorens (verts, VD) a souhaité expliquer les raisons de son soutien. La verte a, en effet, rappelé que son canton avait pris la décision d'interdire l'utilisation de ce produit chimique pour tous les domaines lui appartenant d'ici à 2022, suite à la publication d'études scientifiques classant ce produit comme cancérigène probable pour l'humain. Bien que consciente que la chambre haute n'accepterait pas ces textes, la sénatrice vaudoise a rappelé que le rapport demandé à la suite de l'acceptation de son postulat relatif à un plan de sortie du glyphosate devrait sortir en automne de cette même année; un rapport pouvant servir de base pour le futur.