Im Vorfeld der Herbstsession 2021 beantragte die SPK-NR dem Nationalrat mit 14 zu 10 Stimmen, die Beratung der Botschaft zum UNO-Migrationspakt für ein Jahr zu sistieren. Kommissionssprecher Romano (mitte, TI) erklärte den Ratsmitgliedern, man müsse die Rückmeldungen der Subkommissionen zur Handhabung von «Soft-Law-Instrumenten» und zu den parlamentarischen Mitwirkungsrechten abwarten. Kurt Fluri (fdp, SO) – ebenfalls Sprecher der SPK-NR – wies darauf hin, dass der Ständerat bei einer nationalrätlichen Ablehnung der Sistierung seinen Sistierungsbeschluss einfach wiederholen könnte, womit die Sistierung dann sowieso beschlossen wäre. Er warnte vor dem Anliegen der Minderheit Glättli (gp, ZH), die Sistierung abzulehnen, da man bei einem Meinungsumschwung im Ständerat Gefahr laufe, dass der Migrationspakt behandelt werde, ohne dass die Resultate der Subkommissionen vorlägen. Minderheitsführer Glättli griff in der Ratsdebatte insbesondere die SVP-Fraktion frontal an und äusserte sein Unverständnis über die Zustimmung der Partei zur Sistierung. Diese habe sich in den vergangenen Jahren eindeutig gegen den Migrationspakt positioniert und sogar eine Volksabstimmung gefordert. Er warf der SVP vor, die Sistierung nur zu befürworten, um nicht über eine Frage diskutieren zu müssen, «bei der ihr offensichtlich inhaltlich die Argumente ausgegangen» seien. Bundesrat Cassis signalisierte die Bereitschaft des Bundesrats, die Debatte über den Migrationspakt jederzeit wieder aufzunehmen. Schliesslich nahm der Rat den Sistierungsantrag der Kommissionsmehrheit mit 105 zu 77 Stimmen (ohne Enthaltungen) an. Die Gegenstimmen stammten von den Fraktionen der SP, der Grünen und der Grünliberalen.

Anfang Februar 2021 legte der Bundesrat den Räten seine Botschaft zum UNO-Migrationspakt vor und beantragte zugleich die Abschreibung dreier inhaltlich identischer Motionen (Mo. 18.4093; Mo. 18.4103; Mo. 18.4106), welche den Bundesrat damit beauftragt hatten, dem Parlament den Antrag auf Zustimmung zum Migrationspakt in Form eines Bundesbeschlusses zu unterbreiten. Der Bundesrat hatte beschlossen, dies in Form eines einfachen Bundesbeschlusses zu tun, da es sich beim Migrationspakt nicht um einen völkerrechtlichen Vertrag handelt und dieser somit nicht dem fakultativen Referendum untersteht. Der Migrationspakt, ein Soft-Law-Instrument, war im Dezember 2018 von der UNO-Generalversammlung verabschiedet worden und will durch gemeinsam getragene Prinzipien und Zielsetzungen die weltweite Migration künftig sicherer machen und geordneter steuern. Laut Botschaft entsprechen die Grundsätze des Pakts – Partnerschaft und internationale Zusammenarbeit bei gleichzeitig souveräner nationalstaatlicher Migrationssteuerung – der Ausrichtung der Schweizer Migrationspolitik und stünden auch in Einklang mit der Aussenpolitischen Strategie 2020-2023 sowie der Strategie Nachhaltige Entwicklung 2016-2019. Der Bundesrat legte in der Botschaft dar, dass die 23 Ziele des Migrationspakts grundsätzlich mit der Schweizer Rechtsordnung und Praxis kompatibel seien und nur punktuell Abweichungen bestünden. Da diese aber ausschliesslich freiwillige Umsetzungsinstrumente beträfen, entständen mit der Zustimmung zum Migrationspakt weder ein innenpolitischer Handlungszwang noch finanzielle Verpflichtungen. Aus Sicht des Bundesrats entsprächen Ziele wie die Bekämpfung von Menschenhandel, Rückkehr und Reintegration oder auch sichere Grenzen den Interessen der Schweiz und seien zudem für die Erreichung der UNO-Nachhaltigkeitsziele von Bedeutung. Die Schweiz sei angesichts der volatilen Migrationslage auf internationale Zusammenarbeit angewiesen. Die Botschaft legte dar, dass sich viele migrationspolitische Herausforderungen der Schweiz auf inadäquate Systeme und fehlende Kapazitäten auf Seiten der Herkunftsländer zurückführen liessen. Daher sei auch die Stärkung der Migrationspolitik anderer Länder für die Schweiz von grossem Interesse. Ein Verzicht auf Zustimmung hätte für die Schweiz langfristig negative Folgen, befürchtete der Bundesrat. Insbesondere die bilateralen Beziehungen mit Ländern wie Nigeria, Tunesien oder Marokko, welche den Migrationspakt als Referenzpunkt für ihre eigene Migrationspolitik verwenden werden, könnten sich dadurch verschlechtern. Auch auf multilateraler Ebene würde ein Verzicht die Schweiz benachteiligen, da sie ihre Interessen in multilateralen Gremien schlechter vertreten könnte und die Rolle des internationalen Genfs geschwächt würde. Der Bundesrat gab zu bedenken, dass die Schweiz in diesem Fall auch keine Möglichkeit hätte, einzelne Themen weiterzuentwickeln, die im UNO-Migrationspakt nur ungenügend ausgeführt wurden.
Bereits vor Beginn der parlamentarischen Beratungen kündigte sich allen voran bei den bürgerlichen Parteien Widerstand gegen das internationale Übereinkommen an. In der NZZ äusserte sich Nationalrat Kurt Fluri (fdp, SO) besorgt über die politische Verbindlichkeit des Pakts und befürchtete, dass dieser die Migration insgesamt fördere. Auch die SVP kritisierte das Abkommen und bezeichnete dieses als «realitätsfremde internationale Vereinbarung», die schädlich sei für die Schweiz. Die Partei zweifelte auch an der Unverbindlichkeit des Soft-Law-Instruments. Die Erfahrung zeige, dass aus derartigen Vereinbarungen Rechtsansprüche abgeleitet würden, gab die SVP zu bedenken. Laut Elisabeth Schneider-Schneiter (mitte, BL) zeige die Diskussion über den Migrationspakt vor allem, dass Handlungsbedarf in Bezug auf den Umgang mit Soft Law bestehe. Gemäss geltendem Recht besässen die Räte nämlich gar keine Kompetenz, um über den Beitritt zum Migrationspakt zu entscheiden, so die Mitte-Nationalrätin. Nationalrat Sommaruga (sp, GE) – ein Befürworter des Migrationspakts – zeigte sich damit unzufrieden, dass der Bundesrat die Unterzeichnung des Vertrags von der Zustimmung des Parlaments abhängig macht. Er warf Bundesrat Cassis daher vor, dass dieser es verpasst habe, dem Bundesrat die Unterzeichnung aufzuzwingen. Die Schweiz riskiere bei einer Ablehnung durch das Parlament den Unmut der anderen Staaten.

Une majorité du Conseil national s'est opposée à l'initiative «Pour une suisse libre de pesticides de synthèse» et n'a pas souhaité proposer de contre-projet. Les parlementaires se sont simultanément emparés de cette initiative ainsi que de l'initiative «Pour une eau potable propre et une alimentation saine», rallongeant considérablement les discussions.
L'initiative «Pour une suisse libre de pesticides de synthèse» souhaite interdire, dans un délai de dix ans, toute utilisation de ces substances non naturelles ainsi que l'importation de toute denrée alimentaire ayant nécessité leur utilisation. Le rapporteur francophone de la CER-CN, Olivier Feller (plr, VD), a présenté ces deux initiatives comme ayant «un caractère extrémiste (..) de nature à menacer l'équilibre des marchés et à bouleverser gravement le monde agricole.» La commission a, par 18 voix contre 5 et 2 abstentions, proposé aux parlementaires ainsi qu'au corps électoral de rejeter l'initiative «Pour une suisse libre de pesticide de synthèse». Pour justifier sa position, la commission a évoqué une indéniable baisse de la productivité ayant pour corollaire une augmentation des importations.
Les député.e.s de la chambre basse se sont vu proposer diverses alternatives à ces deux initiatives, toutes rejetées par une majorité de la CER-CN. Celle-ci considère, en effet, que les autorités sont suffisamment actives sur le sujet, Olivier Feller citant tant le Plan d'action Produits phytosanitaires que la prochaine politique agricole PA 22+.
La première proposition alternative soumise aux député.e.s (minorité I) émanait de la gauche et souhaitait renvoyer les deux initiatives en commission afin qu'elle prépare un contre-projet indirect ayant trois objectifs: réduire, d'ici à 2030, les risques liés aux pesticides de moitié et encourager leurs alternatives; améliorer la protection des eaux, des organismes non-cibles et des sols contre les atteintes nuisibles – ces deux objectifs faisant directement référence au Plan d'action Produits phytosanitaire; baisser de manière conséquente l'apport en substances étrangères (nitrates, pesticides, etc.) dans les nappes phréatiques. Pour une courte majorité de la CER-CN (13 voix contre 12), renvoyer les deux textes d'initiative en commission impliquerait de repousser la date de la votation populaire, ce qui n'est pas envisageable au vu de la PA 22+ en préparation. La majorité ne peut pas s'imaginer que les discussions autour de la prochaine politique agricole se fasse sans savoir si le corps électoral plébiscite ou non ces deux initiatives. Pour le député issu des Verts, Daniel Brélaz (VD), la position de la majorité de la commission peut s'expliquer par leur espoir d'un rejet net des deux textes afin de pouvoir justifier, par la suite, une annulation d'une partie des mesures liées aux pesticides proposées par le Conseil fédéral dans la PA 22+. Parlant au nom de la minorité, Beat Jans (ps, BS) a motivé cette proposition de renvoi en commission par la volonté d'inscrire de manière contraignante dans la loi les objectifs que le Conseil fédéral a présenté dans le Plan d'action Produits phytosanitaire.
La deuxième alternative soumise aux député.e.s (minorité II), également présentée par le socialiste bâlois, proposait de reprendre l'initiative «Pour une eau potable propre» et de la retravailler afin de changer la Constitution de telle sorte à ce qu'il ne soit plus question d'une production libre de pesticides, mais de, selon les mots du socialiste: «(ein) Pflanzenbau, welcher grundsätzlich auf synthetische Pflanzenschutzmittel verzichtet». Ainsi, cette proposition de minorité veut faire en sorte qu'il soit clair que la production biologique puisse continuer à utiliser des produits phytosanitaires non-synthétiques. De plus, la minorité souhaitait qu'en lieu et place d'une obligation de produire son propre fourrage, les exploitations aient la possibilité d'en acheter au niveau de la région sans être pénalisées.
La troisième proposition (minorité III) a été défendue en plénum par la verte libérale Kathrin Bertschy (BE). Celle-ci met le doigt sur les excédents de nitrates, d'ammoniac et d'azote provenant de l'élevage dont elle veut réduire la quantité de 30 pour cent d'ici à 2030. Si cet objectif n'est pas atteint, alors la minorité Betschy propose de réduire les importations de fourrage, principal responsable de ces excédents provoquant un déséquilibre de l'apport en intrants.
Les opposant.e.s aux deux initiatives ainsi qu'aux diverses minorités ont dénoncé des propositions trop extrêmes ne prenant pas en compte les efforts constants entrepris par le monde agricole sur les questions environnementales. A l'image de l'agriculteur et député Andreas Aebi (udc, BE) qui, tout en reconnaissant le potentiel d'amélioration de l'agriculture, considère que ces efforts doivent bien plus passer par la formation et la transmission d'une passion. De plus, il a rappelé tout ce qui a déjà été fait par le monde agricole en la matière, notant une réduction de moitié ces dix dernières années de la quantité d'antibiotiques achetés, une diminution de l'utilisation des herbicides et du glyphosate ainsi qu'une augmentation de l'utilisation de produits phytosanitaires biologiques. Le député agrarien a donc appelé, au nom de l'UDC, à voter contre tous les textes.
Le groupe libéral-radical s'est également montré opposés aux initiatives, faisant confiance à l'action du gouvernement en la matière. Une partie du groupe, à l'image de Kurt Fluri (plr, SO), s'est toutefois montrée ouverte à soutenir la minorité I, afin que la commission puisse élaborer un contre-projet indirect. Cette position rejoint donc l'appel lancé par les jeunes libéraux-radicaux suisses qui se sont déclarés en faveur d'un contre-projet. Cela fait également écho à l'enquête d'opinion lancée à l'interne et qui a montré que 90 pour cent des membres du PLR seraient en faveur d'une réduction des pesticides. 64 pour cent des membres du parti vont même plus loin, souhaitant une interdiction.
Le groupe du PDC s'est montré plus tranchant, appelant à tout refuser, ne suivant donc pas l'avis de sa jeunesse de parti qui a appelé son parti mère à soutenir un contre-projet. Cette position a fait débat dans les médias, le PDC étant donc sur cette question moins ouvert que le PLR, cela alors que l'écologie est un thème porteur en cette année électorale. Au nom de son groupe, Markus Ritter (pdc, SG), également président de l'USP, a dénoncé des initiatives qui risquent de rendre les aliments sensiblement plus chers et mettant en danger d'autres secteurs comme l'hôtellerie ou la restauration. Le groupe du PBD a lui aussi recommandé aux député.e.s de rejeter les différents textes soumis au Conseil national, estimant que l'action gouvernementale va dans la bonne direction.
Par les voix de Tiana Angelina Moser (pvl, ZH) et d'Isabelle Chevalley (pvl, VD), le groupe vert-libéral s'est positionné pour l'élaboration d'un contre-projet aux initiatives jugées mal ficelées. Les verts-libéraux ont déploré le manque cruel de volonté politique en la matière ces dernières années. Ils n'ont pas manqué de rappeler que le monde agricole n'a atteint aucun des objectifs environnementaux fixés par la Confédération. Ils jugent, de plus, particulièrement problématique de subventionner à coup de milliards un secteur détruisant l'environnement. Le groupe des Verts a, lui, dit toute la sympathie qu'il avait pour les objectifs visés par les deux textes d'initiatives, mais a souligné préférer agir par le biais d'un contre-projet qui aurait l'avantage de mettre plus rapidement et plus efficacement des mesures en place. Cette position est rejointe par le groupe socialiste pour qui les deux initiatives vont trop loin à certains égards.
De plus, de nombreuses associations et organisations se sont montrées en faveur de l'élaboration d'un contre-projet, à l'image de la Fédération suisse de pêche, de l'Association des petits paysans, de diverses jeunesses de parti du centre et de droite (PLR, PBD, PEV, PDC, Vert'libéraux), de la Migros et de la Société Suisse de l'Industrie du Gaz et des Eaux.
Après un débat étalé sur deux jours et qui durera neuf heures, le Conseil national aura finalement décidé de rejeter l'ensemble des minorités, malgré le soutien de quelques élu.e.s du centre et du PLR: la minorité I Jans par 111 voix contre 78 et 4 abstentions; la minorité II Jans par 116 contre 73 et 4 abstentions; la minorité III Bertschy par 120 voix contre 71 et 2 abstentions. La proposition Molina (ps, ZH) d'accepter l'initiative n'a convaincu, elle, que 54 parlementaires, alors que 131 député.e.s s'y sont opposé.e.s (7 abstentions).

In der Frühjahrssession befasste sich der Ständerat als Erstrat mit der Übernahme der EU-Richtlinie über gemeinsame Normen und Verfahren zur Rückführung illegal anwesender Drittstaatsangehöriger. Als Schengen-Mitglied ist die Schweiz zum Nachvollzug dieser Bestimmung verpflichtet und hat das Asyl- und Ausländerrecht entsprechend anzupassen. Um die schweizerischen Gesetze mit der Richtlinie in Einklang zu bringen, musste insbesondere die formlose Wegweisung durch ein formelles Wegweisungsverfahren ersetzt und die Maximaldauer der Ausschaffungshaft von 24 auf 18 Monate herabgesetzt werden. Der Ständerat folgte der Mehrheit seiner Kommission und damit dem Vorschlag des Bundesrats. Der Nationalrat hingegen sprach sich in der Sommersession mit 92 zu 51 Stimmen gegen die Verkürzung der Ausschaffungshaft aus. Kurt Fluri (fdp, SO) forderte den Bundesrat auf, sich im Schengen-Ausschuss dafür zu engagieren, dass die maximale Haftdauer auf 24 Monate angehoben werde. Weiter nahm der Nationalrat an der Vorlage eine durch die Rechtsprechung des Bundesverwaltungsgerichts veranlasste Ergänzung vor, mit der gesetzlich verankert wird, dass Asylsuchende nach einem Nichteintretensentscheid nicht mehr sofort in einen Dublin-Staat zurückgeführt werden dürfen. In der Differenzbereinigung hielt der Ständerat an der Verkürzung der Haftdauer auf 18 Monate fest. Bei der zweiten Differenz, der Frage der Rückführung in einen Dublin-Staat beim Nichteintretensentscheid, schloss er sich mit 24 zu 11 Stimmen der grossen Kammer an. Der Nationalrat bereinigte schliesslich auch die letzte Differenz und sprach sich gegen den Widerstand der SVP ebenfalls für eine Verkürzung der Ausschaffungshaft aus.