C'est lors d'un grand débat regroupant plusieurs objets parlementaires (Mo. 22.3567, Mo. 22.3606, Mo. 22.3610) touchant à la politique alimentaire du Conseil fédéral que la motion Gapany (plr, FR) a été traitée par le Conseil national. La sénatrice fribourgeoise, soutenue par ses collègues du Conseil des États et une majorité de la CER-CN, estime que les objectifs de réduction des pertes d'éléments fertilisants fixés par les autorités sont trop ambitieux et doivent être revus à la baisse. Représentant la commission de l'économie et des redevances, Marcel Dettling (udc, SZ) a expliqué que la position de la commission repose sur le constat que pour atteindre ces objectifs, une réduction du cheptel serait nécessaire ; une mesure rejetée par la majorité de la commission. Défendant la position minoritaire, Kathrin Bertschy (pvl, BE) s'est vertement opposée à cette motion qu'elle considère comme non-démocratique. L'élue bernoise fait référence aux différentes initiatives agricoles soumises au vote populaire (initiative pour une eau propre et potable, initiative pour une interdiction des pesticides de synthèse, initiative contre l'élevage intensif), qui ont incité le Parlement et les autorités à promettre des mesures en guise de contre-projet indirect officieux. Parmi ces mesures figure un objectif de réduction des pertes d'intrants fertilisants de 20 pour cent présenté quelques semaines avant les votations sur les pesticides. Pour Kathrin Bertschy, c'est un minimum, alors qu'il faudrait atteindre une réduction de l'ordre de 30 pour cent pour assurer une charge environnementale correcte et que les coûts externes liés à la santé de ces émissions sont énormes (les estimations parlent d'une fourchette allant de CHF 518 à 2580 millions par année).
Le Conseil fédéral, par la voix de Guy Parmelin, a également combattu ce texte, le Parlement ayant lui-même décidé de déléguer à l'exécutif la tâche de fixer un objectif de réduction de ces pertes dans le cadre de l'initiative parlementaire 19.475. Les mesures prévues par la Confédération permettraient de les réduire considérablement, alors qu'il est prévu par la loi que les interprofessions prennent elles aussi des mesures.
Au final, le Conseil national a décidé de soutenir cette motion à une très courte majorité de 93 voix contre 90 et 7 abstentions. Lorsqu'on se penche sur la répartition des voix, on constate un bloc clair formé par la gauche et le parti vert'libéral, additionné de quelques voix libérales-radicales et du Centre, tandis que l'UDC a été le seul parti à soutenir unanimement la proposition de la sénatrice Gapany. Une majorité des voix du Centre et du PLR s'y ajoutant, cela aura suffi à faire passer ce projet. Des différents objets traités lors de ce débat, c'est le seul ayant récolté une majorité en sa faveur. Le Conseil fédéral devra donc à nouveau se pencher sur les objectifs fixés au niveau de l'ordonnance.

Contre l'avis de la majorité de la Commission de l'économie et des redevances du Conseil national (CER-CN), la motion Rieder (centre, VS) a été rejetée par la chambre basse. Après qu'elle a été acceptée par le Conseil des Etats, la CER-CN avait pris position en faveur d'un texte qui aurait permis d'enterrer le projet du Conseil fédéral. Ce dernier prévoyait d'octroyer 3.5 pour cent des surfaces assolées à la biodiversité. Comme expliqué par le rapporteur francophone de la commission, Olivier Feller (plr, VD), aller de l'avant avec une telle mesure affaiblirait la sécurité alimentaire du pays, alors que la guerre en Ukraine montre à quel point il est important d'y faire attention. Défendant la minorité de la commission, Kathrin Bertschy (pvl, BE) a, au contraire, rétorqué que c'est bien la perte massive de biodiversité qui affaiblit la sécurité alimentaire du pays, une baisse du nombre de pollinisateurs induisant une baisse des récoltes. Pour l'élue bernoise, les facteurs sur lesquels il serait possible d'agir s'agissant de la sécurité alimentaire sont la réduction de la production de fourrage animal – 60 pour cent des surfaces assolées sont dédiées à cela en Suisse –, la réduction du gaspillage alimentaire et la protection des terres contre le mitage du territoire. Soutenant la minorité Bertschy, Guy Parmelin a tenu à préciser que ces 3,5 pour cent pourront être cultivés, par exemple, pour moitié avec des cultures de céréales en lignes de semis espacées, un « mode de production [...] favorable à la biodiversité, économiquement intéressant, avec un rendement légèrement inférieur au rendement courant ». L'impact de cette mesure devrait donc être limité sur la sécurité alimentaire. Les arguments du conseiller fédéral et de la députée vert'libérale ont fait mouche, une majorité des membres du Conseil national se ralliant à la minorité Bertschy résultant, par 97 voix contre 89 et 4 abstentions, au rejet de la motion du sénateur Rieder. La moitié des élu.e.s du PLR ainsi que 3 député.e.s du Centre ont rejoint les voix socialistes, vert-e-s et vert'libérales pour former une majorité.

Une majorité du Conseil national s'est opposée à l'initiative «Pour une suisse libre de pesticides de synthèse» et n'a pas souhaité proposer de contre-projet. Les parlementaires se sont simultanément emparés de cette initiative ainsi que de l'initiative «Pour une eau potable propre et une alimentation saine», rallongeant considérablement les discussions.
L'initiative «Pour une suisse libre de pesticides de synthèse» souhaite interdire, dans un délai de dix ans, toute utilisation de ces substances non naturelles ainsi que l'importation de toute denrée alimentaire ayant nécessité leur utilisation. Le rapporteur francophone de la CER-CN, Olivier Feller (plr, VD), a présenté ces deux initiatives comme ayant «un caractère extrémiste (..) de nature à menacer l'équilibre des marchés et à bouleverser gravement le monde agricole.» La commission a, par 18 voix contre 5 et 2 abstentions, proposé aux parlementaires ainsi qu'au corps électoral de rejeter l'initiative «Pour une suisse libre de pesticide de synthèse». Pour justifier sa position, la commission a évoqué une indéniable baisse de la productivité ayant pour corollaire une augmentation des importations.
Les député.e.s de la chambre basse se sont vu proposer diverses alternatives à ces deux initiatives, toutes rejetées par une majorité de la CER-CN. Celle-ci considère, en effet, que les autorités sont suffisamment actives sur le sujet, Olivier Feller citant tant le Plan d'action Produits phytosanitaires que la prochaine politique agricole PA 22+.
La première proposition alternative soumise aux député.e.s (minorité I) émanait de la gauche et souhaitait renvoyer les deux initiatives en commission afin qu'elle prépare un contre-projet indirect ayant trois objectifs: réduire, d'ici à 2030, les risques liés aux pesticides de moitié et encourager leurs alternatives; améliorer la protection des eaux, des organismes non-cibles et des sols contre les atteintes nuisibles – ces deux objectifs faisant directement référence au Plan d'action Produits phytosanitaire; baisser de manière conséquente l'apport en substances étrangères (nitrates, pesticides, etc.) dans les nappes phréatiques. Pour une courte majorité de la CER-CN (13 voix contre 12), renvoyer les deux textes d'initiative en commission impliquerait de repousser la date de la votation populaire, ce qui n'est pas envisageable au vu de la PA 22+ en préparation. La majorité ne peut pas s'imaginer que les discussions autour de la prochaine politique agricole se fasse sans savoir si le corps électoral plébiscite ou non ces deux initiatives. Pour le député issu des Verts, Daniel Brélaz (VD), la position de la majorité de la commission peut s'expliquer par leur espoir d'un rejet net des deux textes afin de pouvoir justifier, par la suite, une annulation d'une partie des mesures liées aux pesticides proposées par le Conseil fédéral dans la PA 22+. Parlant au nom de la minorité, Beat Jans (ps, BS) a motivé cette proposition de renvoi en commission par la volonté d'inscrire de manière contraignante dans la loi les objectifs que le Conseil fédéral a présenté dans le Plan d'action Produits phytosanitaire.
La deuxième alternative soumise aux député.e.s (minorité II), également présentée par le socialiste bâlois, proposait de reprendre l'initiative «Pour une eau potable propre» et de la retravailler afin de changer la Constitution de telle sorte à ce qu'il ne soit plus question d'une production libre de pesticides, mais de, selon les mots du socialiste: «(ein) Pflanzenbau, welcher grundsätzlich auf synthetische Pflanzenschutzmittel verzichtet». Ainsi, cette proposition de minorité veut faire en sorte qu'il soit clair que la production biologique puisse continuer à utiliser des produits phytosanitaires non-synthétiques. De plus, la minorité souhaitait qu'en lieu et place d'une obligation de produire son propre fourrage, les exploitations aient la possibilité d'en acheter au niveau de la région sans être pénalisées.
La troisième proposition (minorité III) a été défendue en plénum par la verte libérale Kathrin Bertschy (BE). Celle-ci met le doigt sur les excédents de nitrates, d'ammoniac et d'azote provenant de l'élevage dont elle veut réduire la quantité de 30 pour cent d'ici à 2030. Si cet objectif n'est pas atteint, alors la minorité Betschy propose de réduire les importations de fourrage, principal responsable de ces excédents provoquant un déséquilibre de l'apport en intrants.
Les opposant.e.s aux deux initiatives ainsi qu'aux diverses minorités ont dénoncé des propositions trop extrêmes ne prenant pas en compte les efforts constants entrepris par le monde agricole sur les questions environnementales. A l'image de l'agriculteur et député Andreas Aebi (udc, BE) qui, tout en reconnaissant le potentiel d'amélioration de l'agriculture, considère que ces efforts doivent bien plus passer par la formation et la transmission d'une passion. De plus, il a rappelé tout ce qui a déjà été fait par le monde agricole en la matière, notant une réduction de moitié ces dix dernières années de la quantité d'antibiotiques achetés, une diminution de l'utilisation des herbicides et du glyphosate ainsi qu'une augmentation de l'utilisation de produits phytosanitaires biologiques. Le député agrarien a donc appelé, au nom de l'UDC, à voter contre tous les textes.
Le groupe libéral-radical s'est également montré opposés aux initiatives, faisant confiance à l'action du gouvernement en la matière. Une partie du groupe, à l'image de Kurt Fluri (plr, SO), s'est toutefois montrée ouverte à soutenir la minorité I, afin que la commission puisse élaborer un contre-projet indirect. Cette position rejoint donc l'appel lancé par les jeunes libéraux-radicaux suisses qui se sont déclarés en faveur d'un contre-projet. Cela fait également écho à l'enquête d'opinion lancée à l'interne et qui a montré que 90 pour cent des membres du PLR seraient en faveur d'une réduction des pesticides. 64 pour cent des membres du parti vont même plus loin, souhaitant une interdiction.
Le groupe du PDC s'est montré plus tranchant, appelant à tout refuser, ne suivant donc pas l'avis de sa jeunesse de parti qui a appelé son parti mère à soutenir un contre-projet. Cette position a fait débat dans les médias, le PDC étant donc sur cette question moins ouvert que le PLR, cela alors que l'écologie est un thème porteur en cette année électorale. Au nom de son groupe, Markus Ritter (pdc, SG), également président de l'USP, a dénoncé des initiatives qui risquent de rendre les aliments sensiblement plus chers et mettant en danger d'autres secteurs comme l'hôtellerie ou la restauration. Le groupe du PBD a lui aussi recommandé aux député.e.s de rejeter les différents textes soumis au Conseil national, estimant que l'action gouvernementale va dans la bonne direction.
Par les voix de Tiana Angelina Moser (pvl, ZH) et d'Isabelle Chevalley (pvl, VD), le groupe vert-libéral s'est positionné pour l'élaboration d'un contre-projet aux initiatives jugées mal ficelées. Les verts-libéraux ont déploré le manque cruel de volonté politique en la matière ces dernières années. Ils n'ont pas manqué de rappeler que le monde agricole n'a atteint aucun des objectifs environnementaux fixés par la Confédération. Ils jugent, de plus, particulièrement problématique de subventionner à coup de milliards un secteur détruisant l'environnement. Le groupe des Verts a, lui, dit toute la sympathie qu'il avait pour les objectifs visés par les deux textes d'initiatives, mais a souligné préférer agir par le biais d'un contre-projet qui aurait l'avantage de mettre plus rapidement et plus efficacement des mesures en place. Cette position est rejointe par le groupe socialiste pour qui les deux initiatives vont trop loin à certains égards.
De plus, de nombreuses associations et organisations se sont montrées en faveur de l'élaboration d'un contre-projet, à l'image de la Fédération suisse de pêche, de l'Association des petits paysans, de diverses jeunesses de parti du centre et de droite (PLR, PBD, PEV, PDC, Vert'libéraux), de la Migros et de la Société Suisse de l'Industrie du Gaz et des Eaux.
Après un débat étalé sur deux jours et qui durera neuf heures, le Conseil national aura finalement décidé de rejeter l'ensemble des minorités, malgré le soutien de quelques élu.e.s du centre et du PLR: la minorité I Jans par 111 voix contre 78 et 4 abstentions; la minorité II Jans par 116 contre 73 et 4 abstentions; la minorité III Bertschy par 120 voix contre 71 et 2 abstentions. La proposition Molina (ps, ZH) d'accepter l'initiative n'a convaincu, elle, que 54 parlementaires, alors que 131 député.e.s s'y sont opposé.e.s (7 abstentions).

Ende 2016 veröffentlichte der Bundesrat in Antwort auf ein Postulat Bertschy den Bericht «Natürliche Lebensgrundlagen und ressourceneffiziente Produktion. Aktualisierung der Ziele». Gegenstand des Berichts war eine Einschätzung der 2008 von den Bundesämtern für Umwelt (BAFU) und Landwirtschaft (BLW) festgelegten «Umweltziele Landwirtschaft» (UZL) unter anderem hinsichtlich deren Aktualität, ergriffenen Massnahmen, Zielerreichung und Defizite.
In seinem Bericht legte der Bundesrat dar, dass die Erreichung der UZL bisher im Zusammenspiel diverser Strategien der Agrar-, Umwelt- und Gesundheitspolitik erfolgt war. Eine Analyse zum Stand der Zielerreichung ergab, dass bereichsabhängig unterschiedlich grosse Ziellücken auszumachen sind: So sind einige Teilziele erfolgreich umgesetzt worden, jedoch konnte keines der formulierten UZL vollumfänglich erreicht werden. Besonders hoch wurde dabei der Handlungsbedarf bei den Bereichen Biodiversität, Treibhausgase, Stickstoff und Bodenfruchtbarkeit eingeschätzt. Laut dem Bericht müssten diese Ziellücken geschlossen werden, damit die Tragfähigkeit der Ökosysteme gewährleistet werden könne. Dafür nötig, so der Bericht, sei primär eine Umsetzung bereits beschlossener Massnahmen und Strategien sowie ein verbesserter Vollzug des geltenden Umweltrechts. Zusätzlich solle in die Forschung und Innovation investiert werden, um eine Effizienzsteigerungen entlang der ganzen Produktionskette zu erreichen. Trotz geplanter Effizienzsteigerungen sei es zuweilen jedoch nötig, die landwirtschaftliche Intensität derart anzupassen, dass die lokalen, natürlichen Voraussetzungen respektiert würden. Für eine Erreichung der UZL ebenso wichtig sei ferner die Kompetenz und Motivation der Landwirtinnen und Landwirte, die sich in entsprechend umweltschonendes Verhalten übersetzen. Dies solle durch ein entsprechendes Aus- und Weiterbildungsangebot erreicht werden. Abschliessend wurde im Bericht darauf hingewiesen, dass Umweltbeeinträchtigungen vor allem durch ein Überdenken der Konsummuster, insbesondere hinsichtlich Essgewohnheiten und Nahrungsmittelabfällen, deutlich reduziert werden könnten.
Die Erkenntnisse dieser Analyse werden nach Aussage der Regierung als Grundlage zur Weiterentwicklung der Agrarpolitik ab 2022 sowie der Umweltpolitik dienen, wobei erstere im Rahmen einer Gesamtschau im Jahr 2017 vorgelegt werden soll.