Les discussions autour de la réduction des pesticides et des intrants fertilisants se sont poursuivies au sein de la chambre basse. Ses membres devaient se prononcer sur deux divergences qui perdurent avec la chambre haute. Par 97 voix contre 97 et une abstention, les député.e.s ont accepté, avec la voix prépondérante du président de la chambre Andreas Aebi (udc, BE), de s'aligner sur le Conseil des Etats et la proposition du sénateur Hegglin (centre, ZG). Celle-ci constitue, selon la majorité de la CER-CN qui la soutenait, une solution de compromis: en plus des engrais, seule la livraison d'aliments concentrés sera, à l'avenir à déclarer obligatoirement, écartant du projet les fourrages grossiers (foin, etc.). Ces derniers continueront à être saisis de manière manuelle par les paysan.ne.s, mais échapperont aux calculs à l'échelle régionale et nationale des excédents d'éléments fertilisants; une situation déplorée par le conseiller fédéral Guy Parmelin. Une majorité nette s'est dégagée contre la proposition de minorité Dettling (udc, SZ) visant une suppression de cet article (140 voix contre 55). Quant à la deuxième divergence, une courte majorité d'élu.e.s a décidé de la maintenir, refusant par 98 voix contre 96 et une abstention de suivre le Conseil des Etats. Cette divergence, relative aux aires de captage d'eau, sera donc traitée en conférence de conciliation.

En ouverture des discussions sur l'initiative parlementaire visant une réduction des risques liés aux produits phytosanitaires, Christian Levrat (ps, FR), représentant de la CER-CE, a rappelé la nécessité de trouver un consensus entre les chambres afin de terminer le traitement de l'objet avant la fin de la session de printemps. Ce texte pourrait, de facto, servir de contre-projet aux initiatives populaires sur les pesticides sur lesquelles le corps électoral aura à se prononcer en juin 2021 (initiative pour une Suisse libre de pesticides de synthèse et initiative pour une eau potable propre), alors qu'initialement, la CER-CE ne souhaitait pas la considérer comme telle.
Les sénatrices et sénateurs devaient se prononcer sur trois divergences. La première divergence – qui concerne le remplacement progressif des engrais chimiques importés par des engrais organiques de ferme – a été éliminée sans autre discussion par la chambre haute, qui a donc décidé de s'aligner sur le Conseil national. La deuxième divergence – touchant à la réduction des excédents d'éléments fertilisants et à l'automatisation des données concernant les bilans de fumure – a été marquée par deux propositions de minorité: une proposition Rieder (pdc, VS) de modification de l'article et une proposition Salzmann (udc, BE) de le biffer. La proposition Rieder s'est imposée à une voix près (23 voix contre 22), contre l'avis de la majorité de la CER-CE qui aurait voulu que sa chambre s'aligne sur la décision du Conseil national. Ainsi, et malgré les réticences du président de la Confédération, Guy Parmelin, seule la livraison des engrais chimiques pourrait devoir être communiquée par les distributeurs, sortant de cette obligation les livraisons d'aliments pour animaux. Guy Parmelin a fait remarquer que l'apport d'éléments fertilisants par le biais des aliments pour animaux était plus important que l'apport des engrais chimiques dans la balance globale. Exclure cet aspect risque donc de rendre incomplet les bilans de fumures régionaux et nationaux que les autorités ont prévu de dresser. Beat Rieder estimait que la solution proposée par le Conseil national était administrativement trop lourde. Face à la proposition Rieder, la proposition Salzmann de biffer cet article n'a récolté que 4 voix (contre 38 et 2 abstentions).
La troisième divergence a également donné du grain à moudre aux parlementaires. Elle concerne l'ajout dans le projet par le Conseil national – sur une proposition d'une minorité de la CER-CN – d'un article de loi touchant aux aires de captage d'eau. A l'origine, cette proposition émanait de la Mo. 20.3625 déposée par le socialiste Roberto Zanetti (ps, SO) et acceptée à l'unanimité par le Conseil des Etats. Mais une majorité de celui-ci (26 voix contre 14 et une abstention) a pris la décision de refuser de reprendre cet article de loi dans la présente initiative parlementaire, afin de permettre à la motion Zanetti de parcourir le chemin classique, à savoir une procédure de consultation qui permettra aux principaux concernés – les cantons devront la mettre en œuvre – de s'exprimer.
Le texte retourne au Conseil national pour le règlement des deux divergences restantes.

Les débats sur l'initiative parlementaire pour une réduction des risques liés aux pesticides se sont étalés sur deux journées au Conseil national, signe que les passes d'armes entre parlementaires ont été pour le moins sportives. Pourtant, un certain consensus semblait régner quant à la nécessité de ficeler un projet crédible afin de pouvoir se rendre plus sereinement aux urnes face à l'initiative pour une eau potable propre et l'initiative pour une interdiction des pesticides de synthèse, comme l'a fait remarquer le libéral-radical genevois Christian Lüscher. Pour le rapporteur francophone de la CER-CN, Fabio Regazzi (pdc, TI), cette initiative parlementaire couvre un spectre plus large – touchant tant la loi sur l'agriculture (LAgr) que la loi sur les produits chimiques (LChim) et la loi sur la protection des eaux (LEaux) – et est plus ciblée que les deux initiatives populaires. Elle permet également d'éviter les nombreux désavantages qui découleraient d'une acceptation de ces deux textes.
La question centrale des débats était de déterminer l'ampleur et le niveau d'ambition de ce projet. Ainsi, les parlementaires des différents bords politiques se sont écharpés sur le rôle que devront jouer les pesticides dans l'agriculture suisse dans le futur, sur les efforts qu'a fourni et que devra encore fournir le monde agricole, sur la pollution des nappes phréatiques, sur l'auto-approvisionnement alimentaire, etc. Guy Parmelin, ministre en charge des questions agricoles, s'est montré favorable à ce projet législatif, soulignant qu'il allait dans le même sens que ce qu'a entrepris le Conseil fédéral notamment au travers de son Plan d'action produits phytosanitaires.

Le débat a été séparé en deux blocs. Les aspects relevant de la LAgr ainsi que de la LChim ont d'abord été discutés. Ainsi, une majorité de député.e.s ont refusé (par 104 voix contre 85) d'inscrire des objectifs chiffrés de réduction des pertes d'éléments fertilisants. Elle a toutefois décidé d'inclure la proposition de la CER-CN de prendre en compte un remplacement des engrais chimiques importés par l'utilisation d'engrais de ferme organiques. Toutes les propositions de minorité ont été rejetées.
Dans le deuxième bloc, les modifications touchant la LEaux ont été débattues. Les parlementaires se sont écharpés sur les valeurs limites de la présence de certains éléments dans les eaux. Parmi les éléments pris en compte dans la législation, les parlementaires ont notamment décidé par 103 voix contre 88 et 2 abstentions, de prendre en considération, en ce qui concerne les métabolites (issus de la dégradation de certains produits), tant les éléments dits «pertinents» (qui représentent un danger pour la santé) que les métabolites dits «non-pertinents» provenant de la dégradation des pesticides et biocides. Cette décision va à l'encontre de la proposition de la majorité de la commission qui aurait souhaité que seuls les éléments «pertinents» soient pris en considération, mais rejoint la position du Conseil fédéral en la matière. Cette proposition de la minorité Baumann (vert, BE) d'inclure l'ensemble des métabolites pourrait permettre d'éviter un nouveau cas «chlorothalonil» selon Guy Parmelin (les métabolites issus du chlorothalonil n'étaient, jusqu'à récemment, pas considérés comme «pertinents» par les autorités). Finalement, les parlementaires ont également accepté par 105 voix contre 89 et une abstention une proposition Jauslin (plr, AG) sur les aires d'alimentation des captages d'eau, reprenant une proposition de minorité Badran (ps, ZH) retirée ainsi qu'une préoccupation exprimée dans la motion Zanetti (ps, SO) 20.3625 acceptée par le Conseil des Etats. Pour ces deux propositions de minorité, la gauche a fait bloc et a pu compter sur les voix de l'ensemble du groupe vert-libéral ainsi que d'une majorité des membres du groupe libéral-radical.
Au vote sur l'ensemble, l'initiative parlementaire modifiée a passé la rampe par 122 voix contre 57 et 16 abstentions. Aucun.e membre de l'UDC ne l'a acceptée, alors que le groupe du Centre s'est montré polarisé (9 abstentions, 18 votes en faveurs et 4 votes contre). La gauche ainsi que les verts-libéraux ont accepté le projet à l'unanimité. Le groupe libéral-radical s'est également exprimé en faveur du texte, comptant toutefois 7 abstentionnistes dans ses rangs. Ce soutien a été remarqué dans les médias, la NZZ allant jusqu'à titrer «Und die FDP stimmt Grün». Le projet retourne ainsi au Conseil des Etats pour résoudre les divergences restantes.

Le Conseil des Etats a discuté de l'initiative parlementaire visant une réduction des risques liés aux pesticides. Sans vouloir parler de contre-projet aux deux initiatives populaires s'attaquant aux pesticides (initiative pour une interdiction des pesticides de synthèse et initiative pour une eau potable propre, le président de la CER-CE, Christian Levrat (ps, FR), a présenté le projet élaboré par sa commission comme une réponse politique à ces textes. L'initiative parlementaire est constituée de trois volets: premièrement, le projet est doté d'une trajectoire de réduction des risques liés aux pesticides avec un objectif d'une diminution de ces risques de 50% d'ici à 2027. Cet objectif ne concerne pas que l'agriculture mais tous les domaines, qu'il s'agisse des pouvoirs publics ou du secteur privé. Pour que cette trajectoire soit tenue, un monitoring, des indicateurs de risque, ainsi qu'un système d'information sur l'utilisation de ces substances devront être mis en place. Divers outils seront également mis à la disposition du Conseil fédéral afin de faire respecter cette trajectoire (possibilité de retirer des produits, d'introduire des taxes incitatives, etc.). Le deuxième volet touche à la loi sur les eaux (LEaux) et vise une meilleure protection de l'eau potable, notamment par l'interdiction de l'utilisation de certains produits phytosanitaires dans l'air d'alimentation des captages d'eau potable. Finalement, le troisième volet s'attaque aux excédents d'éléments fertilisants agricoles (azote et phosphore en tête). Il s'appuie sur les mesures prévues par la Politique agricole 22+ (PA 22+) et les objectifs prévus de réduction des pertes d'azote et de phosphore de 10% d'ici à 2025 et de 20% d'ici à 2030 (en comparaison à la valeur moyenne des années 2014 à 2016). Le Conseil fédéral se verrait munir de la possibilité de prendre des mesures correctives si la trajectoire venait à ne pas être bonne. Christian Levrat a précisé que ce troisième volet avait été ajouté au projet initial afin de pouvoir proposer une alternative crédible aux deux initiatives sur les pesticides qui passeront vraisemblablement devant le corps électoral en 2021. Il a, en effet, expliqué que le traitement de la PA 22+ n'interviendrait vraisemblablement pas avant 2023, la CER-CE souhaitant suspendre les débats en attendant la réponse à l'un de ses postulats. La reprise dans l'initiative parlementaire des objectifs de réduction des intrants fertilisants prévus par la PA 22+ est donc une manière de prendre en considération les craintes exprimées dans l'initiative pour une eau potable propre, une majorité des membres de la commission craignant que les initiatives populaires soient acceptées par la population.
Le Conseil fédéral, par la voix de son ministre de l'économie et de l'agriculture, Guy Parmelin, a rappelé son soutien à l'initiative parlementaire qui permet d'envoyer un signal clair à la population, quant à la prise en compte des problèmes liés aux pesticides et aux intrants fertilisants. Le ministre agrarien a également tenu à préciser que les autorités ne partaient pas de zéro en ce qui concerne la réduction de ces substances problématiques, faisant référence au plan d'action produits phytosanitaires. Mais Guy Parmelin a dit regretter le souhait de la CER-CE de repousser les débats autour de la PA 22+. Il estime que cela pourrait déséquilibrer le paquet proposé dans la PA 22+ et a donc appelé les sénatrices et sénateurs à décider en décembre de ne pas renvoyer les discussions autour de la politique agricole en préparation.
Lors de la discussion par article, le premier volet a subi quelques modifications, selon les propositions Germann (udc, SH) et Rieder (pdc, VS). Le premier ne souhaite pas que le Conseil fédéral puisse mettre en place, à partir de 2025, des taxes incitatives sur certains produits phytosanitaires pour atteindre la trajectoire fixée pour 2027 (disposition biffée du projet de loi par 25 voix contre 14). Le second a proposé de supprimer une série de points concernant les prestations écologiques requises, contre l'avis de la majorité de la commission (proposition acceptée par 21 voix contre 18 et une abstention). Tandis que le deuxième volet n'a pas été touché, le troisième volet a été source de nombreuses discussions. Alors qu'une proposition individuelle de Beat Rieder visant à écarter complètement ce volet a été rejetée grâce à la voix prépondérante du président Hans Stöckli (ps, BE), une proposition Würth (pdc, SG) a gagné les faveurs d'une majorité de sénatrices et sénateurs (27 contre 14 et une abstention). Celle-ci est une solution de compromis, ne fixant pas d'objectifs chiffrés de la baisse des intrants fertilisants. Le sénateur saint-gallois souhaite, par cela, donner toute liberté au Conseil fédéral de déterminer des objectifs de réduction, en consultation avec les milieux concernés. Le ministre de l'agriculture a pourtant expliqué aux parlementaires que les objectifs chiffrés présents dans l'initiative parlementaire étaient directement repris de la PA 22+ et issu d'un calcul et d'une analyse approfondie de la situation. A la suite de la l'acceptation de la proposition Würth, les parlementaires étaient également appelés à supprimer une série de points y relatifs, selon une proposition Rieder. Par 24 voix contre 16 et une abstention les sénatrices et sénateurs se sont prononcés en faveur de la minorité emmenée par le parlementaire valaisan.
Au vote final, les sénatrices et sénateurs ont été 36 à accepter ce projet de loi, tandis que trois membres de l'UDC l'ont refusé et trois membres du PDC se sont abstenus.