Le Conseil fédéral a pris la décision d'interdire l'exportation de produits phytosanitaires particulièrement toxiques et bannis en Suisse. Il a également décidé de durcir les dispositions d'exportation concernant une série d'autres pesticides non admis en Suisse. Pour cela, il a modifié l'ordonnance sur la réduction des risques liés aux produits chimiques (ORRChim), ajoutant les substances actives atrazine, diafenthiuron, méthidathion, paraquat et profénofos dans la liste des produits interdits à l'export. Pour la quelque centaine d'autres substances dont le régime d'exportation sera durci, l'OFEV n'octroiera à l'avenir une autorisation que si le pays importateur a explicitement donné au préalable son accord.
Cette annonce a eu un écho certain dans les médias, alors que la Suisse est connue pour héberger Syngenta l'un des géants mondiaux de l'industrie agro-chimique. Néanmoins, cette interdiction touche des produits qui ne sont que peu voire plus du tout manufacturés en Suisse. Au plus transitent-ils par nos frontières à des fins de recherche pour être ensuite réexportés. Cette interdiction inquiète toutefois les responsables de Syngenta et l'ensemble de la branche, qui redoutent que les autorités allongent la liste des produits prohibés dans le futur avec, à la clé, de possibles pertes d'emploi dans la recherche et la production.
En revanche, les ONG spécialisées dans ce domaine saluent cette décision, à l'image de Public Eye qui se bat depuis longtemps contre ces exportations dans des pays où les paysannes et paysans ne sont en général pas formés pour l'utilisation de ces produits hautement toxiques. Pour la branche concernée, le problème réside justement dans la formation des utilisateurs et utilisatrices et non dans la toxicité des produits. A cet égard, la Suisse pourrait très bien, dans le cadre de la Convention de Rotterdam qui prévoit de tels soutiens, aider les pays en question à former les gens afin d'avoir une meilleure gestion des produits sur place, plutôt que de les interdire.
Mais la Suisse n'est pas la seule à agir dans cette direction, comme le note les journalistes de CH-Media et de la Wochenzeitung. En effet, la France va mettre en place une interdiction d'exportation de tout produit prohibé à l'intérieur de l'Union européenne (UE) à partir de 2022 ; une mesure que la Commission de l'UE souhaiterait également implémenter. Officiellement, l'OFEV justifie cette interdiction par des discussions menées avec l'ancien rapporteur spécial pour les droits humains de l'ONU Baskut Tuncak, qui a demandé à la Suisse d'arrêter d'exporter de tels produits dans les pays qui forment de manière insuffisante les paysan.nes. Mais la journaliste de CH-Media y voit bien plus une tendance nationale, le Conseil fédéral ayant senti le «Zeitgeist». Alors que ce genre de mesures n'ont pratiquement aucune chance en règle générale – la proposition initiale formulée par le Conseil fédéral ne mentionnait qu'une simple obligation d'autorisation pour l'ensemble des produits ; une proposition déjà rejetée par l'industrie chimique – les autorités ont décidé d'aller plus loin avec l'édiction de cette interdiction. Ce changement de position est probablement liés à une pression accrue venant, d'une part, de la société civile, avec le lancement par des comités citoyens de deux initiatives sur les pesticides (initiative pour une eau potable propre et initiative pour une interdiction des pesticides de synthèse) et les débats générés par l'initiative pour des multinationales responsables, qui pointe, entre autres, exactement ce problème des pesticides toxiques du doigt. D'autre part, cette pression émane directement du Parlement, plusieurs interventions sur le sujet ayant été déposées, dont la motion Mazzone (vert-e-s, GE) 17.4094 finalement classée. Pour le Tages Anzeiger, le changement à la tête du DETEC, avec l'arrivée de Simonetta Sommaruga à la place de Doris Leuthard, a certainement également été déterminant dans ce dossier, alors que la ministre PDC ne voulait pas d'une telle interdiction.
L'entrée en vigueur de la modification de la (ORRChim) se fera au 1er janvier 2021.

Les milieux de la protection de la nature ont sévèrement critiqué l'ordonnance d'application de la nouvelle loi sur les forêts mise en consultation en 1991. Selon eux, ce texte ne respecterait pas l'esprit de la loi qui a consacré la multifonctionnalité de la forêt et ne serait consacré qu'à satisfaire l'économie forestière. Pour leur part, de nombreux cantons ont également attaqué cette législation; elle serait trop compliquée, empièterait sur certaines prérogatives cantonales et ne tiendrait pas assez compte de la capacité financière des cantons pour le versement des contributions fédérales. Le gouvernement, après avoir répondu en partie à ces remarques, a mis en vigueur ce texte à la même date que la loi, soit le ler janvier 1993.

Seit dem Verbot der phosphathaltigen Waschmittel hat sich die Situation für die überdüngten Gewässer noch nicht wesentlich verbessert, und die Phosphatbelastung durch die Landwirtschaft bleibt weiterhin das Hauptproblem. Als prioritäre Massnahme wird schon seit Jahren die Sanierung von zu klein dimensionierten oder undichten Jauchegruben gefordert, da viele Bauern wegen ungenügender Lagerkapazitäten ihren Hofdünger trotz Verbot während der Vegetationsruhe ausbringen. Als Folge verseucht durchgesickertes Nitrat das Grundwasser, und abgeschwemmter Phosphor überdüngt Seen und Flüsse. Die totalen Sanierungskosten der gut 50'000 unzulänglichen Gruben werden auf knapp CHF 2 Mia. geschätzt, woran sich der Bund nach Vorschlag des BUS mit 30 Prozent beteiligen soll. Das Finanzdepartement lehnte es allerdings ab, die Sanierung von Hofdüngeranlagen im Talgebiet zu subventionieren (gut 30'000 betroffene Betriebe). Hingegen können aufgrund einer Anderung der Bodenverbesserungsverordnung neu nicht nur Sanierungen im Berggebiet, sondern auch in der voralpinen Hügelzone mit Bundesbeiträgen unterstützt werden.

Im Hinblick auf die Sanierung der überdüngten Seen stellt das Phosphatverbot zwar einen ersten Schritt dar, wirkt sich aber erst mittel- bis langfristig aus. Untersuchungen bestätigten zudem, dass die nach wie vor erhebliche Phosphatbelastung hauptsächlich aus Abschwemmungen landwirtschaftlicher Böden stammt. Um diese Belastung zu verringern, sieht die Stoffverordnung unter anderem Beschränkungen von Bodenzusätzen vor und reglementiert die Verwendung von Düngern. Anlässlich der Behandlung parlamentarischer Vorstösse erklärte sich der Bundesrat bereit, im Sinne einer forcierten Ursachenbekämpfung den Gewässerschutz in der Landwirtschaft voranzutreiben. Dabei sollen auch die Schwierigkeiten bei der Hofdüngerlagerung sowie das Klärschlammproblem gelöst werden.

Mit einer Änderung der Waschmittelverordnung setzte der Bundesrat auf den 1. Juli 1986 ein Phosphatverbot für Textilwaschmittel in Kraft. In der Vernehmlassung war die Notwendigkeit, die Phosphatbelastung der Seen wirksam zu reduzieren, unbestritten gewesen. Zu Kontroversen hatte dagegen die Zulassung von Nitrilotriessigsäure (NTA) als Ersatzstoffgeführt, da NTA Schwermetalle aus Gewässersedimenten lösen kann. Um eine mögliche Gewässerbelastung durch Phosphatersatzstoffe zu verhindern, wurde der NTA-Gehalt in Waschmitteln auf höchstens fünf Gewichtsprozente beschränkt, und die Eidgenössische Anstalt für Wasserversorgung, Abwasser und Gewässerschutz (EAWAG) bereitete ein Überwachungsprogramm für Kläranlagen, Gewässer und Trinkwasser vor. Das Phosphatverbot wurde denn auch – ausser von den Waschmittelherstellern – allgemein als wegweisender, mutiger Schritt im qualitativen Gewässerschutz begrüsst. Der Bundesrat erklärte, dass er im Sinne einer weiteren Ursachenbekämpfung auch die Phosphatbelastung durch die Landwirtschaft drastisch einzudämmen beabsichtige: Neben dem konsequenteren Vollzug der seit 1981 geltenden Kläschlammverordnung soll mittels der Verordnung über umweltgefährdende Stoffe die Anwendung von Düngemitteln reglementiert und ihre Abschwemmung in die Gewässer verhindert werden. Damit allerdings die überdüngten Mittellandseen, deren Phosphatkonzentrationen derzeit noch fünf- bis fünfzehnfach über dem kritischen Grenzwert liegen, wirksam saniert werden können, bedarf es zusätzlich zur Reduktion des Phosphor-Eintrags auch seeinterner Massnahmen, welche die Rücklösung von Phosphor aus Seesedimenten massiv reduzieren.

Als keinesfalls unproblematisch erweist sich die Verwendung des in den Abwasserreinigungsanlagen anfallenden Klärschlamms als Düngemittel in der Landwirtschaft, enthält dieser doch oft schädlich wirkende Schwermetallrückstände. Der Bundesrat erliess aus diesem Grund eine Verordnung, welche die zulässigen Höchstgrenzwerte definiert und strengere Kontrollen einführt. Bis 1990 sollen überdies technische Anlagen zur Verbesserung der hygienischen Qualität des Klärschlamms in Betrieb genommen werden.