Der Nationalrat setzte sich in der Wintersession 2017 als Zweitrat mit den Änderungen im Strafgesetzbuch und im Militärstrafgesetz zur Umsetzung der Pädophilen-Initiative auseinander. Im Gegensatz zum Erstrat war hier Eintreten unbestritten. Von verschiedensten Fraktionssprechern wurde betont, dass Artikel 123c BV nicht direkt anwendbar und daher eine Konkretisierung der Verfassungsbestimmung auf Gesetzesebene unerlässlich sei. Ähnlich wie im Ständerat wurde hingegen auch in der grossen Kammer immer wieder darauf hingewiesen, wie schwierig es sei, die Initiative so wortgetreu wie möglich, aber gleichzeitig in den Schranken der rechtsstaatlichen Grundsätze, insbesondere der Verhältnismässigkeit, umzusetzen. Die Meinungen darüber, wie das beste Verhältnis von Wortlaut und Verhältnismässigkeit aussehe, gingen jedoch erwartungsgemäss weit auseinander. So forderte Natalie Rickli (svp, ZH) als Sprecherin der SVP-Fraktion den Rat auf, mehr an die Opfer zu denken als an die Täter, und BDP-Fraktionssprecher Bernhard Guhl (bdp, AG) stellte klar, seiner Fraktion sei „der Schutz der Kinder wesentlich wichtiger als die Erfüllung des Berufswunsches eines verurteilten Straftäters.“ Auf der anderen Seite betonten die Fraktionsvertreterinnen und -vertreter der SP, der FDP, der Grünen, der CVP und der GLP die Wichtigkeit einer Härtefallklausel, die wenigstens einen minimalen richterlichen Ermessensspielraum sicherstellt.

Nachdem Eintreten ohne Gegenantrag beschlossen worden war, beschäftigte sich die grosse Kammer im ersten Block der Detailberatung mit den Voraussetzungen für die Anordnung der Tätigkeitsverbote. Sie hatte hier in drei Fragen über Minderheitsanträge ihrer vorberatenden Rechtskommission zu befinden. Erstens wollte eine Minderheit Arslan (basta, BS) bei der Definition des Begriffs „Kinder“ dem Ständerat folgen. Dieser hatte beschlossen, dass nur Anlasstaten, die an Kindern unter 16 Jahren begangen worden sind, automatisch zu einem lebenslangen Verbot von Berufen und Tätigkeiten mit Kontakt zu Minderjährigen führen sollen. Im Gegensatz dazu beantragte die Kommissionsmehrheit, sich an den bundesrätlichen Entwurf zu halten und die Altersgrenze bei 18 Jahren festzusetzen – wie sie im geltenden Recht, namentlich im Bundesgesetz über das Tätigkeitsverbot und das Kontakt- und Rayonverbot, schon bestehe. Breiten Zuspruch erhielt der Antrag Arslan jedoch nur aus den Fraktionen der Grünen und der FDP, womit der Minderheitsantrag wuchtig verworfen wurde und der Nationalrat sich in dieser Sache dem Bundesrat anschloss. Zweitens beantragte eine Minderheit Guhl (bdp, AG), die Antragsdelikte Exhibitionismus und sexuelle Belästigung wieder in den Katalog der Anlasstaten für ein zwingendes, lebenslängliches Tätigkeitsverbot aufzunehmen – und zwar bei Minderjährigen wie auch bei Erwachsenen. Obwohl dieses Ansinnen eigentlich dem ursprünglichen Vorschlag des Bundesrates entsprochen hätte, empfahl Bundesrätin Sommaruga, den Antrag Guhl abzulehnen und der Kommissionsmehrheit zu folgen. Das Konzept des Ständerates sei in diesem Punkt überzeugend und es mache durchaus Sinn, die beiden leichten Straftatbestände aus dem Deliktkatalog auszuschliessen. Die Unterstützung der geschlossenen SVP-, BDP- und CVP-Fraktionen reichte zusammen mit vereinzelten weiteren Stimmen dennoch aus, um dem Minderheitsantrag Folge zu geben und den Beschluss des Ständerates zu kippen. Als Drittes stimmte der Nationalrat über einen Minderheitsantrag Rickli (svp, ZH) ab, der auch den Straftatbestand der Pornografie zum Eigenkonsum wieder in den Katalog von Anlasstaten einfügen wollte. Diesmal sprach sich auch Bundesrätin Sommaruga für die Rückkehr zum bundesrätlichen Entwurf aus, die dann mit ähnlichen Mehrheitsverhältnissen wie zuvor auch beschlossen wurde.

Der zweite Block beinhaltete die Ausnahmebestimmungen, die Überprüfung der Tätigkeitsverbote und alle restlichen Bestimmungen. Hier beantragte eine Minderheit um Natalie Rickli (svp, ZH), die Härtefallklausel ganz aus dem Gesetz zu streichen; die vom Ständerat eingefügte explizite Ausnahmebestimmung für Fälle einvernehmlicher Jugendliebe genüge vollends. Mit 101 zu 73 Stimmen bei einer Enthaltung sprach sich der Nationalrat jedoch für die Beibehaltung der Härtefallklausel aus. Dagegen stimmten neben der geschlossenen SVP-Fraktion die Mehrheit der BDP-Fraktion sowie Vereinzelte aus den Fraktionen der FDP, CVP und SP. Eine weitere Kampfabstimmung gab es zur Frage der Überprüfungsmöglichkeit bei lebenslänglichen Tätigkeitsverboten. Während die Kommissionsmehrheit dem Ständerat folgen und keine Überprüfungsmöglichkeit vorsehen wollte, beantragte eine Minderheit Tschäppät (sp, BE), die bundesrätliche Lösung mit Überprüfungsmöglichkeit nach 10 Jahren für nicht pädophile Täter zu übernehmen. Eine zweite Minderheit Bauer (fdp, NE) legte indes einen Kompromissvorschlag dar, wonach ein lebenslanges Tätigkeitsverbot grundsätzlich nicht aufgehoben werden kann, es sei denn ein unabhängiges Gutachten stellt fest, dass kein Risiko mehr besteht. Mit dieser Formulierung sollte ein Konflikt mit der EMRK vermieden werden. Im Rat scheiterten beide Minderheitsanträge deutlich am Widerstand der SVP- BDP-, GLP- und CVP-Fraktionen. Ein Einzelantrag Nidegger (svp, GE), der die explizite Ausnahmebestimmung für die Jugendliebe streichen wollte, blieb chancenlos. Bei allen übrigen Bestimmungen folgte der Nationalrat den Anträgen seiner Kommissionsmehrheit und schloss sich damit im Grossen und Ganzen dem Beschluss des Ständerates an. Einstimmig nahm der Nationalrat die Vorlage in der Gesamtabstimmung an und gab sie damit zurück an den Ständerat zur Differenzbereinigung.

Anfang Juni 2016 legte der Bundesrat seine Botschaft zur Umsetzung der Pädophilen-Initiative vor. Er orientierte sich dabei klar an der in der Vernehmlassung mehrheitlich begrüssten, aber vom Initiativkomitee harsch kritisierten Umsetzungsvariante mit Härtefallklausel. Der vorgelegte Entwurf ist das Resultat des Versuchs, eine Brücke zwischen dem von der Initiative geforderten Automatismus und den Prinzipien der Rechtsstaatlichkeit, insbesondere der Verhältnismässigkeit, zu schlagen. So soll das lebenslange Tätigkeitsverbot vom Strafgericht grundsätzlich immer zwingend ausgesprochen werden, wenn Letzteres eine erwachsene Person wegen einer Sexualstraftat an einer „minderjährigen, schutzbedürftigen, zum Widerstand unfähigen oder urteilsunfähigen Person, die sich aufgrund einer körperlichen oder psychischen Abhängigkeit nicht zur Wehr setzen konnte“, verurteilt – und zwar unabhängig von den Umständen des Einzelfalls und dem im konkreten Fall ausgesprochenen Strafmass. Um der Verhältnismässigkeit dennoch Rechnung zu tragen, soll in „besonders leichten Fällen“ ausnahmsweise von einem lebenslangen Tätigkeitsverbot abgesehen werden können. Keine Möglichkeit für Ausnahmen vorgesehen sind jedoch bei bestimmten, schweren Anlasstaten sowie bei pädophilen Tätern im Sinne der Psychiatrie. Zudem soll bei nicht pädophilen Tätern nach frühestens 10 Jahren eine Lockerung oder Aufhebung des Tätigkeitsverbotes geprüft werden können.

Beim Initiativkomitee der Pädophilen-Initiative sorgte der Umsetzungsvorschlag des Bundesrates für Unmut. Es warf dem Bundesrat vor, die Täter anstatt die Kinder zu schützen. Die Ausnahmeregelung sei zu weit gefasst, wurden im Abstimmungskampf doch nur Ausnahmen in Fällen der einvernehmlichen Jugendliebe diskutiert. Ein ganzer Ausnahmenkatalog, wie ihn der Bundesrat präsentierte, gehe definitiv zu weit. Co-Präsidentin und SVP-Nationalrätin Natalie Rickli (ZH) äusserte die Befürchtung, dass auf diese Weise viele Täter kein lebenslängliches Berufsverbot erhalten würden. Auch die Überprüfungsmöglichkeit stiess den Verfechtern einer wortgetreuen Umsetzung sauer auf: „Endgültig ist endgültig“, zitierte das St. Galler Tagblatt den Ausserrhoder FDP-Ständerat Andrea Caroni in dieser Hinsicht. Die mögliche Überprüfung nach 10 Jahren widerspreche der vom Volk gewollten Endgültigkeit des Tätigkeitsverbotes.

Kurz nach der Veröffentlichung der bundesrätlichen Botschaft brachte SP-Nationalrätin Chantal Galladé (ZH) einen ganz anderen Vorschlag aufs Tapet: Statt im Strafrecht, wo der Schwerpunkt auf der Bestrafung der Täter liege, könne das Anliegen im Zivilrecht mit Schwerpunkt auf den Kindes- und Jugendschutz umgesetzt werden. Es könnten dort Voraussetzungen festgelegt werden, unter denen die Arbeit mit Kindern und Jugendlichen erlaubt ist. Dadurch erhoffte sie sich, den Konflikt mit dem Verhältnismässigkeitsprinzip zu umschiffen. Die Idee stiess jedoch sowohl beim Initiativkomitee als auch bei Initiativgegner Caroni auf Skepsis.