Die zweite von der SVP-Fraktion eingereichte Motion mit dem Thema Bundespersonallöhne ereilte im Ständerat das gleiche Schicksal wie die erste: Sie wurde zwar in der grossen, nicht aber in der kleinen Kammer angenommen. Die von der SVP geforderte Überarbeitung des Leistungslohnsystems stiess bereits in der vorberatenden SPK-SR auf Widerstand. Die 9 zu 2 Stimmen-Mehrheit argumentierte, dass eine Umstellung mit grossem Aufwand verbunden wäre, dem aber eigentlich kein Handlungsbedarf entspreche. Die Verwaltung sei derart gross, dass es überdies gar kein einheitliches System geben könne – ein Argument, das auch Finanzminister Ueli Maurer bei der Beratung der Motion vertrat: Die momentane, massgeschneiderte Lösung sei besser als ein geforderter grosser Wurf, der zudem allen weniger gerecht würde. Die Minderheit – in der Diskussion vertreten durch Peter Föhn (svp, SZ) – wollte den Kantonsvertreterinnen und -vertretern vergeblich schmackhaft machen, dass es nicht um eine grundsätzliche Umgestaltung, sondern lediglich um eine Vereinfachung und Effizienzsteigerung gehe. Die unzähligen unterschiedlichen Zuschläge, Zulagen und Prämien seien nicht fair. Die Ratsmehrheit sah dies anders und beerdigte die Motion mit 34 zu 8 Stimmen bei 2 Enthaltungen.

In der Herbstsession 2016 befasste sich zuerst der Ständerat mit der Änderung des Entsendegesetzes, die über eine Erhöhung der maximalen Verwaltungssanktionen bei Verstössen gegen die minimalen Lohn- und Arbeitsbedingungen von CHF 5000 auf CHF 30‘000 eine Verschärfung der flankierenden Massnahmen vorsah. Wie bereits zuvor in der Frühjahrssession im Nationalrat kam es auch in der kleinen Kammer zu einer Abstimmung über einen Nichteintretensantrag, der von Seiten der SVP, namentlich Ständerat Föhn (svp, SZ) eingebracht worden war, der sich daran störte, dass auch Schweizer Unternehmen von der "massiven Bussgelderhöhung" betroffen wären. Mit 4 zu 40 Stimmen war der Antrag aber auch im Ständerat chancenlos. Umstrittener war hingegen der vom Nationalrat aufgenommene Passus, wonach Normalarbeitsverträge (NAV) bereits dann befristet verlängert werden können, wenn Hinweise dafür bestehen, dass der Wegfall zu erneuten Missbräuchen führen könnte. Der vorberatendenen WAK-SR war dies zu weit gegangen und sie hatte mit 8 zu 3 Stimmen beantragt, dass eine Verlängerung, so wie es der Bundesrat in seiner Botschaft zur Änderung des Obligationenrechts vorgesehen hatte, nur dann möglich sein soll, wenn sowohl frühere Verstösse vorliegen als auch Hinweise darauf bestehen, dass es auch künftig zu Verstössen kommen wird. Auch Wirtschaftsminister Schneider-Ammann empfahl dem Ständerat, in diesem Punkt nicht dem Nationalrat zu folgen, da man damit "unter anderem dauerhaft Mindestlöhne einführen" würde. Trotz des Kommissionsantrags und der bundesrätlichen Einwände sprach sich die kleine Kammer dann aber mit 29 zu 16 Stimmen für eine Minderheit Zanetti (sp, SO) aus und folgte gleichwohl dem Nationalrat. Der Ständerat schuf dann aber doch noch eine Differenz zum Nationalrat: Auf Antrag seiner Wirtschaftskommission beschloss er, dass schwerwiegende Verstösse nicht nur mit einer Geldstrafe, sondern zusätzlich auch mit einem auf maximal fünf Jahre befristeten Ausschluss vom Schweizer Arbeitsmarkt geahndet werden können. Der ständerätlichen Fassung stimmte die grosse Kammer zwei Tage später mit 102 zu 87 Stimmen zu – entgegen dem Antrag der WAK-NR. In der Schlussabstimmung, die aufgrund des Widerstands von SVP und FDP mit Spannung erwartet wurde, nahm der Nationalrat den Entwurf mit 110 zu 86 Stimmen bei 2 Enthaltungen und der Ständerat mit 30 zu 13 Stimmen bei 1 Enthaltung an.