In der Wintersession 2019 befasste sich der Nationalrat mit der parlamentarischen Initiative Jans (sp, BS), welche verlangt, mittels Änderung des Gewässerschutzgesetzes den Einsatz von Pestiziden zu verbieten, falls diese die Wasserqualität stark beeinträchtigen.
In der nationalrätlichen Debatte argumentierte der Urheber der Initiative, dass zwar Messungen in Fliessgewässern gemacht würden und festgestellt werde, dass Pestizidwirkstoffe die Gewässerorganismen nachhaltig schädigen. Leider hätten diese Messungen aber zu wenig Folgen, so Jans. Die Pestizide würden nicht aus dem Verkehr gezogen, sondern die Trinkwasserquellen geschlossen. Die Mehrheit der UREK-NR wolle warten, bis die Agrarpolitik 22+ des Bundesrates wirksam würde; für Jans dauerte das aber zu lange, zudem sei auch noch nicht klar, ob überhaupt und welche Massnahmen im Rahmen der Agrarpolitik 22+ vorgeschlagen würden.
Bastian Girod (gp, ZH) erklärte in der Ratsdebatte die Trinkwasserqualität für akut gefährdet. Er verwies auf ein Faktenblatt der EAWAG, welches festhalte, dass die darin gesetzten Ziele (zum Beispiel im Aktionsplan Pflanzenschutzmittel) die gesetzlichen Anforderungen noch nicht erfüllen würden. Für Girod war der richtige Zeitpunkt zu handeln nun eingetroffen, zumal der Bundesrat den beiden Trinkwasser- resp. Pestizidinitiativen keinen Gegenvorschlag entgegenstellen wolle.
Für die SVP-Fraktion sprach Pierre-André Page (svp, FR) ein Loblied auf die Schweizer Landwirtschaft. Diese mache heute schon viel gegen den Missbrauch mit Pflanzenschutzmitteln. Zudem könne sie aufgrund der vielen Restriktionen bald nicht mehr genug produzieren und dann müssten Nahrungsmittel importiert werden, wobei der Konsument nicht wisse, unter welchen Bedingungen diese produziert würden.
Anders als zuvor in der UREK-NR fand die Initiative im neu zusammengesetzten Nationalrat mit 155 zu 88 Stimmen bei 3 Enthaltungen eine Mehrheit. Sämtliche Mitglieder der SVP, sowie einige Mitglieder der FDP und CVP stimmten gegen die Initiative.
In den Medien nahm Markus Ritter (cvp, SG), Nationalrat und Präsident des Schweizerischen Bauernverbandes, Stellung und argumentierte, dass das kürzlich erlassene Anwendungsverbot des Fungizids Chlorothalonil zeige, dass das Zulassungssystem für Pestizide funktioniere. Paul Sicher, Sprecher des Schweizerischen Vereins des Gas- und Wasserfachs, widersprach dieser Aussage, indem er eine sofortige generelle Verschärfung der Zulassungen für Pestizide, ein Verbot für besonders giftige Mittel und Einschränkungen bei deren Einsatz, zum Beispiel für Private, forderte.

In der Differenzbereinigung zur Energiestrategie 2050 lag der Ball in der Herbstsession 2016 wieder beim Nationalrat. Dieser entschied, das Richtziel von einem Zubau von 11 Terrawattstunden Strom aus erneuerbaren Quellen vom Ständerat zu übernehmen und damit eine Differenz beizulegen. Eine Minderheit Girod (grüne, ZH) hatte verlangt, am höheren Richtziel von 14,5 Terrawattstunden festzuhalten, unterlag im Plenum aber mit 132 zu 57 Stimmen. Mit 100 zu 88 Stimmen entschied der Rat, in Artikel 14 Abs. 3 entgegen dem Ansinnen von Bundesrat, Ständerat und einer Minderheit Fässler (cvp, AI) daran festzuhalten, das Wort "grundsätzlich" nicht aufzunehmen - es ging um die Frage, ob Nutzungs- und Schutzinteressen als "gleichrangig" oder "grundsätzlich gleichrangig" zu bezeichnen seien. Gestritten wurde im Rat darüber, ob diese Differenz nun ein semantisches Detail sei oder doch über grosse Tragweite verfüge - einer Mehrheit erschien das Wort zumindest bedeutsam genug, um eine Differenz zum Ständerat beizubehalten.
Eine gewichtige Differenz zum Ständerat blieb bei den Steuerabzügen für Gebäudesanierungen bestehen: Der Nationalrat entschied, dass Abzüge auf drei Steuerperioden verteilt werden können. Der Nationalrat erhielt drei weitere, geringfügige Differenzen aufrecht: Er strich die Möglichkeit von Auktionen aus Artikel 22 Absatz 2, entfernte Biogas aus dem Artikel 46 Absatz 3a und verzichtete auf die Zulassung von Sonderregelungen für Kleinproduzenten bei den Netznutzungstarifen in Artikel 14 Absatz 3c des Stromversorgungsgesetzes. Damit gab die grosse Kammer die Vorlage mit fünf Differenzen zurück an den Ständerat.
Noch bevor das Differenzbereinigungsverfahren beendet war und die Vorlage in die Schlussabstimmung kam, bekundete die SVP ihren Willen, das Referendum gegen die Energiestrategie 2050 zu ergreifen - allerdings nur, wenn sich die Wirtschaftsverbände am Referendum beteiligten. Von Medien danach gefragt, gaben sich Vertreter von Wirtschaftsverbänden zurückhaltend: Die bürgerliche Mehrheit im Parlament habe schon einiges an der Vorlage korrigiert und man könne mit dem Verbliebenen leben.

Nach dem 1991 in Kraft getreten Bundesgesetz über den Schutz der Gewässer ist es Bauernbetrieben, die eine erhebliche Anzahl an Schweinen oder Rindvieh halten, erlaubt, das häusliche Abwasser des Bauernbetriebes nicht in die öffentliche Kanalisation zu leiten, sondern es stattdessen der Gülle beizumischen und für den landwirtschaftlichen Betrieb zu nutzen.
Dass diese Möglichkeit Schweine- und Rindviehhaltern vorbehalten war, wollte Andreas Aebi (svp, BE) mit Hilfe der Motion „Anpassung des Gewässerschutzgesetzes an die heutige Nutztierhaltung“ ändern. In der modernen Landwirtschaft gäbe es immer mehr Betriebe, welche Schafe, Ziegen oder Pferde in grosser Anzahl halten und auch davon profitieren würden, wenn sie ihr Abwasser der Gülle beigeben könnten und somit keine Abwasserkosten bezahlen müssten. Auch müsste das Wasser ansonsten in vielen Fällen zugekauft werden, was bedeute, dass Trinkwasser der Gülle beigeführt würde. Der Bundesrat empfahl das Anliegen aus drei Gründen zur Ablehnung: Da menschliche Fäkalien ein bekannter Verbreiter von Krankheiten seien, steige das Risiko einer Verschmutzung mit Erregern mit der Häufigkeit der landwirtschaftlichen Verwendung von menschlichen Fäkalien. Weiter seien die Ausscheidungen von den genannten Tierarten viel trockener als der Mist von Kühen und Schweinen, was die Herstellung von Gülle mit ihrem Kot erschwere. Und letztlich sei ein grösserer Kontrollaufwand notwendig, wenn mehr Bauernbetriebe das eigene Abwasser für die landwirtschaftliche Produktion verwenden dürfen.
In der eher kurzen Diskussion im Rat wurde auch kritisiert, dass der Motionstext einen konkreten Textvorschlag mache, welcher keine Ausnahmen mehr möglich gemacht hätte. Nach einem Votum von Bastien Girod (gp, ZH), welcher vorschlug, dass der Ständerat den Motionstext später so anpassen könne, dass zwar die Forderung unverändert bliebe, die Formulierung des Anliegens aber praktikabler würde, entschied der Nationalrat die Motion mit 144 zu 32 Stimmen anzunehmen (17 Enthaltungen).

Am 17. Juni 2014 beriet der Ständerat als Erstrat über die bundesrätliche Botschaft zur Volksinitiative «Energie- statt Mehrwertsteuer». Eine Minderheit Recordon (gp, VD) beantragte die Rückweisung an die Kommission mit dem Auftrag, einen indirekten Gegenvorschlag zu prüfen, welcher eine Lenkungsabgabe auf nichterneuerbarer Energie vorsieht, deren Ertrag aber zurückverteilt wird. Die Kritik am Minderheitsantrag bezog sich vor allem darauf, dass ihm ein ganz anderes Konzept zugrunde liege als der Initiative und er deshalb nichts mit der Initiative zu tun habe. Der Minderheitsantrag wurde von der kleinen Kammer mit 29 zu 12 Stimmen bei einer Enthaltung verworfen. In der Debatte wurde der Volksinitiative wiederholt vorgeworfen, sie wage mit der Abschaffung der Mehrwertsteuer ein finanzpolitisches Abenteuer, sie sei unsozial und wirtschaftsfeindlich. Ein Antrag Diener (glp, ZH), welcher die Initiative zur Annahme empfahl, blieb chancenlos: Mit 34 zu 3 Stimmen bei 5 Enthaltungen folgte die kleine Kammer ihrer Kommission und nahm den Bundesbeschluss an. Am 23. September 2014 nahm der Nationalrat die Debatte auf. Die Kommission empfahl die Ablehnung von Initiative und Gegenvorschlag, eine Minderheit I Bäumle (glp, ZH) wollte die Initiative zur Annahme empfehlen und eine Minderheit II Girod (gp, ZH) schlug einen Gegenvorschlag vor, welcher eine Lenkungsabgabe auf nichterneuerbare Energieträger ebenso wie die Rückverteilung des Ertrags an die Bevölkerung vorsah. Beide Minderheiten fanden keine Mehrheit: Am 25. September 2014 verwarf der Nationalrat den Minderheitsantrag II Girod (gp, ZH) für einen Gegenvorschlag mit 110 zu 79 Stimmen (wobei die Fraktionen von GLP, GP und SP geschlossen für und die Fraktionen von CVP, FDP und SVP dagegen stimmten), sowie den Minderheitsantrag Bäumle (glp, ZH) für die Annahme der Volksinitiative mit 160 zu 27 Stimmen bei einer Enthaltung (Zustimmung nur von den Fraktionen von GLP und GP). In der Schlussabstimmung vom 26. September empfahl der Ständerat die Volksinitiative mit 40 gegen 3 Stimmen bei zwei Enthaltungen zur Ablehnung, der Nationalrat tat dies mit 171 zu 27 Stimmen.

Lors de la session spéciale d’avril, le Conseil national s’est saisi du projet de loi fédérale sur la protection des eaux élaboré par la commission de l’environnement du Conseil des Etats (CEATE-CE) au titre de contre-projet indirect à l’initiative populaire « Eaux vivantes (Initiative pour la renaturation) ». En dépit de l’opposition unanime de l’UDC et d’une majorité de députés libéraux-radicaux, jugeant le projet trop coûteux et dangereux pour l’utilisation de la force hydraulique, le plénum a suivi la majorité de la CEATE-CN et approuvé, par 94 voix contre 60, l’entrée en matière.
Lors de la discussion par article, le débat a essentiellement porté sur la conciliation des objectifs environnementaux et des intérêts économiques et énergétiques. Une minorité Killer (udc, AG) de la commission a proposé de réduire drastiquement les débits minimaux exigés de sorte à laisser une marge de manœuvre maximale aux producteurs d’énergie hydroélectrique. Le plénum a suivi, par 97 voix contre 73, la majorité de sa CEATE, laquelle jugeait que cet amendement viderait de sa substance le projet de loi. Le débat s’est ensuite concentré sur les dérogations possibles en faveur de l’utilisation de la force hydraulique. Afin de garantir un potentiel de croissance de 200 gigawattheures, le Conseil des Etats avait décidé d’assouplir les conditions de dérogation en autorisant des débits minimaux inférieurs pour les tronçons en aval d’installations hydroélectriques situées à une altitude supérieure à 1500 mètres (contre 1700 actuellement). Si la majorité de la CEATE-CN a suivi les sénateurs, une minorité Girod (pe, ZH) a proposé d’introduire une condition supplémentaire en restreignant l’octroi de dérogations aux tronçons présentant un faible potentiel écologique, touristique ou paysager. Le plénum a rejeté cette proposition, par 113 voix contre 57, la jugeant excessive. Il a toutefois privilégié, par 128 voix contre 42, une solution de compromis Landolt (pbd, GL) selon laquelle une dérogation est possible à la triple condition que le point de prélèvement soit situé à une altitude supérieure à 1500 mètres, que le cours d’eau soit non piscicole et que son débit résiduel minimal soit inférieur à 50 litres par seconde. Concernant l’espace réservé aux eaux, le plénum a suivi, par 105 voix contre 59, la majorité de la CEATE-CN en adoptant le principe d’une exploitation agricole extensive (sans engrais, ni produits phytosanitaires) contre une minorité Teuscher (pe, BE) préconisant un mode plus proche des conditions naturelles. Mais contrairement au Conseil des Etats, la chambre basse a estimé que les terres concernées ne pouvant plus être exploitées intensivement, elles ne sauraient être considérées comme des surfaces d’assolement. Les députés ont en outre introduit dans le projet de loi le principe d’une compensation complète de la perte corrélative de terres exploitables intensivement par les agriculteurs en fonction des quotas cantonaux de surfaces d’assolement édictés par la Confédération. Contrairement aux sénateurs, la majorité de la CEATE-CN a proposé de rendre facultative la planification par les cantons des mesures de revitalisation. Le plénum a toutefois décidé, par 94 contre 75, de suivre une minorité Bäumle (pev, ZH) et d’obliger les cantons à établir une telle planification. Par 89 voix contre 79, les députés ont suivi une minorité Bourgeois (plr, FR) et refusé le régime d’expropriation particulier élaboré par la CEATE-CE qui supprime l’obligation d’autorisation (permis de construire, etc.), afin de faciliter les opérations de revitalisation des cours d’eaux, de protection contre les crues et de construction de bassins de compensation pour les débits irréguliers. La majorité a en effet estimé que le droit foncier rural en vigueur garantit déjà la primauté de l’intérêt public. Au vote sur l’ensemble, la chambre basse a approuvé le projet de loi sur la protection des eaux par 104 voix contre 68, malgré l’opposition unanime de l’UDC et d’une majorité de libéraux-radicaux. La quasi totalité du groupe UDC et huit députés PLR ont rejeté le projet.
Lors de l’examen des divergences, le Conseil des Etats a repris les conditions édictées par la chambre basse pour l’octroi de dérogations aux débits résiduels minimaux en les reformulant légèrement. Concernant les terres réservées aux mesures de renaturation, la chambre haute a refusé la requalification voulue par les députés. Enfin, les sénateurs ont maintenu tacitement le régime particulier d’expropriation. Lors de la session d’hiver, les députés ont campé sur leur position au sujet des conséquences de la création d’espaces réservés aux eaux sur la production agricole et du principe d’une compensation complète des surfaces d’assolement. En revanche, ils ont approuvé, par 102 voix contre 82, l’institution du régime d’expropriation voulu par le Conseil des Etats, tandis que ce dernier s’est rallié tacitement au Conseil national sur l’autre point de désaccord majeur ainsi que sur trois divergences mineures. En votation finale, les sénateurs et les députés ont adopté le projet de loi, respectivement à l’unanimité et par 126 voix contre 63.