Zeitgleich mit seinem definitiven abschlägigen Entscheid betreffend die neun Standesinitiativen zur Lockerung des Gewässerschutzgesetzes schickte der Ständerat auch eine vom Nationalrat bereits angenommene Motion Leo Müller (cvp, LU) endgültig bachab. Dies entgegen des Willens der UREK-SR, welche ihrem Rat mit Stichentscheid des Kommissionspräsidenten Bischofberger (cvp, AI) im Herbst 2015 empfohlen hatte, die Motion anzunehmen. Das Anliegen forderte die Erlaubnis, die minimale Breite des Gewässerraumes unterschreiten zu können, sofern dies der besseren Berücksichtigung der landwirtschaftlichen Nutzung oder anderer Interessen diene. Die knappe Kommissionsmehrheit erwog, dass die bisher unternommenen Schritte zur Konkretisierung der im Rahmen des Gegenvorschlags zur Renaturierungs-Initiative erfolgten Bestimmungen – namentlich durch den unterdessen abgeschlossenen ersten Teil der Verordnungsrevision sowie durch die Annahme einer Motion der UREK-SR und einer abgeänderten Motion der UREK-NR – zwar in die richtige Richtung weisen würden, jedoch noch mehr unternommen werden müsse, damit Agrar- und Bauland nicht gefährdet werde. Im Gegenzug warnte eine starke Kommissionsminderheit, dass der im Gegenvorschlag erarbeitete Kompromiss, der damals zum Rückzug der Volksinitiative des Fischereiverbands geführt habe, bei Annahme der Motion gefährdet werde. Deutlich klarer lagen die Fronten schlussendlich im Ständerat: Mit 11 zu 33 Stimmen folgte dieser der Kommissionsminderheit und beerdigte das Anliegen.

Mit 112 bürgerlichen zu 74 Stimmen aus dem linken Lager, der GLP-Fraktion und einer Minderheit der CVP/EVP-Fraktion stützte der Nationalrat im Frühjahr 2015 den im Vorjahr gefällten ständerätlichen Entscheid zur Annahme einer Motion Bischofberger (cvp, AI) und verlangte somit die Streichung von Art. 24 der Gewässerschutzverordnung, welcher den ortsüblichen Bewirtschaftungsbereich (oBB) definiert. Während die bürgerliche Ratsseite diesen Entscheid begrüsste, da sie den oBB als veraltete Massnahme zur Steuerung der Hofdüngerflüsse einstufte, befürchtete die Ratslinke durch Aufhebung dieser Bestimmung eine zusätzliche Verschmutzung der Gewässer und sorgte sich um die Biodiversität. Bundesrätin Leuthard verwies auf die Diskussionen im Rahmen der Verordnungen zur Agrarpolitik 2014-2017, wo deutlich aufgezeigt worden sei, dass bezüglich Festlegung oder Aufhebung des oBB alles andere als Einigkeit bestehe. Diese Frage müsse im Rahmen der nächsten Vorlage zur Agrarpolitik vertieft behandelt werden, weswegen sie für Ablehnung der Motion plädiere.

Während eine Motion einer Mehrheit der UREK-NR zur Lockerung der Gewässerschutzbestimmungen zugunsten der Landwirtschaft 2012 im Nationalrat auf beträchtlichen Zuspruch gestossen war, äusserte sich der Ständerat in der Sommersession 2014 um einiges kritischer zum Anliegen. Wie auch diverse weitere Anliegen geht dieses Geschäft auf die 2009 beschlossene Änderung des Gewässerschutzgesetzes und die dazugehörige Verordnungsanpassung aus dem Jahr 2011 zurück, mit welchen das Anliegen der in der Folge zurückgezogenen Volksinitiative "Lebendiges Wasser" aufgenommen worden war. Konkret verpflichtet der verabschiedete indirekte Gegenentwurf die Kantone bis Ende 2018 zur Ausscheidung von sogenanntem Gewässerraum. Dieser darf im Interesse von Renaturierung, Hochwasserschutz und Gewässernutzung nur extensiv bewirtschaftet werden, wodurch die intensive landwirtschaftliche Nutzung oder der Bau von Liegenschaften innerhalb des Gewässerraumes untersagt ist. Der dadurch vom Zaun gebrochene Protest rührte in erster Linie von landwirtschaftlichen Kreisen, die einen Verlust an Kulturland beklagten, aber auch von Seiten der Grundstückbesitzer. Von den sechs in der Motion enthaltenen Forderungen befürwortete der Ständerat auf Anraten seiner einstimmigen Kommission gerade einmal eine, und die auch noch in abgeänderter Form: Der Bundesrat soll verpflichtet werden, in Zusammenarbeit mit den Kantonen einen Ersatz für Fruchtfolgeflächen bereitzustellen, die aufgrund der Festlegung des Gewässerraumes effektiv verloren gehen. Dabei strich die kleine Kammer den in der eingereichten Motion enthaltenen Zusatz, dass Fruchtfolgeflächen im Gewässerraum generell nicht als solche gelten sollen. Bereits in einem Rundschreiben aus dem Jahr 2011 hatte das ARE festgehalten, dass Böden unter Umständen auch weiterhin Fruchtfolgeflächen-Qualität aufweisen können, auch wenn sie neu im Gewässerraum zu liegen kommen, weswegen diese Flächen nicht grundsätzlich zu kompensieren seien. Die Kantonsvertreterinnen und -vertreter folgten mit deutlichem Mehr der ausführlichen Argumentation von Kommissionssprecher Bischofberger (cvp, AI), welcher auf die bestehenden Bestrebungen der Verwaltung in Zusammenarbeit mit den betroffenen Kreisen hinwies, die sich insbesondere in der Erarbeitung zweier Merkblätter manifestierten. In einer weiteren Forderung der Motion, nämlich der Aufweichung des Gebots der ausschliesslich extensiven Bewirtschaftung im Gewässerraum, sah die einstimmige UREK-SR den in Zusammenarbeit mit den Initianten erzielten Kompromiss gefährdet, der zum Rückzug des Volksanliegens geführt hatte. Die UREK-NR beantragte ihrem Rat daraufhin ebenfalls ohne Gegenstimme aber mit 7 Enthaltungen, dem Ständerat zuzustimmen, was der Nationalrat nach den Ausführungen seiner Kommission in der Herbstsession stillschweigend tat.

Ständerat Bischofberger (cvp, AI) erachtete die in Artikel 24 der Gewässerschutzverordnung enthaltenen Bestimmungen nicht länger als zeitgemäss und beantragte deswegen mit einer Motion die Aufhebung der Vorschriften zum ortsüblichen Bewirtschaftungsbereich (oBB). Der betreffende Artikel definiert den oBB als die sich im Umkreis von 6 km zum Stallgebäude befindende Nutzfläche, auf der Hofdünger anfällt. Bischofberger argumentierte, mittlerweile werde mittels anderer Instrumente sichergestellt, dass die Hofdüngerverwertung umweltgerecht und nicht im Übermass erfolge, wobei die reine Distanz zum Hof nicht mehr länger ein relevantes Kriterium darstelle. Auch wenn der Bundesrat in seiner Antwort dem Motionär in diesem Aspekt zustimmte, stellte er sich dennoch gegen das Anliegen: Die Verwaltung prüfe gegenwärtig, ob und wie die Bestimmung zum oBB im Hinblick auf die Agrarpolitik 2018-2021 durch ein zweckmässigeres Instrument zum Schutze der Gewässer vor übermässigen Nährstoffflüssen ersetzt werden könnte, weswegen man hier nicht vorgreifen wolle. Ferner befürchtete der Bundesrat Rechtsunsicherheit, da der oBB nach wie vor im Gewässerschutzgesetz erwähnt sei, durch den Wegfall der Definition in der Gewässerschutzverordnung jedoch uneinheitlich bestimmt werden könnte. Im Ständerat obsiegten hingegen die Argumente des Ratskollegen Bischofberger und die kleine Kammer leitete das Geschäft in der Sommersession mit deutlichen 21 zu 8 Stimmen an den Nationalrat weiter. Dessen zuständige Kommission beantragte ihrem Rat im Herbst mit Stichentscheid des Kommissionspräsidenten Hans Killer (svp, AG) ebenfalls die Annahme der Motion.