In der Debatte um die Pestizidinitiative und die Trinkwasserinitiative machte sich der Bauernverband im Juni 2019 im Nationalrat für eine Ablehnung sowohl der beiden Initiativen als auch eines möglichen indirekten Gegenvorschlags stark. SBV-Präsident Markus Ritter (cvp, SG) sprach sich gegenüber den Medien gegen die Anliegen aus, da er die Empfehlungen im «Aktionsplan Pflanzenschutzmittel» des Bundes für ausreichend hielt und eine Annahme der Initiativen die Bäuerinnen und Bauern unnötig unter Druck setzen würde. Stattdessen sprach sich Ritter für den freiwilligen Verzicht aus: Es genüge, wenn man der Branche aufzeige, dass der sparsamere Einsatz von Pestiziden nicht nur ökologischer, sondern auch günstiger sei. Nicht nur Präsident Ritter, auch Verbandsdirektor Jacques Bourgeois (fdp, FR) – welcher per März 2020 von diesem Amt zurückzutreten plante – setzte sich für eine Ablehnung der Initiativen ein, indem er im Nationalrat argumentierte, die von den Initiativen geforderten Verbote würden derart viele Unsicherheiten verursachen, dass letztlich der Aktionsplan des Bundes, an welchem sich die Landwirtschaft orientiere, nur ungenügend umgesetzt werden könne. Der Tages-Anzeiger kommentierte die Bekenntnisse des Verbandes als zu lasch: Ritter spiele hier mit «maximalem Einsatz», wenn er sich – wie auch Bundesrat Guy Parmelin – auf den «Aktionsplan Pflanzenschutzmittel» berufe, denn dieser sei nicht verpflichtend, obwohl die Initiativen eben genau eine Verpflichtung forderten. Sie riskierten damit gemäss Tages-Anzeiger, dass das Volk die beiden Initiativen annehme – was die Landwirtschaftsbranche «unnötig hart treffen» oder gar «umpflügen» würde.

Suite à la consultation concernant la Politique agricole 22+, le Conseil fédéral a mandaté le DEFR qui devra rédiger un message à l'attention du Parlement d'ici à début 2020. Celui-ci s'appuiera sur l'avant-projet mis en consultation, ainsi que sur les retours apportés lors de la procédure de consultation par les acteurs concernés. Le ministre nouvellement en charge de l'agriculture, Guy Parmelin, a présenté les aspects principaux du développement de la politique agricole après 2022. La NZZ les résume ainsi: «weniger Markt, dafür etwas mehr Verbindlichkeit bei der Ökologie.» En effet, le précédent ministre, Johann Schneider-Ammann, avait prévu de supprimer certains mécanismes de protection douanière afin de faire baisser le prix des denrées alimentaires. Ces mesures ne figurent donc plus dans la nouvelle mouture. Le journal alémanique précise pourtant que celles-ci – évaluées à CHF 65 millions – profitent, avant tout, aux intermédiaires et non aux paysan.ne.s.
Le Conseil fédéral a également pris en compte les deux initiatives s'attaquant aux pesticides (l'initiative pour une Suisse sans pesticides de synthèse et l'initiative pour une eau potable propre et une alimentation saine) en fixant des objectifs contraignants de réduction des excédents de phosphore et d'azote et en planifiant des mesures pour faire baisser la pollution des cours d'eau due aux pesticides.
Dans l'ensemble, l'USP s'est montrée satisfaite, son directeur, Jacques Bourgeois (plr, FR) se félicitant du maintien du crédit-cadre de CHF 13,915 milliards pour les années 2022 à 2025, des mesures de réduction de l'utilisation des pesticides ainsi que des mesures de soutien au marché. Il a toutefois critiqué le manque d'action du gouvernement quant à la simplification du travail administratif auquel les paysan.ne.s doivent se soumettre.
Lors de la procédure de consultation, l'USP, d'autres organisations agricoles, et l'UDC s'étaient opposées à la proposition du Conseil fédéral de faciliter l'accès à la propriété paysanne, notamment pour les coopératives et les personnes ne provenant pas d'une lignée paysanne. Le Conseil fédéral y a donc renoncé au grand dam des partis de gauche qui y étaient fortement favorables.
L'une des mesures phares de cette nouvelle version, dont l'impulsion vient d'une motion déposée par le député Bourgeois, est le soutien aux agricultrices et agriculteurs en cas de dégâts dans les cultures dus aux risques naturels (gel, sécheresse, etc.). Ce soutien se fera par le biais d'une participation financière de la Confédération aux primes d'assurance contre les intempéries. L'OFAG a réalisé une étude sur la question, et propose ainsi que 30 pour cent du prix des primes soient pris en charge par la Confédération, tout en notifiant la nécessité d'un organe de contrôle qui garantirait que les assureurs n'augmentent pas de manière excessive les primes. En effet, ils pourraient, par ce biais, profiter de manière abusive de la manne fédérale. L'Union maraîchère suisse s'est montrée, elle, sceptique, redoutant une dépendance accrue à l'Etat. Robert Finger, Professeur à l'EPFZ, souligne, lui, que ce genre de subventions pourrait constituer un frein à l'innovation, les paysan.ne.s entreprenant moins pour sauver leurs cultures si l'Etat est là pour assurer leurs arrières. La NZZ a rendu son lectorat attentif à l'influence qu'a potentiellement joué le réassureur Swiss-Re dans cette question: d'une part, l'actuel responsable de la section paiement direct au sein de l'OFAG y a travaillé, et d'autre part, l'étude présentée par ce même office à été rédigée par un autre ancien collaborateur du réassureur, qui s'est également spécialisé dans le secteur agricole.
Markus Ritter (pdc, SG), au nom de l'USP a, lui, salué cette mesure, rappelant que la sécheresse de 2018 a fortement touché les récoltes de fourrage. A l'époque déjà, le président de l'USP avait appelé à la création d'un tel soutien. La PA 22+ sera également composée d'un volet de lutte contre les changements climatiques, le Conseil fédéral ayant fixé un objectif de réduction des émissions de CO2 de 20 à 25% d'ici à 2030 en comparaison à 1990. L'Alliance climatique suisse a toutefois critiqué l'absence de mesures concrètes allant en ce sens.

Lange Zeit galt das Trinkwasser in der Schweiz als sicher und sauber. Man rühmte sich sogar, das beste Trinkwasser der Welt zu haben. Mit den Debatten um die beiden Volksinitiativen «Für sauberes Trinkwasser und gesunde Nahrung» und «Für eine Schweiz ohne synthetische Pestizide» sowie der medialen Berichterstattung über Abbauprodukte von Pflanzenschutzmitteln im Grundwasser bekam dieses Image jedoch Risse.
Als die EU im Frühling 2019 beschloss, den in Pflanzenschutzmitteln oft verwendeten Wirkstoff Chlorothalonil zu verbieten, nachdem er als möglicherweise krebserregend eingestuft worden war, zogen kurze Zeit später auch die Schweizer Behörden nach und kündigten ein Anwendungsverbot dieses Stoffes auf den 1. Januar 2020 an. Mit dieser neuen Einschätzung änderte sich auch automatisch der Grenzwert für diesen Stoff auf 0.1 Mikrogramm pro Liter. Nach dieser Verschärfung des Grenzwertes wurden in mehreren Gemeinden im Mittelland die Grenzwerte überschreitende Mengen von Chlorothalonil im Trinkwasser gefunden. Entsprechend wurden einzelne Trinkwasserfassungen vom Netz genommen.
Die Debatte richtig entfacht hatte schliesslich ein Bericht der Nationalen Grundwasserbeobachtung NAQUA, welchen das BAFU Mitte August 2019 publizierte. In diesem Bericht wurde die Entwicklung des Grundwasserzustands zwischen den Jahren 2007 und 2016 anhand von Messungen an 600 Stellen in der Schweiz aufgezeigt. Der Bericht zeigte, dass vor allem Nitrat und Rückstände von Pflanzenschutzmitteln die Grundwasserqualität beeinträchtigten. Als Hauptquelle für die grossflächige Belastung des Grundwassers mit diesen Stoffen bezeichnete das BAFU die intensive Landwirtschaft. Das BAFU forderte in der Folge, dass das Grundwasser konsequenter geschützt werden müsse, damit der Druck auf das Trinkwasser nicht weiter zunehme und die Verunreinigungen abnähmen. Konkret müssten die Stoffeinträge aus der Agrarwirtschaft sowie der Siedlungsentwässerung (Mikroverunreinigungen) und der Altlasten (v.a. Kohlenwasserstoffe) zwingend sinken, zumal sich die Effekte der Massnahmen erst nach einer gewissen Zeit zeigten.
Für die Medien war dieser Bericht Anlass für eine breite und kontroverse Berichterstattung. Zum einen war die Berichterstattung von einer gewissen Sorge um die Qualität und Sicherheit des Grund- und Trinkwassers geprägt und es wurde detailliert über einzelne Messungen in den Kantonen und in einzelnen Gemeinden berichtet. Zum anderen wurde auch über die Urheber der Stoffeinträge diskutiert, wobei insbesondere die Rolle der Landwirtschaft im Vergleich zu anderen Faktoren diskutiert wurde. Die politischen Auswirkungen der BAFU-Studie wurden ebenso erörtert. So wurde beispielsweise gemutmasst, ob das BAFU den Bericht absichtlich zu einem Zeitpunkt veröffentlicht habe, an welchem Nationalrat und Ständerat über mögliche Gegenvorschläge zu den beiden Trinkwasser/Pestizid-Initiativen diskutierten und ob das Bundesamt somit dem Anliegen der Initianten mehr Schub verleihen möchte. Die Weltwoche vertrat sogar den Standpunkt, dass bei genauerer Betrachtung der Zahlen eine Verbesserung der Messwerte festgestellt werden könne; der überwiegende Teil der Grundwasservorkommen sei in einem sehr guten Zustand. Zudem seien diejenigen Probleme, die vorhanden seien, nicht primär auf die Landwirtschaft zurückzuführen, sondern vielmehr auf das Bevölkerungswachstum und die dichte Besiedlung der Schweiz. Bauernverbandspräsident und Nationalrat Markus Ritter (cvp, SG) wehrte sich seinerseits in einen Interview mit der NZZ gegen den «politisch gefärbten Alarmismus» des BAFU und gegen die Vorwürfe an die Bauern. Letztere hielten sich bereits heute an die Gesetze und würden nur die erlaubte Menge an Pflanzenschutzmitteln ausbringen. Der Bauernverband brachte sogar eine Pressemitteilung zum BAFU-Bericht heraus und schob darin den schwarzen Peter den Kantonen und den Betreibenden der Wasserfassungen zu, welche die Grundwasserfassungen nicht bundesrechtskonform ausgeschieden hätten.
Landwirtschaftsminister Parmelin wiederum stellte kurz darauf das weitere Vorgehen bei der Agrarpolitik nach 2022 (AP22+) vor, welche ein ganzes Massnahmenpaket zum Trinkwasserschutz (z.B. Verbot von Pflanzenschutzmitteln mit erhöhten Umweltrisiken) vorsah. Zudem soll gemäss Bundesrat im Rahmen der AP22+ der Nitrat- und Phosphoreintrag beim Düngen und Güllen bis 2025 um 10 Prozent sinken, bis 2030 um 20 Prozent. Für Beat Jans (sp, BS) reichten die bundesrätlichen Vorschläge zur Verbesserung der Grund- und Trinkwasserqualität nicht. Er reichte in der Folge die parlamentarische Initiative 19.430 ein, welche verlangt, mittels Änderung des Gewässerschutzgesetzes den Einsatz von Pestiziden zu verbieten, falls diese die Wasserqualität stark beeinträchtigen.

Contrairement à la chambre basse, le Conseil des Etats a rejeté sans discussion la motion Knecht (udc, AG) «Halte aux projets de qualité du paysage». A la tribune, Guy Parmelin a expliqué que la mise en place d'un soutien à ces projets de qualité du paysage répondait à une demande formulée par les paysans et paysannes eux-mêmes. De plus, tout semble indiquer que cela n'interfère pas sur la production agricole, celle-ci étant même légèrement en hausse pour certaines cultures depuis l'introduction de ce programme. Le ministre de l'agriculture a toutefois précisé que ce dernier sera amélioré en tenant compte des critiques et recommandations formulées dans le cadre d'une évaluation publiée en 2017.

La motion Savary (ps, VD) passe également la rampe au Conseil national, la chambre du peuple acceptant par 164 voix contre 11 et une abstention cette proposition de modification de la Loi sur l'agriculture, permettant de garantir une recherche agronomique décentralisée. Le ministre nouvellement en charge de l'agriculture, Guy Parmelin, a, en vain, essayé de convaincre les député.e.s qu'il n'était plus nécessaire d'accepter cette motion, deux motions – 18.4087 et 18.4088 – émanant de la Commission des finances du Conseil national (CdF-CN) et traitant de la même thématique ayant été entre temps acceptées par les deux chambres.

Le Conseil national s'est emparé de la motion de la sénatrice Brigitte Häberli-Koller (pdc, TG) visant à transformer Agroscope en établissement autonome de droit public de la Confédération doté de la personnalité juridique. Par quatorze voix contre dix et une abstention, la Commission des finances (CdF-CN) a proposé à sa chambre de modifier la présente motion de sorte à demander au Conseil fédéral de faire une analyse des conséquences en termes de coûts et de prestations d'une modification du statut juridique du centre de recherche agricole telle que proposée par la sénatrice thurgovienne. De plus, la CdF-CN demande à ce que la structure et l'organisation en place depuis 2017 soit complétée par un nouveau conseil d'Agroscope qui inclue des praticien.ne.s agricoles (comprenant également des représentant.e.s de la protection de l'environnement et des animaux) et qui détienne un droit de recours sur les décisions stratégiques prises par l'institut de recherche. Ces propositions de la commission ont été formulées après que celle-ci a pris connaissance d'un rapport sur la question, mandaté auprès du DEFR.
Le ministre en charge du DEFR, Guy Parmelin, a tenu à préciser que le Conseil fédéral soutenait la motion ainsi modifiée, permettant d'élargir le conseil d'Agroscope et de poursuivre la réflexion sur le devenir du centre de recherche agricole.
Sans autre discussion, la motion ainsi retravaillée a été acceptée par le Conseil national.

La motion de la CdF-CN relative à la localisation des différents centres de recherche agricole a été tacitement acceptée par la chambre haute. Tant la CSEC-CE que le Conseil fédéral la soutenait, Guy Parmelin profitant de l'occasion pour étayer le nouveau plan des autorités. Agroscope devrait donc posséder un siège central à Posieux (Fribourg), ainsi que deux centres régionaux (à Changins dans le canton de Vaud ainsi qu'à Reckenholz dans le canton de Zurich) et plusieurs stations d'essai décentralisées.