Lange Zeit galt das Trinkwasser in der Schweiz als sicher und sauber. Man rühmte sich sogar, das beste Trinkwasser der Welt zu haben. Mit den Debatten um die beiden Volksinitiativen «Für sauberes Trinkwasser und gesunde Nahrung» und «Für eine Schweiz ohne synthetische Pestizide» sowie der medialen Berichterstattung über Abbauprodukte von Pflanzenschutzmitteln im Grundwasser bekam dieses Image jedoch Risse.
Als die EU im Frühling 2019 beschloss, den in Pflanzenschutzmitteln oft verwendeten Wirkstoff Chlorothalonil zu verbieten, nachdem er als möglicherweise krebserregend eingestuft worden war, zogen kurze Zeit später auch die Schweizer Behörden nach und kündigten ein Anwendungsverbot dieses Stoffes auf den 1. Januar 2020 an. Mit dieser neuen Einschätzung änderte sich auch automatisch der Grenzwert für diesen Stoff auf 0.1 Mikrogramm pro Liter. Nach dieser Verschärfung des Grenzwertes wurden in mehreren Gemeinden im Mittelland die Grenzwerte überschreitende Mengen von Chlorothalonil im Trinkwasser gefunden. Entsprechend wurden einzelne Trinkwasserfassungen vom Netz genommen.
Die Debatte richtig entfacht hatte schliesslich ein Bericht der Nationalen Grundwasserbeobachtung NAQUA, welchen das BAFU Mitte August 2019 publizierte. In diesem Bericht wurde die Entwicklung des Grundwasserzustands zwischen den Jahren 2007 und 2016 anhand von Messungen an 600 Stellen in der Schweiz aufgezeigt. Der Bericht zeigte, dass vor allem Nitrat und Rückstände von Pflanzenschutzmitteln die Grundwasserqualität beeinträchtigten. Als Hauptquelle für die grossflächige Belastung des Grundwassers mit diesen Stoffen bezeichnete das BAFU die intensive Landwirtschaft. Das BAFU forderte in der Folge, dass das Grundwasser konsequenter geschützt werden müsse, damit der Druck auf das Trinkwasser nicht weiter zunehme und die Verunreinigungen abnähmen. Konkret müssten die Stoffeinträge aus der Agrarwirtschaft sowie der Siedlungsentwässerung (Mikroverunreinigungen) und der Altlasten (v.a. Kohlenwasserstoffe) zwingend sinken, zumal sich die Effekte der Massnahmen erst nach einer gewissen Zeit zeigten.
Für die Medien war dieser Bericht Anlass für eine breite und kontroverse Berichterstattung. Zum einen war die Berichterstattung von einer gewissen Sorge um die Qualität und Sicherheit des Grund- und Trinkwassers geprägt und es wurde detailliert über einzelne Messungen in den Kantonen und in einzelnen Gemeinden berichtet. Zum anderen wurde auch über die Urheber der Stoffeinträge diskutiert, wobei insbesondere die Rolle der Landwirtschaft im Vergleich zu anderen Faktoren diskutiert wurde. Die politischen Auswirkungen der BAFU-Studie wurden ebenso erörtert. So wurde beispielsweise gemutmasst, ob das BAFU den Bericht absichtlich zu einem Zeitpunkt veröffentlicht habe, an welchem Nationalrat und Ständerat über mögliche Gegenvorschläge zu den beiden Trinkwasser/Pestizid-Initiativen diskutierten und ob das Bundesamt somit dem Anliegen der Initianten mehr Schub verleihen möchte. Die Weltwoche vertrat sogar den Standpunkt, dass bei genauerer Betrachtung der Zahlen eine Verbesserung der Messwerte festgestellt werden könne; der überwiegende Teil der Grundwasservorkommen sei in einem sehr guten Zustand. Zudem seien diejenigen Probleme, die vorhanden seien, nicht primär auf die Landwirtschaft zurückzuführen, sondern vielmehr auf das Bevölkerungswachstum und die dichte Besiedlung der Schweiz. Bauernverbandspräsident und Nationalrat Markus Ritter (cvp, SG) wehrte sich seinerseits in einen Interview mit der NZZ gegen den «politisch gefärbten Alarmismus» des BAFU und gegen die Vorwürfe an die Bauern. Letztere hielten sich bereits heute an die Gesetze und würden nur die erlaubte Menge an Pflanzenschutzmitteln ausbringen. Der Bauernverband brachte sogar eine Pressemitteilung zum BAFU-Bericht heraus und schob darin den schwarzen Peter den Kantonen und den Betreibenden der Wasserfassungen zu, welche die Grundwasserfassungen nicht bundesrechtskonform ausgeschieden hätten.
Landwirtschaftsminister Parmelin wiederum stellte kurz darauf das weitere Vorgehen bei der Agrarpolitik nach 2022 (AP22+) vor, welche ein ganzes Massnahmenpaket zum Trinkwasserschutz (z.B. Verbot von Pflanzenschutzmitteln mit erhöhten Umweltrisiken) vorsah. Zudem soll gemäss Bundesrat im Rahmen der AP22+ der Nitrat- und Phosphoreintrag beim Düngen und Güllen bis 2025 um 10 Prozent sinken, bis 2030 um 20 Prozent. Für Beat Jans (sp, BS) reichten die bundesrätlichen Vorschläge zur Verbesserung der Grund- und Trinkwasserqualität nicht. Er reichte in der Folge die parlamentarische Initiative 19.430 ein, welche verlangt, mittels Änderung des Gewässerschutzgesetzes den Einsatz von Pestiziden zu verbieten, falls diese die Wasserqualität stark beeinträchtigen.

Verschiedene Medien berichteten 2018 über das «Massaker» an Wanderfischen in den hiesigen Wasserturbinen. Im neuen, 2011 in Kraft getretenen Gewässerschutzgesetz ist vorgesehen, bis ins Jahr 2030 landesweit alle Anlagen zu sanieren und fischgerecht auszugestalten. Diese Sanierungen werden gebührenbasiert via Bund von den Stromverbraucherinnen und -verbrauchern finanziert. Das BAFU, der Schweizerische Fischereiverband sowie Umweltverbände bezweifeln aber mittlerweile, dass die CHF 1 Mrd. Gebühreneinnahmen reichen werden, um sämtliche Fischtreppen und Fischabstiege finanzieren zu können, und sehen die Fischbestände in Gefahr. Auswertungen des BAFU aus dem Jahr 2013 zufolge bestünden in der Schweiz rund 1000 Querbauten auf Gewässern, die eine freie Fischwanderung behinderten.

Avant même que l'UE ne décide de prolonger l'autorisation de vente du glyphosate pour 5 ans, le Conseil fédéral a fait savoir, dans sa réponse à la motion des Verts demandant un moratoire sur cette substance jusqu'en 2022, qu'il s'oppose pour l'heure à prendre une décision qu'il estime être trop radicale. Les premiers résultats de l'étude demandée par la CSEC-CN semblent, en effet, indiquer que l'exposition de la population suisse à cette substance est trop faible pour avoir un impact délétère sur la santé. Bien que 40% des produits alimentaires testés contiennent des résidus de l'herbicide, il faudrait manger, par exemple, 70 kilogrammes par jour de l'aliment le plus contaminé (des pâtes) pour souffrir d'effets secondaires. Cet argument est attaqué par les organisations de protection des consommateurs qui font remarquer que les effets dits "cocktails" (accumulation de plusieurs pesticides dans l'alimentation) pourraient eux être particulièrement nocifs pour la santé. Le Conseil fédéral indique également qu'un plan d'action pour réduire de 50 pourcents les risques liés aux pesticides a été mis sur pied. De plus, les autorités tiennent à rappeler que plusieurs organes européens, dont l'ECHA et l'EFSA ont conclu, à l'appui de méta-études, à la non-dangerosité du glyphosate. Le Conseil fédéral souligne finalement la difficulté, à l'heure actuelle, de se passer de ce produit.
Concernant cette dernière affirmation, les avis sont partagés, comme le révèlent les nombreux articles dédiés à cette question dans les médias. Ainsi en est-il du témoignage de deux paysans vaudois souhaitant se passer de glyphosate et qui doivent, pour cela, se tourner vers l'arrachage mécanique des plantes vues comme nuisibles ou la mise en place de techniques culturales risquées (telles que les cultures compagnes, consistant à concurrencer les mauvaises herbes ou la technique du faux semis qui impliquera, dans une première phase, de laisser pousser les mauvaises herbes après la première culture).
En parallèle à ces débats, le responsable du groupe de recherche «politique et économie agricole» de l'ETHZ, Robert Finger, estime que les effets négatifs qu'engendreraient une interdiction du glyphosate sont surestimés. Celui qui a simulé – à l'aide d'un modèle bio-économique – un tel scénario considère que les pertes salariales seraient de l'ordre de 0.5 à 1% pour les paysan.e.s utilisant cet herbicide. Le modèle semble également indiquer que les agricultrices et agriculteurs ne se tournent, pour la majorité, pas vers d'autres pesticides afin de remplacer le glyphosate. Le chercheur précise toutefois que des recherches plus complètes doivent être menées pour avoir une image plus globale des impacts (environnementaux, selon les cultures, les régions, etc.), comme le rapporte le Tages-Anzeiger.

Der Ton zwischen Pro Natura und den Bauern verschärfte sich im Sommer 2016, als die Naturschutzorganisation Ende Mai eine Plakatkampagne startete, in der sie die Landwirtschaft für die Pestizidbelastung in den Gewässern verantwortlich machte. Der Schweizer Bauernverband (SBV) fühlte sich von dieser Kampagne zu Unrecht angegriffen. Die Branche habe in den letzten Jahren grosse Anstrengungen unternommen, um die Verwendung von Pflanzenschutzmitteln zu optimieren, verteidigte sich der Verband in einer Medienmitteilung. Der konfrontative Kurs von Pro Natura sei unverständlich; das Gespräch zu suchen wäre zielführender. Pro Natura wiederum liess verlauten, dass ein zielführender Dialog mit den Bauern über den Einsatz von Pestiziden nicht möglich sei, da die Landwirte aus dem Einsatz von Pestiziden resultierende Probleme negieren würden. In die Hand spielte der Naturschutzorganisation ein kurz darauf vom BAFU veröffentlichter Bericht, der die Landwirtschaft als primäre Quelle von Mikroverunreinigungen durch diffuse Einträge identifizierte und Verunreinigungen durch den Einsatz von Pflanzenschutzmitteln für die Wasserlebewesen als am problematischsten erachtete. Den Zeitpunkt zur Lancierung ihrer Kampagne hatte Pro Natura nicht zufällig gewählt, sondern bewusst um den Termin gelegt, an dem der Aktionsplan zur Risikoreduktion und nachhaltigen Anwendung von Pflanzenschutzmitteln in die Vernehmlassung gelangte. Es gelte, den Druck aus der Öffentlichkeit aufrecht zu erhalten, bestätigte der Sprecher der Organisation. Ansonsten bestehe die Gefahr, dass Interessenvertreter aus Landwirtschaft und Chemieindustrie den Aktionsplan entschärfen würden.

Bereits Ende 2015 hatte Pro Natura die Bauern in einer Medienmitteilung angeklagt, sich nicht um die Umwelt zu scheren. Ferner habe sich der Bauernverband im Aufruf zur Demonstration gegen die vorgesehenen Budgetkürzungen vom November 2015 explizit gegen den Gewässerschutz ausgesprochen, lautete ein weiterer, zu jener Zeit von Pro Natura erhobener Vorwurf. Auch diese Anschuldigungen wies der Bauernverband damals zurück.

Im Jahr 2015 kam es zu Diskussionen über die Verwendung von gleich drei Pflanzenschutzmitteln. Neben sogenannten Neonikotinoiden, also Pflanzenspritzmitteln, welche auf Nikotin ähnlichen Wirkstoffen beruhen, und dem Insektengift Dimethoat wurde vor allem die Verwendung des Unkrautbekämpfungsmittels Glyphosat kritisch diskutiert.
Eine neue Publikation der Internationalen Agentur für Krebsforschung (IARC) der WHO kam zum Schluss, dass Glyphosat als „wahrscheinlich krebserregend für Menschen“ einzustufen sei. Das Mittel ist mit jährlich rund 300 Tonnen das in der Schweiz am häufigsten verwendete Herbizid. Indirekt wird die Verwendung von Glyphosat vom Bund subventioniert. Wenn zur schonenden Bodenbearbeitung aufs Pflügen verzichtet wird, dürfen Bauern und Bäuerinnen eine gewisse Menge Glyphosat zur Unkrautbekämpfung einsetzen und erhalten vom Bund dafür jährlich bis zu CHF 250 pro Hektar. Unter anderen kritisierten Vertreterinnen und Vertreter von Pro Natura und den Grünen dieses Vorgehen und forderten den Bund dazu auf, vorsorglich alle Glyphosat enthaltenden Pestizide zu verbieten. Auch die Detailhandelsunternehmen Migros und Coop reagierten auf den Bericht und nahmen nach Bekanntwerden der IARC-Ergebnisse alle glyphosathaltigen Produkte aus ihren Sortimenten.
Das in der Schweiz für die Einschätzung dieser Wirkstoffe zuständige BLV reagierte auf die Neueinstufung des IARC mit einem Positionspapier, in welchem es festhielt, dass es Glyphosat weiterhin für unbedenklich halte, da die Neueinstufung der IARC nicht auf neuen Daten beruhe, sondern lediglich eine Neuinterpretation der bisher schon bekannten Informationen sei. Allerdings sei der vollständige Bericht der IARC noch nicht veröffentlicht worden. Sobald die Monographie verfügbar sei, würden die ausführlichere Argumentation geprüft und wenn nötig geeignete Massnahmen eingeleitet werden. Auch der Präsident des Schweizer Bauernverbands, Markus Ritter (cvp, SG), äusserte sich gegenüber den Medien zum Thema. Bisher sei bezüglich der Schädlichkeit noch nichts erwiesen, trotzdem sei es wichtig, die Thematik ernst zu nehmen, so Ritter. Dass er auch argumentierte, dass in der Schweiz ohnehin wenig Pestizide verwendet würden, wurde von der Presse kritisch hinterfragt. Viele Zeitungsartikel verwiesen auf eine Studie vom Bundesamt für Landwirtschaft, welche 2013 zum Ergebnis gekommen war, dass die gekaufte Menge von Pestiziden pro Hektare landwirtschaftlicher Nutzfläche in der Schweiz höher liege als in Nachbarländern wie Deutschland, Frankreich oder Österreich.

In den Medien waren das Bienensterben und dessen mögliche Ursachen ebenfalls intensiv diskutierte Themen: Die grossen Schweizer Tageszeitungen begleiteten das Entstehen des Neonicotinoid-Verbots in der EU und der Schweiz mit Einschätzungen und Stellungnahmen sowohl von Seiten der betroffenen Konzerne als auch von Seiten der Imker- und Naturschutzverbände. Während Letztere die Verbote als Etappensiege auf dem Weg hin zu einem generell reduzierten Einsatz von Pflanzenschutzmitteln feierten (siehe hier), betonten Syngenta und Bayer vergeblich die Uneinigkeit unter Forschern zu den Wirkungen von Pestiziden auf das Bienensterben. Auch in der Gesellschaft breitete sich die Sorge um den Fortbestand der Bienen aus, wie ein Bericht des Tages-Anzeigers im Juni verdeutlichte: In der deutschen und rätoromanischen Schweiz besuchten 900 Personen Imkerkurse. Dies stelle gegenüber anderen Jahren beinahe eine Verdoppelung der Teilnehmenden dar. Prinzipiell sei dies zwar ein positiver Trend, da sich ein Grossteil der aktiven Imker bereits im Pensionsalter befände. Experten mahnten dennoch zur Vorsicht: Es sei nicht klar, wie nachhaltig dieses plötzliche Interesse an der Imkerei sei; man müsse damit rechnen, dass aufgrund des hohen Aufwands viele Privatpersonen nach kurzer Zeit wieder aufgeben würden. Ausserdem entstünden durch diesen Trend weitere Gefahren: Neue Imker meldeten ihre Völker selten bei den lokalen Bienenzüchtervereinen an, was es schwierig mache, im Falle eines Krankheitsausbruchs die Verbreitung zu unterbinden. Da die Mehrheit der Neueinsteigenden in städtischen Gebieten lebten, sei die Population von Bienen in diesen Gegenden ausserdem zu hoch, was wiederum die Anfälligkeit für Krankheiten begünstige. Zum prämierten Schweizer Dokumentarfilm „More Than Honey“ siehe hier.