Après avoir été rejetée par la première chambre, l'initiative pour les vaches à cornes est débattue au sein de la chambre basse. Le député Leo Müller (pdc, LU) présente la position de la commission de l'économie et des redevances (CER-CN). Il informe les parlementaires qu'après avoir auditionné les initiants, la commission s'est penchée sur deux propositions de contre-projets indirects – tous deux rejetés en commission – ainsi que sur une initiative parlementaire (18.400), acceptée, envoyée dans la commission sœur mais refusée par celle-ci amenant la CER-CN à abandonner cette voie. Une majorité de la commission demande donc aux députées et députés de recommander le rejet de cette initiative. Il y a, en effet, un risque moins grand d'accidents avec des vaches sans cornes et il est délicat de favoriser un mode d'élevage au détriment d'autres, comme argumenté par le rapporteur francophone et paysan de métier Pierre-André Page (udc, FR). Une minorité formée autour de la présidente des verts suisses, Regula Rytz (verts, BE), appelle, quant à elle, les élus et élues à recommander à la population d'accepter l'initiative pour la dignité des animaux de rente agricoles. La députée bernoise s'appuie sur l'argumentaire développé par les initiants, à savoir que la pratique de l'écornage va à l'encontre du bien-être animal et donc de la loi sur la protection des animaux. Les cornes sont, en effet, des organes irrigués par du sang et possédant des nerfs. Les enlever est douloureux et déforme l'apparence visuelle des bêtes à cornes (alors que la loi sur la protection des animaux n'autorise pas de modification en profondeur de l'aspect extérieur), en plus du fait que cet organe possède une fonction sociale.

Lors de la prise de position des différents partis, le PBD de Martin Landolt (pbd, GL) dit ne pas vouloir d'un tel texte dans la Constitution fédérale et incite le Conseil fédéral à agir par le biais d'une ordonnance. Les verts-libéraux sont, quant à eux, divisés sur cette initiative, reconnaissant, d'une part, que cela va à l'encontre du bien-être animal, mais redoutant que cela n'amène à des étables avec moins d'espace pour se déplacer – une solution n'allant pas dans le sens d'une amélioration de la qualité de vie des bêtes. De plus, les produits labellisés «vaches à cornes» profitant sur les marchés d'une plus-value commerciale, certains des membres des verts-libéraux ne voient pas la nécessité de favoriser financièrement ce mode d'élevage. Le PLR est lui plus mitigé et recommande de rejeter ce présent texte pour des raisons de sécurité, de bien-être animal (est-il mieux d'avoir des vaches sans cornes mais en stabulation libre ou des vaches avec cornes mais en stabulation entravée? se demande le député vaudois Olivier Feller (plr, VD)). Au contraire, le groupe socialiste propose d'accepter l'initiative, l'écornage allant à l'encontre de la dignité de ces animaux. Beat Jans (ps, BS) souligne également que c'est l'image de la Suisse à l'extérieur qui pourrait en profiter, faisant référence à cette démocratie dans laquelle on vote même sur le sort des vaches à cornes – un processus participant à cette image idyllique de la Suisse. Pour le groupe des Verts – qui soutient la minorité Rytz – ce n'est pas à l'animal de s'adapter au système de stabulation mais à celui-ci de s'adapter à l'animal. Il ne s'agit donc pas de supprimer les cornes de ces animaux, mais bien d'en tenir compte dans le cadre de leur détention. Pour Adèle Thorens Goumaz (verts, VD), il s'agit d'aller au-delà du pur rendement économique et de s'intéresser bien plus au bien-être des animaux, ceux-ci n'étant pas des marchandises. Pour le PDC, comme expliqué par le président de l'USP, Markus Ritter (pdc, SG), c'est au paysan et à la paysanne de se décider pour une forme d'élevage ou une autre, les deux formes ayant leur place en Suisse. De plus, il n'est pas nécessaire, pour le groupe démocrate-chrétien, d'inscrire un tel texte dans la Constitution fédérale, le groupe proposant plutôt d'en rediscuter dans le cadre de la proche réforme agricole. Pour l'UDC aussi, la liberté d'entreprise que représente le choix de laisser aux vaches leurs cornes ou non doit être garantie. Toni Brunner (udc, SG) fait toutefois part de sa sympathie pour cette initiative qu'il décrit comme étant le combat de David contre Goliath; la population étant certainement du côté de David, à savoir Armin Capaul le lanceur de cette vaste entreprise. Ce constat est également partagé par son collègue de parti, le zurichois Hans Egloff (udc, ZH) qui est convaincu que le corps électoral acceptera cette initiative. Celui-ci dit se réjouir de la publicité faite à l'international pour la démocratie suisse.
Johann Schneider-Ammann, avec un soupçon d'ironie, se réjouirait également d'une grande réaction internationale, afin que son record sur Twitter soit enfin battu (pour rappel, le discours prononcé en français par le ministre bernois et diffusé sur internet à l'occasion de la journée des malades en mars 2016 avait fait le tour du monde). Malgré tout, le Conseil fédéral recommande de rejeter l'initiative, la demande des initiants pouvant être mise en place par le biais d'une ordonnance ou d'une loi. De plus, le bien-être animal ne semble pas être plus élevé en cas de renoncement à l'écornage.
Pour clore le débat, le rapporteur de langue allemande de la commission en charge, Leo Müller, rappelle que la seule étude sérieuse sur les effets de l'écornage est actuellement en cours et délivrera peut-être ses résultats avant la votation.
Lors du passage en vote, la proposition de la minorité Rytz est balayée par 107 voix contre 43 et 33 abstentions.

Lors de la session spéciale d’avril, le Conseil national s’est saisi du projet de loi fédérale sur la protection des eaux élaboré par la commission de l’environnement du Conseil des Etats (CEATE-CE) au titre de contre-projet indirect à l’initiative populaire « Eaux vivantes (Initiative pour la renaturation) ». En dépit de l’opposition unanime de l’UDC et d’une majorité de députés libéraux-radicaux, jugeant le projet trop coûteux et dangereux pour l’utilisation de la force hydraulique, le plénum a suivi la majorité de la CEATE-CN et approuvé, par 94 voix contre 60, l’entrée en matière.
Lors de la discussion par article, le débat a essentiellement porté sur la conciliation des objectifs environnementaux et des intérêts économiques et énergétiques. Une minorité Killer (udc, AG) de la commission a proposé de réduire drastiquement les débits minimaux exigés de sorte à laisser une marge de manœuvre maximale aux producteurs d’énergie hydroélectrique. Le plénum a suivi, par 97 voix contre 73, la majorité de sa CEATE, laquelle jugeait que cet amendement viderait de sa substance le projet de loi. Le débat s’est ensuite concentré sur les dérogations possibles en faveur de l’utilisation de la force hydraulique. Afin de garantir un potentiel de croissance de 200 gigawattheures, le Conseil des Etats avait décidé d’assouplir les conditions de dérogation en autorisant des débits minimaux inférieurs pour les tronçons en aval d’installations hydroélectriques situées à une altitude supérieure à 1500 mètres (contre 1700 actuellement). Si la majorité de la CEATE-CN a suivi les sénateurs, une minorité Girod (pe, ZH) a proposé d’introduire une condition supplémentaire en restreignant l’octroi de dérogations aux tronçons présentant un faible potentiel écologique, touristique ou paysager. Le plénum a rejeté cette proposition, par 113 voix contre 57, la jugeant excessive. Il a toutefois privilégié, par 128 voix contre 42, une solution de compromis Landolt (pbd, GL) selon laquelle une dérogation est possible à la triple condition que le point de prélèvement soit situé à une altitude supérieure à 1500 mètres, que le cours d’eau soit non piscicole et que son débit résiduel minimal soit inférieur à 50 litres par seconde. Concernant l’espace réservé aux eaux, le plénum a suivi, par 105 voix contre 59, la majorité de la CEATE-CN en adoptant le principe d’une exploitation agricole extensive (sans engrais, ni produits phytosanitaires) contre une minorité Teuscher (pe, BE) préconisant un mode plus proche des conditions naturelles. Mais contrairement au Conseil des Etats, la chambre basse a estimé que les terres concernées ne pouvant plus être exploitées intensivement, elles ne sauraient être considérées comme des surfaces d’assolement. Les députés ont en outre introduit dans le projet de loi le principe d’une compensation complète de la perte corrélative de terres exploitables intensivement par les agriculteurs en fonction des quotas cantonaux de surfaces d’assolement édictés par la Confédération. Contrairement aux sénateurs, la majorité de la CEATE-CN a proposé de rendre facultative la planification par les cantons des mesures de revitalisation. Le plénum a toutefois décidé, par 94 contre 75, de suivre une minorité Bäumle (pev, ZH) et d’obliger les cantons à établir une telle planification. Par 89 voix contre 79, les députés ont suivi une minorité Bourgeois (plr, FR) et refusé le régime d’expropriation particulier élaboré par la CEATE-CE qui supprime l’obligation d’autorisation (permis de construire, etc.), afin de faciliter les opérations de revitalisation des cours d’eaux, de protection contre les crues et de construction de bassins de compensation pour les débits irréguliers. La majorité a en effet estimé que le droit foncier rural en vigueur garantit déjà la primauté de l’intérêt public. Au vote sur l’ensemble, la chambre basse a approuvé le projet de loi sur la protection des eaux par 104 voix contre 68, malgré l’opposition unanime de l’UDC et d’une majorité de libéraux-radicaux. La quasi totalité du groupe UDC et huit députés PLR ont rejeté le projet.
Lors de l’examen des divergences, le Conseil des Etats a repris les conditions édictées par la chambre basse pour l’octroi de dérogations aux débits résiduels minimaux en les reformulant légèrement. Concernant les terres réservées aux mesures de renaturation, la chambre haute a refusé la requalification voulue par les députés. Enfin, les sénateurs ont maintenu tacitement le régime particulier d’expropriation. Lors de la session d’hiver, les députés ont campé sur leur position au sujet des conséquences de la création d’espaces réservés aux eaux sur la production agricole et du principe d’une compensation complète des surfaces d’assolement. En revanche, ils ont approuvé, par 102 voix contre 82, l’institution du régime d’expropriation voulu par le Conseil des Etats, tandis que ce dernier s’est rallié tacitement au Conseil national sur l’autre point de désaccord majeur ainsi que sur trois divergences mineures. En votation finale, les sénateurs et les députés ont adopté le projet de loi, respectivement à l’unanimité et par 126 voix contre 63.