Mis en consultation au début de l'année, le projet de modification de la loi fédérale sur la protection des eaux (LEaux) - qui couvre également l'incinération des déchets - a été transmis aux Chambres dans le courant du mois de septembre. Dictée principalement en raison des difficultés financières auxquelles sont confrontés les pouvoirs publics et la Confédération en particulier, la principale innovation de cette révision réside dans l'introduction du principe du pollueur-payeur comme moyen de financement de l'évacuation des eaux usées et de l'élimination des déchets ménagers en lieu et place des impôts cantonaux et du système des subventions fédérales jusqu'alors en vigueur. Ainsi, des taxes conformes au principe de causalité devraient assurer à l'avenir la couverture des dépenses de construction, d'exploitation et de remplacement des installations d'évacuation et d'épuration des eaux ainsi que des usines d'incinération de déchets. Aux termes de la réglementation proposée, la Confédération n'introduira pas elle-même les émoluments nécessaires, mais chargera les communes, via les cantons, de le faire en tenant compte notamment du type et de la quantité d'eaux usées et de déchets produits dans la fixation des montants. Si ce nouvel instrument incitatif devrait permettre à la Confédération d'économiser quelque CHF 100 millions par année à partir de 2010, les particuliers verront quant à eux augmenter leurs charges dans les domaines de l'épuration des eaux et du traitement des déchets ménagers, ce qui n'a pas manqué de susciter certaines réserves parmi les milieux de défense des consommateurs. Quant à la deuxième grande modification apportée par le projet du Conseil fédéral, elle vise pour sa part à instaurer une planification globale de l'évacuation des eaux par région.
Bien que le projet des autorités ait trouvé un écho globalement favorable auprès des milieux ayant pris part à la procédure de consultation, plusieurs critiques ont néanmoins été formulées parallèlement à celles des associations de protection des consommateurs. Ainsi, l'UDC s'est déclarée en faveur d'impulsions permettant éventuellement de privatiser les installations d'élimination des déchets et d'épuration des eaux. Le PDC - qui redoutait que l'introduction du principe du pollueur-payeur ne procède que d'une logique d'assainissement des finances fédérales - s'est prononcé pour un allégement fiscal dans d'autres domaines, tel que celui de l'impôt fédéral direct. Quant aux cantons à faibles capacités financières, ils ont craint que la suppression uniforme des subventions proposée dans le cadre de la nouvelle réglementation ne soit pas supportable pour eux. Lors de l'examen de cet objet par le Conseil des Etats, les députés ont voté à l'unanimité en faveur des dispositions proposées par le gouvernement. Ils ont parallèlement approuvé une proposition Respini (pdc, TI) autorisant le Conseil fédéral à proroger du 1er novembre 1997 au 31 octobre 1999 au plus tard le délai d'octroi des indemnités allouées aux cantons pour la mise en place des infrastructures servant au traitement des déchets ménagers. Seules les régions ne possédant pas encore la capacité d'incinération suffisante pourront, si les circonstances l'exigent, bénéficier de cette clause.

Modification de la loi fédérale sur la protection des eaux