Stillschweigend bereinigte der Ständerat noch in der Herbstsession 2021 die verbliebenen zwei Differenzen zum Nationalrat im Rahmen der parlamentarischen Initiative Girod (gp, ZH) zur Förderung der Stromproduktion aus erneuerbaren Energien. Kommissionssprecher Martin Schmid (fdp, GR) erklärte zuvor die Lage im Ständerat folgendermassen: «Zwei Differenzen sind übrig geblieben. Es geht dort erstens darum, ob die Investitionsbeiträge bei Wasserkraftwerken mit der gleichzeitigen Sanierung gemäss Gewässerschutzgesetz und der Einhaltung des Bundesgesetzes über die Fischerei kombiniert werden sollen. Die zweite Differenz betrifft die Frage, ob eine besondere Förderung der Winterstromproduktion eingefügt werden soll.» Die Kommission beantragte dem Ständerat schliesslich, dem Nationalrat in diesen zwei Punkten zu folgen – dies im Wissen, dass die beiden Anliegen bald in anderen Vorlagen (Revision des Gewässerschutzgesetzes und dem Mantelerlass zur Revision des EnG und des StromVG) wieder auf die Traktandenliste kommen werden. Auch Bundesrätin Simonetta Sommaruga versprach, dass das Thema Gewässerschutz bei Sanierungen von Wasserkraftanlagen «noch nicht vom Tisch» sei und insbesondere die Förderung der Stromproduktion in den Wintermonaten im genannten Mantelerlass des Bundesrates enthalten sei.

In den Schlussabstimmungen nahmen beide Kammern die Anpassungen des EnG, des StromVG und des WRG deutlich an: Der Ständerat stimmte der Vorlage einstimmig zu und im Nationalrat fiel das Resultat mit 190 Stimmen zu 5 Gegenstimmen bei 1 Enthaltung ebenfalls sehr deutlich aus.

Eine Woche nachdem der Ständerat in der Herbstsession 2021 neun Differenzen zum nationalrätlichen Entwurf bei der parlamentarischen Initiative Girod (gp, ZH) zur Förderung der Stromproduktion aus erneuerbaren Energien beschlossen hatte, befasste sich der Nationalrat erneut mit dem umfangreichen Dossier. Schliesslich nahm er sieben Änderungen des Ständerats an und strich die zwei übrigen Anpassungen wieder aus dem Entwurf.

In den folgenden zwei Punkten hielt der Nationalrat die Differenzen zum Ständerat aufrecht:
Erstens wollte eine Kommissionsmehrheit die vom Ständerat eingeführte Bestimmung für die Einhaltung des Gewässerschutzes streichen. Eine Minderheit Munz (sp, SH) sprach sich anfänglich dafür aus, an der Version des Ständerats festzuhalten, zog ihr Anliegen dann aber zugunsten eines Einzelantrages Munz zurück. Dieser orientierte sich zwar auch grundsätzlich an der Version des Ständerats und wollte den Gewässerschutzinteressen mehr Gewicht verleihen, jedoch nur für kleinere Anlagen mit einer Leistung bis zu 1 MW. Munz erklärte im Rat, die Formulierung des Ständerats sei nicht präzise genug gewesen; es sei nie die Absicht von Antragsteller Roberto Zanetti (sp, SO) gewesen, die Regelung auf Grosswasserkraftwerke anzuwenden. Dennoch folgte die grosse Kammer mit 119 zu 69 Stimmen bei 3 Enthaltungen der Kommissionsmehrheit und strich den Artikel wieder aus dem Gesetz.
Ebenfalls streichen wollte die Mehrheit der Kommission zweitens die besonderen Förderungsmassnahmen für die Wintermonate, die der Ständerat in die Vorlage aufgenommen hatte. Eine Minderheit Egger (gp, TG) schlug stattdessen eine Anpassung der ständerätlichen Version vor: Bei Wind-, Geothermie- und Fotovolatikanlagen soll die kritische Produktionsuntergrenze von 40 auf 35 Prozent gesenkt, bei den Wasserkraftanlagen hingegen von 25 auf 35 Prozent erhöht werden. Erfüllten die Anlagen die Bedingungen, d.h. produzierten sie 35 Prozent ihrer jährlichen Stromproduktion in den Wintermonaten, sollen sie künftig von maximal 20 Prozent zusätzlichen finanziellen Investitionsbeiträgen profitieren können. Minderheitssprecher Kurt Egger argumentierte, dass damit ein wichtiger Beitrag gegen die Winterstromknappheit geschaffen werden könne. Die unterschiedlichen Prozentsätze, wie der Ständerat sie verlangt hatte, seien jedoch nicht gerechtfertigt, weshalb alle Technologien einen Winterstromanteil von 35 Prozent aufweisen sollen. Auch bei dieser Abstimmung erteilte die Ratsmehrheit dem Minderheitsanliegen – und damit dem Ansinnen des Ständerats – mit 109 zu 82 Stimmen eine Abfuhr und schuf damit eine zweite Differenz zur Schwesterkammer.

In den übrigen offenen Punkten folgte die grosse Kammer hingegen dem Ständerat und bereinigte damit die entsprechenden Differenzen:
So beantragte eine Mehrheit der UREK-NR, dass – wie vom Ständerat vorgesehen – Investitionsbeiträge im Rahmen von Auktionen nur an neue Fotovoltaikanlagen ab einer Leistung von 150 kW vergeben werden können, wenn diese die ganze Energie einspeisen. Eine Minderheit Jauslin (fdp, AG) wollte hingegen – wie ursprünglich auch die Kommissionsmehrheit – auch separate Auktionen für Anlagen durchführen, die einen Eigenverbrauch aufweisen und somit nicht die gesamte Energie einspeisen. Zudem schlug er vor, die entsprechenden Investitionsbeiträge nicht zu deckeln. Mit der Regelung könnte dem Bundesrat die nötige Freiheit gegeben werden, Versuche mit Auktionen durchzuführen und Erfahrungen zu sammeln, erklärte Jauslin im Rat. Die grosse Kammer schloss sich in dieser dritten Frage jedoch mit 110 zu 79 Stimmen dem Ständerat an.
Als vierter Punkt befasste sich der Nationalrat mit der vom Ständerat ins Feld geführten Verlängerung des maximalen Wasserzinses von CHF 110 bis Ende 2030. Die Mehrheit der Kommission beantragte der grossen Kammer, die Verlängerung zu streichen und das bestehende Wasserzinsmaximum gemäss bestehendem Gesetz bis Ende 2024 zu befristen. Der Bundesrat solle in einer separaten Vorlage eine Neufestlegung vorschlagen, wie dies gesetzlich vorgesehen sei. Eine Minderheit Bulliard-Marbach (mitte, FR) präferierte hingegen die ständerätliche Version. Die Freiburgerin argumentierte, dass mit der Verlängerung Planungssicherheit geschaffen werden könne und ein zeitlicher Gleichstand mit den Fördermassnahmen wünschenswert sei. Zudem stelle der Wasserzins für die Bergkantone eine wichtige Einnahmequelle dar: «Damit sorgen wir für eine kohärente Energiepolitik auf der Grundlage der heutigen Kenntnisse und vermeiden Streitereien zwischen Stadt und Land.» Der Nationalrat entschied mit 154 zu 34 Stimmen bei 1 Enthaltung, der Minderheit und somit auch dem Ständerat zu folgen und das Wasserzinsmaximum bis Ende 2030 zu verlängern.
Als fünfter und letzter Punkt beantragte eine Minderheit Egger (svp, SG), die Bestimmungen zur Durchführung von Pilotprojekten zur Entwicklung von innovativen Technologien, Geschäftsmodellen oder Produkten im Energiesektor aus dem Entwurf zu streichen. Der St. Galler Minderheitsvertreter verwies im Rat auf die Grundidee dieser parlamentarischen Initiative, eine Übergangslösung bei der Förderung von erneuerbaren Energien zu schaffen. Die zusätzlichen Punkte, die in die Vorlage aufgenommen worden seien, gingen aber über dieses Ziel hinaus und sollten stattdessen im Mantelerlass diskutiert werden. Der Nationalrat folgte hingegen seiner Kommissionsmehrheit und gab den Pilotprojekten mit 125 zu 64 Stimmen bei 2 Enthaltungen grünes Licht.
In den übrigen vier Streitpunkten – bei der Leistungsförderuntergrenze bei der Wasserkraft von 1 MW, bei der Regelung von nicht verwendeten Mitteln bei der Grosswasserkraft, bei der Sechs-Monate-Frist sowie bei der Befristung der Verrechnung von Preisvorteilen – folgte der Nationalrat dem Ständerat stillschweigend und räumte damit diese Differenzen aus.

In der Herbstsession 2021 befasste sich der Ständerat als Zweitrat mit dem Entwurf zur parlamentarischen Initiative Girod (gp, ZH) betreffend die Förderung der Stromproduktion aus erneuerbaren Energien. Wie zuvor bereits im Nationalrat war die Debatte mit 59 Stellungnahmen und 16 Abstimmungen auch im Ständerat sehr umfangreich. Die Kantonskammer stellte dabei neun Differenzen zum Nationalrat auf:

Erstens wollte der Ständerat Auktionen für Investitionsbeiträge bei grossen Fotovoltaikanlagen ohne Eigenverbrauch erst ab einer Leistung von 150 KW gestatten. Der Nationalrat hatte hier zuvor eine Mindestleistung von 100 KW vorschreiben wollen. Zudem strich die Ständekammer eine spezielle Regelung, wonach auch grosse Anlagen mit Eigenverbrauch separate Auktionen erhalten sollen. Eine entsprechende Unterscheidung hatte die UREK-NR zuvor beim Nationalrat erfolgreich ins Feld geführt. Wie der ständerätliche Kommissionssprecher Martin Schmid (fdp, GR) erläuterte, solle mit der Änderung vor allem Rechtssicherheit für kleinere Anlagen geschaffen werden, sodass diese bei der Planung auf die klassische Förderung zählen können und insgesamt mehr Anlagen gebaut werden. Energieministerin Simonetta Sommaruga erklärte im Rat, der Bundesrat könne «mit dieser Einschränkung leben», da es vor allem darum gehe, grössere Anlagen ohne Eigenverbrauch mit Auktionen zu fördern.

Zweitens sah der Ständerat die Möglichkeit vor, Stromproduktionsanlagen, welche insbesondere der Winterstromknappheit entgegenwirken, mit maximal 20 Prozent zusätzlichen Beiträgen zu fördern. So sollen Fotovoltaik-, Windenergie- und Geothermieanlagen, welche mindestens 40 Prozent ihrer Stromproduktion zwischen Herbst und Frühling erbringen, zusätzlich unterstützt werden. Sie könnten damit einen wichtigen Beitrag zur Versorgungssicherheit beitragen, strich beispielsweise Hansjörg Knecht (svp, AG) hervor. Wasserkraftanlagen, welche mindestens einen Viertel ihrer Jahresproduktion im Winterhalbjahr leisten, sollen ebenfalls von bis zu 20 Prozent zusätzlichen Beiträgen profitieren können. Neue Anlagen müssen dafür jedoch eine Leistung von mindestens 10 MW aufweisen. Bestehende Anlagen müssen zwei Voraussetzungen erfüllen: Sie müssen durch Erweiterungen oder Erneuerungen mindestens 300 kW ins Netz einspeisen können und die zugebaute Produktionsmenge muss mindestens 25 Prozent ihrer jährlichen Leistung im Winterhalbjahr beisteuern. Energieministerin Simonetta Sommaruga begrüsste die Flexibilität der Kann-Formulierung und rechnete vor, dass dadurch speziell bei Geothermie- und Windenergieanlagen, die einen grossen Winterstromanteil aufweisen, ein Investitionsbetrag von total 80 Prozent möglich würde. «Im Parlament sagt man dann plötzlich: 80 Prozent Investitionsbeitrag, nein, das ist jetzt wirklich zu viel. Ich sage dies einfach, damit Sie es einmal gehört haben.»

Nicht aufgenommen hat der Ständerat eine Forderung seiner knappen Kommissionsmehrheit (6 zu 5 Stimmen), wonach neue Wasserkraftanlagen erst ab einer Leistungsuntergrenze von 3 MW anstatt wie im Entwurf vorgesehen bereits ab 1 MW Leistung gefördert werden sollen. Wie Kommissionsprecher Martin Schmid erläuterte, gehe es bei dieser Bestimmung um das Spannungsverhältnis zwischen Nutzungsinteressen und dem Schutz der Gewässerökosysteme. Eine Abwägung dieser Interessen habe für die Kommissionsmehrheit dazu geführt, das Pendel bei kleineren Anlagen zugunsten des Gewässerschutzes ausschlagen zu lassen. Die Frage, ab welcher Leistungsmenge es in Anbetracht des ökologischen Eingriffs angemessen ist, Anlagen zu fördern, war bereits in der Kommission sowie zuvor im Nationalrat sehr umstritten gewesen. Nun diskutierte auch der Ständerat lange über diese Bestimmung. Wie Roberto Zanetti (sp, SO) mahnte, gehe es hier auch um einen effizienten Einsatz der finanziellen Mittel, da ein eingesetzter Franken an Fördergeld bei grossen Anlagen zu mehr Elektrizität führe, was insbesondere auch im Hinblick auf die Stromknappheit sehr relevant werde. Die Untergrenze sei deshalb besser bei 3 MW Leistung anzusetzen. Der Ständerat folgte schliesslich jedoch einer vom Bundesrat unterstützten Minderheit Fässler (mitte, AI), die bei der vom Nationalrat eingeführten Untergrenze von 1 MW Leistung bleiben wollte. Wie der Innerrhoder Ständerat mahnte, dürfe das Parlament die Wasserkraftbetreiber, die derzeit vom Fördersystem profitieren, nicht einfach im Regen stehen lassen, wenn sie weniger als 3 MW Leistung erbringen. Aus energiepolitischen Gründen sei es nicht wünschenswert, Anlagen mit 1 MW Leistung nicht mehr zu fördern, da die Wasserkraft das Rückgrat der Schweizer Stromversorgung darstelle: «Es wäre unverständlich, wenn wir bei der Wasserkraft auf ein bedeutendes Potenzial leichtfertig verzichten würden.» Der Ständerat stellte damit eine dritte Differenz zum Nationalrat auf.

Gewissermassen als Kompensation dazu setzte die kleine Kammer ein Zeichen für den Gewässerschutz, indem sie als vierte Differenz die Bedingung aufnahm, dass Investitionsbeiträge nur bei Wasserkraftzubauten gesprochen werden, die den Anforderungen des modernen Gewässer- und des Fischereischutzes entsprechen. Die Anlagen müssen bei Erhalt der Vergütungen entweder diese Umweltbedingungen bereits erfüllen oder dank der Investition erreichen. Ein Einzelantrag Engler (mitte, GR) wollte zudem, dass die zusätzlichen Kosten für die Erfüllung der Gewässerschutzvorschriften den Wasserkraftbetreibern erstattet werden. Auf Druck der anderen Ratsmitglieder zog der Bündner dieses Anliegen jedoch zurück, damit dieses im Rahmen eines separaten Geschäfts beraten werden kann.

Als fünfte Differenz verlängerte der Ständerat das bestehende Wasserzinsmaximum von CHF 110 pro Kilowatt Bruttoleistung, welches Ende 2024 auslaufen würde, bis Ende 2030. Der Bundesrat soll gemäss Gesetz dem Parlament rechtzeitig eine Folgelösung für die Zeit ab Januar 2031 unterbreiten. Gemäss Martin Schmid könne damit Rechts- und Planungssicherheit geschaffen werden. Minderheitsvertreter Damian Müller (fdp, LU) hatte vergeblich versucht, den Rat davon zu überzeugen, auf eine solche einschneidende und sachfremde Bestimmung zu verzichten und den Wasserzins stattdessen in einer separaten Vorlage vertieft zu diskutieren. Auch Bundesrätin Sommaruga sprach sich gegen diese Bestimmung aus und erklärte, der Bundesrat sei daran, mit den Kantonen eine Nachfolgelösung für das Wasserzinsmaximum zu suchen. Die Mehrheit des Ständerats liess sich davon jedoch nicht überzeugen und nahm die Bestimmung mit 27 zu 14 Stimmen bei 2 Enthaltungen in die Vorlage auf.

Zusätzlich wollte die Kantonskammer als sechste Differenz eine weitere Bestimmung bei der Wasserkraft streichen: Der Nationalrat hatte eine Regelung einführen wollen, wonach nicht verwendete Investitionsbeiträge bei grossen Wasserkraftanlagen für andere Fördersysteme verwendet werden sollen. Kommissionssprecher Martin Schmid verwies jedoch auf Erläuterungen aus der Verwaltung, wonach diese Praxis bereits heute angewandt werde. Der Artikel würde es schwieriger machen, finanzielle Mittel für grosse Projekte bereitzustellen, da die Ausgaben nicht in jedem Jahr gleich hoch ausfallen würden. Eine kurzfristige Akkumulation von Fördermitteln sei notwendig, um die Schwankungen ausgleichen zu können. Dieser Artikel würde hingegen verlangen, dass nicht verwendete Mittel Ende Jahr umverteilt würden. Der Streichung dieses Artikels stimmte die kleine Kammer stillschweigend zu.

Weiter fügte die Kantonskammer eine Bestimmung für die Finanzierung von Pilotprojekten ein, welche eins zu eins aus dem bundesrätlichen Entwurf zur Änderung des Energiegesetzes übernommen worden war, was die Energieministerin sehr freute. Ebenfalls neu schrieb der Ständerat im Gesetz fest, dass das BAFU Gesuche für Investitionsbeiträge an Sanierungsarbeiten von Wasserkraftanlagen in der Regel innert sechs Monaten behandeln muss. Der Entwurf des Nationalrates hatte hierzu keine Frist vorgesehen. Bundesrätin Simonetta Sommaruga zeigte zwar Verständnis für das Anliegen, wandte allerdings ein, dass es bei Sanierungsarbeiten von Wasserkraftanlagen eines Einvernehmens zwischen dem BAFU und dem betroffenen Kanton bedürfe, was nebst der Prüfung der Gesuchsunterlagen viel Zeit in Anspruch nehmen könne. Deshalb stehe es nicht immer in der Macht des BAFU, diese Frist einzuhalten. Der Ständerat hiess den entsprechenden Einzelantrag Engler nichtsdestotrotz einstimmig gut. Eine letzte Differenz schuf die kleine Kammer bei der Verrechnung von Preisvorteilen für gebundene Endkunden. Hier wollte sie – im Gegensatz zu ihrer Schwesterkammer – beim bestehenden Gesetz bleiben und diese Praxis auf 2030 befristen, was auch Bundesrätin Sommaruga begrüsste.

In der Gesamtabstimmung gab die Ständekammer der Vorlage mit 39 Stimmen bei 4 Enthaltungen (Philippe Bauer (fdp, NE), Andrea Caroni (fdp, AR), Damian Müller und Ruedi Noser (fdp, ZH)) eindeutig grünes Licht und spielte die überarbeitete Version dem Nationalrat zu.

In der Frühjahressession 2021 behandelte der Ständerat die parlamentarische Initiative Jans (sp, BS) betreffend den Schutz der Gewässer vor Pestiziden. Kommissionssprecher Noser (fdp, ZH) erläuterte, dass die Mehrheit der UREK-SR der Ansicht sei, dass die Forderung der vorliegenden Initiative – ein Verbot bestimmter Pestizide in Fällen, in denen entsprechende Grenzwerte überschritten wurden – durch die Beschlüsse der parlamentarischen Initiative 19.475 der WAK-SR bereits erfüllt sei. So sei etwa geregelt worden, welche Grenzwerte für das Flächenwasser und das Grundwasser gelten sollen. Ratskollege Zanetti (sp, SO) sah dies jedoch anders; für ihn war die Initiative Jans noch nicht erfüllt. Mit der parlamentarischen Initiative der WAK-SR sei nämlich beispielsweise der Schutz der Zuströmbereiche von Trinkwasserfassungen nach wie vor unzureichend geregelt. Die Worte Zanettis vermochten jedoch nur eine Minderheit des Ständerates zu überzeugen; mit 27 zu 15 Stimmen lehnte die kleine Kammer es ab, der parlamentarischen Initiative Jans Folge zu geben. Diese ist damit endgültig vom Tisch.

Die UREK-SR befasste sich im Februar 2021 wieder einmal mit dem Dauerbrenner Pestizideinsatz/Trinkwasserschutz. Sie beantragte, der parlamentarischen Initiative Jans (sp, BS) «Konsequenter Schutz des Grund-, Trink-, Fluss- und Seewassers vor nachweislich schädlichen Pestiziden» keine Folge zu geben. Die Kommission anerkenne den Handlungsbedarf, wolle das Anliegen aber über den Weg der parlamentarischen Initiative «Das Risiko beim Einsatz von Pestiziden reduzieren» der WAK-SR weiterverfolgen. Diese Option sei vorzuziehen, da dieses Geschäft schon weiter fortgeschritten sei.

Die UREK-SR entschied im Oktober 2020, die Behandlung der parlamentarischen Initiative Jans (sp, BS) zu einem Pestizidverbot zu sistieren, bis im Rahmen der thematisch verwandten parlamentarischen Initiative 19.475 der WAK-SR etwaige Beschlüsse gefällt würden.

Die Kontroverse um die Revision des WRG im Rahmen der parlamentarischen Initiative Rösti (svp, BE), die die Schlussabstimmung im Nationalrat Ende 2019 nur mit dem Stichentscheid von Nationalratspräsidentin Isabelle Moret (fdp, VD) passiert hatte, liess eine knappe Mehrheit von 13 zu 12 Mitgliedern der UREK-NR nicht in Ruhe, weshalb sie im Mai 2020 eine eigene parlamentarische Initiative zwecks Ergänzung der neu beschlossenen Bestimmungen Rösti einreichte. Sie fordert, dass die zuständigen Behörden künftig bei Konzessionserneuerungen von Wasserkraftanlagen Massnahmen für die ökologische Aufwertung verfügen können. Damit sollen die durch den Bestand und Betrieb der Wasserkraftwerke beeinflussten natürlichen Lebensräume nach Ermessen der Behörden aufgewertet werden. Den Kantonen soll damit die Möglichkeit eingeräumt werden, unbefriedigende Zustände der Gewässer zu korrigieren. Die breit anerkannte Änderung aus der parlamentarischen Initiative Rösti betreffend die Festlegung des Umwelt-Referenzzustands auf den Ist-Zustand beim Antrag auf eine Konzessionserneuerung soll hingegen nicht angetastet werden. Eine Minderheit der Kommission monierte, dass es nicht angehe, ein Gesetz vor Inkrafttreten bereits wieder anzupassen. Eine ähnlich lautende Bestimmung sei zudem bereits im genannten Geschäft Rösti abgelehnt worden.
Nicht einverstanden mit dem knappen Entscheid der Schwesterkommission zeigte sich im August 2020 eine Mehrheit der UREK-SR. Die ständerätliche Kommission beschloss mit 9 zu 4 Stimmen, der Initiative keine Folge zu geben. Die geltenden Auflagen zum Schutz der Gewässer und Fischbestände seien bereits hoch und weitere Vorschriften würden sich negativ auf die Produktion, die Kosten und auf das Ausbauziel in der Wasserkraft gemäss der Energiestrategie 2050 auswirken.

In der Wintersession 2019 befasste sich der Nationalrat mit der parlamentarischen Initiative Jans (sp, BS), welche verlangt, mittels Änderung des Gewässerschutzgesetzes den Einsatz von Pestiziden zu verbieten, falls diese die Wasserqualität stark beeinträchtigen.
In der nationalrätlichen Debatte argumentierte der Urheber der Initiative, dass zwar Messungen in Fliessgewässern gemacht würden und festgestellt werde, dass Pestizidwirkstoffe die Gewässerorganismen nachhaltig schädigen. Leider hätten diese Messungen aber zu wenig Folgen, so Jans. Die Pestizide würden nicht aus dem Verkehr gezogen, sondern die Trinkwasserquellen geschlossen. Die Mehrheit der UREK-NR wolle warten, bis die Agrarpolitik 22+ des Bundesrates wirksam würde; für Jans dauerte das aber zu lange, zudem sei auch noch nicht klar, ob überhaupt und welche Massnahmen im Rahmen der Agrarpolitik 22+ vorgeschlagen würden.
Bastian Girod (gp, ZH) erklärte in der Ratsdebatte die Trinkwasserqualität für akut gefährdet. Er verwies auf ein Faktenblatt der EAWAG, welches festhalte, dass die darin gesetzten Ziele (zum Beispiel im Aktionsplan Pflanzenschutzmittel) die gesetzlichen Anforderungen noch nicht erfüllen würden. Für Girod war der richtige Zeitpunkt zu handeln nun eingetroffen, zumal der Bundesrat den beiden Trinkwasser- resp. Pestizidinitiativen keinen Gegenvorschlag entgegenstellen wolle.
Für die SVP-Fraktion sprach Pierre-André Page (svp, FR) ein Loblied auf die Schweizer Landwirtschaft. Diese mache heute schon viel gegen den Missbrauch mit Pflanzenschutzmitteln. Zudem könne sie aufgrund der vielen Restriktionen bald nicht mehr genug produzieren und dann müssten Nahrungsmittel importiert werden, wobei der Konsument nicht wisse, unter welchen Bedingungen diese produziert würden.
Anders als zuvor in der UREK-NR fand die Initiative im neu zusammengesetzten Nationalrat mit 155 zu 88 Stimmen bei 3 Enthaltungen eine Mehrheit. Sämtliche Mitglieder der SVP, sowie einige Mitglieder der FDP und CVP stimmten gegen die Initiative.
In den Medien nahm Markus Ritter (cvp, SG), Nationalrat und Präsident des Schweizerischen Bauernverbandes, Stellung und argumentierte, dass das kürzlich erlassene Anwendungsverbot des Fungizids Chlorothalonil zeige, dass das Zulassungssystem für Pestizide funktioniere. Paul Sicher, Sprecher des Schweizerischen Vereins des Gas- und Wasserfachs, widersprach dieser Aussage, indem er eine sofortige generelle Verschärfung der Zulassungen für Pestizide, ein Verbot für besonders giftige Mittel und Einschränkungen bei deren Einsatz, zum Beispiel für Private, forderte.

Beat Jans (ps, BS) souhaite que la loi fédérale sur la protection des eaux (LEaux) soit complétée afin d'interdire l'utilisation des pesticides avérés nuisibles pour les espaces aquatiques. Actuellement, le dépassement des valeurs écotoxicologiques et la présence de produits de dégradation de pesticides dans les eaux souterraines ou potables n'engendrent généralement pas de conséquences. Lorsque des problèmes sont signalés, les cantons peinent à identifier les responsables des apports de pesticides.
Par 13 voix contre 9 et 3 abstentions, la CEATE-CN décide de ne pas donner suite à l'initiative. Les mesures existantes sont jugées suffisantes. Celles prévues dans le cadre de la politique agricole 2022+ permettront de limiter les effets nocifs des produits phytosanitaires. Une minorité soutient l'initiative.

Die UREK-SR beugte sich im Mai 2017 bereits zum zweiten Mal über eine parlamentarische Initiative Parmelin (svp, VD), die sich eine verstärkte Berücksichtigung regionaler Gegebenheiten bei der Festlegung des Gewässerraums wünschte. Nach wie vor stand sie diesem Vorstoss ablehnend gegenüber und war der Ansicht, dass dessen Forderungen durch die bereits erfolgte Annahme einer eigenen Kommissionsmotion sowie durch deren Umsetzung mittels Änderung der Gewässerschutzverordnung bereits ausreichend berücksichtigt worden seien. Diese – mit 11 zu 1 Stimme beinahe einhellig vertretene – Ansicht teilte der Ständerat in der folgenden Sommersession diskussionslos, womit der Vorstoss endgültig erledigt war.

Aufgrund der Uneinigkeit zwischen der ständerätlichen UREK-SR und der nationalrätlichen UREK-NR gelangte die parlamentarische Initiative Parmelin (svp, VD) mit der Forderung nach Berücksichtigung regionaler Gegebenheiten bei der Festlegung des Gewässerraums ins Parlament. Dem Nationalrat, der sich in der Wintersession 2016 als Erstrat mit dem Anliegen befasste, lag neben dem befürwortenden Mehrheitsantrag seiner Kommission auch ein linker Minderheitsantrag vor, welcher der Initiative keine Folge geben wollte. Minderheitssprecher Jans (sp, BS) begründete die ablehnende Haltung der Kommissionsminderheit damit, dass dem Anliegen bereits mit einer im Herbst 2015 angenommenen Motion der UREK-SR Rechnung getragen werde. Im Gegensatz zur vorliegenden parlamentarischen Initiative erlaubt diese eine Anpassung der Bestimmungen auf dem Verordnungsweg. Auf der anderen Seite machte sich die Kommissionsmehrheit dafür stark, sich eine Gesetzesänderung vorzubehalten, sollte die in Erfüllung der Kommissionsmotion erarbeitete Verordnungsänderung nicht zufriedenstellend ausfallen. Mit 114 zu 57 Stimmen sprach sich die grosse Kammer für Folge geben aus, womit der Ständerat ebenfalls über die Vorlage beraten wird.

Wider den Willen der UREK-NR, die sich im Vorjahr mehrheitlich für Folge geben ausgesprochen hatte, lehnte die UREK-SR im Herbst 2015 eine parlamentarische Initiative Parmelin (svp, VD) ab, die explizit im Gewässerschutzgesetz verankert haben wollte, dass die Kantone den Gewässerraum unter Berücksichtigung regionaler Gegebenheiten festlegen können. Die Kommission sah die Problematik nicht bei den gesetzlichen Bestimmungen an sich, sondern im Bereich des Vollzugs, weswegen sie von einer Gesetzesänderung absehen wollte; eine Haltung, die sie gleichentags auch gegenüber neun Standesinitiativen mit ähnlichen Anliegen zum Ausdruck brachte. Um Vollzugsprobleme zu klären, hatte die UREK-SR im selben Jahr ihrerseits einen Vorstoss in Form einer Motion lanciert, der es erlauben soll, bestehenden Unklarheiten mittels Verordnungsanpassung entgegenzuwirken.

Auch die parlamentarische Initiative Parmelin (svp, VD) pochte auf eine Flexibilisierung des Gewässerraums und reihte sich somit ein in eine Reihe von Vorstössen, die den Unmut zur kürzlich in Kraft getretenen Änderung des Gewässerschutzgesetzes und dessen Verordnung zum Ausdruck brachten. Konkret verlangte der Initiant und 31 Mitunterzeichnende, dass die Breite des Gewässerraumes unter Berücksichtigung regionaler Gegebenheiten festgelegt werden soll. Als Beispiel verwies er auf das waadtländische Laveaux, wo sich Rebparzellen bis in den Gewässerraum erstrecken. In solchen Fällen sehe der Entwurf der Richtlinie zur Umsetzung der Gewässerschutzverordnung eine Interessenabwägung vor, was zu einer faktischen Enteignung der Winzer führen könne. An ihrer Sitzung im Oktober 2014 beschloss die erstberatende UREK-NR mit 14 zu 9 Stimmen bei einer Enthaltung, dem Anliegen Folge zu geben.

Lors de la session spéciale d’avril, le Conseil national s’est saisi du projet de loi fédérale sur la protection des eaux élaboré par la commission de l’environnement du Conseil des Etats (CEATE-CE) au titre de contre-projet indirect à l’initiative populaire « Eaux vivantes (Initiative pour la renaturation) ». En dépit de l’opposition unanime de l’UDC et d’une majorité de députés libéraux-radicaux, jugeant le projet trop coûteux et dangereux pour l’utilisation de la force hydraulique, le plénum a suivi la majorité de la CEATE-CN et approuvé, par 94 voix contre 60, l’entrée en matière.
Lors de la discussion par article, le débat a essentiellement porté sur la conciliation des objectifs environnementaux et des intérêts économiques et énergétiques. Une minorité Killer (udc, AG) de la commission a proposé de réduire drastiquement les débits minimaux exigés de sorte à laisser une marge de manœuvre maximale aux producteurs d’énergie hydroélectrique. Le plénum a suivi, par 97 voix contre 73, la majorité de sa CEATE, laquelle jugeait que cet amendement viderait de sa substance le projet de loi. Le débat s’est ensuite concentré sur les dérogations possibles en faveur de l’utilisation de la force hydraulique. Afin de garantir un potentiel de croissance de 200 gigawattheures, le Conseil des Etats avait décidé d’assouplir les conditions de dérogation en autorisant des débits minimaux inférieurs pour les tronçons en aval d’installations hydroélectriques situées à une altitude supérieure à 1500 mètres (contre 1700 actuellement). Si la majorité de la CEATE-CN a suivi les sénateurs, une minorité Girod (pe, ZH) a proposé d’introduire une condition supplémentaire en restreignant l’octroi de dérogations aux tronçons présentant un faible potentiel écologique, touristique ou paysager. Le plénum a rejeté cette proposition, par 113 voix contre 57, la jugeant excessive. Il a toutefois privilégié, par 128 voix contre 42, une solution de compromis Landolt (pbd, GL) selon laquelle une dérogation est possible à la triple condition que le point de prélèvement soit situé à une altitude supérieure à 1500 mètres, que le cours d’eau soit non piscicole et que son débit résiduel minimal soit inférieur à 50 litres par seconde. Concernant l’espace réservé aux eaux, le plénum a suivi, par 105 voix contre 59, la majorité de la CEATE-CN en adoptant le principe d’une exploitation agricole extensive (sans engrais, ni produits phytosanitaires) contre une minorité Teuscher (pe, BE) préconisant un mode plus proche des conditions naturelles. Mais contrairement au Conseil des Etats, la chambre basse a estimé que les terres concernées ne pouvant plus être exploitées intensivement, elles ne sauraient être considérées comme des surfaces d’assolement. Les députés ont en outre introduit dans le projet de loi le principe d’une compensation complète de la perte corrélative de terres exploitables intensivement par les agriculteurs en fonction des quotas cantonaux de surfaces d’assolement édictés par la Confédération. Contrairement aux sénateurs, la majorité de la CEATE-CN a proposé de rendre facultative la planification par les cantons des mesures de revitalisation. Le plénum a toutefois décidé, par 94 contre 75, de suivre une minorité Bäumle (pev, ZH) et d’obliger les cantons à établir une telle planification. Par 89 voix contre 79, les députés ont suivi une minorité Bourgeois (plr, FR) et refusé le régime d’expropriation particulier élaboré par la CEATE-CE qui supprime l’obligation d’autorisation (permis de construire, etc.), afin de faciliter les opérations de revitalisation des cours d’eaux, de protection contre les crues et de construction de bassins de compensation pour les débits irréguliers. La majorité a en effet estimé que le droit foncier rural en vigueur garantit déjà la primauté de l’intérêt public. Au vote sur l’ensemble, la chambre basse a approuvé le projet de loi sur la protection des eaux par 104 voix contre 68, malgré l’opposition unanime de l’UDC et d’une majorité de libéraux-radicaux. La quasi totalité du groupe UDC et huit députés PLR ont rejeté le projet.
Lors de l’examen des divergences, le Conseil des Etats a repris les conditions édictées par la chambre basse pour l’octroi de dérogations aux débits résiduels minimaux en les reformulant légèrement. Concernant les terres réservées aux mesures de renaturation, la chambre haute a refusé la requalification voulue par les députés. Enfin, les sénateurs ont maintenu tacitement le régime particulier d’expropriation. Lors de la session d’hiver, les députés ont campé sur leur position au sujet des conséquences de la création d’espaces réservés aux eaux sur la production agricole et du principe d’une compensation complète des surfaces d’assolement. En revanche, ils ont approuvé, par 102 voix contre 82, l’institution du régime d’expropriation voulu par le Conseil des Etats, tandis que ce dernier s’est rallié tacitement au Conseil national sur l’autre point de désaccord majeur ainsi que sur trois divergences mineures. En votation finale, les sénateurs et les députés ont adopté le projet de loi, respectivement à l’unanimité et par 126 voix contre 63.

Le traitement de ces deux objets (l'initiative populaire "Eaux vivantes" et le contre projet indirect) a révélé une lacune institutionnelle dans la procédure s’appliquant aux initiatives populaires accompagnées d’un contre-projet indirect de l’Assemblée fédérale. Selon la procédure en vigueur, le comité d’initiative peut décider le retrait de son initiative s’il est satisfait du contre-projet législatif adopté par le parlement. Ce dernier étant soumis au référendum facultatif, le risque est alors que le contre-projet soit rejeté en votation populaire. Afin de pallier cette carence, les commissions des institutions politiques des deux chambres ont décidé de donner suite à une initiative parlementaire du sénateur Lombardi (pdc, TI) et soumis au parlement un projet de loi introduisant la possibilité d’un retrait conditionnel des initiatives populaires. Concrètement, le nouveau dispositif permet au comité d’initiative de déclarer retirer son initiative à la condition expresse que le contre-projet indirect ne soit pas rejeté en votation populaire. Cette révision de la loi sur les droits politiques a été adoptée par les chambres lors de la session d’automne, si bien que l’Association suisse de la pêche a pu user de ce nouveau droit en décidant le retrait conditionnel de son initiative peu après l’adoption du contre-projet indirect par les chambres.

Fin 2007, la commission de l’environnement du Conseil des Etats (CEATE-CE) avait déposé une initiative parlementaire intitulée « Protection et utilisation des eaux » au titre de contre-projet indirect à l’initiative populaire « Eaux vivantes (Initiative pour la renaturation) ». À l’instar du Conseil fédéral, les commissaires estimaient qu’il convenait de recommander le rejet de l’initiative populaire en raison des droits de requête et de recours excessifs qu’elle entendait accorder aux organisations de pêcheurs et de protection de l’environnement et des conditions très restrictives auxquelles elle voulait soumettre la production hydroélectrique. Mais contrairement au gouvernement, ils jugeaient nécessaire que la Confédération entreprît rapidement des mesures en matière de renaturation des cours d’eau. Après avoir obtenu l’aval de son homologue du Conseil national, la CEATE-CE a ainsi élaboré, puis mis en consultation, au printemps de l’année sous revue, un projet inscrivant dans la loi l’encouragement de la revitalisation des eaux publiques, l’atténuation des effets nuisibles des éclusées en aval des centrales hydroélectriques et la garantie de la qualité de l’eau, tout en conservant les droits acquis pour la production d’énergie hydraulique. Il se distingue de l’initiative populaire par ses ambitions plus modestes, par le financement qu’il propose pour les mesures précitées, ainsi que par le refus de toute extension des droits des organisations. Le coût des mesures de revitalisation et d’assainissement, estimé à 50 millions de francs par an sur vingt ans (soit au total 1 milliard de francs), sera financé au moyen d’une taxe de 0,1 centime par kilowattheure prélevée par la société exploitant le réseau national d’acheminement de l’électricité (Swissgrid).
Lors de la consultation, le projet a reçu un accueil globalement favorable sur le principe, seule l’UDC préconisant le rejet pur et simple de l’initiative populaire. Les avis ont été plus partagés sur le fond, les milieux électriques exigeant plus de dérogations en matière de débit résiduel, afin de faciliter l’utilisation de la force hydraulique, alors que les associations écologistes souhaitaient au contraire restreindre cette possibilité. En dépit de son refus initial d’opposer un contre-projet à l’initiative populaire, le Conseil fédéral a réagi favorablement au projet de la CEATE-CE, saluant son caractère raisonnable et ne demandant que des modifications mineures. En fonction des résultats de la consultation, la commission a modifié son initiative parlementaire de sorte à entériner l’obligation pour les cantons d’élaborer des programmes de revitalisation, à faciliter l’acquisition de terrains pour la mise en œuvre de ces derniers et à octroyer une indemnisation complète aux propriétaires de centrales hydroélectriques pour les coûts des mesures d’assainissement.
Lors de la session d’automne, le Conseil des Etats s’est ainsi penché non seulement sur le message du Conseil fédéral concernant l’initiative populaire « Eaux vivantes », mais également sur le contre-projet indirect élaboré par sa commission de l’environnement. Par 23 voix contre 6, il a suivi le gouvernement et approuvé le projet d’arrêté recommandant au peuple de rejeter l’initiative populaire, jugée dangereuse pour le secteur hydroélectrique et excessive du point de vue des droits des organisations. Partageant l’avis de leur commission concernant l’importance d’entreprendre rapidement la renaturation des cours d’eau, les sénateurs ont approuvé à l’unanimité son initiative parlementaire. Ils ont en outre décidé de proroger le délai de traitement de l’initiative populaire jusqu’au 3 janvier 2010, de sorte à laisser le temps au Conseil national de traiter les deux objets. La chambre basse ayant approuvé cette prorogation, elle débattra de ces questions en 2009.

Die Umwelt-, Raumplanungs- und Energiekommission des Ständerates wurde im November tätig und begann mit der Ausarbeitung eines indirekten Gegenvorschlags. Die Kommission möchte eine Vorlage die sowohl den Interessen der Wassernutzung als auch denjenigen des Gewässerschutzes ausreichend Rechnung trägt. Bei der Ausarbeitung des Gesetzesentwurfs sollen Gesetzesbestimmungen in verschiedenen Bereichen geprüft werden. Konkret sind das die Revitalisierung der Gewässer, die Verminderung der negativen Auswirkungen von Schwall und Sunk unterhalb von Speicherkraftwerken, Ausnahmen von Mindestrestwassermengen bei Gewässerabschnitten mit geringem ökologischem Potential sowie die Gewährleistung der Wasserqualität durch ausreichende Restwassermengen und Reaktivierung des Geschiebehaushalts. Zudem soll ein Vorschlag zur Finanzierung entsprechender Massnahmen erarbeitet werden.

La Commission de l’environnement, de l’aménagement et du territoire du Conseil national (CEATE-CN) a décidé de donner suite à une initiative de la CEATE-CE traitant du débit résiduel minimal des cours d’eau. Le projet veut flexibiliser des dérogations pour les débits résiduels dans la loi fédérale sur la protection des eaux, réglementer l’assainissement des débits résiduels pour les petites centrales hydrauliques dignes de protection, créer une réglementation dans la loi fédérale sur la protection des eaux pour réduire les atteintes aux cours d’eau dues aux écluses et préparer des mesures pour améliorer l’utilisation rentable de la force hydraulique. L’initiative de la CEATE-CE fait suite à une initiative parlementaire Epiney (pdc, VS). Celle-ci demandait la modification de la loi sur la protection des eaux, afin de permettre aux entreprises électriques hydrauliques d’augmenter leur production. Le démocrate-chrétien valaisan a toutefois retiré son initiative parlementaire en février 2004.

Le Conseil national rejeta également l'initiative parlementaire du groupe AdI/PEP proposant une loi fédérale concernant les mesures préventives dans l'industrie chimique (ou loi sur l'industrie chimique). Ce texte avait pour but de réduire les risques que constituent la production et le stockage en stipulant qu'ils devaient se faire de manière à ne pas pouvoir contaminer les eaux et les sols et à limiter au maximum la pollution de l'air. Il visait encore, entre autres, à réglementer rigoureusement la responsabilité des entreprises par l'application stricte du principe de causalité. La grande chambre a estimé qu'il était préférable que de telles règles de sécurité concernent toutes les activités mettant en danger l'environnement et non seulement l'industrie chimique. Considérant que le gouvernement s'était déjà lancé dans l'élaboration de telles dispositions, les députés ont jugé cette initiative sans objet.