Während eine aktuelle Untersuchung eine erhebliche Pestizid-Belastung in Schweizer Fliessgewässern nachwies und das Parlament eine umfassende Aufrüstung der Abwasserreinigungsanlagen zur Verminderung von Mikroverunreinigungen beschloss, hatten die Berufsfischer ganz andere Sorgen: Ihnen waren die Schweizer Seen zu sauber. Der geringe Phosphat-Gehalt in diesen Gewässern bewirke einen Rückgang der Fischbestände, da es nicht genügend Plankton als Nahrung für die Fische gebe. Mit ihrem Vorschlag nach einer Phosphat-Untergrenze stiessen die Fischer bei WWF und Pro Natura hingegen auf taube Ohren: Die Trinkwasserqualität sei klar höher zu gewichten als die Interessen der Fischer. Wenig Unterstützung erhielt die Forderung indes auch von der Eawag, die in einer kürzlich erfolgten Bestandesaufnahme gerade in nährstoffarmen Schweizer Seen eine erstaunliche Vielfalt an Fischen festgestellt hatte, wogegen eine verzeichnete starke Zunahme des Phosphatgehalts in Mittellandseen zum Aussterben einheimischer Fischarten geführt hätte.

Gemessen an den Parolen zu den eidgenössischen Abstimmungen war aber die SP immer noch die oppositionellste Regierungspartei. Bei 4 von 14 Fragen stellte sie sich gegen die Regierung; bei dem von ihrem eigenen Bundesrat mit Vehemenz vertretenen IWF-Beitritt enthielt sie sich der Stimme. Die Parolen der SVP wichen in drei Fällen von der Empfehlung des Bundesrates ab (EWR, Parlamentarierentschädigung, Geschäftsverkehrsgesetz), diejenigen der FdP zweimal (Gewässerschutzgesetz und bäuerliches Bodenrecht) und diejenigen der CVP nie.

Bei den eidgenössischen Abstimmungen verwarf der Zentralvorstand den Beitritt zum IWF und die Revision des Stempelsteuergesetzes, empfahl hingegen beide Vorlagen zum Gewässerschutz, den Zivildienst- und den Gentechnologieartikel sowie die Sexualstrafrechtsreform zur Annahme. Ebenso unterstützte die PdA die Krankenkassen- und die Tierversuchsinitiative, die NEAT sowie den EWR-Beitritt. Stimmfreigabe wurde zur Vorlage über das bäuerliche Bodenrecht beschlossen. Die abgespaltene Basler «PdA (-gegründet) 1944» stellte sich gegen den EWR-Beitritt

Zu sämtlichen eidgenössischen Abstimmungsvorlagen ausser jener über die Revision des Stempelsteuergesetzes empfahl die AP die Nein-Parole. Diejenige zum EWR-Beitritt wurde einstimmig gefasst.

Bei den eidgenössischen Abstimmungen war die FDP die einzige Regierungspartei, welche das revidierte Gewässerschutzgesetz ablehnte. Von den Kantonalsektionen empfahlen es jedoch sieben (ZH, BE, SO, SH, AR, AG, JU) zur Annahme.