In der Herbstsession 2022 kam die Änderung des Embargogesetzes zur Differenzbereinigung in den Ständerat. Der Nationalrat hatte in der Sommersession 2022 auf Antrag der APK-NR einen Artikel eingefügt, durch den der Bundesrat ermächtigt werden sollte, unter Berücksichtigung der Positionen der wichtigsten Handelspartner eigenständig Zwangsmassnahmen gegen Personen oder Entitäten zu erlassen, die für schwere Verletzungen des humanitären Völkerrechts oder der Menschenrechte verantwortlich zeichneten. Eine Mehrheit der APK-SR beantragte dem Rat, diesen Artikel wieder zu streichen, eine Minderheit Sommaruga (sp, GE) wollte diesen jedoch beibehalten. Kommissionssprecher Damian Müller (fdp, LU) erklärte der kleinen Kammer, dass sich die SiK-SR in ihrem Mitbericht an die APK-SR klar gegen die Möglichkeit autonomer Schweizer Sanktionen ausgesprochen habe, da dies einen drastischen Wandel in der Schweizer Sanktionspolitik bedeuten würde. Die SiK-SR erachtete die Ergänzung des Nationalrats auch in Bezug auf Rechtsstaatlichkeit und Neutralität als problematisch. Die APK-SR sei daher mit 10 zu 2 Stimmen (bei 1 Enthaltung) dem Antrag der sicherheitspolitischen Kommission gefolgt.
Carlo Sommaruga gestand im Namen der Kommissionsminderheit zwar ein, dass die Änderung, die der Nationalrat vorgenommen hatte, einen Paradigmenwechsel darstelle würde. Dieser führe jedoch zu mehr Kohärenz zwischen den Verfassungswerten der Schweiz zur Achtung der Völkerrechte und der Menschenrechte auf der einen Seite und der Aussenpolitik auf der anderen Seite. Mit dem UNO-Beitritt oder der kürzlich erfolgten Übernahme der EU-Sanktionen gegen Russland habe man in der Vergangenheit ebenso Paradigmenwechsel vollzogen, ohne dass sich diese negativ auf die Neutralität, die Aussen- oder die Handelspolitik ausgewirkt hätten. Sommaruga zeigte sich nicht einverstanden mit der Einschätzung der SiK-SR bezüglich möglicher Probleme in Bezug auf die Schweizer Neutralität. Denn einerseits beziehe sich der neue Artikel auf Personen und Entitäten, nicht auf Staaten, andererseits verhalte man sich angesichts von schweren Völkerrechtsverbrechen ohnehin nicht neutral. Daniel Jositsch (sp, ZH), der ebenfalls der Kommissionsminderheit angehörte, erklärte zudem, dass derartige Sanktionen durchaus rechtsstaatlich seien. Die betroffenen Personen hätten auf alle Fälle Beschwerdemöglichkeit, entweder bei einer Ombudstelle – wie von der parlamentarischen Initiative Molina (sp, ZH; Pa. Iv. 19.501) gefordert – oder im Rahmen des Verwaltungsrechts. Der im Rat anwesende Bundesrat Parmelin bat die kleine Kammer, der Mehrheit zu folgen und den Artikel zu streichen. Der Vorschlag des Nationalrats berge die Gefahr von Gegenmassnahmen, darüber hinaus wären eigenständige Sanktionen ohne multilaterale Koordinierung ineffizient. Ausserdem sei unklar, nach welchen objektiven Kriterien man die Sanktionen aussprechen würde. Der Ständerat folgte der Empfehlung der Kommissionsmehrheit und strich den fraglichen Artikel wieder aus dem Gesetzesentwurf. Damit schuf er eine neuerliche Differenz zum Nationalrat, womit die Differenzbereinigung noch in der gleichen Session in eine weitere Runde ging.

In der Sommersession 2021 befasste sich der Ständerat mit der Motion Seiler Graf (sp, ZH), welche den Stopp aller Kriegsmaterialexporte an die Jemen-Kriegsallianz forderte. Thierry Burkart (fdp, AG) – Sprecher der SiK-SR – beantragte im Namen der Kommission die Ablehnung der Motion. Man sei zwar besorgt über die humanitäre Krise in Jemen und über die Menschenrechtsverletzungen in Saudi-Arabien, da sich die Intervention der Jemen-Koalition aber auf eine Resolution des UNO-Sicherheitsrats stütze, sei diese völkerrechtlich legitimiert. Zudem liefere man nur defensive Waffensysteme an Saudi-Arabien. Auch sei das Parlament nicht für die Rechtsanwendung zuständig, weshalb eine Annahme der vorliegenden Motion das Prinzip der Gewaltenteilung verletzen würde, führte Burkart aus. Eine Minderheit Jositsch (sp, ZH) setzte sich hingegen für die Annahme der Motion ein. Der Minderheitssprecher erklärte, dass aufgrund der Situation in Saudi-Arabien und Jemen die Natur der Waffenlieferungen, ob offensiv oder defensiv, keine Rolle spiele. Zudem fordere die Motion zwar die Anwendung von Artikel 19 des Kriegsmaterialgesetzes, welche eigentlich dem Bundesrat vorbehalten sei, doch die Motion ermutige den Bundesrat ja nur, dies zu tun, und breche daher nicht mit der Gewaltenteilung. Der anwesende Bundesrat Guy Parmelin erinnerte daran, dass der Bundesrat die militärische Intervention in Jemen bereits 2016 bei seiner Beurteilung der saudischen Exportanträge berücksichtigt habe und aus seiner Sicht nach wie vor keine «aussergewöhnlichen Umstände» vorlägen, welche die Anwendung von Artikel 19 rechtfertigen würden. Parmelin forderte daher die Ablehnung der Motion, auch weil die Schweiz im internationalen Vergleich sehr restriktiv agiere. Während sich der Nationalrat noch über den Wunsch des Bundesrats hinweggesetzt hatte, tat dies der Ständerat nicht. Er lehnte die Motion mit 28 zu 14 Stimmen ab.