Im Juni 2019 machte das EDA per Medienmitteilung öffentlich, dass es Pilatus ab sofort sämtliche Dienstleistungen in Saudi-Arabien und den Vereinigten Arabischen Emiraten (VAE) verbiete. Es stützte sich dabei auf das Bundesgesetz über die im Ausland erbrachten Sicherheitsdienstleistungen (BPS), gegen welches die Pilatus Flugzeugwerke AG in zwei Fällen verstossen habe. Unter anderem hatte Pilatus in Saudi-Arabien und den Vereinigten Arabischen Emiraten insgesamt 80 PC-21 und dazugehörige Unterstützungsdienstleistungen, wie beispielsweise Ersatzteilmanagement, technischen Support, Problembehebung am Flugzeugtyp PC-21 und an Simulatoren, verkauft. Problematisch war dies, da sowohl die VAE wie auch Saudi-Arabien gemäss der Zeitung La Liberté der sogenannten Jemenallianz angehörten und aktiv in den Jemen-Krieg eingegriffen hatten. Das EDA schrieb in seiner Medienmitteilung, dass die Direktion nach ausführlicher Überprüfung des Falls zum Schluss gekommen sei, dass die Tätigkeiten von Pilatus in besagten Ländern nicht mit den aussenpolitischen Zielen des Bundes vereinbar seien, da derartige Dienstleistungen als «logistische Unterstützung von Streitkräften» gälten. Somit verstiess Pilatus gegen Artikel 1 Buchstabe b des BPS, wonach das Gesetz dazu beitragen solle «die aussenpolitischen Ziele der Schweiz zu verwirklichen».
Darüber hinaus fielen derartige Dienstleistungen laut BPS unter eine Meldepflicht beim EDA, gegen welche Pilatus möglicherweise ebenfalls verstossen habe, war der Medienmitteilung zudem zu vernehmen. Aus diesem Grund habe die Politische Direktion des EDA eine Anzeige bei der Bundesanwaltschaft eingereicht. Laut Basler Zeitung sehe Pilatus die Dienstleistungen jedoch von den durch das Seco autorisierten Exportbewilligungen gedeckt und sei mit den entsprechenden Anschuldigungen des EDA nicht einverstanden. Pilatus blieb somit bis Mitte September 2019 Zeit, um sich geschäftlich aus den beiden Staaten zurückzuziehen. Nicht betroffen davon seien laut Medienmitteilung ähnliche Dienstleistungen, die Pilatus zugunsten von Katar und Jordanien ausgeführt habe.
Im September desselben Jahres errang Pilatus zumindest einen Teilerfolg, als das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde, welche das Unternehmen kurz nach Bekanntwerden gegen das Tätigkeitsverbot erlassen hatte, guthiess. Dadurch traten die Anordnungen des EDA bis auf Weiteres nicht in Kraft und Pilatus durfte weiterhin in den beiden Staaten operativ tätig sein. Die Basler Zeitung bezeichnete den Zeitgewinn für Pilatus als «entscheidend, um auf dem politischen Parkett gegen das EDA vorzugehen». So habe das Unternehmen die Möglichkeit, bis zum endgültigen Entscheid eine kulantere Auslegung des BPS durch das Parlament zu erreichen, wurden doch die entsprechenden Motionen Wicki (fdp, NW; Mo.19.3991) und jene der SPK-SR (Mo. 19.4376) sowie das Postulat Schilliger (fdp, LU; Po.19.4297) in der Wintersession 2019 angenommen.

Le Conseil fédéral a suivi le Conseil de sécurité des Nations Unies en mettant en place un embargo sur les armes contre l’Erythrée. Le Conseil fédéral a également suivi ce même Conseil en assouplissant l’embargo sur le matériel de guerre envers le Liberia.

En mars, le Conseil fédéral a refusé d'autoriser de nouvelles ventes d'armes au Pakistan, à l'Arabie saoudite et à l'Egypte en raison de leur contexte politique respectif et de leur respect des droits de l'homme jugé déficient. Les autorisations accordées avant cette décision ont toutefois été maintenues. En 2009, l’Arabie saoudite a en conséquence été le deuxième plus grand acheteur avec 132 millions de francs juste après l’Allemagne avec 138 millions de francs. Le DFE a annoncé que la Suisse a exporté 727,7 millions de francs de matériel de guerre vers 74 pays. Ce qui représentait une augmentation de 0,8% par rapport à l’année précédente et une part de 0,39% des exportations totales de l’année sous revue. Il a également annoncé avoir autorisé 2493 demandes sur les 2504 qui avaient été faites (99,5%), 11 demandes ont été refusées pour sept pays de destination.

Dans le cadre de la révision partielle de la loi sur les entraves techniques au commerce, et après avoir retardé sa décision suite au dépôt de 130 demandes d’exceptions, le Conseil fédéral a finalement arrêté en fin d’année 18 exceptions à l'application du principe du «Cassis de Dijon». Sur ces 18 exceptions, 5 sont complètes et irrémédiables (obligation d'indiquer la teneur en alcool pour les boissons alcoolisées sucrées, qui vise à protéger les jeunes ; interdiction d'utiliser du plomb dans les peintures et les vernis, aux fins de protection de la santé et de l'environnement, etc.) et 13 partielles ou limitées dans le temps.

Après la démission du gouvernement de Jean-Pascal Delamuraz, le secrétaire d’Etat Franz Blankart, directeur de l’OFAEE, a quitté ses fonctions à la fin de l’année. Pour lui succéder, le nouveau conseiller fédéral Pascal Couchepin a nommé David Syz, un manager en provenance de l’économie privée et membre du parti radical zurichois. Ce dernier aura notamment à charge la restructuration de l’organisation interne du département, avec la fusion prévue entre l’OFAEE et l’Office fédéral de développement économique et de l’emploi (OFDE).

Pour tenir davantage compte des boulversements induits par la mondialisation de l'économie dans la conduite des tâches assumées par les diplomates helvétiques, le chef du DFAE a requis de ces derniers une participation accrue à la promotion de la place économique nationale. A cette fin, le personnel diplomatique suisse suivra dès 1997 des cours spécialisés et se verra par ailleurs remettre un catalogue établi par l'OFIAMT dans lequel seront exposés les avantages que la Suisse peut offrir aux entreprises étrangères.