Le 28 février 2020, la «situation particulière» au sens de la loi sur les épidémies (LEp) a été promulguée après que les cantons aient été consultés. Si les manifestations de plus de 1'000 personnes ont été interdites par le Conseil fédéral, en deçà la décision revenait aux cantons (art.2 Ordonnance sur les mesures destinées à lutter contre le coronavirus (Covid-19)). Le canton du Tessin a été le premier à ordonner la fermeture des restaurants, cafés, bars et magasins non alimentaire. Pour la restauration, il a été suivi quelques jours plus tard par les cantons de Bâle-Campagne, du Jura et de Neuchâtel. Neuchâtel a même interdit toutes manifestations publiques. Alors que le Tessin et le Valais avaient demandé une fermeture beaucoup plus hermétique de la frontière avec l’Italie, le Conseil fédéral s'est contenté – le 13 mars 2020 dans l'Ordonnance 2 Covid-19 – de renforcer les contrôles Schengen au sud des Alpes. Les cantons romands – qui ont réclamé des mesures plus sévères auprès du Conseil fédéral – ont aussi pris les devants en annonçant la fermeture des écoles et des établissements publics.

Essuyant de nombreuses critiques de la part des scientifiques, du monde médical et particulièrement du Tessin, le Conseil fédéral a alors décrété – le 16 mars 2020 – la «situation extraordinaire». Aux commandes, il a, dès lors, pu ordonner les mesures nécessaires pour tout ou autre partie du pays (art. 7 LEp). Confiant l'exécution des ordonnances fédérales aux pouvoirs cantonaux, la participation des cantons restait essentielle à leur mise en œuvre. Le 21 mars 2020, après que le Tessin a notamment été dans l'illégalité en allant au-delà des exigences du Conseil fédéral s'agissant des chantiers et des industries, le Conseil fédéral a décidé de permettre – sous certaines conditions – aux cantons de restreindre ou d'arrêter les activités dans des branches entières de l'économie. Au fur et à mesure des semaines, l'Ordonnance 2 Covid-19 a été à plusieurs reprises révisées en fonction de la situation sanitaire jusqu'à la fin de la situation extraordinaire fixée au 19 juin 2020. Les cantons ont pu retrouver certaines compétences comme par exemple pour l'instruction publique dès la fin avril, s'agissant de la reprise des cours pour les degrés primaires et secondaires agendée le 11 mai 2020.

De retour en «situation particulière», les cantons ont retrouvé à nouveau une certaine autonomie. Ils ont en priorité la compétence d'agir en cas de nouvelle augmentation d'infections liées au Coronavirus. Ils devront prendre les mesures qui s'imposent, en privilégiant celles qui ont fait leurs preuves. De son côté, le Conseil fédéral a chargé les différents départements fédéraux à se préparer pour pouvoir réagir. Fin juillet, le Comité directeur de la Conférence des directrices et directeurs cantonaux de la santé (CDS) tirait un bilan plutôt positif de la reprise par les cantons de la responsabilité d'une grande partie des mesures de lutte contre la Covid-19. Bien que la responsabilité partagée entre la Confédération et les cantons puisse engendrer des réglementations cantonales divergentes, les échanges relatifs aux mesures prévues ou adoptées «fonctionnent bien» selon le comité.

En prévision de la votation sur la naturalisation facilitée des étrangers de la troisième génération qui aura lieu le 13 février 2017, la question de la centralisation des compétences entre cantons et Confédération s'est invitée dans le débat. En effet, jusqu'à présent, la naturalisation des étrangers était un domaine de compétence majoritairement réservé aux cantons – à l'exception des cas de naturalisation par filiation, par mariage et par adoption qui est du domaine de compétence de la Confédération. Avec cette nouvelle loi, qui ne concerne que les étrangers ayant – entre autres conditions – moins de 26 ans et installés en Suisse depuis trois générations, la Confédération s'octroierait cette part là des naturalisations, impliquant de facto une normalisation des pratiques au niveau cantonal. Parmi les critiques de cette centralisation des tâches, le député grison Stefan Engler (pdc, GR) estime qu'il revient aux cantons et aux communes de déterminer si une personne est assez intégrée ou non pour obtenir le passeport rouge à croix blanche. De plus, il fait remarquer que la plupart des cantons possèdent déjà des processus simplifiés pour cette catégorie-là de la population. Dans le camp des défenseurs de la nouvelle loi, le fait que de grosses différences existent entre les cantons – à l'image du canton de Lucerne, qui ne dispose d'aucune procédure simplifiée – marque une inégalité de traitement qui ne devrait plus avoir lieu d'être, d'où cette volonté de normaliser les pratiques en transférant cette compétence à l'échelon fédéral. La position des "fédéralistes" est toutefois minoritaire, comme le montre l'acceptation de la loi soumise à la votation populaire par la chambre des cantons.

Auch 2014 wurde die Sicherheit des WEF Jahrestreffens in Davos durch die Armee gewährleistet. Dabei standen bis zu 3'100 Armeeangehörige zu Gunsten des Kantons Graubünden im Einsatz. Das Parlament hatte für den Einsatz der Armee im Assistenzdienst vom 13. bis 27. Januar 2014 eine Obergrenze von maximal 5'000 Armeeangehörigen festgelegt, die jedoch nicht ausgeschöpft werden musste. Obwohl die Luftwaffe eine Regelwidrigkeit im eingeschränkten Luftraum über Davos verzeichnete, verlief der Einsatz insgesamt reibungslos und ohne gravierende Zwischenfälle oder Unfälle.

Anlässlich der Syrien-Konferenz vom 22. Januar 2014 in Montreux unterstützte die Armee im Assistenzdienst die Kantone Waadt und Genf bei den Sicherheitsmassnahmen. Der Bundesrat hatte am 15. Januar 2014 den Einsatz von maximal 500 Armeeangehörigen während sechs Tagen bewilligt. Es wurden Dienste wie der Schutz von Objekten und Personen, die Sicherung des Luftraumes, Transporte in der Luft und am Boden, sowie die Bereitstellung von Material wie zum Beispiel Funkmittel und Absperrgitter erbracht.

La Confédération et le canton du Jura ont signé une convention sur la gestion et la surveillance du laboratoire de recherche en stockage de déchets nucléaires du Mont-Terri (JU). Cette dernière répartit plus clairement les tâches entre le canton et la Confédération, met en évidence les recherches d’envergure internationales menées au Laboratoire du Mont-Terri (LMT) et amène davantage de transparence. La Confédération coordonne les intérêts suisses, les activités sur le site et la sécurité des lieux. En service depuis 1996, le LMT accueille des équipes de recherches françaises, allemandes, belges, espagnoles, japonaises et suisses. Un accord séparé de la convention régit les relations entre la Confédération et les douze partenaires du projet Mont-Terri. Il comprend une série de vingt expériences financées par les partenaires. Les scientifiques concentrent leur recherche sur les propriétés des argiles à Opalinus. D’après eux, elle est la roche idéale pour entreposer des déchets nucléaires. La convention interdit également l’entreposage temporaire ou définitif de déchets sous le Mont-Terri. (Les bâtiments du LMT appartiennent au canton du Jura, qui les mets à disposition de la Confédération. En retour, elle lui verse annuellement 60'000 francs à titre d’indemnité et participe à hauteur de 20'000 pour l’information au public. Le canton a aussi son mot à dire dans les travaux de recherche. Chaque année, une commission cantonale examine le programme scientifique et le soumet à l’approbation du Département de l’environnement et de l’équipement jurassien.)

Pour l’année sous revue, la Confédération a octroyé 13 millions de francs pour financer des projets énergétiques dans 24 cantons. Manquent à l’appel Schwyz et Obwald, qui n’ont pas encore élaboré de programme d’encouragement. Comme le veut la loi sur l’énergie, les tâches de promotion de l’utilisation rationnelle de l’énergie, des énergies renouvelables et de la récupération de chaleur relèvent, depuis 2000, essentiellement des cantons. Le rôle de la Confédération est limité au versement chaque année, dans le cadre de SuisseEnergie, des contributions globales à ceux d’entre eux qui mettent sur pied leur propre programme d’encouragement. Seuls les projets d’importance nationale ou supracantonaux reçoivent encore une aide directe de la Confédération. Chaque canton a l’obligation d’injecter dans son programme d’encouragement un montant au moins équivalent à l’aide fédérale.

Der Bundesrat nahm in seinem im November vorgestellten Entwurf für eine neue Bundesverfassung Rücksicht auf die von der Konferenz der Kantonsregierungen (KdK) formulierte Kritik. Er beantragte, die Standesinitiative zu einer gleich wie eine Volksinitiative zu behandelnden Kantonsinitiative aufzuwerten, wenn sie von mindestens acht Kantonen eingereicht wird. Zudem enthält der Entwurf einige grundsätzliche Zusicherungen an die Kantone. So soll ihre Mitwirkung in der Aussenpolitik ausdrücklich garantiert und ihnen beim Vollzug von Bundesrecht möglichst grosse Gestaltungsfreiheit überlassen werden.
(Zum neuen Entwurf der Bundesverfassung BRG 96.091 siehe hier.)

Die Krankenversicherung war auch das Hauptthema der von-Wattenwyl-Gespräche der vier Bundesratsparteien vor der Wintersession. Die Spitzen von CVP, FDP, SP und SVP waren sich einig, dass trotz Missbehagen in der Bevölkerung das neue KVG nicht schon wieder revidiert werden sollte. Einmal mehr wurde festgestellt, dass man vor dem Inkrafttreten des Gesetzes den Vollzugsaufwand unterschätzt habe. Daraus leiteten die Parteien allerdings unterschiedliche Forderungen ab. Während die SP darauf pochte, dass die Kantone die Prämienverbilligungsbeiträge des Bundes vermehrt auslösen und allenfalls dazu gezwungen werden müssten, setzten sich die Bürgerlichen für Zurückhaltung bei der Erweiterung des Leistungsangebots in der Grundversicherung ein und erwogen allenfalls eine Erhöhung der Franchisen. Bundesrätin Dreifuss versprach, das BSV werde inskünftig die Prämien der Krankenkassen nicht nur buchhalterisch kontrollieren, sondern auch für mehr Transparenz bei der Tarifgestaltung sorgen. Sie drohte jenen Kantonen, welche die Bundesbeiträge nicht voll ausschöpfen mit einer Intervention des Bundes, falls nicht mindestens jene Personen in den Genuss von Verbilligungen kämen, denen dies in der Abstimmungskampagne versprochen worden sei.

Im Rahmen der Neukonzeption des Finanzausgleichs kündigte der Bundesrat auch eine recht umfassende Neuzuordnung der Bundes- und Kantonskompetenzen an. Von den 50 Aufgabenbereichen, in welchen heute Bund und Kantone gemeinsam tätig sind, möchte er 29 entflechten. Acht Bereiche - darunter die Agrarpolitik und der Nationalstrassenbau - sollen ganz vom Bund übernommen werden, für dreizehn Bereiche - darunter die Berufsbildung, die Wohnbauförderung und die Raumplanung - wären allein die Kantone zuständig und bei acht weiteren würden sich der Bund und die Kantone in die Verantwortung teilen. In der Vernehmlassung kritisierte die SP das Projekt am heftigsten. Zum einen, weil sie angesichts der bestehenden Koordinationsprobleme die zentralstaatlichen Kompetenzen grundsätzlich stärken und nicht abbauen möchte, zum anderen, weil sie von der Kantonalisierung Einsparungen und Leistungsabbau befürchtet. (Zum Finanzausgleich und der Auflistung der von der Entflechtung betroffenen Gebiete siehe hier.)

Die 1991 beschlossenen individuellen Prämienverbilligungen für die Jahre 1992 bis 1994 scheiterten in vielen Kantonen an der angespannten Finanzlage bzw. an der fehlenden Rechtsbasis. Bundesrat und Parlament hatten die 300 Mio. Fr. Bundesbeiträge an die Bedingung gekoppelt, dass die Ausschüttung an die Kantone nur erfolgt, wenn diese — abgestuft nach ihrer Finanzkraft — den gleichen bis den dreifachen Betrag zuschiessen. Nur gerade 13 Kantone reichten fristgemäss bis Ende Juni ein entsprechendes Gesuch ein, einige von ihnen — so etwa Bern und Solothurn — beanspruchten lediglich einen Teil der ihnen zustehenden Bundesgelder. Die 100 Mio. Fr. pro Jahr werden aber dennoch ausgeschüttet. In einer zweiten Runde sollen jene Kantone die restlichen Gelder erhalten, die in der ersten Verteilrunde mitgemacht haben, und zwar unabhängig von der Höhe der kantonalen Prämienverbilligungen.

Eine Aufwertung der Stellung der Kantone in der Bundespolitik wünscht auch die CVP. Ständerat Cottier (cvp, FR) und Nationalrat Engler (cvp, Al) (93.3169) reichten identische Motionen ein, in denen sie namentlich auch institutionelle Änderungen fordern. So soll beim Kantonsreferendum die heute erforderliche Anzahl von acht beteiligten Kantonen gesenkt werden, damit beispielsweise die sechs mehrheitlich französischsprachigen Kantone eine Volksabstimmung verlangen können, und zusätzlich soll auch ein ähnlich ausgestaltetes Initiativrecht eingeführt werden. Vorgeschlagen wird in den Motionen auch ein Bundesgesetz über die Mitwirkung der Kantone bei der Aussenpolitik und die Bildung einer nationalen Regierungskonferenz aus Vertretern des Bundesrates und der Kantonsregierungen.

Der für 1993 errechnete Fehlbetrag von 1,5 Mia Fr. im Ausgleichsfonds der ALV führte zu einer heftigen Kontroverse zwischen Bund und Kantonen. Das geltende Gesetz schreibt vor, dass Bund und Kantone die ALV zu gleichen Teilen mit Darlehen unterstützen müssen, wenn die Mittel des Ausgleichsfonds erschöpft sind und die Beiträge der Sozialpartner den Maximalsatz erreicht haben. Die Kantone erklärten sich ausserstande, in nützlicher Frist die notwendigen Gelder zu beschaffen, der Bund seinerseits wollte die Kantone nicht aus der Pflicht entlassen. Schliesslich einigte man sich darauf, dass der Bund die Darlehensmittel auch für die Kantone am Kapitalmarkt aufnehmen und den Kantonen dafür ein halbes Prozent Zins verrechnen wird.

Le Conseil fédéral a proposé d'accorder la garantie sans réserve de la Constitution de Nidwald. Cette dernière avait été modifiée en 1990 de telle manière que la compétence en ce qui concerne l'octroi de concessions pour l'utilisation du sous-sol soit transférée à la Landsgemeinde du canton. L'objectif de cette révision constitutionnelle consistait à permettre aux autorités cantonales d'avoir le dernier mot sur la question de la concession pour le stockage de déchets radioactifs, envisagé par la CEDRA sur la commune de Wellenberg. Sur la base de l'examen de la répartition des compétences entre la Confédération et les cantons dans le domaine de l'énergie atomique, le Conseil fédéral a estimé que les nouvelles dispositions constitutionnelles ne permettaient pas au canton de Nidwald de refuser pour des raisons de sécurité une concession pour l'utilisation du sous-sol en vue du stockage définitif de déchets radioactifs et, donc, que la question de la sécurité d'une installation atomique devait être examinée de façon exhaustive par la Confédération. Le refus d'une concession par les autorités cantonales n'est envisageable que pour des motifs relevant de la police des constructions ou de l'aménagement du territoire. Ces remarques faites, le gouvernement a tout de même admis que ces nouvelles dispositions n'étaient pas en contradiction avec le droit fédéral. Les Chambres fédérales ont ajourné leur décision, étant donné que plusieurs recours de droit public étaient encore pendants auprès du Tribunal fédéral.