Nachdem Sie Ende Mai eine positive Bilanz der ablaufenden Legislatur gezogen hatten, wo sie gezeigt hätten, dass ihre Positionen in der Umweltpolitik mehrheitsfähig und dass sie zu einer ernstzunehmenden Kraft geworden seien, kündeten die Grünen ihre Ambitionen für einen eigenen Bundesratssitz an, der allerdings nur auf Kosten der SVP oder der FDP gehen dürfe. Eine atomkritische Regierung mit grüner Beteiligung liege im Bereich des Möglichen. Mit der Präsentation möglicher valabler Bundesratskandidatinnen und -kandidaten (Morin, BS; Hochuli, AG; Genner, ZH; Pulver, BE; Uster, ZG oder Cramer, GE) unterstrich die GP Anfang August ihre Ambitionen und erhielt damit ein grosses Medienecho. Nach der Niederlage bei den eidgenössischen Wahlen blies die GP ihren geplanten Angriff auf den Bundesrat allerdings wieder ab und half in der Folge mit, den Status quo in der Exekutive zu wahren. Die GP bestätigte BDP-Bundesrätin Widmer-Schlumpf, obwohl die BDP eigentlich weniger stark ist als die Grünen. Ein grüner Bundesrat bleibe ein langfristiges Ziel der Partei, gab Fraktionspräsident Antonio Hodgers (GE) zu Protokoll.

An der Delegiertenversammlung Ende April in Yverdon (VD) wurde Ueli Leuenberger einstimmig zum neuen Parteipräsidenten gewählt. Der aus dem Kanton Bern stammende, aber seit fast 40 Jahren in Genf lebende Leuenberger wurde vor allem durch seinen Einsatz im Bereich Migrationspolitik bekannt. Als seine Ziele nannte Leuenberger eine zentralisiertere Organisation und eine bessere Koordination mit den Kantonalparteien sowie eine Erhöhung der Initiativ- und Referendumsfähigkeit der Partei. Zudem sollen die Fachleute für verschiedene Themen innerhalb der Partei besser vernetzt werden. Die Partei solle mittelfristig 15% Wähleranteil erreichen und in der Landesregierung Einsitz nehmen. Franziska Teuscher und Aline Trede (als Vertreterin der Jungen Grünen) wurden zu Vizepräsidentinnen der Partei gewählt. Die abtretende Präsidentin Ruth Genner zog eine positive Bilanz ihrer sechsjährigen Amtszeit. Hauptthema der Delegiertenversammlung war das weltweite Hungerproblem. Genner kritisierte in diesem Zusammenhang den Anbau von Pflanzen zur Produktion von Treibstoff. Die Grünen verabschiedeten zudem drei Resolutionen: Erstens forderten sie den Verzicht auf den Bau neuer Atomkraftwerke und eine Abschaltung der bestehenden Werke. Zweitens verlangten sie, die Finanzierung für die Bahn-2000-Projekte der zweiten Etappe müsse bereitgestellt werden. Drittens forderten die Grünen, der Bundesrat solle das repressive Vorgehen Chinas gegen die Tibeter verurteilen. Die Delegierten lehnten weiter die drei Abstimmungsvorlagen Gesundheitsartikel, Einbürgerungsinitiative und Initiative „gegen Behördenpropaganda“ ab. Zudem wurde die „Grüne Bewegung Uri“ nach 14 Jahren im Beobachterstatus als Vollmitglied der GPS aufgenommen.

Nach Ruth Genners Rücktritt als Parteipräsidentin stand zu Beginn des Jahres die Regelung der Nachfolge für das Präsidium an. Ueli Leuenberger (NR GE), Vizepräsident der Grünen, meldete sein Interesse an. Er wollte sich allerdings nur als alleiniger Präsident und nicht für ein Ko-Präsidium zur Verfügung stellen. Konkurrenz erwuchs ihm durch Franziska Teuscher (NR BE), die umgekehrt nur für ein Ko-Präsidium kandidierte. Die abtretende Genner hatte sich explizit ein Ko-Präsidium mit einer Frau und einem Mann gewünscht. In der Grünen Partei, welche die Frauenvertretung in der Parteileitung stets als wichtiges Anliegen gesehen hatte, wurde heiss diskutiert, ob ein Mann als alleiniger Präsident denkbar sei. Leuenberger konnte sich letztlich durchsetzen, die Findungskommission empfahl ihn als neuen Präsidenten und der Vorstand der Grünen schloss sich dieser Meinung an. Teuscher zog ihre Kandidatur zurück und stellte sich als Vizepräsidentin zur Verfügung.

Nach den für die Grünen sehr erfolgreich verlaufenen Wahlen (7 Sitzgewinne im Nationalrat und 2,2 Prozentpunkte mehr Wähleranteil als 2003) trat Parteipräsidentin Ruth Genner (ZH) aufgrund der Amtszeitbeschränkung zurück. Genner war seit 2001 in der Parteileitung gewesen, zunächst als Co-Präsidentin, dann als alleinige Präsidentin. Der Vizepräsident der Grünen, Ueli Leuenberger (GE), zeigte Interesse an Genners Nachfolge. Als weitere mögliche Kandidatinnen galten Franziska Teuscher (BE) und Maya Graf (BL). Genner sprach sich für ein Co-Präsidium mit einem Mann und einer Frau aus, während Leuenberger ein System mit Präsidium und Vizepräsidium favorisierte.

Auf der Delegiertenversammlung im März in Bern erteilte Parteipräsidentin Ruth Genner (ZH) einer eventuellen Beteiligung der GP an einer Regierung mit Christoph Blocher eine deutliche Absage. Genner sah einen grünen Sitz im Bundesrat nicht als primäres Ziel für die Wahlen 2007 an; vorrangig sei vielmehr, die Parlamentsvertretung der Grünen weiter zu stärken. Im Zentrum der Versammlung standen umweltpolitische Themen. Die Delegierten forderten von der Parteileitung die Vorbereitung einer Klimainitiative, da das Projekt einer CO2-Steuer wenig Realisierungschancen besitze. Des Weiteren bekräftigten sie ihre Forderung nach einem schnellen Ausstieg aus der Atomkraft. Schliesslich gaben die Delegierten mit 79:5 Stimmen bei 7 Enthaltungen die Ja-Parole für den Bildungsartikel heraus.

Auf der Versammlung in Lausanne im Juni lehnten die Delegierten einstimmig die Asyl- und Ausländergesetze ab. Vizepräsident Ueli Leuenberger bezeichnete die Gesetze als eine Form der Abschaffung des Asylrechts. Sie brächten nicht die angeblichen Lösungen, sondern neue Probleme wie die Abdrängung von Asylsuchenden in die Illegalität.
Kontroverser wurde die linke Kosa-Initiative diskutiert. Der Waadtländer Grossrat Philippe Martinet bemängelte, dass die Zuführung von Nationalbankgewinnen kein Gesamtkonzept sei, um der AHV auf lange Sicht zu helfen, und regte stattdessen die Investition dieser Gewinne in zukunftsträchtige Projekte im Umweltschutzbereich an. Präsidentin Ruth Genner hingegen betonte den sozialen Aspekt der AHV und die Notwendigkeit ihrer guten finanziellen Ausstattung, um weitere Abbaupläne der bürgerlichen Parteien zu verhindern. Schliesslich unterstützte die Mehrheit der Abgeordneten die Initiative.

Anfang Januar bestätigten die Grünen an ihrer Delegiertenversammlung in Biel Ruth Genner(ZH) als Parteipräsidentin für die nächsten zwei Jahre. Der bisherige Co-Präsident Patrice Mugny (GE) hatte seinen Rücktritt bekannt gegeben, nachdem er im vergangenen Jahr in die Genfer Regierung gewählt worden war. Der Genfer Nationalrat Ueli Leuenberger (GE) wurde zum neuen Vizepräsidenten gewählt. Die Grünen beabsichtigen, am Ende der Legislaturperiode in allen Schweizer Kantonen grüne Parteien zu haben, auch in den beiden Appenzell, in Graubünden und in Schwyz, wo sie noch nicht vertreten sind. Die drei Vorlagen vom 8. Februar empfahl die GP zur Ablehnung.

Nach seiner Wahl in die Genfer Stadtregierung gab der Co-Präsident der Grünen, Patrice Mugny (GE), bekannt, er werde sein Nationalratsmandat nach der Sondersession abgeben und Ende Jahr das Co-Präsidium der Partei. Im November liess Co-Präsidentin Ruth Genner (ZH) durchblicken, sie würde das Präsidium gerne im Vollamt übernehmen. Als Vizepräsidenten wünsche sie sich einen welschen Fraktionskollegen. Die Delegiertenversammlung der Grünen entscheidet im Januar 2004 über die Neuerungen an der Parteispitze.

Bei den eidgenössischen Wahlen konnten die Grünen die Zahl ihrer Nationalratsmandate von 9 auf 13 erhöhen. Als Reaktion auf die Drohung der SVP, in die Opposition zu gehen, falls ihr das Parlament nicht einen zweiten Bundesratssitz für Christoph Blocher (svp, ZH) zugestehen würde, brachten die Grünen Co-Präsidentin Ruth Genner (ZH) als Kandidatin für den Bundesrat ins Spiel, um eine allfällige Regierung mit einer Mitte-links-Mehrheit ohne SVP-Beteiligung zu ermöglichen. Gewählt wurde Christoph Blocher an Stelle von CVP-Bundesrätin Ruth Metzler. Bei den kantonalen Wahlen errangen die Grünen insgesamt 5 zusätzliche Sitze.

Im August kündigte Ruedi Baumann seinen Rücktritt als Parteipräsident auf Ende Oktober an, weil er in Frankreich einen Bio-Landwirtschaftsbetrieb übernahm. Sein Nationalratsmandat wollte er jedoch behalten. Im Vordergrund für seine Nachfolge stand ein Mitglied der Fraktion. Weil die GP eine Ämterkumulation von Fraktionsvorsitz und Parteipräsidium ablehnte, kam eine Kandidatur von Cécile Bühlmann (LU) nicht in Frage. Als Favoriten galten die Mitglieder des Nationalrats Ruth Genner (ZH) und Patrice Mugny (GE). Kurzfristig war nicht klar, ob auch der Berner Grossrat und ehemalige Parteisekretär Bernhard Pulver sich bewerben und die Partei zu einem Richtungsentscheid zwingen würde, da er als liberaler gilt als die beiden Favoriten. An der Delegiertenversammlung vom Oktober wählten die Grünen auf Antrag der Parteileitung ein Kopräsidium mit Patrice Mugny und Ruth Genner; damit wurden sie der Tatsache gerecht, dass die Partei in letzter Zeit in der Romandie hatte Erfolge verbuchen können. Mugny, früherer Chefredaktor beim linkskatholischen Le Courrier, ist politischer Sekretär der Genfer Grünen und Westschweizer Koordinator der Alpen-Initiative. Er hat den Ruf, Themen rasch zu erkennen und zu analysieren und Provokation auch gezielt einzusetzen. In jüngster Zeit setzte er sich vor allem für die Antiglobalisierung und die „Sans-papiers“ ein. Genner, als Lebensmittel-Ingenieurin tätig, war zehn Jahre Zürcher Kantonsrätin und präsidierte die VCS-Sektion. Sie gilt als stille Schafferin mit viel Sachkompetenz.

Im Herbst verurteilte die GP den Terrorismus und den Krieg in Afghanistan. Die Reaktion der USA und ihrer Alliierten sei keine adäquate Reaktion auf die grauenhaften Terrorakte vom 11. September. Parteipräsidentin Genner kritisierte den grünen deutschen Aussenminister Joschka Fischer und bedauerte, das dieser für den Krieg in Afghanistan einstünde. Des weiteren verabschiedeten die Grünen eine Resolution für ein Ausschaffungsmoratorium für Papierlose.