Neben den verschiedenen parlamentarischen Vorstössen wurde das Parlament auch mit Untersuchungen seiner Kontrollorgane, konkret der GPK und der FinDel aktiv. Letztere beschäftigte sich mit der Prüfung des Verkaufsprozesses, zudem untersuchte die EFK die Abläufe und Verantwortlichkeiten im BWL.
Im September 2017 gaben die Geschäftsprüfungskommissionen der eidgenössischen Räte bekannt, Fragen zur departementalen Aufsicht und zum Risikomanagement im Rahmen dieser Bundesbürgschaften nachzugehen. Dazu setzten sie eine Arbeitsgruppe unter der Leitung von Yvonne Feri (sp, AG) ein, die den Auftrag erhielt, den Handlungsbedarf seitens der parlamentarischen Oberaufsicht zu prüfen. Die Arbeitsgruppe der GPK überprüfte in der Folge die Aufsicht des WBF über das BWL, des EDA über das eidgenössische Seeschifffahrtsamt (SSA), die Kontrolle des BWL durch die EFK sowie die Information des Gesamtbundesrates.
Im Juni 2018 erschien der Bericht der Geschäftsprüfungskommission der eidgenössischen Räte zu den Hochseeschifffahrts-Bürgschaften. Nach Anhörung des Vorstehers sowie des Generalsekretärs des WBF und gegenwärtiger und ehemaliger Vertretenden des BWL und der EFK und nach Analyse der relevanten rechtlichen Vorgaben und Unterlagen wie Sitzungsprotokollen, Informationsnotizen und Riskmaps aus dem Risikoreporting des Bundes stellten die GPK fest, dass das BWL seine Bringschuld durch verspätete Reaktion auf die Probleme und ungenügende Information des Departements «nicht angemessen erfüllt» habe. Die Hauptverantwortung orteten die GPK jedoch im WBF. Seit 2011 hätten konkrete Hinweise vorgelegen, dass die SCT-SCL-Gruppe in finanziellen Schwierigkeiten sei. Das BWL habe die Probleme heruntergespielt, erst im Juni 2015 habe das WBF den Ernst der Lage begriffen und in der Folge angemessen reagiert. Dennoch seien die Schiffe erst 2017 verkauft worden. Neben Versäumnissen stellten die GPK auch Unregelmässigkeiten fest: So existierten von Amtssitzungen vor 2013 keine Protokolle mehr, obwohl es diese gegeben haben soll; hier liege also ein Verstoss gegen das Archivierungsgesetz vor. Auch die Einsetzung der EFK für die Administrativuntersuchung im Jahr 2016 kritisierte der Bericht; die EFK sei voreingenommen und nicht unabhängig gewesen. Die EFK ihrerseits habe in der Folge das rechtliche Gehör des damaligen BWL-Stabschefs verletzt, indem sie diesen beschuldigt, aber nicht vernommen habe. Der Bericht der EFK durfte in der Folge zum Ärger des Parlaments aufgrund von Einsprachen zweier Personen nicht veröffentlicht werden; die beiden zogen ihre Beschwerde bis ans Bundesverfassungsgericht weiter. Da «die EFK dieses Vorgehen auch heute noch als richtig erachtet und die Problematik bezüglich ihrer fehlenden Unabhängigkeit negiert», bezweifelten die GPK gar die fachliche Eignung der EFK als Untersuchungsorgan für Administrativuntersuchungen.
In der Folge formulierten die GPK acht Empfehlungen an den Bundesrat und luden diesen wie auch die EFK zu Stellungnahmen ein. Die Empfehlungen betrafen eine adäquate Protokollierung, die Überprüfung der Organisationsstruktur des BWL, verschiedene Kriterien und Vorschläge bezüglich Administrativuntersuchungen sowie die Überprüfung des weiteren Vorgehens bezüglich Bürgschaften.
Die Medien griffen in der Folge vor allem eine Aussage von Bundesrat Schneider-Ammann im Bericht auf, gemäss der das Risikomanagement des Amtes sowie des Departements ungenügend gewesen seien. Ihm selbst sowie dem Generalsekretariat des WBF habe das Bewusstsein für die Tragweite der Risiken sowie für das Schadenspotenzial der Hochseeschifffahrtsbürgschaften gefehlt.

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