Anders als zuvor im Nationalrat stiess die Motion zur Änderung von Artikel 18 Absatz 2 des Finanzhaushaltgesetzes im Ständerat auf Ablehnung. Kommissionssprecherin Fetz (sp, BS) erklärte die einstimmig ablehnende Haltung der FK-SR damit, dass der Budgetierungsprozess bereits jetzt sehr komplex sei und durch ein entsprechendes Gesetz „zu einem Automatismus in einem vorgegebenen Korsett” werden würde. Nachdem auch Bundesrat Maurer nochmals auf die daraus folgenden Einschränkungen des Handlungsspielraums hingewiesen hatte, lehnte der Ständerat die Motion stillschweigend ab.

In der Frühjahrssession 2017 behandelte der Ständerat die Motion der FK-NR gegen eine „Aufweichung der bewährten Schuldenbremse“. Dabei stellte Konrad Graber (cvp, LU) einen Ordnungsantrag auf Sistierung der Behandlung der Motion bis nach der Beratung des Berichts „Zukunftsperspektiven für die Schweiz”. In dem Bericht würden dieselben Fragen behandelt, welche im Rahmen dieser Motion relevant seien. Die WAK-SR werde den Bericht in Kürze beraten und, da diese Fragen „eine breitere Diskussion” erforderten, werde er beantragen, den Bericht im Plenum zu diskutieren. Bei Annahme seines Ordnungsantrags müsste man folglich diese Diskussion nicht zweimal führen, erklärte Graber. Im Namen der FK-SR unterstützte Anita Fetz (sp, BS) den Antrag auf Sistierung. Philipp Müller (fdp, AG) hingegen erklärte, dass der Grundsatz der Schuldenbremse nicht angetastet werden solle und der Bericht daher überflüssig sei. Er lehne den Ordnungsantrag in der Annahme ab, dass die Motion angenommen werde. Soweit kam es jedoch nicht: Mit 34 zu 9 Stimmen (bei einer Enthaltung) sprach sich der Ständerat für die Sistierung der Motion aus.

Am 8. September 2016 reichte die Finanzkommission des Nationalrats die Motion „Keine Aufweichung der bewährten Schuldenbremse" ein. Diese beauftragt den Bundesrat, durch eine Präzisierung der gesetzlichen Bestimmungen zur Schuldenbremse eine Aufweichung der bisherigen Regelung zu verhindern. Als nötig erachtete die FK-NR diese Motion, weil sie befürchtete, dass der Bundesrat aufgrund des Tiefzinsumfeldes Überschüsse im Bundeshaushalt nicht mehr zwingend und vollständig für den Schuldenabbau einsetzen möchte. Anzeichen für eine solche Lockerung waren gemäss den Zuger Nationalräten Aeschi (svp, ZG) und Pezzatti (fdp, ZG) mehrfach vorhanden: der Auftrag des Bundesrates an das EFD, eine „symmetrische Bewirtschaftung des Ausgleichskontos" vertieft zu prüfen; der Antrag des Bundesrates beim Voranschlag 2016, Migrationsausgaben von CHF 400 Mio. als ausserordentlich zu verbuchen; sowie die Motion Müller (cvp, LU), die forderte, dass künftige Überschüsse auch für die Mitfinanzierung von budgetierten Mehrausgaben im Bereich der Sozialversicherung verwendet werden können. Eine Lockerung der Schuldenbremse würde jedoch gemäss FK-NR beim Staat jährlich Mehrausgaben von bis zu CHF 1 Mrd. nach sich ziehen und damit zu einer weiteren Vergrösserung der Ausgaben zulasten der nächsten Generation führen.

Demgegenüber argumentierte der Bundesrat, dass sein Auftrag an das EFD die Schuldenbremse selbst nicht tangiere. So bestehe das Ziel der Schuldenbremse in einem dauerhaften Gleichgewicht zwischen Ausgaben und Einnahmen, sie verlange entsprechend eine Stabilisierung der nominellen Schulden. Stattdessen seien aber seit 2006 dank strukturellen Überschüssen Schulden in der Höhe von CHF 20 Mrd. abgebaut worden. Diese systembedingten Budgetunterschreitungen hofft der Bundesrat in Zukunft für andere Zwecke als ausschliesslich für die Schuldenreduktion verwenden zu können. Er beantragte entsprechend die Ablehnung der Motion, da diese der Prüfung dieser Frage durch das EFD vorgreifen würde. Thomas Weibel (glp, ZH) ergänzte, dass neben der Stabilisierung der nominellen Schuld auch die konjunkturpolitische Stabilisierung zu den Hauptfunktionen der Schuldenbremse gehöre. Dadurch, dass aber zu hohe Fehlbeträge im Ausgleichskonto innerhalb dreier Jahre abgetragen werden müssen, während Überschüsse nicht verwendet werden können, werde „die konjunkturpolitische Wirkung der Schuldenbremse torpediert". Von dieser Argumentation liess sich der Nationalrat jedoch nicht überzeugen und pflichtete mit seinem Votum zur Annahme der Motion dem Argument von Albert Vitali (fdp, LU) bei, wonach sich das Parlament frühzeitig gegen eine Aufweichung der Schuldenbremse positionieren müsse.

Der Ständerat liess sich hingegen nicht auf eine inhaltliche Beratung der Motion ein, sondern nahm einen Ordnungsantrag Graber Konrad (cvp, LU) mit 34 zu 9 Stimmen bei 1 Enthaltung an. Dieser verlangte die Sistierung der Behandlung der Kommissionsmotion, bis die WAK-SR den Bericht des Bundesrates „Zukunftsperspektiven für die Schweiz", der auf einem Postulat Grabers beruht, beraten konnte. Der Luzerner Ständerat hatte argumentiert, dass er mit seinem Ordnungsantrag vor allem verhindern möchte, dass dieselbe Diskussion zweimal geführt werden müsse.

Der Bundesrat beantragte dem Parlament eine Revision des Finanzhaushaltgesetzes mit dem Ziel, eine Ergänzungsregel zur Schuldenbremse einzuführen. Nach den gegenwärtigen Bestimmungen haben ausserordentliche Einnahmen und Ausgaben keinen Einfluss auf den ordentlichen Haushalt, womit sichergestellt wird, dass einmalige und unvorhersehbare Transaktionen nicht zu grossen Schwankungen in den ordentlichen Ausgaben führen und somit die Stetigkeit der staatlichen Aufgabenerfüllung gefährden. Diese Handhabung des ausserordentlichen Haushalts bewirkt aber auch, dass die nominellen Bundesschulden selbst bei einer schuldenbremsenkonformen Finanzpolitik ansteigen können. Die nun unterbreitete Gesetzesrevision belässt zwar den ausserordentlichen Haushalt als Sicherheitsventil ausserhalb der Schuldenbremse, soll aber durch eine Ergänzung der bestehenden Regel einen schleichenden Schuldenanstieg verhindern. Die Grundidee besteht darin, Defizite des ausserordentlichen Haushaltes über den ordentlichen Haushalt mittelfristig zu kompensieren. Als Steuerungsgrösse dient ein „Amortisationskonto“, das neu eingeführt wird. Darin werden die ausserordentlichen Einnahmen und Ausgaben erfasst. Weist es einen Fehlbetrag aus, so ist dieser während der folgenden sechs Jahre durch Überschüsse im ordentlichen Haushalt abzutragen. Die neue Regel ist insofern flexibel ausgestaltet, als sie Bundesrat und Parlament keine Vorgaben macht, wie der Amortisationsbetrag auf die Frist von sechs Jahren zu verteilen ist. Die Sanierung des ausserordentlichen Haushaltes erfolgt zudem „nachrangig“ zum ordentlichen Haushalt, weshalb sie allfälligen konjunkturellen Schwankungen Rechnung tragen kann.

Der Ständerat nahm in der Wintersession als erster die Behandlung dieses Geschäfts auf. Während die bürgerliche Mehrheit der Finanzkommission auf den Entwurf eintreten wollte, beantragte Fetz (BS) im Namen der SP Nichteintreten. In dieser finanzpolitisch turbulenten Zeit sei es der vollkommen falsche Zeitpunkt, eine neue einengende Regel in der Finanzpolitik zu beschliessen, vor allem weil man noch wenig Erfahrung mit der 2003 eingeführten Schuldenbremse habe, da man sie noch nicht über einen ganzen Konjunkturzyklus erlebt habe. Ausserdem sei sie klar dagegen, dass das Parlament einen weiteren Abbau seiner Budgethoheit vornehme. Sie konnte sich mit ihrer Argumentation aber nicht durchsetzen: Eintreten wurde mit 27 zu 8 Stimmen beschlossen.

In der Detailberatung folgte die kleine Kammer mit einer einzigen Ausnahme dem Bundesrat, indem sie festhielt, dass das Parlament im Fall von ausserordentlichen Entwicklungen die Amortisation über die Frist von sechs Jahren hinaus erstrecken kann. Obgleich das Finanzdepartement diesen Zusatz ursprünglich als unnötig bezeichnet hatte, da eine Finanzregel grundsätzlich vom Normalfall auszugehen habe, signalisierte Bundesrat Merz hier Einlenken. In der Gesamtabstimmung wurde der Entwurf mit 26 zu 7 Stimmen angenommen.